genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  64  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19237273--19237316	21	2.0	22	83	12	56	47	4	2	45	1.35
19241853--19241893	8	5.2	8	94	2	66	36	2	9	51	1.48
19245549--19245579	16	1.9	16	93	0	53	19	6	35	38	1.77
19245784--19245820	6	6.0	6	87	6	56	29	2	0	67	1.04
19245782--19245820	19	2.1	19	95	0	69	28	5	0	66	1.12
19245784--19245834	27	2.0	25	92	7	84	27	3	0	68	1.07
19247830--19247891	24	2.5	24	81	2	70	37	20	8	33	1.83
19253870--19253921	27	2.0	25	88	7	77	1	36	1	59	1.19
19254142--19254206	22	3.0	21	73	10	60	70	1	18	9	1.21
19258422--19258446	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
19264747--19264771	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
19265090--19265116	13	2.1	13	100	0	54	33	7	0	59	1.25
19280880--19280919	14	2.9	14	96	0	71	47	17	22	12	1.81
19288277--19288320	21	2.2	20	84	12	54	50	4	4	40	1.43
19289891--19289941	24	2.2	24	86	10	70	33	5	5	54	1.48
19293541--19293620	27	3.0	27	80	5	83	37	10	23	28	1.87
19294601--19294638	19	2.0	19	100	0	76	31	0	26	42	1.56
19295820--19295899	23	3.5	22	74	16	72	40	13	21	25	1.90
19302219--19302248	13	2.3	13	94	0	51	56	6	6	30	1.51
19304064--19304097	16	2.1	16	88	0	50	23	23	0	52	1.47
19306451--19306585	29	4.7	29	78	0	144	35	23	14	26	1.93
19306451--19306585	58	2.3	58	80	0	162	35	23	14	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19309584--19309733	31	4.8	30	70	14	99	34	4	16	44	1.68
19309520--19309739	92	2.4	92	90	0	343	34	5	16	43	1.73
19309748--19309813	31	2.1	31	83	10	82	31	9	12	46	1.72
19309520--19309806	92	3.1	92	85	4	285	33	6	16	43	1.73
19313947--19313996	20	2.5	21	84	15	70	54	0	22	24	1.45
19323584--19323613	12	2.5	12	88	0	51	0	13	16	70	1.18
19326335--19326377	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
19333541--19333598	31	2.0	30	80	12	68	10	31	12	46	1.74
19334286--19334619	27	12.4	27	81	3	323	44	19	17	17	1.86
19334286--19334619	81	4.1	81	83	1	391	44	19	17	17	1.86
19334975--19335059	28	3.0	28	87	0	116	23	21	23	31	1.98
19351785--19351901	35	3.3	35	84	1	135	16	11	29	41	1.84
19354256--19354453	109	1.8	110	93	1	344	36	8	19	35	1.83
19356386--19356422	15	2.5	15	95	0	65	48	8	10	32	1.67
19356690--19356746	22	2.6	23	80	8	73	42	21	22	14	1.88
19356690--19356757	22	3.1	22	76	4	66	42	20	22	14	1.88
19356736--19356818	25	3.3	25	89	3	105	39	21	21	16	1.92
19357037--19357122	41	2.1	40	82	2	100	68	9	0	22	1.17
19357171--19357221	27	2.0	27	88	7	79	60	1	3	33	1.26
19357695--19357724	14	2.1	14	93	0	51	66	0	0	33	0.92
19358413--19358484	5	14.0	5	91	5	117	43	0	0	56	0.99
19361050--19361091	21	2.0	22	85	4	59	57	7	2	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19361861--19361947	19	4.5	19	81	13	99	28	2	1	67	1.10
19362937--19362975	14	2.9	13	85	14	53	56	5	0	38	1.22
19362967--19363007	20	2.0	20	86	9	57	41	7	4	46	1.53
19370369--19370518	21	7.2	21	72	9	110	18	20	16	44	1.87
19370363--19370518	42	3.7	41	76	8	145	18	20	16	44	1.86
19374014--19374209	51	3.9	49	79	4	196	25	16	27	30	1.97
19374205--19374303	46	2.2	43	81	12	110	24	18	25	32	1.97
19380931--19381074	42	3.4	41	76	10	139	17	21	17	43	1.88
19380917--19381071	21	7.4	21	70	5	89	17	21	17	43	1.88
19382499--19382540	19	2.3	18	84	8	50	42	33	0	23	1.55
19384102--19384172	37	1.9	37	97	0	133	40	14	2	42	1.60
19385421--19385476	25	2.2	25	80	6	58	37	25	21	16	1.93
19385489--19385553	24	2.6	25	81	11	73	29	26	26	18	1.98
19389207--19389295	45	2.0	45	100	0	178	30	11	31	26	1.91
19395053--19395090	20	1.9	20	84	10	51	42	10	5	42	1.62
19396413--19396452	21	2.0	20	85	5	53	60	20	2	17	1.48
19403008--19403451	218	2.0	219	85	5	601	27	18	15	38	1.90
19411915--19411975	32	1.9	32	83	12	81	44	3	3	49	1.35
19412965--19413006	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
19434396--19434461	27	2.5	27	87	2	98	34	22	24	18	1.96
19434663--19434714	27	1.9	27	84	0	68	32	21	13	32	1.92
19434701--19434830	27	4.8	27	78	5	102	33	12	16	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19439881--19439946	34	1.9	34	96	0	123	34	18	18	28	1.94
19443116--19443151	14	2.6	14	100	0	72	61	0	5	33	1.19
19444916--19445014	17	5.7	17	69	13	67	20	26	41	12	1.87
19444887--19445002	52	2.3	53	85	10	154	21	28	37	12	1.89
19450978--19451008	16	1.9	16	93	0	53	35	12	16	35	1.87
19450828--19451418	296	2.0	296	96	0	1094	35	13	16	35	1.88
19452081--19452113	13	2.5	13	95	0	57	27	36	30	6	1.81
19453247--19453280	17	1.9	17	88	5	50	11	0	14	73	1.10
19457154--19457196	20	2.2	20	82	0	50	18	4	2	74	1.10
19458912--19458971	19	3.1	19	75	18	52	21	3	5	70	1.22
19461681--19461711	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
19462627--19462688	29	2.2	29	85	2	81	22	14	16	46	1.83
19473976--19474015	21	2.0	20	85	5	53	50	2	0	47	1.14
19479218--19479246	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
19482139--19482400	133	2.0	134	81	3	314	29	16	17	37	1.91
19487210--19487239	11	2.9	10	95	5	51	16	80	3	0	0.85
19487210--19487239	5	5.8	5	92	7	51	16	80	3	0	0.85
19487210--19487239	16	1.9	15	93	6	51	16	80	3	0	0.85
19487732--19487760	11	2.5	12	88	11	51	0	6	6	86	0.72
19492934--19493104	85	2.0	85	83	2	218	28	15	17	39	1.90
19494240--19494290	5	9.8	5	91	4	66	78	0	21	0	0.75
19498610--19498658	26	1.9	26	87	4	73	65	12	10	12	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19498604--19498663	25	2.4	24	78	8	66	66	11	8	13	1.44
19500725--19501009	75	3.8	76	85	5	355	43	4	8	43	1.55
19505834--19505864	16	1.9	16	93	0	53	41	0	16	41	1.48
19505922--19505955	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
19511595--19511631	18	2.1	17	90	10	56	32	0	5	62	1.18
19511872--19511913	14	3.2	13	87	12	68	35	0	2	61	1.09
19516570--19516612	19	2.3	19	79	0	50	81	6	6	4	0.98
19516556--19516641	31	2.8	30	84	7	93	73	9	6	10	1.26
19518630--19519188	50	11.2	50	70	3	352	33	23	20	22	1.97
19518625--19519188	100	5.6	100	86	1	657	33	23	20	22	1.97
19518625--19519289	100	6.6	100	80	4	601	33	22	19	23	1.97
19521973--19522029	6	9.2	6	77	7	51	14	7	5	73	1.21
19522055--19522093	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
19526555--19526613	6	9.3	6	78	10	64	77	1	16	3	0.98
19526555--19526613	13	4.7	12	79	10	64	77	1	16	3	0.98
19526542--19526599	19	3.3	18	83	7	66	81	3	12	3	0.95
19527440--19527483	14	3.1	15	83	9	56	70	0	15	13	1.17
19527425--19527483	22	2.6	22	86	10	75	72	0	15	11	1.11
19528786--19528887	44	2.3	44	84	1	123	34	19	22	23	1.97
19528806--19529246	44	9.6	44	67	16	152	32	18	20	28	1.96
19528790--19529216	142	3.0	142	94	1	739	34	18	19	27	1.96
19529324--19529947	50	12.6	50	71	7	306	32	23	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19529269--19529965	100	7.0	100	81	5	781	32	23	20	23	1.98
19529347--19529930	292	2.0	293	86	3	809	31	24	20	23	1.98
19531356--19531412	6	9.2	6	77	7	51	15	5	5	73	1.19
19531438--19531482	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
19532890--19532924	18	1.9	18	88	11	54	31	0	5	62	1.18
19533166--19533207	14	3.2	13	87	12	68	35	0	2	61	1.09
19547218--19547258	20	2.0	20	100	0	82	41	14	14	29	1.86
19547614--19547727	56	2.0	56	87	0	165	32	14	22	30	1.93
19548075--19548209	42	3.2	42	94	0	243	34	22	20	22	1.96
19548514--19548563	21	2.4	21	82	0	64	4	42	18	36	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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