genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8804287--8804395	27	4.0	27	91	0	173	32	22	28	16	1.96
8804354--8804509	33	4.9	33	89	4	207	24	22	28	24	1.99
8804265--8804451	27	6.7	27	81	7	167	28	22	27	20	1.99
8816479--8816546	24	2.8	24	75	0	73	30	22	22	25	1.99
8821664--8821767	41	2.5	41	76	6	111	27	22	27	22	1.99
8831309--8831365	28	2.0	28	100	0	114	52	7	10	29	1.62
8844746--8844831	9	9.6	9	74	8	59	45	31	20	2	1.64
8850556--8850590	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8854528--8854598	31	2.2	34	82	12	87	25	7	0	67	1.15
8854520--8854598	19	4.2	19	77	22	78	24	6	0	69	1.11
8854745--8854804	22	2.8	21	82	10	68	26	46	8	18	1.77
8855728--8855915	101	1.8	101	87	3	277	27	17	26	29	1.97
8855903--8855957	17	3.5	15	73	22	51	76	3	0	20	0.94
8855897--8855954	27	2.2	26	81	12	64	72	5	1	20	1.13
8856507--8856541	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8858385--8858434	15	3.5	15	75	10	50	26	6	16	52	1.66
8859181--8859277	22	4.4	22	90	0	140	30	13	25	29	1.94
8864729--8864845	61	1.9	61	91	0	189	42	3	3	50	1.36
8864740--8864842	31	3.4	31	70	8	93	40	3	3	51	1.38
8865060--8865115	17	3.3	17	100	0	112	35	16	19	28	1.93
8865786--8865811	12	2.2	12	100	0	52	38	0	7	53	1.30
8873621--8873658	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8875520--8875861	46	7.5	46	95	2	613	28	22	15	33	1.94
8875520--8875861	91	3.8	91	95	2	618	28	22	15	33	1.94
8875520--8875861	137	2.5	137	95	2	611	28	22	15	33	1.94
8880785--8880815	15	2.1	15	93	0	53	77	0	9	12	0.99
8882076--8882884	132	6.1	132	91	0	1280	31	20	23	25	1.98
8882875--8883100	84	2.7	84	76	10	212	28	20	23	27	1.99
8882958--8883197	128	1.9	127	80	10	283	29	20	23	26	1.99
8882953--8883281	44	7.6	45	71	12	171	29	20	23	26	1.99
8883604--8883666	19	3.4	18	91	4	74	38	7	19	34	1.81
8883606--8883659	19	2.8	19	97	0	99	37	9	16	37	1.81
8883619--8883682	19	3.0	22	86	8	80	37	6	17	39	1.75
8883648--8883692	23	2.0	23	86	4	65	33	6	15	44	1.73
8883638--8883695	22	2.7	23	81	7	68	36	5	17	41	1.72
8884097--8884173	3	26.0	3	87	12	115	33	0	0	66	0.92
8884537--8884576	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8892347--8892389	12	3.6	12	96	0	77	44	11	0	44	1.40
8902180--8902233	3	18.3	3	81	11	67	27	1	0	70	0.98
8915777--8915816	5	8.0	5	100	0	80	20	40	0	40	1.52
8922006--8922199	37	5.3	37	81	3	187	43	15	15	25	1.86
8922013--8922197	74	2.5	74	80	6	207	44	15	14	25	1.85
8922139--8922231	37	2.5	37	84	5	107	40	16	11	31	1.84
8928334--8928377	22	2.0	22	100	0	88	36	27	13	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8928560--8928584	11	2.3	11	100	0	50	48	12	0	40	1.40
8931219--8931249	16	1.9	16	93	0	53	29	0	6	64	1.18
8937748--8937790	22	2.0	21	86	4	59	58	0	6	34	1.25
8945325--8945370	20	2.2	22	78	17	53	19	6	2	71	1.18
8950751--8950875	46	2.7	46	79	4	153	30	16	25	28	1.96
8957851--8957898	2	24.5	2	95	4	89	52	0	0	47	1.00
8960485--8960541	7	7.9	7	80	7	60	21	0	47	31	1.51
8960485--8960541	15	3.9	15	79	6	73	21	0	47	31	1.51
8960492--8960554	29	2.2	29	88	5	92	22	0	42	34	1.54
8960444--8960558	36	3.2	36	84	1	131	24	0	40	34	1.55
8960895--8961576	270	2.5	270	84	2	857	33	14	19	32	1.92
8961342--8961809	233	2.0	233	88	0	695	35	14	19	29	1.92
8961077--8962065	503	2.0	503	83	2	1272	33	15	20	31	1.93
8962519--8962642	60	2.1	60	95	1	223	24	8	25	41	1.82
8962995--8963047	23	2.3	23	78	15	65	9	24	9	56	1.60
8964125--8964227	53	1.9	53	83	14	133	39	4	1	53	1.33
8964265--8964363	13	7.5	13	75	6	83	41	11	3	44	1.55
8964295--8964372	40	2.0	40	92	0	129	43	11	2	42	1.54
8964386--8964658	9	31.0	9	68	16	153	41	22	3	32	1.70
8964510--8964669	25	6.3	26	73	8	132	41	21	3	33	1.69
8964501--8964631	52	2.6	52	81	2	149	41	22	2	32	1.66
8964500--8964654	34	4.5	33	70	15	100	41	22	3	32	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8970490--8970987	114	4.4	114	89	0	737	35	18	20	25	1.95
8971475--8971549	7	11.0	7	75	2	64	14	0	41	44	1.45
8971494--8971546	14	3.9	14	95	2	90	11	0	43	45	1.40
8972010--8972203	85	2.3	83	81	3	210	24	19	25	29	1.98
8971959--8972203	42	5.8	41	75	8	188	25	19	26	28	1.98
8975008--8975072	25	2.6	24	73	7	58	47	3	1	47	1.27
8975561--8975615	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
8984018--8984072	24	2.2	25	81	15	62	65	0	3	30	1.10
8985497--8985589	23	4.1	22	84	10	125	11	2	43	43	1.53
8985504--8985592	45	2.0	46	90	2	144	11	2	43	42	1.52
8988587--8988618	8	4.2	8	84	15	50	62	0	0	37	0.95
8988731--8988781	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
9000894--9000986	25	3.8	24	75	13	82	24	24	19	31	1.98
9003774--9003827	24	2.1	26	83	16	69	61	0	1	37	1.07
9004070--9004094	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
9004653--9004712	25	2.5	23	77	15	59	58	3	1	36	1.25
9007082--9007164	4	21.0	4	76	16	84	2	24	1	72	1.04
9007082--9007156	21	3.5	22	79	13	77	1	25	1	72	1.01
9008972--9009086	39	2.9	39	89	0	167	33	30	18	17	1.94
9010660--9010748	46	1.9	46	86	0	124	32	24	8	33	1.87
9014872--9015281	204	2.0	204	98	0	784	29	11	24	34	1.90
9027695--9027739	23	2.0	23	95	0	81	31	15	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9031626--9031684	29	2.0	29	96	0	109	25	16	11	45	1.82
9031776--9031808	16	2.1	15	94	5	57	45	0	0	54	0.99
9034294--9034326	16	2.1	16	100	0	66	21	12	30	36	1.90
9041948--9041987	20	2.0	20	90	0	62	37	2	2	57	1.26
9043505--9043551	2	23.5	2	95	0	85	46	0	0	53	1.00
9043739--9043785	23	2.0	23	84	8	60	63	4	6	25	1.36
9046577--9046613	9	4.1	9	92	0	56	27	10	16	45	1.80
9057698--9057728	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
9057829--9057959	2	65.5	2	100	0	262	49	0	0	50	1.00
9060640--9060696	23	2.5	22	86	8	71	63	1	1	33	1.15
9060655--9060696	13	3.5	13	75	18	54	66	0	0	33	0.92
9060655--9060716	23	2.6	25	85	7	85	67	1	0	30	1.00
9060640--9060715	23	3.4	21	78	12	62	64	2	1	31	1.15
9062064--9062102	18	2.1	19	86	13	55	35	0	5	58	1.20
9068770--9068847	30	2.6	30	83	2	84	47	0	5	47	1.24
9069122--9069207	30	2.9	29	74	17	86	51	1	0	47	1.08
9069120--9069199	38	2.1	38	81	11	92	53	1	0	45	1.08
9069749--9069786	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
9070245--9070278	9	4.0	8	92	7	50	52	0	0	47	1.00
9074617--9074663	17	2.8	17	79	20	62	55	6	2	36	1.37
9075150--9075182	14	2.4	14	100	0	66	33	30	18	18	1.94
9077033--9077227	98	2.0	98	93	0	336	27	10	25	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9088653--9089283	132	4.8	132	95	0	1057	29	19	25	24	1.99
9088709--9089287	44	13.2	44	63	10	162	29	20	25	24	1.99
9089274--9089385	44	2.6	43	85	5	145	28	20	22	28	1.98
9091482--9091676	98	2.0	98	94	0	345	27	10	25	36	1.89
9092190--9092226	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
9097748--9097802	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
9098131--9098222	13	7.0	13	84	7	114	56	7	2	33	1.40
9103039--9103191	41	3.7	41	85	0	207	20	20	25	33	1.97
9103041--9103215	82	2.1	83	80	3	210	21	19	25	34	1.96
9103853--9103890	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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