genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  61  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18341536--18341655	38	3.2	36	83	9	132	40	27	7	24	1.82
18341662--18341759	17	5.4	17	65	13	61	51	13	3	32	1.56
18341656--18341768	37	3.1	37	93	1	192	48	14	4	32	1.63
18341809--18341867	24	2.5	24	91	0	100	30	27	0	42	1.56
18349043--18349293	24	10.8	24	70	14	150	55	4	5	34	1.44
18349043--18349335	70	4.2	68	74	10	222	54	5	5	34	1.47
18350325--18350479	42	3.7	42	78	4	136	25	21	22	30	1.99
18350844--18350978	66	2.0	66	94	2	236	12	28	17	41	1.86
18355595--18355641	16	2.8	17	83	3	60	34	42	0	23	1.54
18355898--18356471	114	5.0	114	91	1	891	25	26	21	26	1.99
18355898--18356471	227	2.5	228	88	1	891	25	26	21	26	1.99
18356370--18356508	74	1.9	74	92	0	233	25	24	24	25	2.00
18356444--18356771	114	2.9	114	86	4	457	26	23	25	25	2.00
18356256--18356658	188	2.1	187	82	1	475	26	24	23	26	2.00
18356156--18356848	302	2.3	298	82	3	823	26	24	23	26	2.00
18356685--18356915	72	3.2	71	81	5	284	26	22	24	26	2.00
18358004--18358061	30	1.9	30	82	6	73	25	13	17	43	1.86
18358369--18358408	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
18358354--18358420	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
18366652--18366684	18	1.9	18	88	11	52	21	21	12	45	1.84
18375128--18375172	17	2.5	18	82	17	58	28	2	2	66	1.15
18375822--18375849	12	2.3	12	100	0	56	0	46	25	28	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18376986--18377050	25	2.6	25	80	7	80	33	16	24	24	1.96
18380235--18380336	46	2.3	46	86	5	138	30	21	14	33	1.93
18380271--18380460	62	3.0	62	90	1	290	29	23	11	35	1.89
18380397--18380514	45	2.6	46	89	6	172	30	22	12	33	1.92
18380583--18380629	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
18385742--18386316	296	1.9	296	93	0	997	25	20	19	34	1.96
18387484--18387526	21	2.0	21	90	0	68	48	18	13	18	1.80
18387796--18387908	43	2.6	43	84	8	147	23	23	17	35	1.95
18387989--18388024	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
18394929--18395035	46	2.4	46	90	4	166	28	23	14	33	1.93
18394970--18395159	62	3.0	62	94	3	328	28	25	11	33	1.91
18395096--18395213	45	2.6	46	92	6	190	28	22	14	33	1.94
18395282--18395328	19	2.3	21	85	7	62	42	12	0	44	1.42
18397403--18397465	27	2.4	26	82	12	83	52	3	7	36	1.47
18400634--18400685	21	2.5	21	93	0	86	32	19	25	23	1.97
18401912--18401962	21	2.4	21	90	0	75	35	17	43	3	1.68
18401846--18402043	87	2.3	87	83	5	231	38	18	32	10	1.85
18402014--18402068	21	2.6	21	85	0	74	30	18	43	7	1.77
18402276--18402305	14	2.1	14	93	0	51	10	0	36	53	1.35
18402370--18402850	43	11.1	43	91	1	766	22	20	27	30	1.98
18405102--18405180	28	2.9	28	76	17	76	34	32	10	22	1.88
18406137--18406184	23	2.1	23	100	0	96	31	20	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18422197--18422240	17	2.5	18	85	7	63	77	4	4	13	1.08
18422197--18422245	18	2.8	18	78	12	57	75	6	4	14	1.14
18422199--18422254	17	3.5	16	78	14	62	73	5	5	16	1.21
18427614--18427653	11	3.5	11	83	12	53	17	17	30	35	1.93
18427619--18427661	13	3.4	13	90	9	63	16	16	32	34	1.91
18433957--18433983	6	4.5	6	100	0	54	18	0	33	48	1.49
18445506--18445540	18	1.9	18	88	0	52	48	11	14	25	1.77
18445696--18445729	18	1.9	18	88	5	52	14	17	8	58	1.61
18450636--18451610	486	2.0	486	97	0	1824	27	22	14	36	1.92
18452339--18452390	24	2.2	24	89	0	77	50	9	3	36	1.54
18457227--18457270	18	2.4	18	85	11	63	27	0	2	70	0.99
18459670--18459765	44	2.2	44	83	3	113	31	18	17	32	1.95
18459687--18459987	44	6.7	44	75	9	243	29	21	18	30	1.97
18467349--18467393	25	1.9	23	82	13	56	64	4	4	26	1.32
18467428--18467471	22	2.0	23	86	4	63	50	0	11	38	1.39
18467467--18467554	26	3.3	26	72	12	79	54	4	5	35	1.45
18467439--18467556	55	2.2	54	84	7	150	54	3	6	35	1.44
18469277--18469316	21	1.9	21	85	10	55	57	2	0	40	1.12
18474384--18474431	25	1.9	25	100	0	96	45	8	16	29	1.76
18475471--18475511	20	1.9	23	85	14	61	48	14	9	26	1.75
18477536--18477686	26	5.8	26	87	1	162	31	16	23	29	1.96
18477536--18477686	52	2.9	52	85	3	180	31	16	23	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18481836--18481884	4	12.2	4	95	0	89	24	2	24	48	1.61
18482707--18482776	27	2.6	27	90	0	113	30	21	20	28	1.98
18495249--18495297	15	3.3	15	76	20	50	28	2	0	69	1.00
18495325--18495357	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
18499670--18499731	27	2.3	27	91	0	97	25	25	30	17	1.97
18499866--18499919	17	3.1	18	76	13	58	70	0	29	0	0.88
18499870--18499917	14	3.4	14	78	16	55	68	0	31	0	0.90
18500055--18500217	21	8.0	21	75	11	151	29	1	13	55	1.46
18500053--18500255	21	9.4	22	69	21	90	30	0	12	56	1.43
18500054--18500223	40	4.2	40	73	14	168	30	1	13	55	1.46
18500186--18500246	29	2.1	28	96	0	95	34	0	11	54	1.37
18500240--18500361	60	2.0	60	89	6	185	31	0	12	55	1.42
18505672--18505751	27	3.0	27	77	3	81	25	30	22	22	1.99
18509322--18509375	2	27.0	2	100	0	108	50	0	50	0	1.00
18512810--18513355	61	9.0	61	81	2	560	28	26	15	30	1.96
18513007--18513164	29	5.2	29	66	15	88	27	26	18	27	1.99
18512977--18513324	32	11.3	32	64	17	130	28	26	15	29	1.96
18512810--18513335	183	2.9	182	85	1	669	28	26	15	29	1.96
18513655--18513692	15	2.5	16	83	8	53	31	28	15	23	1.96
18533172--18533216	23	2.0	23	100	0	90	22	8	22	46	1.79
18545739--18545872	55	2.4	55	77	2	135	20	22	30	26	1.98
18545768--18545888	55	2.2	54	75	10	118	20	19	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18547572--18547613	21	2.0	21	81	13	50	45	14	0	40	1.45
18550771--18550830	23	2.6	23	79	15	70	66	5	0	28	1.12
18551458--18551492	18	1.9	18	94	0	61	28	14	11	45	1.79
18565146--18565193	18	2.5	19	80	10	53	29	35	20	14	1.93
18584758--18584796	10	3.9	10	82	0	51	25	2	23	48	1.63
18589447--18589502	27	2.1	27	100	0	112	33	23	7	35	1.82
18589454--18589511	27	2.1	27	83	0	71	36	22	5	36	1.77
18593635--18593679	23	2.0	23	90	0	72	40	17	8	33	1.81
18593636--18593685	23	2.2	23	85	0	64	42	18	10	30	1.82
18596018--18596203	27	6.9	27	82	4	198	19	19	16	44	1.87
18596017--18596203	54	3.5	54	84	7	245	19	19	17	43	1.88
18596018--18596203	81	2.3	81	83	7	234	19	19	16	44	1.87
18596524--18596599	27	2.8	27	93	0	125	14	27	34	23	1.94
18599850--18599876	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
18602051--18602090	15	2.7	15	96	0	71	25	5	0	70	1.08
18602182--18602227	23	2.0	23	87	4	67	39	10	6	43	1.66
18602345--18602419	21	3.3	24	71	16	70	0	30	0	69	0.89
18602347--18602468	10	11.1	11	71	15	83	0	31	0	68	0.96
18602384--18602459	4	19.5	4	73	24	56	1	26	0	72	0.93
18602351--18602462	59	1.9	59	83	10	149	0	28	0	70	0.93
18602350--18602463	44	2.6	44	93	4	187	0	29	0	69	0.95
18602350--18602481	44	3.0	44	88	6	169	1	31	0	66	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18602685--18602709	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
18603208--18603252	10	4.5	10	88	0	72	66	2	31	0	1.04
18603208--18603254	15	3.1	15	81	0	67	68	2	29	0	1.02
18603200--18603251	20	2.8	18	83	13	70	63	1	34	0	1.06
18620997--18621026	12	2.4	13	94	5	53	66	6	6	20	1.38
18625396--18625549	25	6.3	25	79	6	147	30	21	24	24	1.99
18625393--18625561	48	3.4	49	82	7	200	31	20	23	24	1.98
18639289--18639317	12	2.4	12	100	0	58	62	10	6	20	1.50
18646372--18646471	20	5.0	20	69	13	80	34	16	32	18	1.92
18646360--18646471	40	2.8	40	86	0	152	37	15	29	17	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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