genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  60  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18089291--18089431	33	4.3	33	69	11	101	28	2	42	26	1.69
18089528--18089634	51	2.1	51	92	0	178	27	4	28	39	1.76
18104514--18104562	24	2.0	24	96	0	89	44	4	4	46	1.41
18106886--18106930	23	2.0	23	82	8	56	40	0	13	46	1.43
18117528--18117560	7	4.7	7	100	0	66	30	0	45	24	1.53
18118193--18118569	125	3.0	123	91	2	592	30	16	22	31	1.95
18128389--18128499	46	2.4	46	95	1	197	29	21	17	31	1.96
18128376--18128610	37	5.6	45	83	11	236	28	21	14	35	1.93
18130256--18130323	17	3.8	17	71	16	57	48	1	5	44	1.36
18130379--18130940	23	25.1	22	72	17	339	23	0	27	48	1.53
18130390--18130950	45	12.6	43	78	12	405	23	0	27	48	1.53
18130387--18130944	68	8.3	68	80	10	421	23	0	27	48	1.53
18130977--18131024	25	1.9	25	95	0	87	39	12	0	47	1.41
18132143--18132167	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18132336--18132374	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
18133270--18133308	19	2.0	19	85	5	51	66	0	0	33	0.92
18133314--18133344	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
18136369--18136507	73	1.9	73	83	2	181	31	20	27	20	1.97
18136405--18136490	25	3.6	23	70	9	64	30	19	30	19	1.97
18140365--18140401	13	2.9	14	84	15	53	0	13	16	70	1.17
18141106--18141143	20	1.9	19	89	5	58	60	0	5	34	1.19
18141579--18141620	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18142897--18142971	29	2.6	28	77	4	78	28	21	4	46	1.69
18143585--18143620	18	2.0	18	94	0	63	27	19	22	30	1.98
18145432--18145474	18	2.4	18	78	21	54	55	0	4	39	1.20
18145358--18145526	89	1.9	88	85	8	236	45	2	4	47	1.34
18145493--18145532	17	2.4	17	78	0	53	35	2	0	62	1.09
18145505--18145555	17	3.0	17	77	5	50	37	0	0	62	0.95
18145587--18145687	17	5.6	17	75	17	80	51	0	1	45	1.19
18145665--18145824	70	2.3	70	86	5	218	40	3	2	53	1.30
18145778--18145832	9	6.2	9	75	10	51	40	1	0	58	1.09
18145778--18145832	26	2.1	27	89	3	85	40	1	0	58	1.09
18145775--18145814	17	2.4	17	82	0	62	35	0	0	65	0.93
18145778--18145842	26	2.5	26	82	7	69	40	1	1	56	1.18
18145863--18145918	9	6.1	9	78	12	60	53	0	3	42	1.18
18148137--18150495	787	3.0	787	99	0	4664	28	23	16	31	1.96
18155551--18155601	16	2.8	19	74	17	54	39	3	0	56	1.18
18155561--18155606	16	2.9	16	86	0	56	41	2	0	56	1.11
18171765--18171823	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
18172599--18172649	16	3.2	16	82	0	66	27	27	3	41	1.73
18177615--18177652	19	1.9	20	84	10	51	31	5	5	57	1.43
18177629--18177667	20	2.0	20	84	0	51	28	2	2	66	1.18
18179385--18179477	20	4.8	19	74	18	86	56	0	1	41	1.06
18179385--18179460	27	2.6	28	83	8	100	56	0	1	42	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18179394--18179477	10	8.8	9	72	20	64	54	0	1	44	1.07
18179563--18179667	10	10.9	9	68	18	52	56	0	1	40	1.17
18179564--18179644	20	4.2	20	75	19	82	55	0	1	43	1.07
18179588--18179645	17	3.2	17	80	17	64	56	0	0	43	0.99
18180076--18180146	10	7.4	10	76	13	69	35	2	1	60	1.20
18187022--18187600	207	2.8	199	80	8	623	41	12	14	31	1.83
18188119--18188185	29	2.3	29	77	10	75	29	2	8	58	1.44
18188647--18188834	55	3.4	54	87	5	263	23	21	1	53	1.55
18191805--18192444	100	5.9	107	78	14	537	35	17	14	32	1.89
18191807--18192444	214	2.9	211	84	11	726	35	17	14	32	1.89
18191806--18192439	321	2.0	314	86	8	879	35	17	14	33	1.89
18204305--18204346	23	2.0	20	82	17	50	19	9	4	66	1.38
18204701--18204769	22	3.1	23	81	8	72	43	14	21	20	1.87
18216442--18216501	25	2.4	25	86	8	77	21	18	3	56	1.55
18217839--18217879	21	2.0	20	85	4	55	75	0	14	9	1.04
18219210--18219989	50	15.6	50	68	0	464	28	23	26	22	1.99
18219205--18220073	100	8.7	100	90	0	1348	27	22	26	22	1.99
18227258--18227364	43	2.5	43	84	3	135	27	23	17	31	1.97
18229726--18230341	325	1.9	324	90	1	993	25	31	14	28	1.95
18238072--18238596	77	6.9	76	91	2	822	37	19	15	27	1.91
18238072--18238582	153	3.3	153	93	2	848	36	19	15	28	1.92
18238072--18238596	230	2.3	230	91	3	842	37	19	15	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18242400--18242438	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
18242664--18242761	23	4.3	23	93	2	171	20	21	26	31	1.98
18242667--18242754	45	2.0	45	97	0	167	19	21	27	31	1.97
18247817--18247987	34	4.8	35	72	12	143	49	10	9	29	1.69
18247810--18247963	71	2.1	75	83	8	192	48	10	9	31	1.70
18247817--18247981	17	9.3	18	70	15	103	49	10	9	30	1.69
18248077--18248139	18	3.6	17	80	6	63	57	11	9	22	1.62
18248090--18248139	17	2.9	17	82	5	64	58	12	8	22	1.59
18248090--18248153	18	3.7	18	87	4	87	59	12	7	20	1.58
18248339--18248379	12	3.6	12	77	12	50	65	9	7	17	1.44
18248339--18248380	22	1.9	22	95	0	75	64	11	7	16	1.48
18248900--18248947	11	4.5	10	80	12	51	0	10	4	85	0.73
18248899--18248963	12	5.2	12	80	9	58	0	13	3	83	0.77
18248912--18248983	19	3.8	18	82	14	74	0	22	1	76	0.86
18248899--18248981	6	14.3	6	78	17	52	0	18	2	79	0.84
18248899--18248966	7	10.0	7	78	15	54	0	14	2	82	0.79
18248918--18248983	3	24.3	3	77	20	58	0	24	0	75	0.80
18248918--18248983	5	12.2	6	86	13	58	0	24	0	75	0.80
18249303--18249507	29	7.0	29	85	5	243	40	4	23	31	1.74
18249313--18249507	87	2.2	87	88	2	293	41	4	24	30	1.73
18250428--18250470	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
18250431--18250474	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18254173--18254308	41	3.3	41	80	4	150	19	19	26	34	1.96
18257609--18257658	20	2.5	20	80	9	57	46	0	8	46	1.32
18257623--18257749	63	2.0	63	93	0	218	40	6	15	37	1.73
18271456--18271486	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
18272781--18272837	31	1.9	30	85	7	80	49	15	7	28	1.71
18275805--18275840	18	1.9	18	94	5	63	44	0	5	50	1.25
18275806--18275848	18	2.3	19	84	8	61	48	0	6	44	1.29
18275957--18276013	3	18.0	3	76	16	53	33	0	5	61	1.18
18276071--18276113	21	2.0	21	86	0	59	67	4	27	0	1.10
18283400--18283463	31	2.1	31	88	5	94	37	9	15	37	1.80
18288560--18288610	26	2.0	26	84	7	68	31	3	3	60	1.33
18293770--18293804	18	2.1	18	89	10	56	62	5	0	31	1.18
18294106--18294152	19	2.5	19	86	6	60	63	2	0	34	1.06
18299702--18299758	29	2.0	29	89	3	89	38	0	22	38	1.55
18304931--18304994	6	10.8	6	96	3	121	84	0	15	0	0.63
18306218--18306537	44	7.3	44	62	9	132	27	29	23	19	1.98
18306206--18306614	88	4.6	88	92	0	629	29	28	23	19	1.98
18306442--18306576	44	3.1	43	64	8	101	26	27	25	20	1.99
18306614--18307085	44	10.8	44	86	3	630	28	18	25	28	1.98
18307817--18307860	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
18307816--18307871	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
18307829--18307894	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18307860--18307904	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
18315202--18315230	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
18320548--18320865	159	2.0	159	91	1	521	38	19	12	30	1.88
18324193--18324254	21	3.0	21	80	0	79	16	20	17	45	1.86
18331533--18331557	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18332857--18332888	16	1.9	17	93	6	57	12	6	18	62	1.50
18333284--18333353	27	2.7	26	76	12	88	44	5	12	37	1.67
18336975--18337003	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
18341537--18341655	9	12.6	9	79	10	121	40	27	7	24	1.82
18341534--18341649	29	4.0	29	91	0	169	41	28	6	23	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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