genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  93  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220305--27220424	38	3.3	37	77	14	99	67	0	30	1	1.00
27221119--27221158	19	2.2	18	90	4	62	25	2	2	70	1.13
27221195--27221263	28	2.5	28	95	2	122	42	10	0	47	1.37
27221266--27221297	17	1.9	16	93	6	55	87	3	3	6	0.73
27221276--27221311	9	3.9	9	88	3	54	86	8	2	2	0.77
27222909--27223202	47	6.3	47	94	0	480	43	19	13	23	1.86
27224187--27224285	28	3.6	27	81	11	112	28	28	12	31	1.92
27226793--27226821	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
27227032--27227132	10	10.5	10	70	16	79	0	34	0	64	1.00
27227032--27227115	28	3.0	28	77	6	82	1	35	0	63	1.03
27227031--27227140	38	2.9	38	87	2	150	0	35	0	63	1.01
27227070--27227164	28	3.5	27	74	22	67	0	36	0	63	0.95
27227086--27227152	10	6.5	10	76	6	53	0	32	0	67	0.91
27227110--27227152	22	1.9	23	85	4	61	0	30	0	69	0.88
27227311--27227362	27	1.9	27	92	7	88	53	0	5	40	1.25
27227319--27227370	27	2.0	27	88	3	79	53	1	5	38	1.36
27239509--27239631	41	3.0	41	96	0	219	47	14	8	29	1.73
27242969--27243049	41	2.0	41	95	0	144	49	13	7	29	1.69
27242970--27243063	41	2.3	41	88	3	136	50	13	5	30	1.64
27253730--27254225	165	3.0	165	96	0	920	40	13	21	24	1.89
27261266--27261300	18	1.9	18	94	0	61	51	2	2	42	1.31
27261268--27261313	18	2.6	17	83	10	56	54	2	2	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27261477--27261530	24	2.2	26	83	6	67	20	0	22	57	1.41
27270881--27270906	9	2.9	9	100	0	52	42	0	34	23	1.54
27274187--27274395	40	5.2	40	80	4	242	34	17	25	22	1.96
27274197--27274257	20	3.0	20	65	0	50	37	16	26	19	1.93
27274187--27274395	80	2.6	80	84	3	269	34	17	25	22	1.96
27276271--27276320	25	2.0	25	88	7	75	36	20	18	26	1.95
27280121--27280585	27	17.4	27	84	2	492	19	16	21	43	1.88
27280121--27280581	80	5.8	79	79	6	434	19	16	21	43	1.88
27280121--27280585	107	4.3	107	82	6	489	19	16	21	43	1.88
27285546--27285575	6	4.8	6	92	8	51	20	16	16	46	1.84
27285546--27285575	13	2.4	12	94	5	51	20	16	16	46	1.84
27288908--27288950	21	2.0	22	86	13	63	37	27	0	34	1.57
27292041--27292072	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
27298020--27298070	23	2.3	23	93	3	86	49	17	0	33	1.47
27302929--27302968	20	2.0	20	85	0	53	25	12	12	50	1.75
27312268--27312340	36	2.0	36	91	0	119	31	8	15	45	1.75
27326918--27326968	23	2.2	23	80	16	61	37	5	1	54	1.36
27331658--27331903	51	4.9	50	76	9	214	29	27	17	26	1.98
27331658--27331899	101	2.4	100	83	4	288	29	26	17	26	1.98
27331653--27331923	101	2.7	97	76	8	256	28	26	16	27	1.97
27336362--27336388	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27337578--27337642	27	2.4	27	79	2	78	43	12	0	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27337526--27337897	53	7.2	53	66	19	151	41	14	0	43	1.51
27337517--27337955	105	4.2	105	77	10	413	41	14	1	42	1.53
27337542--27337958	204	2.0	203	84	3	543	41	14	0	43	1.52
27337876--27337960	26	3.3	25	70	8	62	42	12	1	43	1.50
27339628--27339718	29	3.1	29	82	1	92	42	21	10	24	1.85
27344316--27344398	25	3.3	25	93	3	141	25	21	24	28	1.99
27351936--27351998	25	2.5	25	84	0	72	30	14	22	33	1.93
27353309--27353349	20	2.0	21	85	4	57	51	17	9	21	1.74
27369156--27369348	38	5.1	38	87	0	244	35	31	18	15	1.91
27369156--27369348	76	2.6	76	87	0	271	35	31	18	15	1.91
27374500--27374537	18	2.2	18	86	9	53	68	2	7	21	1.28
27384575--27384647	31	2.3	32	86	4	105	30	8	13	47	1.72
27385445--27385485	19	2.0	20	86	13	57	34	0	4	60	1.18
27396285--27396334	20	2.5	20	83	0	55	32	8	6	54	1.54
27397059--27397108	25	2.0	26	84	11	68	54	2	0	44	1.11
27397102--27397157	24	2.4	24	85	8	71	48	5	0	46	1.25
27398271--27398337	31	2.2	31	83	8	91	32	2	5	58	1.38
27402520--27402561	21	1.9	23	90	9	70	71	2	14	11	1.24
27402520--27402561	10	3.7	11	81	12	50	71	2	14	11	1.24
27405255--27405303	11	4.7	11	82	9	50	81	4	2	12	0.91
27406506--27406581	12	6.3	12	68	17	50	61	1	25	11	1.38
27406529--27406562	15	2.3	15	89	0	50	67	0	29	2	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27409752--27410009	43	5.9	44	74	10	190	34	28	12	24	1.92
27409755--27409890	44	3.1	44	76	10	170	37	25	10	26	1.88
27409752--27410009	87	3.0	87	87	4	351	34	28	12	24	1.92
27410293--27410420	66	1.9	65	81	6	150	11	24	19	44	1.84
27414863--27414907	19	2.4	19	88	0	63	33	15	17	33	1.92
27416041--27416081	9	4.6	9	87	0	64	34	0	24	41	1.55
27416013--27416110	27	3.6	27	76	10	110	37	0	16	45	1.47
27416129--27416195	35	1.9	35	90	0	107	37	5	13	43	1.69
27416196--27416222	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
27420158--27420209	23	2.2	25	89	6	81	69	0	0	30	0.89
27423318--27423351	10	3.3	10	84	8	50	79	2	0	17	0.86
27423382--27423517	30	4.6	29	71	14	98	31	25	3	39	1.73
27424068--27424113	18	2.3	21	82	17	71	58	0	41	0	0.98
27424072--27424119	19	2.6	19	93	3	80	60	0	39	0	0.97
27424217--27424300	16	5.5	15	72	12	64	78	1	16	3	0.95
27424237--27424302	6	11.5	6	76	13	50	80	0	16	3	0.84
27424218--27424302	21	3.9	21	78	10	73	78	1	16	3	0.94
27424524--27424558	15	2.2	16	90	5	54	74	0	25	0	0.82
27424844--27424881	20	1.9	20	94	0	67	31	15	10	42	1.81
27424999--27425044	17	2.6	17	87	12	67	32	15	6	45	1.71
27425054--27425173	49	2.5	50	94	4	210	35	14	8	42	1.75
27425202--27425289	44	2.0	44	81	0	104	27	17	11	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27425254--27425327	35	2.1	35	94	0	130	35	17	9	37	1.82
27425267--27425491	18	12.6	18	71	16	146	31	15	9	43	1.79
27425255--27425361	35	3.1	34	86	4	108	35	15	9	39	1.80
27425240--27425525	17	16.0	18	73	9	185	31	16	10	42	1.81
27425246--27425525	18	15.6	17	68	16	131	31	16	10	42	1.81
27425354--27425526	36	4.8	36	78	11	158	30	15	10	43	1.80
27425354--27425527	74	2.4	72	82	6	192	31	15	10	43	1.80
27425549--27425637	16	5.1	16	68	18	52	29	10	13	47	1.75
27425600--27425700	36	2.7	38	79	11	95	33	9	9	46	1.70
27426475--27426528	25	2.2	25	93	0	72	25	16	44	12	1.84
27426686--27426854	41	4.2	41	80	2	173	17	21	19	41	1.90
27429676--27429751	40	1.9	40	84	10	102	65	3	2	27	1.23
27434286--27434405	50	2.4	50	90	4	188	29	25	1	43	1.64
27435518--27435577	7	8.6	7	98	0	111	26	0	13	60	1.34
27436228--27436267	18	2.2	18	95	0	71	22	30	5	42	1.75
27436692--27436914	25	9.3	25	72	18	143	41	0	13	44	1.44
27436700--27436880	71	2.6	70	92	3	301	41	0	12	46	1.41
27436917--27437106	23	8.3	23	92	0	326	43	22	6	27	1.78
27452108--27452141	17	1.9	17	88	5	50	47	0	8	44	1.34
27457785--27457814	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
27457863--27457891	5	5.8	5	100	0	58	0	20	0	79	0.74
27460380--27460428	24	2.1	23	84	3	62	53	6	2	38	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27464088--27464174	43	2.0	43	100	0	174	41	11	16	31	1.83
27464702--27464728	14	1.9	14	100	0	54	48	7	14	29	1.71
27467723--27467842	42	2.8	42	89	1	168	23	22	20	33	1.97
27468352--27468446	27	3.5	27	81	5	129	22	33	27	16	1.95
27468741--27468856	43	2.8	42	73	16	114	31	4	13	50	1.61
27469409--27469720	43	7.3	43	85	1	392	28	30	18	22	1.97
27469409--27469720	86	3.6	86	88	0	435	28	30	18	22	1.97
27469409--27469766	86	4.2	86	86	2	355	29	29	18	23	1.97
27469938--27469963	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
27475538--27475722	7	26.0	7	69	13	74	45	33	1	20	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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