genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8358964--8359407	130	3.4	128	86	4	590	31	31	18	18	1.95
8359653--8359698	9	5.1	9	86	0	65	2	28	43	26	1.66
8365385--8365430	9	5.3	9	84	10	69	30	0	21	47	1.51
8365378--8365445	16	4.1	16	84	5	82	32	0	19	48	1.49
8365482--8365523	22	1.9	22	85	0	57	33	7	14	45	1.72
8365504--8365598	9	10.6	9	73	17	81	34	1	17	46	1.56
8365504--8365598	16	5.3	18	74	15	81	34	1	17	46	1.56
8365549--8365623	22	3.6	21	76	23	79	36	1	17	45	1.57
8365625--8365762	69	2.0	69	95	0	249	47	4	6	42	1.49
8366987--8367012	12	2.2	12	100	0	52	46	15	23	15	1.83
8367145--8367181	13	2.8	13	100	0	74	37	0	8	54	1.30
8367929--8367971	11	3.7	11	79	11	50	18	0	41	39	1.51
8369144--8369216	15	5.0	15	73	18	73	34	45	0	20	1.52
8369179--8369235	19	2.9	18	85	14	78	38	38	0	22	1.55
8369144--8369195	7	6.9	7	75	16	50	32	50	0	17	1.47
8369179--8369236	21	2.9	19	87	12	82	39	37	0	22	1.54
8369855--8370009	41	3.8	41	71	17	117	40	28	14	16	1.88
8369878--8370009	41	3.2	41	71	13	119	40	27	15	16	1.89
8370072--8370155	40	2.1	40	81	0	96	20	21	19	39	1.93
8374040--8374083	14	3.2	14	87	9	56	70	0	0	29	0.88
8375497--8375534	11	3.5	11	85	3	51	23	31	2	42	1.68
8375484--8375548	11	5.8	12	75	15	50	27	27	1	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8375616--8375650	18	2.0	18	88	5	54	51	0	0	48	1.00
8377856--8377883	5	5.6	5	100	0	56	57	21	0	21	1.41
8386534--8386598	25	2.5	25	87	5	94	40	7	1	50	1.40
8386751--8386885	4	33.0	4	73	18	84	68	0	31	0	0.90
8386741--8386843	34	3.1	32	78	13	111	65	0	34	0	0.93
8386763--8386817	18	2.9	18	74	15	58	63	0	36	0	0.95
8386752--8386912	40	4.2	40	76	20	148	68	0	31	0	0.89
8386750--8386894	5	30.6	5	72	18	73	66	0	33	0	0.92
8386742--8386876	70	1.9	70	83	8	177	66	0	33	0	0.92
8386781--8386912	45	3.0	46	81	8	150	69	0	30	0	0.88
8386752--8386947	79	2.6	74	81	15	237	68	0	31	0	0.90
8386828--8386908	22	3.7	22	71	15	69	69	0	30	0	0.89
8386880--8386947	28	2.3	28	82	7	82	69	0	30	0	0.89
8386806--8386931	40	3.2	39	82	10	125	66	0	33	0	0.92
8389856--8389921	9	7.2	9	86	10	89	39	28	10	21	1.86
8389891--8389936	11	4.4	11	86	10	69	45	26	6	21	1.76
8389856--8389921	20	3.6	18	80	11	89	39	28	10	21	1.86
8390645--8390679	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
8390756--8390794	20	2.0	21	85	10	55	66	12	0	20	1.24
8391005--8391038	14	2.4	14	95	0	59	5	2	17	73	1.16
8391330--8391365	14	2.6	14	100	0	72	30	33	30	5	1.81
8391559--8391610	11	4.7	11	87	0	77	23	30	1	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8391556--8391607	22	2.3	23	90	6	88	25	28	1	44	1.65
8391588--8391687	51	2.0	51	86	7	141	26	25	3	46	1.67
8392822--8392847	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
8393794--8393841	21	2.3	21	82	7	62	31	37	29	2	1.69
8394079--8394136	28	2.1	28	87	6	82	43	32	0	24	1.55
8394108--8394260	22	7.4	21	83	12	192	40	32	0	26	1.61
8394157--8394193	15	2.5	15	100	0	74	40	29	0	29	1.57
8394114--8394240	59	2.2	58	91	1	200	41	31	0	25	1.61
8394135--8394215	37	2.2	37	93	0	135	41	29	1	27	1.63
8394108--8394260	43	3.7	42	80	15	192	40	32	0	26	1.61
8394135--8394258	37	3.2	36	77	16	131	40	31	0	27	1.62
8394273--8394689	127	3.3	126	91	1	649	29	23	16	30	1.96
8394806--8394851	22	2.1	22	83	0	56	54	28	0	17	1.43
8401479--8401513	17	2.1	17	94	5	63	68	14	11	5	1.37
8405306--8405631	78	4.2	78	83	2	384	43	13	16	26	1.85
8406950--8407068	25	4.8	25	94	0	193	4	22	24	48	1.68
8408655--8408690	17	2.1	17	89	0	54	36	25	2	36	1.70
8409526--8409573	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
8424770--8424808	19	2.1	19	85	0	51	33	5	7	53	1.51
8425373--8425416	21	2.1	21	91	8	72	36	9	11	43	1.72
8428473--8428516	20	2.2	20	92	4	72	31	0	2	65	1.05
8430449--8430526	41	1.9	41	84	5	104	33	11	3	51	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8430723--8431042	110	2.9	110	93	1	538	31	17	18	33	1.94
8431229--8431273	22	2.0	22	83	8	56	46	6	6	40	1.56
8445415--8445734	110	2.9	109	95	1	563	31	18	17	32	1.94
8454563--8454592	14	2.1	15	93	6	53	66	10	0	23	1.21
8454718--8454762	17	2.8	16	86	6	72	73	0	6	20	1.05
8459315--8459347	16	2.1	16	94	0	57	27	3	24	45	1.68
8462209--8462260	19	2.7	20	73	8	54	46	7	13	32	1.72
8462304--8462359	21	2.8	20	81	10	71	37	16	8	37	1.80
8462304--8462373	21	3.5	20	75	7	63	38	15	10	35	1.81
8469616--8469642	14	1.9	14	100	0	54	48	0	14	37	1.45
8469968--8470027	18	3.4	17	76	15	59	53	5	0	41	1.23
8469968--8470027	19	3.3	18	72	19	54	53	5	0	41	1.23
8475017--8475056	21	1.9	21	89	0	62	22	7	25	45	1.78
8479142--8479172	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8479940--8479997	25	2.3	25	90	0	89	24	17	6	51	1.69
8485076--8485151	40	1.9	39	91	2	125	25	28	13	32	1.93
8485982--8486019	17	2.2	17	90	0	58	44	10	0	44	1.38
8490078--8490133	13	4.5	13	76	13	55	41	1	10	46	1.49
8498163--8498218	13	4.5	13	78	13	73	37	1	14	46	1.55
8502161--8502192	15	2.2	14	94	5	55	28	6	21	43	1.77
8507167--8507196	13	2.4	12	94	5	51	20	0	6	73	1.05
8508182--8508221	21	1.9	21	89	0	62	27	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8510722--8510919	25	8.0	25	72	12	131	20	26	21	31	1.98
8510745--8510883	24	5.7	24	72	12	95	18	26	21	33	1.97
8510746--8510883	48	2.8	49	79	6	147	18	26	21	32	1.97
8510722--8510913	73	2.6	73	78	8	183	19	27	21	31	1.97
8510697--8510911	50	4.4	51	72	13	164	19	26	22	31	1.98
8513264--8513310	20	2.3	21	85	3	60	59	0	6	34	1.23
8514460--8514524	24	2.7	24	76	4	69	38	7	13	40	1.74
8516858--8517016	43	3.7	42	72	10	135	23	17	27	31	1.97
8517195--8517229	2	17.5	2	88	11	54	48	0	2	48	1.16
8518987--8519087	6	16.8	6	97	0	193	49	17	0	32	1.47
8526428--8526477	25	2.0	26	84	4	66	12	12	12	64	1.51
8537782--8537878	27	3.6	27	83	10	110	46	11	21	20	1.82
8537845--8537912	34	2.0	34	85	0	91	45	8	27	17	1.78
8542998--8543179	77	2.4	73	83	8	215	30	11	14	43	1.81
8545728--8545789	30	2.1	30	87	0	88	35	16	14	33	1.89
8552699--8552731	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8555456--8555510	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
8555831--8556001	87	2.0	86	81	6	202	37	17	9	35	1.82
8556043--8556084	18	2.3	18	91	4	66	66	0	0	33	0.92
8556043--8556148	19	5.6	19	70	10	74	62	0	2	33	1.16
8556333--8556411	19	4.3	17	73	12	59	31	3	3	60	1.32
8556358--8556396	17	2.3	16	83	12	51	28	2	0	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8556316--8556454	55	2.5	53	79	8	152	27	7	3	61	1.39
8564442--8564495	24	2.2	24	83	0	63	20	27	24	27	1.99
8570755--8570803	21	2.3	22	83	13	59	63	2	2	32	1.17
8572742--8572990	114	2.2	115	81	3	288	32	20	22	24	1.98
8573742--8573824	7	11.7	7	72	12	53	16	1	48	33	1.55
8573767--8573816	13	3.7	13	76	10	55	18	2	50	30	1.58
8573767--8573824	28	2.1	28	90	0	89	17	1	50	31	1.56
8573783--8573821	20	2.0	20	89	0	60	17	2	53	25	1.56
8573985--8574039	21	2.5	22	83	13	62	20	0	41	38	1.52
8574000--8574041	7	5.6	8	88	8	54	23	0	38	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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