genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  174  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52005326--52005369	23	1.9	23	86	9	63	36	18	22	22	1.95
52017521--52017582	18	3.4	18	81	16	67	29	0	0	70	0.87
52017530--52017565	14	2.5	14	90	4	54	30	0	0	69	0.89
52017523--52017582	15	3.9	14	73	26	50	30	0	0	70	0.88
52017520--52017568	18	2.5	21	83	9	68	28	0	0	71	0.86
52025295--52025338	23	1.9	23	86	9	63	54	27	0	18	1.44
52028444--52028510	32	2.1	32	100	0	134	43	13	17	25	1.86
52029927--52030025	37	2.7	37	71	14	96	41	2	3	53	1.28
52037179--52037231	22	2.4	22	84	12	65	35	11	20	32	1.88
52055547--52055608	29	2.1	29	85	11	83	56	19	6	17	1.62
52056606--52056632	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
52068497--52068521	9	2.8	9	100	0	50	12	0	20	68	1.21
52069080--52069110	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
52069709--52069909	41	4.9	41	87	0	258	27	18	25	27	1.98
52070173--52070199	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
52080067--52080104	19	2.0	19	89	0	58	47	10	10	31	1.72
52080796--52080844	23	2.1	23	85	7	64	24	22	16	36	1.94
52083784--52083951	91	1.9	90	91	1	273	35	14	20	29	1.92
52087348--52087416	19	3.5	20	72	20	65	30	17	15	36	1.91
52089404--52089445	12	3.5	12	75	12	50	33	0	42	23	1.55
52089404--52089450	24	1.9	24	91	4	76	34	0	38	27	1.57
52090132--52090353	106	2.1	107	87	5	315	45	19	15	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52090132--52090353	27	8.3	27	83	4	270	45	19	15	19	1.86
52098451--52098483	11	3.1	11	82	8	50	60	12	18	9	1.57
52107236--52107277	16	2.6	16	85	11	50	26	2	0	71	0.98
52107834--52107862	12	2.3	13	94	5	51	48	0	0	51	1.00
52109285--52109344	21	2.9	21	77	18	63	40	1	1	56	1.19
52111912--52111940	15	1.9	15	100	0	58	27	62	0	10	1.28
52118315--52118369	21	2.6	21	82	0	65	34	34	7	23	1.83
52121739--52121782	24	1.9	23	86	9	63	38	9	0	52	1.33
52123685--52123744	30	2.0	31	83	9	79	41	0	38	20	1.52
52125364--52125421	25	2.4	24	85	5	80	43	17	20	18	1.89
52128078--52128198	20	5.9	21	75	13	108	65	9	8	16	1.46
52128044--52128209	42	4.0	42	86	5	219	63	10	7	17	1.49
52128044--52128200	83	1.9	83	88	2	235	63	11	7	17	1.49
52128044--52128198	21	7.4	20	75	13	118	64	11	7	16	1.47
52140992--52141030	3	13.0	3	88	0	60	61	0	38	0	0.96
52140986--52141030	9	5.0	9	91	0	63	57	0	42	0	0.98
52141419--52141449	16	1.9	16	93	0	53	25	16	22	35	1.94
52144613--52144742	6	20.7	6	74	9	107	56	14	7	21	1.63
52144690--52144754	18	3.6	18	89	0	76	61	13	6	18	1.52
52144697--52144754	12	4.8	12	89	0	53	60	13	6	18	1.55
52145221--52145260	21	1.9	21	94	0	71	22	30	20	27	1.98
52146888--52146939	6	8.7	6	95	0	95	32	1	17	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52148073--52148133	28	2.2	28	93	0	104	36	16	14	32	1.89
52148261--52148386	63	2.0	63	100	0	252	31	15	20	31	1.94
52150734--52150800	29	2.3	29	76	0	80	25	19	14	40	1.90
52151095--52151158	11	5.7	11	80	9	67	21	28	1	48	1.59
52152337--52152362	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
52152976--52153018	18	2.4	18	80	0	50	13	30	9	46	1.75
52153532--52153581	21	2.4	21	93	0	82	44	30	0	26	1.55
52153596--52153636	7	6.0	7	86	13	59	46	0	0	53	1.00
52153584--52153636	26	2.0	25	86	13	72	47	0	0	52	1.00
52153466--52153711	129	1.9	130	93	2	424	46	19	1	32	1.59
52153661--52153788	21	6.0	21	88	5	177	44	32	0	21	1.58
52159866--52159923	26	2.4	25	83	11	77	43	12	12	32	1.79
52169007--52169034	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
52169903--52169971	27	2.6	27	83	0	93	27	33	31	7	1.84
52170007--52170033	13	2.1	13	100	0	54	62	0	37	0	0.95
52170025--52170081	10	5.7	10	89	0	78	71	0	28	0	0.86
52170027--52170083	5	11.4	5	76	0	60	70	0	29	0	0.88
52170019--52170089	30	2.4	30	92	0	124	69	0	30	0	0.89
52170015--52170089	20	3.8	19	81	15	82	69	0	30	0	0.89
52177709--52177829	39	3.1	39	85	3	154	33	13	28	24	1.93
52177723--52177831	39	2.8	40	90	4	168	34	14	28	22	1.93
52183062--52183096	9	4.0	9	96	3	63	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52186196--52186235	20	2.0	20	85	0	53	15	27	10	47	1.77
52186426--52186512	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
52186613--52186825	67	3.2	66	63	19	150	46	3	4	46	1.38
52186569--52186990	137	2.9	138	82	8	427	46	4	3	44	1.43
52186717--52186751	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
52186693--52187020	156	2.1	156	97	0	611	46	6	3	42	1.47
52186873--52186921	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
52186873--52186927	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
52187143--52187194	16	3.2	16	100	0	104	38	36	0	25	1.56
52188277--52188322	22	2.0	23	88	12	69	39	0	4	56	1.19
52193276--52193347	31	2.3	31	97	0	135	34	22	31	11	1.89
52197113--52197155	21	2.0	22	82	8	54	25	0	23	51	1.49
52201425--52201457	16	2.1	16	94	0	57	36	6	33	24	1.80
52201671--52201712	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
52201680--52201721	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
52201669--52201945	120	2.3	121	91	1	459	49	5	2	42	1.38
52201709--52201892	57	3.1	58	64	22	137	47	7	2	42	1.44
52201719--52201906	61	3.1	61	65	14	163	47	7	2	41	1.47
52206452--52206515	32	2.0	32	100	0	128	46	3	3	46	1.34
52206455--52206509	18	3.3	18	70	19	64	49	3	3	43	1.37
52207183--52207225	18	2.4	18	92	0	68	27	27	2	41	1.68
52209909--52209992	36	2.3	36	85	2	105	42	17	4	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52210196--52210319	43	2.9	43	81	11	146	29	28	20	21	1.98
52213996--52214767	126	6.2	126	88	1	1025	28	16	17	37	1.91
52213999--52214767	251	3.1	251	86	2	1046	28	16	17	38	1.91
52214853--52214957	33	3.2	32	76	6	113	38	13	0	48	1.42
52227382--52227425	6	7.3	6	92	7	72	0	13	0	86	0.57
52227382--52227422	13	3.2	13	96	3	75	0	14	0	85	0.60
52240875--52240915	21	2.0	21	85	9	57	43	17	0	39	1.49
52243769--52243880	55	2.0	55	96	0	206	47	14	1	36	1.55
52247538--52247591	28	1.9	28	81	7	65	46	1	3	48	1.30
52247633--52247762	44	3.0	44	97	0	242	50	13	6	30	1.65
52252320--52252364	21	2.2	21	84	11	58	44	0	2	53	1.13
52254295--52254399	43	2.4	43	81	6	115	37	24	17	20	1.94
52254574--52254636	18	3.2	20	66	25	53	49	9	3	38	1.51
52260655--52260702	14	3.3	14	82	5	51	37	33	0	29	1.58
52260666--52260709	14	3.1	14	87	6	54	36	38	0	25	1.56
52260709--52260749	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
52260976--52261037	22	2.9	22	80	7	56	35	41	1	20	1.62
52260561--52261151	296	2.0	296	88	2	884	42	26	1	28	1.66
52261038--52261078	15	2.8	15	88	3	57	41	31	0	26	1.56
52261425--52261624	41	4.9	41	79	4	192	30	29	18	21	1.97
52261425--52261591	80	2.1	80	80	4	192	31	28	18	22	1.97
52262549--52262590	17	2.3	18	80	16	50	42	0	4	52	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52262636--52262665	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
52265988--52266045	25	2.4	25	97	2	109	27	3	25	43	1.71
52266257--52266360	41	2.5	41	92	3	165	27	17	27	26	1.98
52266339--52266483	41	3.5	41	96	0	263	27	20	28	23	1.99
52266298--52266484	82	2.3	82	84	7	247	28	19	28	24	1.98
52276367--52276404	11	3.5	11	100	0	76	47	26	0	26	1.52
52280125--52280190	20	3.4	18	78	14	60	60	1	1	36	1.15
52280303--52280355	19	2.8	18	76	21	54	67	0	1	30	1.01
52280325--52280378	11	5.1	11	76	15	51	61	3	0	35	1.14
52280325--52280378	20	2.6	21	85	5	65	61	3	0	35	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210