Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Please cite: G. Benson, "Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences" Nucleic Acid Research(1999) Vol. 27, No. 2, pp. 573-580. Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Length: 62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  81  of  210  ( 25152 repeats found )
Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24229150--24229238
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2.1
42
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86
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20
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2.9
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35
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59
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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3
3
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2.5
22
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1
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24271138--24271199
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2.2
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2.0
17
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0
0
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21
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1.10
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18
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10
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39
43
1.61
24287185--24287311
68
1.9
68
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170
14
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39
43
1.61
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2.7
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151
14
3
38
43
1.62
24289950--24289979
16
1.9
15
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10
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2.5
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8
54
44
8
0
47
1.33
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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72
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15.4
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24
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19
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2.4
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267
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73
0
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19
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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20
21
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1.98
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7.3
44
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158
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20
20
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18
29
1.97
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17
30
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26
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24
26
27
1.99
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22
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0
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1.34
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45
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19
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220
2.1
220
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25
23
20
30
1.98
24359596--24360279
352
1.9
352
94
0
1199
25
24
19
30
1.98
24364643--24364689
21
2.2
21
80
0
58
55
10
6
27
1.58
24365717--24365754
17
2.2
17
95
0
67
78
0
0
21
0.74
24365716--24365765
25
2.0
24
84
3
64
76
2
0
22
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24366611--24366664
28
2.0
27
88
3
81
3
40
1
53
1.29
24376271--24376338
6
9.7
7
77
19
63
27
0
1
70
0.96
24376280--24376337
6
9.7
6
83
10
66
29
0
1
68
0.99
24376280--24376342
20
3.0
20
82
17
76
30
0
1
68
0.99
24378173--24378217
6
7.7
6
85
14
67
28
0
0
71
0.87
24378178--24378210
17
2.0
17
94
5
59
30
0
0
69
0.88
24378173--24378216
23
2.0
22
95
4
79
29
0
0
70
0.88
24380587--24380653
25
2.7
24
84
6
82
19
28
17
34
1.95
24380617--24380677
25
2.4
25
83
5
70
19
31
14
34
1.92
24384515--24384555
9
4.6
9
100
0
82
31
0
12
56
1.36
24391978--24392037
30
2.0
31
90
3
95
38
0
41
20
1.52
24392863--24392916
14
3.9
14
76
9
56
35
27
24
12
1.92
24393640--24393677
18
2.1
18
100
0
76
47
21
10
21
1.80
24394812--24394857
17
2.7
17
79
0
56
56
0
0
43
0.99
24398486--24398524
15
2.7
15
88
4
53
64
0
2
33
1.08
24399027--24399065
19
2.0
21
85
10
55
69
5
10
15
1.34
24399243--24399285
22
1.9
22
90
4
68
41
13
6
37
1.72
24399241--24399338
19
4.8
19
82
13
106
38
15
9
36
1.79
24399275--24399337
21
3.1
21
90
9
112
38
14
9
38
1.78
24400187--24400665
217
2.2
217
90
0
769
28
23
19
28
1.98
24400251--24400588
44
7.7
43
73
13
237
26
23
20
29
1.99
24400657--24401069
132
3.1
131
93
0
664
25
25
20
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24400707--24401023
44
7.2
44
63
13
132
25
24
19
29
1.99
24408819--24409377
45
12.9
42
70
15
246
30
18
23
27
1.98
24408821--24409413
89
6.8
88
73
7
478
29
19
23
27
1.98
24408909--24409460
43
12.7
43
71
12
249
30
19
22
27
1.98
24408863--24409281
172
2.4
172
91
0
685
29
19
23
27
1.98
24412499--24412550
24
2.2
24
86
6
70
36
3
11
48
1.58
24415472--24415527
28
2.0
28
93
3
96
28
26
23
21
1.99
24415954--24416498
27
20.4
26
79
6
425
18
18
20
43
1.88
24415954--24416519
81
7.1
80
79
6
499
18
18
20
43
1.88
24419869--24419920
24
2.2
24
89
0
77
36
3
9
50
1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210