Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  49  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
14966033--14966235
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22
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2.3
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2.4
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0
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33
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55
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2
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0
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0
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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25
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2.3
13
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2.1
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2.0
24
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0
0
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1.00
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2.3
129
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20
20
32
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44
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22
19
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12
100
0
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1.75
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6
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1.35
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58
1
0
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1.15
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1
0
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1.13
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38
0
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60
1.07
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2.2
29
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19
1.38
15063158--15063195
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2.4
16
86
8
51
36
0
28
34
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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1.27
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4
1
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1.30
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120
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0
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4
1
44
1.29
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18
2.6
18
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2
2
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1.9
16
100
0
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58
12
6
22
1.58
15066241--15066360
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2.3
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55
17
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18
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17
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51
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1.87
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0
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0
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11
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2.0
23
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0
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1.31
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40
1.40
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10
1.89
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21
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19
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1.98
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24
2.0
24
100
0
98
38
0
20
40
1.53
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15098661--15098705
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2.0
22
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48
0
0
51
1.00
15098661--15098707
23
2.0
23
84
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60
48
0
0
51
1.00
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2.1
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20
12
12
54
1.70
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2.0
41
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29
21
23
25
1.99
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50
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19
27
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1.98
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2.0
13
100
0
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53
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30
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20
20
26
1.98
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30
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5
107
25
27
13
33
1.94
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6.7
30
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9
140
20
24
13
42
1.87
15121604--15121862
119
2.2
120
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3
344
22
23
12
41
1.88
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2.4
20
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51
30
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19
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2.4
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0
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18
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23
2.6
24
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5
74
39
20
26
12
1.89
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19
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19
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1.70
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18
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20
1.96
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25
3.9
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18
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23
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20
23
18
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16
2.1
16
94
0
59
44
0
8
47
1.34
15147049--15147093
7
6.3
7
79
5
54
46
0
2
51
1.13
15148825--15148857
15
2.1
16
88
5
50
30
9
18
42
1.81
15161686--15161714
5
5.8
5
100
0
58
0
20
0
79
0.74
15170798--15170843
22
2.0
23
87
4
67
39
2
2
56
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15170801--15170849
22
2.2
23
81
3
55
40
4
2
53
1.32
15173562--15173630
4
18.5
4
82
14
53
2
20
0
76
0.91
15173567--15173630
28
2.3
28
97
2
121
3
20
0
76
0.92
15173571--15173616
24
2.0
23
91
4
74
2
19
0
78
0.86
15173571--15173628
27
2.3
26
88
8
84
3
18
0
77
0.91
15182138--15182179
15
2.8
15
79
10
50
54
0
9
35
1.33
15184904--15184943
19
2.0
20
85
4
55
32
15
5
47
1.66
15185994--15186045
16
3.2
16
71
17
54
40
3
21
34
1.71
15189772--15189859
43
2.0
43
100
0
176
30
18
15
35
1.92
15209546--15209584
19
2.0
19
90
5
60
48
0
2
48
1.15
15211003--15211054
21
2.7
19
79
11
61
75
1
0
23
0.91
15211003--15211054
19
2.6
21
79
11
65
75
1
0
23
0.91
15211016--15211083
35
2.0
35
82
5
86
69
4
2
23
1.21
15211219--15211263
23
2.0
23
82
8
56
44
33
8
13
1.75
15212058--15212096
3
13.0
3
100
0
78
33
0
0
66
0.92
15214850--15214894
21
2.1
21
84
8
56
40
51
8
0
1.33
15215748--15216266
126
4.1
126
85
4
721
28
16
17
36
1.92
15216508--15216546
15
2.7
15
88
4
53
56
33
0
10
1.33
15216438--15216532
42
2.2
43
83
7
131
48
27
1
23
1.58
15216973--15217030
16
3.6
16
73
17
57
53
0
18
27
1.45
15217004--15217039
16
2.2
16
90
0
54
58
2
8
30
1.42
15217200--15217335
26
5.0
26
70
16
80
50
2
0
45
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
15217203--15217291
26
3.4
25
72
13
81
50
2
1
46
1.21
15217203--15217339
52
2.5
54
81
11
156
50
2
0
45
1.21
15223246--15223274
14
2.1
14
93
6
51
79
0
13
6
0.93
15223562--15223602
20
2.0
20
86
9
57
41
4
0
53
1.22
15232970--15233057
14
6.3
14
73
5
61
32
15
15
35
1.90
15232975--15233051
28
2.8
28
72
7
75
35
12
14
37
1.84
15236294--15236350
26
2.2
25
79
11
62
31
22
19
26
1.98
15236548--15236595
24
2.0
24
83
0
60
29
29
12
29
1.93
15238406--15238472
30
2.2
30
97
0
125
16
26
38
17
1.91
15239200--15239368
85
2.0
86
86
1
241
33
20
17
28
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210