genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  79  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23723453--23723624	39	4.4	39	85	2	213	15	19	29	34	1.93
23723453--23723603	78	1.9	78	91	0	248	16	20	29	33	1.95
23723642--23723685	16	2.8	16	89	0	70	20	25	27	27	1.99
23723677--23723720	23	1.9	23	90	9	72	13	13	29	43	1.83
23723580--23723748	78	2.2	78	84	4	216	17	19	28	34	1.94
23723697--23723780	39	2.2	39	89	8	127	15	20	32	32	1.94
23723712--23723788	39	2.0	39	87	5	111	16	20	29	32	1.95
23729872--23729899	6	4.7	6	100	0	56	67	32	0	0	0.91
23731783--23731820	15	2.6	15	91	4	60	21	0	31	47	1.51
23732042--23732100	28	2.1	28	90	6	93	71	0	1	27	0.96
23733034--23733076	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
23733723--23733748	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
23734903--23735014	11	10.6	10	79	18	97	45	3	30	20	1.68
23734903--23735023	22	5.6	21	79	17	117	45	3	29	21	1.68
23734897--23735000	51	2.0	51	90	3	165	44	3	28	23	1.71
23734909--23734989	40	2.0	40	88	9	121	43	4	28	23	1.74
23735954--23736001	25	1.9	25	86	0	69	52	10	18	18	1.74
23740428--23740487	10	6.4	9	73	19	52	35	1	0	63	1.05
23741384--23741459	38	2.0	38	100	0	152	36	13	18	31	1.89
23742814--23742840	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
23743158--23743213	21	2.7	21	83	5	69	26	35	10	26	1.89
23746271--23746303	17	1.9	17	93	0	57	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23746334--23746381	16	2.8	17	77	20	55	29	2	0	68	1.01
23746438--23746525	31	2.8	32	73	15	83	46	10	4	38	1.58
23750274--23750307	15	2.4	14	85	9	50	26	0	5	67	1.13
23751295--23751329	16	2.2	16	90	10	54	40	5	28	25	1.78
23759938--23760103	57	2.8	58	85	5	210	53	3	1	42	1.24
23761175--23761308	57	2.4	56	81	6	146	23	17	5	53	1.64
23761228--23761432	84	2.4	85	79	8	231	21	17	5	54	1.64
23761175--23761427	28	9.0	28	71	9	169	22	16	5	54	1.62
23761867--23762128	133	2.0	133	83	1	337	28	19	14	38	1.90
23762080--23762200	45	2.7	45	79	2	118	22	20	19	38	1.94
23764448--23764524	27	3.0	26	76	12	86	42	9	12	35	1.75
23766667--23766714	18	2.6	18	80	6	51	56	10	16	16	1.67
23766691--23766747	24	2.4	23	80	11	62	61	7	19	12	1.53
23770807--23770851	20	2.2	20	88	7	65	62	11	15	11	1.55
23771118--23771186	20	3.5	20	75	11	72	55	11	13	20	1.68
23771307--23771367	20	3.0	20	74	9	70	54	4	16	24	1.62
23771340--23771394	21	2.6	22	77	13	62	60	5	12	21	1.53
23774368--23774419	9	5.8	9	95	0	95	44	13	11	30	1.79
23774696--23774731	7	5.1	7	93	0	63	13	66	0	19	1.24
23789973--23790019	20	2.2	22	85	7	62	10	25	27	36	1.89
23794482--23794625	27	5.3	27	77	8	132	20	16	20	42	1.89
23794499--23794625	54	2.4	54	89	2	184	20	14	22	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23796971--23797019	24	2.0	24	100	0	98	46	24	8	20	1.77
23801162--23801205	21	2.1	21	95	0	79	13	40	20	25	1.89
23802769--23803180	207	2.0	207	93	0	709	34	19	16	29	1.94
23808807--23808891	13	5.9	14	69	24	61	64	3	7	24	1.34
23808973--23809007	18	1.9	18	88	11	54	68	5	11	14	1.37
23815969--23816027	20	3.2	18	81	9	75	25	28	6	38	1.81
23820617--23820804	51	3.7	50	80	6	218	29	14	25	30	1.95
23829616--23829903	153	1.9	153	91	1	479	36	12	21	29	1.91
23830213--23830254	21	2.0	21	85	4	57	42	21	2	33	1.66
23830786--23830874	25	3.1	30	79	15	116	26	24	6	41	1.80
23830796--23830842	15	3.1	15	73	11	51	29	21	8	40	1.83
23835454--23835517	30	2.1	30	88	2	92	28	28	3	40	1.71
23845791--23845929	40	3.5	40	91	1	226	11	13	30	44	1.79
23847445--23847492	20	2.4	20	89	6	71	29	14	14	41	1.85
23853946--23854023	21	3.7	21	77	17	90	37	6	15	41	1.73
23853945--23854023	19	3.7	22	78	14	78	36	6	16	40	1.74
23853989--23854033	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
23854623--23854671	25	2.0	25	91	0	80	30	8	4	57	1.47
23855344--23855538	98	2.0	98	95	0	354	28	10	24	36	1.88
23858702--23858733	16	2.0	16	93	0	55	34	9	0	56	1.32
23860694--23860738	18	2.5	18	96	0	81	46	20	0	33	1.51
23860694--23860738	8	4.9	10	76	20	53	46	20	0	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23862534--23862590	27	2.0	29	90	6	91	45	7	24	22	1.77
23862641--23862677	13	2.9	13	84	15	51	21	0	8	70	1.13
23863834--23863873	19	2.2	19	86	8	57	22	12	7	57	1.60
23863834--23863867	18	1.9	17	88	5	50	23	14	5	55	1.61
23863843--23863912	19	3.6	20	71	11	56	21	17	7	54	1.66
23865979--23866055	40	1.9	41	89	2	120	29	22	25	22	1.99
23865990--23866068	40	2.0	40	85	5	106	30	24	26	18	1.98
23865989--23866079	40	2.3	40	80	3	103	29	23	27	19	1.98
23866553--23866593	21	2.0	21	85	0	55	31	0	26	41	1.56
23866629--23866723	21	4.5	20	74	9	73	22	2	26	49	1.61
23867061--23867088	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23867119--23867146	11	2.5	11	100	0	56	35	7	10	46	1.66
23867732--23867771	14	2.5	17	84	15	59	15	0	12	72	1.12
23868182--23868211	11	2.9	10	90	9	51	30	0	30	40	1.57
23868211--23868295	36	2.4	36	97	0	161	25	15	14	44	1.84
23870365--23870555	36	5.0	36	83	12	238	37	13	19	29	1.90
23870329--23870519	82	2.3	82	95	0	337	37	12	20	29	1.90
23872204--23872250	21	2.3	20	85	10	60	40	8	2	48	1.45
23872083--23872700	120	5.1	120	89	2	954	40	8	3	46	1.53
23872564--23872610	20	2.3	21	88	3	69	42	8	0	48	1.33
23872640--23872744	34	3.0	33	79	12	79	40	4	0	54	1.22
23872654--23872744	34	2.6	34	91	5	137	40	3	0	56	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23872689--23872772	27	3.0	27	70	13	69	45	3	0	51	1.18
23872852--23873172	9	35.7	9	72	18	109	47	19	0	32	1.53
23872896--23873200	52	5.5	52	85	11	333	46	19	0	33	1.55
23872912--23873200	61	5.0	61	85	10	387	46	19	0	33	1.55
23872979--23873096	34	3.6	34	70	17	115	47	19	0	32	1.55
23878644--23878689	21	2.2	21	88	0	65	39	15	43	2	1.59
23879020--23879226	43	4.8	43	88	1	281	25	17	23	32	1.97
23887232--23887398	26	6.4	26	85	3	210	37	18	19	25	1.94
23887232--23887379	78	1.9	78	90	0	233	37	18	16	26	1.93
23887559--23887623	27	2.4	27	90	7	98	18	23	23	35	1.96
23887618--23887667	26	1.9	26	91	0	82	22	20	20	38	1.94
23887786--23887841	28	2.0	28	82	6	69	19	25	25	30	1.98
23897853--23897894	12	3.4	13	81	18	54	57	0	26	16	1.40
23897853--23897894	18	2.3	19	84	12	52	57	0	26	16	1.40
23899351--23899386	9	4.0	9	85	0	54	47	11	11	30	1.74
23904931--23904963	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
23905954--23906025	26	2.7	26	82	2	81	26	23	18	31	1.97
23906012--23906181	27	6.3	28	75	6	111	24	18	17	40	1.91
23909565--23909720	27	5.8	27	80	10	158	41	20	17	20	1.90
23909564--23909721	54	2.9	54	85	5	212	41	20	17	20	1.90
23909705--23909765	27	2.3	27	88	0	86	39	19	16	24	1.92
23909715--23909770	27	2.1	27	96	0	103	33	19	17	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23912645--23912977	27	12.4	27	80	2	323	44	20	15	18	1.87
23912645--23912977	81	4.1	81	82	1	375	44	20	15	18	1.87
23925722--23925767	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
23926327--23926387	26	2.3	26	91	0	104	37	11	11	39	1.78
23928851--23929049	27	7.4	26	83	6	227	41	18	18	21	1.91
23928920--23929287	27	13.7	27	82	3	341	36	18	20	23	1.95
23928852--23929281	54	8.0	55	81	7	350	37	18	20	23	1.94
23928852--23929283	81	5.4	82	83	6	370	37	18	20	23	1.94
23928974--23929306	81	4.1	81	84	3	390	35	18	22	24	1.96
23929287--23929338	26	2.0	26	84	0	68	21	15	21	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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