genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  89  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26045968--26046569	105	5.7	105	87	0	792	30	18	16	34	1.93
26061254--26061283	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26062483--26062516	15	2.4	14	90	9	59	79	5	0	14	0.91
26062697--26062784	35	2.4	36	78	17	85	25	3	6	64	1.34
26074595--26074722	64	2.0	64	82	0	157	34	20	20	25	1.96
26077368--26077440	26	2.8	26	83	4	76	42	12	16	28	1.84
26080102--26080285	34	5.4	34	79	2	190	23	11	28	36	1.90
26080102--26080285	68	2.7	68	83	3	244	23	11	28	36	1.90
26107792--26107819	10	2.8	10	100	0	56	50	7	42	0	1.30
26109475--26109543	33	2.1	33	83	0	84	40	15	24	18	1.90
26113348--26113399	22	2.3	23	87	9	72	59	0	0	40	0.97
26113598--26113855	10	27.2	9	64	20	73	27	4	3	64	1.30
26113661--26113855	10	20.6	9	66	20	78	28	2	3	66	1.20
26113667--26113754	27	3.3	25	77	16	88	23	2	3	70	1.14
26113706--26113767	18	3.4	18	85	14	92	20	0	6	72	1.06
26113734--26113773	18	2.2	18	90	0	62	25	0	5	70	1.08
26113766--26113844	29	2.8	27	76	16	79	34	3	1	60	1.23
26114443--26114499	30	2.0	28	86	6	78	38	1	21	38	1.64
26114487--26114522	18	1.9	19	88	5	56	38	0	27	33	1.57
26115029--26115150	41	3.1	39	72	12	106	28	15	20	35	1.93
26115035--26115169	40	3.4	40	72	7	123	27	17	22	32	1.96
26116517--26116547	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26120947--26121007	32	1.9	31	86	3	86	68	6	0	24	1.13
26124942--26124981	21	1.9	21	89	0	62	45	7	10	37	1.66
26127892--26127944	28	1.9	28	81	11	65	49	11	9	30	1.70
26138775--26138801	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
26140209--26140416	91	2.3	91	93	0	344	46	3	4	46	1.39
26140331--26140391	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
26140249--26140391	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
26140421--26140871	54	7.6	56	67	21	217	42	2	5	49	1.39
26140432--26140968	120	4.5	120	94	0	900	42	2	5	48	1.40
26140553--26140587	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
26140797--26140848	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
26145062--26145094	14	2.3	15	89	5	50	12	0	45	42	1.41
26145037--26145087	21	2.4	21	80	0	57	19	0	33	47	1.50
26146667--26146696	15	2.0	15	93	0	51	26	3	3	66	1.23
26146722--26147054	86	3.9	85	86	2	389	31	8	18	42	1.79
26147028--26147151	40	3.1	38	81	6	122	33	7	12	46	1.70
26148524--26148555	15	2.1	15	100	0	64	40	6	12	40	1.68
26150407--26150675	43	6.3	43	81	4	260	26	16	28	27	1.97
26150410--26150675	129	2.1	129	83	2	329	26	16	28	27	1.97
26155831--26155889	26	2.3	26	82	5	66	30	13	11	44	1.80
26160414--26160453	20	2.0	20	100	0	80	25	15	20	40	1.90
26164913--26164959	24	2.0	24	95	0	85	40	12	23	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26165216--26165269	19	2.8	19	97	0	99	35	11	16	37	1.84
26165216--26165292	19	3.7	22	87	6	76	35	10	16	37	1.83
26165248--26165292	23	2.0	23	86	4	65	37	8	17	35	1.81
26165494--26165538	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
26170359--26170399	21	2.0	21	90	0	64	31	2	2	63	1.20
26171266--26171411	50	2.9	50	83	0	175	21	29	22	26	1.99
26176532--26176567	17	2.2	17	90	5	56	27	11	0	61	1.30
26177254--26177317	30	2.2	30	83	8	78	20	10	12	56	1.66
26178659--26178699	21	2.0	21	90	0	64	31	2	2	63	1.20
26179101--26179280	50	3.4	50	79	6	162	23	26	22	27	1.99
26181143--26181232	26	3.4	27	71	17	64	34	2	2	61	1.21
26181973--26182011	21	1.9	21	84	5	53	58	7	5	28	1.47
26182157--26182223	29	2.3	29	82	7	73	26	7	2	62	1.36
26185078--26185236	78	2.0	78	98	0	309	22	19	13	44	1.85
26191766--26191807	21	2.0	20	86	4	57	61	2	2	33	1.21
26202393--26202450	26	2.2	26	96	0	107	17	13	25	43	1.86
26202535--26202564	12	2.5	12	94	0	51	0	20	16	63	1.31
26202692--26202750	25	2.4	25	91	0	91	30	8	22	38	1.83
26202898--26202938	20	2.2	19	91	8	66	31	0	19	48	1.49
26206772--26207037	122	2.3	116	84	9	341	42	1	4	52	1.28
26206860--26206923	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
26207165--26207270	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26207182--26207272	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
26207252--26207288	16	2.3	16	95	0	65	21	32	5	40	1.76
26207993--26208024	15	2.1	15	94	0	55	21	9	31	37	1.85
26208000--26208033	15	2.3	15	94	0	59	23	5	32	38	1.79
26208076--26208114	15	2.7	15	84	7	55	10	0	7	82	0.86
26210560--26210604	20	2.2	20	88	0	63	37	0	2	60	1.09
26210687--26210727	18	2.4	17	87	4	55	31	2	0	65	1.05
26212873--26212913	3	13.7	3	85	10	57	0	39	0	60	0.96
26214230--26214279	23	2.2	23	82	7	57	54	18	4	24	1.61
26220414--26220452	16	2.4	17	83	16	55	71	0	28	0	0.86
26223406--26223451	20	2.3	20	81	7	58	41	13	0	45	1.43
26229545--26229718	91	1.9	92	84	1	233	28	22	16	32	1.96
26232003--26232169	71	2.4	71	80	0	181	24	20	19	35	1.96
26236517--26236583	29	2.3	29	84	5	82	26	38	17	16	1.91
26257658--26257687	14	2.1	14	100	0	60	36	13	13	36	1.84
26258770--26258804	18	1.9	18	88	0	52	65	0	2	31	1.07
26269120--26269250	46	2.9	47	75	4	124	34	20	18	26	1.96
26278086--26278133	25	1.9	25	91	0	78	31	22	14	31	1.94
26280429--26280487	22	2.5	23	81	10	66	57	3	3	35	1.32
26281729--26281781	20	2.4	22	81	12	56	64	3	3	28	1.28
26281995--26282225	92	2.5	93	81	8	278	37	20	8	32	1.83
26282224--26282331	10	11.3	10	65	16	50	62	2	1	33	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26282276--26282351	19	4.1	18	69	11	55	64	1	1	32	1.10
26282345--26282421	18	4.3	18	74	19	63	58	2	0	38	1.12
26282394--26282422	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
26282712--26282766	19	3.0	19	85	15	80	41	0	0	58	0.98
26282788--26282957	91	1.9	91	90	2	272	27	8	26	37	1.86
26285605--26285643	21	1.9	21	89	5	62	66	12	2	17	1.35
26294504--26294528	6	4.2	6	100	0	50	20	0	16	64	1.30
26295227--26295319	44	2.1	45	95	2	170	30	18	4	47	1.68
26299921--26299955	6	5.8	6	100	0	70	85	0	0	14	0.59
26302880--26302941	22	2.7	22	90	5	88	48	1	1	48	1.21
26302915--26302971	16	3.6	16	90	0	87	47	3	3	45	1.37
26303003--26303177	93	2.0	90	87	7	259	40	5	6	47	1.52
26316458--26316498	22	2.0	21	90	9	66	63	4	4	26	1.35
26317879--26317925	19	2.6	19	93	6	80	40	4	23	31	1.74
26329973--26330001	12	2.3	13	94	5	51	13	0	3	82	0.79
26330703--26330736	18	1.9	17	94	5	59	14	29	44	11	1.81
26350422--26350464	22	2.0	21	82	13	52	23	11	16	48	1.78
26351466--26351530	34	1.9	34	87	0	94	40	6	21	32	1.78
26355035--26355136	37	2.8	37	90	3	161	20	12	24	42	1.87
26356168--26356312	54	2.7	54	91	2	229	26	19	37	17	1.93
26357568--26357874	152	2.0	152	93	0	524	25	14	15	44	1.84
26357838--26357875	15	2.6	15	83	4	51	31	5	5	57	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26368721--26368801	20	4.1	20	76	6	65	45	18	25	9	1.80
26379926--26380009	42	2.0	42	88	0	123	29	23	25	21	1.99
26379967--26380092	28	4.5	28	80	4	112	32	21	24	21	1.98
26380037--26380088	27	1.9	27	84	7	70	32	25	23	19	1.97
26380437--26380676	27	8.9	27	82	1	257	17	18	19	44	1.87
26387128--26387229	28	3.6	28	89	0	150	28	25	23	22	1.99
26387629--26387814	27	6.9	27	80	4	171	17	16	20	45	1.86
26387672--26387815	54	2.7	54	84	0	189	17	16	22	43	1.87
26397109--26397167	29	2.0	29	81	15	68	8	16	11	62	1.52
26398674--26399199	263	2.0	263	98	0	1007	31	21	14	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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