genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  75  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22539040--22539077	20	1.9	20	84	10	51	26	0	2	71	1.00
22542880--22542960	39	2.1	39	100	0	162	19	14	9	55	1.67
22543274--22543526	29	8.6	29	94	3	443	38	10	0	50	1.39
22543521--22543580	2	30.0	2	78	6	50	46	5	0	48	1.24
22543492--22543610	42	3.0	42	91	6	185	42	7	0	48	1.37
22543567--22543660	33	2.9	33	90	6	140	39	8	1	51	1.40
22543274--22543660	29	12.2	33	86	12	420	39	9	0	50	1.39
22546808--22546892	21	4.0	22	81	6	93	52	16	29	1	1.51
22547977--22548214	17	13.2	17	72	13	174	44	10	12	32	1.76
22547977--22548214	108	2.2	108	84	6	295	44	10	12	32	1.76
22548733--22548774	21	2.0	22	90	4	68	0	26	0	73	0.83
22548734--22548777	12	3.8	12	80	14	56	0	25	0	75	0.81
22548985--22549043	20	2.6	22	76	15	59	0	37	0	62	0.95
22549276--22549439	29	5.6	29	80	9	154	43	6	18	31	1.75
22549275--22549439	30	5.6	30	83	3	174	43	6	19	30	1.75
22549622--22551254	78	20.9	77	84	6	1895	36	18	16	28	1.93
22552004--22552079	35	2.2	35	88	2	109	26	31	11	30	1.92
22557795--22557819	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22558330--22558373	21	2.1	21	87	8	63	36	0	0	63	0.95
22558619--22558643	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
22560429--22560679	35	7.1	34	78	10	227	45	10	12	32	1.76
22560432--22560680	17	13.9	18	74	11	199	45	10	12	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22561039--22561083	13	3.7	13	83	16	53	0	24	0	75	0.80
22561039--22561081	12	3.6	12	80	20	54	0	23	0	76	0.78
22561248--22561298	6	8.3	6	87	10	68	1	13	0	84	0.71
22561237--22561298	12	5.2	11	81	16	63	3	11	0	85	0.71
22561248--22561298	19	2.7	18	88	8	68	1	13	0	84	0.71
22561666--22561832	30	5.6	30	80	6	153	42	5	20	31	1.74
22561666--22561832	59	2.8	59	80	6	185	42	5	20	31	1.74
22566387--22566442	21	2.7	21	82	0	76	26	5	35	32	1.79
22566648--22566715	33	2.0	34	86	8	95	54	1	0	44	1.09
22567368--22567396	14	2.1	14	100	0	58	58	6	6	27	1.50
22569494--22569527	17	2.0	17	88	0	50	52	11	8	26	1.67
22578402--22578435	17	2.1	16	88	5	50	26	8	5	58	1.51
22579206--22579245	20	2.1	18	86	9	53	30	2	2	65	1.19
22595309--22595367	24	2.3	25	82	11	75	54	13	15	16	1.72
22595321--22595367	24	2.0	24	91	0	76	53	14	14	17	1.74
22597345--22597409	13	5.5	13	72	20	61	49	10	0	40	1.38
22597344--22597416	23	3.2	22	90	5	119	49	9	0	41	1.35
22608549--22608655	29	3.7	29	79	3	117	41	18	14	25	1.89
22610003--22610027	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
22610189--22610282	9	10.4	9	87	0	116	44	24	7	23	1.79
22610189--22610282	27	3.5	27	89	0	134	44	24	7	23	1.79
22610389--22610429	18	2.3	18	86	0	55	14	2	43	39	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22612035--22612093	22	2.7	22	89	7	86	52	0	3	44	1.17
22615938--22615992	27	2.0	27	100	0	110	40	12	14	32	1.84
22626603--22626639	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
22627357--22627469	9	13.1	9	89	5	164	79	8	0	11	0.93
22627365--22627469	34	3.1	34	87	8	144	79	9	0	11	0.95
22627480--22627511	16	2.0	16	93	0	55	78	0	21	0	0.76
22627483--22627520	13	2.8	14	77	22	53	78	0	21	0	0.74
22629768--22630885	88	12.9	86	91	3	1247	28	22	23	24	1.99
22630260--22630566	43	7.2	43	63	14	152	28	21	23	26	1.99
22630901--22631584	44	15.5	44	69	14	284	30	19	21	28	1.97
22630986--22631508	87	5.9	88	72	11	339	30	19	22	27	1.98
22631344--22631661	129	2.5	129	91	0	501	28	19	21	29	1.98
22631700--22631798	44	2.3	44	77	8	105	30	26	23	20	1.98
22633298--22633346	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
22633282--22633346	35	1.9	35	84	12	91	35	7	0	56	1.28
22635889--22636214	162	2.0	162	99	0	645	29	17	14	38	1.89
22637489--22637516	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
22638395--22638467	19	3.7	19	70	17	60	39	5	5	49	1.49
22638404--22638480	38	2.0	39	87	2	111	38	7	5	48	1.55
22638418--22638551	20	6.9	20	69	19	88	43	7	3	45	1.50
22638520--22638553	10	3.4	10	83	0	50	44	5	0	50	1.26
22654647--22654692	24	2.0	24	91	4	76	69	6	0	23	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22654663--22654703	17	2.4	17	92	8	66	65	9	0	24	1.22
22654887--22654943	10	6.1	9	78	13	53	28	7	0	64	1.19
22655050--22655119	9	7.6	9	79	4	68	27	2	0	70	1.02
22655049--22655098	10	5.3	10	79	13	52	24	2	0	74	0.93
22655051--22655119	18	3.8	18	78	1	75	27	2	0	69	1.02
22655051--22655119	27	2.5	27	85	2	93	27	2	0	69	1.02
22657939--22657967	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
22658569--22658721	45	3.4	45	90	3	236	41	20	18	19	1.91
22658925--22659010	40	2.2	40	83	6	104	39	19	6	33	1.79
22665514--22665542	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
22666144--22666296	45	3.4	45	89	0	234	40	21	18	19	1.91
22666500--22666585	40	2.2	40	83	6	104	39	19	6	33	1.79
22669738--22669763	9	2.9	9	100	0	52	46	23	23	7	1.78
22672053--22672095	20	2.2	20	100	0	86	41	23	16	18	1.89
22693695--22693745	24	2.1	24	82	7	59	0	15	17	66	1.25
22695190--22695243	21	2.5	22	85	5	67	37	0	3	59	1.15
22703545--22703598	21	2.5	22	82	5	67	35	0	3	61	1.14
22712300--22712350	25	2.0	25	85	7	68	60	13	1	23	1.43
22713002--22713033	16	2.1	15	94	5	55	75	0	25	0	0.81
22713823--22713869	7	6.7	7	100	0	94	42	0	14	42	1.46
22714405--22714443	17	2.3	17	90	0	60	33	5	10	51	1.58
22720029--22720062	18	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22720074--22720107	18	1.9	17	94	5	59	41	2	0	55	1.15
22722591--22722651	32	1.9	32	83	6	79	60	0	9	29	1.29
22723784--22723847	29	2.2	30	80	8	69	39	9	7	43	1.66
22730306--22730707	41	9.8	41	84	4	445	16	24	25	33	1.95
22739696--22739860	66	2.5	65	86	4	224	41	19	26	12	1.87
22739845--22739902	21	2.8	21	81	0	62	36	17	41	5	1.72
22739892--22739949	21	2.8	21	94	0	98	34	15	46	3	1.63
22740246--22740411	43	3.9	42	76	3	134	25	19	24	30	1.98
22740288--22740427	43	3.3	43	82	2	165	23	20	27	28	1.99
22740288--22740465	86	2.1	86	82	2	214	24	22	25	27	2.00
22759642--22759672	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
22760081--22760156	19	4.1	19	75	17	79	23	27	0	48	1.51
22760090--22760159	35	1.9	37	88	5	108	25	27	0	47	1.53
22761473--22761550	36	2.2	36	88	0	111	26	25	5	42	1.76
22763764--22763833	17	4.1	17	70	14	54	38	27	15	18	1.91
22769180--22769222	23	2.0	22	86	13	63	4	13	6	74	1.19
22769261--22769321	11	5.4	11	81	11	70	14	1	3	80	0.92
22769311--22769365	21	2.5	21	85	8	65	38	1	0	60	1.08
22769316--22769364	22	2.3	20	80	13	53	38	2	0	59	1.09
22769318--22769372	21	2.5	23	82	8	69	38	1	0	60	1.08
22769455--22769490	13	2.7	13	91	4	54	41	0	0	58	0.98
22769455--22769493	12	3.1	12	88	7	51	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22770099--22770157	24	2.5	24	94	0	100	35	15	32	16	1.90
22775852--22775927	30	2.6	29	79	4	91	26	19	26	27	1.99
22778707--22778752	22	2.1	22	84	4	58	8	13	2	76	1.11
22780876--22780913	19	2.0	20	90	10	62	36	0	13	50	1.42
22786894--22786981	40	2.2	40	83	4	115	32	21	22	22	1.98
22786953--22787126	66	2.4	72	84	9	216	32	16	25	25	1.96
22787253--22787313	7	8.6	7	76	3	50	19	1	29	49	1.58
22787339--22787390	21	2.5	21	80	0	59	17	0	32	50	1.47
22787253--22787391	14	9.9	14	72	9	68	20	0	28	51	1.53
22801002--22801128	43	3.1	43	72	17	144	25	14	28	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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