genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  6  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2316463--2316502	21	1.9	21	94	0	71	32	0	12	55	1.38
2316672--2316753	38	2.2	38	95	0	146	40	2	2	54	1.26
2316895--2317061	27	7.2	21	76	16	104	53	14	0	31	1.46
2316922--2317052	8	15.4	8	66	20	61	50	14	0	34	1.49
2316948--2317062	19	6.1	19	73	18	107	53	13	0	33	1.40
2316948--2317052	27	4.1	27	90	7	159	52	12	0	35	1.39
2316975--2317123	67	2.3	60	80	11	138	55	11	0	32	1.41
2317095--2317132	19	1.9	19	89	5	58	57	7	0	34	1.28
2317131--2317195	27	2.4	27	92	0	103	13	30	23	32	1.93
2321826--2321876	20	2.4	21	90	9	77	41	0	0	58	0.98
2323116--2323175	23	2.8	20	72	13	57	41	3	6	48	1.46
2329596--2329665	11	6.4	11	75	6	52	18	5	8	67	1.38
2329614--2329669	14	3.6	14	74	21	58	23	5	5	66	1.34
2336995--2337023	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2337022--2337050	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2339234--2339287	21	2.6	20	79	5	54	61	5	5	27	1.41
2362810--2362861	16	3.2	16	94	0	86	28	0	34	36	1.58
2362842--2362932	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
2363193--2363244	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2363143--2363353	104	2.0	104	92	1	352	49	5	3	42	1.41
2363335--2363502	47	3.7	46	71	13	148	47	3	2	45	1.35
2363394--2363454	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365749--2365786	20	1.9	20	89	10	60	26	13	5	55	1.59
2371705--2371771	33	2.1	32	94	2	116	28	7	11	52	1.65
2379580--2379906	163	2.0	163	100	0	654	28	12	16	42	1.85
2386044--2386077	5	6.8	5	100	0	68	79	0	20	0	0.73
2398441--2398467	13	2.1	13	100	0	54	29	14	29	25	1.95
2400829--2400874	23	2.0	23	95	0	83	21	32	4	41	1.73
2401700--2401826	47	2.6	49	89	7	197	17	27	8	46	1.77
2408748--2408862	43	2.7	42	84	7	144	30	23	19	26	1.98
2426740--2426772	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2429001--2429096	45	2.1	43	83	10	129	34	5	28	32	1.79
2441385--2441960	212	2.7	210	87	4	803	28	13	19	38	1.90
2446634--2446663	15	2.0	15	93	0	51	3	56	0	40	1.16
2450458--2450518	30	2.0	31	87	3	88	39	0	40	19	1.52
2450730--2450766	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
2452416--2452512	4	24.2	4	100	0	194	50	24	0	24	1.49
2462767--2462819	19	2.7	19	75	18	56	39	3	1	54	1.29
2464573--2464982	105	4.0	103	81	11	455	42	13	15	28	1.85
2464777--2464971	94	2.1	96	94	1	340	42	13	16	27	1.86
2465657--2465723	29	2.3	29	77	10	75	58	8	2	29	1.44
2466285--2466763	95	4.8	97	80	12	496	27	16	14	41	1.87
2466554--2466821	112	2.5	109	83	8	318	29	15	14	39	1.88
2473101--2473156	24	2.3	24	100	0	112	39	3	17	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474746--2474811	30	2.3	28	82	14	82	56	1	1	40	1.18
2474943--2474987	22	2.0	22	83	8	56	33	6	4	55	1.46
2474968--2474994	14	1.9	14	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2476471--2476566	48	2.0	48	97	0	183	27	30	20	21	1.98
2480522--2480922	64	6.3	64	76	7	379	48	23	13	14	1.80
2480528--2480922	127	3.1	127	92	0	646	48	23	13	15	1.80
2481136--2481291	9	16.4	10	68	16	59	54	1	5	39	1.31
2481142--2481200	19	3.2	18	75	15	59	57	1	3	37	1.25
2481173--2481278	39	2.7	39	79	8	108	55	0	5	37	1.30
2482465--2482543	40	2.0	40	85	5	106	25	18	26	29	1.98
2482921--2483130	43	4.9	43	92	0	330	30	18	26	24	1.98
2485880--2485923	14	3.2	13	84	12	52	31	0	15	52	1.44
2492539--2492598	31	1.9	31	82	0	75	48	6	5	40	1.51
2493459--2493516	29	2.0	29	82	0	71	22	10	13	53	1.70
2495876--2495917	15	2.9	15	78	3	50	64	0	0	35	0.94
2495837--2495904	28	2.4	29	76	14	70	63	1	1	33	1.13
2497064--2497103	16	2.5	16	87	0	53	45	5	7	42	1.54
2497092--2497244	59	2.6	59	95	2	274	40	5	8	45	1.57
2497227--2497253	9	3.0	9	100	0	54	33	0	11	55	1.35
2500880--2500939	4	15.0	4	92	0	93	0	3	26	70	1.03
2507613--2507671	31	1.9	31	93	6	102	33	13	8	44	1.74
2509189--2509231	14	2.9	14	86	10	50	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2522726--2522860	40	3.4	39	75	8	123	39	20	20	20	1.93
2522926--2523055	41	3.2	41	82	2	154	23	20	24	30	1.99
2523343--2523376	15	2.2	16	89	5	52	23	0	29	47	1.52
2533227--2533367	66	2.1	66	85	5	187	41	17	28	13	1.87
2533344--2533456	21	5.4	21	82	2	84	34	16	42	6	1.74
2533361--2533456	42	2.3	42	83	0	111	34	16	43	5	1.70
2533803--2534061	86	3.0	85	86	2	311	22	18	30	28	1.97
2533821--2534064	87	2.8	87	87	3	348	23	18	30	27	1.98
2533801--2534053	130	2.0	129	82	5	314	22	18	30	29	1.97
2533801--2534061	43	6.0	43	77	4	265	21	18	30	29	1.97
2535179--2535215	18	2.0	20	89	10	60	43	13	13	29	1.82
2535248--2535277	13	2.3	13	100	0	60	40	43	0	16	1.48
2547316--2547361	19	2.3	20	81	3	58	67	0	0	32	0.91
2547331--2547379	13	3.7	13	83	8	55	73	0	2	24	0.94
2548560--2548703	74	1.9	74	95	0	261	31	22	22	23	1.98
2554540--2554580	22	1.9	21	85	5	55	63	7	0	29	1.21
2556795--2556819	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
2556793--2556827	14	2.5	15	86	13	56	5	11	0	82	0.82
2558059--2558098	18	2.3	17	86	4	53	55	7	17	20	1.66
2558794--2558837	21	2.1	21	83	8	54	34	0	18	47	1.49
2559285--2559447	49	3.3	49	71	14	127	17	25	19	37	1.93
2559278--2559450	25	7.0	25	70	10	106	17	25	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2561091--2561138	21	2.2	22	92	3	80	20	20	18	39	1.92
2562646--2562672	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2571735--2571769	18	1.9	18	88	0	52	57	2	0	40	1.14
2575905--2576404	114	4.4	114	85	3	682	28	25	22	24	1.99
2575905--2576404	228	2.2	228	88	2	761	28	25	22	24	1.99
2579247--2579295	18	2.6	19	77	6	55	30	12	14	42	1.82
2585792--2585831	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
2585815--2585854	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
2585800--2585866	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
2585845--2585931	33	2.7	32	74	15	88	27	9	18	44	1.80
2590668--2591097	111	3.9	111	91	0	673	33	20	15	30	1.94
2591328--2591386	24	2.5	24	80	5	75	44	0	15	40	1.46
2591708--2591763	3	18.7	3	82	10	62	62	1	1	33	1.16
2593094--2593139	22	2.1	22	100	0	92	28	23	4	43	1.73
2600071--2600097	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2600858--2600908	13	3.9	13	77	10	59	31	7	17	43	1.78
2602038--2602091	24	2.2	24	83	6	65	66	3	1	27	1.19
2605623--2605701	34	2.4	32	78	6	86	39	3	7	49	1.49
2606555--2606606	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
2607829--2607996	51	3.3	51	75	3	160	30	25	16	27	1.96
2608225--2608286	18	3.2	21	65	25	64	38	11	3	46	1.56
2608223--2608294	36	2.0	36	100	0	144	41	11	2	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2611008--2611122	44	2.6	44	78	9	137	22	19	29	28	1.98
2611152--2611202	23	2.2	23	89	6	77	45	19	5	29	1.74
2614754--2614805	27	1.9	27	100	0	104	23	0	25	51	1.48
2633673--2633697	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2638700--2638761	27	2.3	27	82	0	70	27	25	27	19	1.99
2648883--2648939	29	2.0	29	100	0	114	21	7	40	31	1.80
2649028--2649052	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2656414--2656459	22	2.1	22	84	8	58	30	6	6	56	1.50
2657015--2657084	32	2.2	32	84	2	88	32	15	10	41	1.81
2666784--2666838	2	28.0	2	96	3	103	50	0	49	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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