genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  39  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12429326--12430093	44	17.7	44	72	9	502	31	22	22	24	1.99
12429298--12430093	131	6.1	131	86	3	709	31	22	22	23	1.99
12429410--12429867	218	2.1	218	95	0	826	30	23	22	23	1.99
12429305--12429964	349	1.9	349	93	1	1135	30	22	22	23	1.99
12431525--12431592	3	23.3	3	76	11	61	25	2	2	69	1.17
12431740--12431789	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
12444109--12444240	55	2.4	55	94	1	228	32	21	26	18	1.97
12444110--12444226	28	4.3	27	81	9	139	32	22	27	17	1.97
12459657--12459709	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
12460804--12460879	29	2.5	30	82	4	82	50	13	17	19	1.78
12462812--12462853	16	2.6	16	81	11	50	47	7	0	45	1.30
12462802--12462859	17	3.2	18	78	4	55	55	6	0	37	1.27
12467390--12467600	102	2.1	100	86	4	291	28	23	13	34	1.93
12474588--12474633	18	2.5	19	78	7	58	67	0	0	32	0.91
12487237--12487297	19	3.3	19	75	9	63	67	0	4	27	1.11
12487249--12487331	28	3.0	26	81	13	87	63	0	3	32	1.11
12487528--12487575	20	2.3	22	79	13	57	33	4	0	62	1.14
12487515--12487572	30	1.9	30	89	0	89	32	3	1	62	1.22
12487549--12487591	19	2.3	19	84	8	52	30	2	0	67	1.03
12487617--12487781	86	1.9	85	82	6	208	32	9	17	40	1.82
12487791--12487815	8	3.1	8	100	0	50	12	0	12	76	1.04
12493274--12493301	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12493442--12493473	13	2.6	13	90	9	50	28	0	0	71	0.86
12494641--12494671	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
12494855--12494897	22	2.0	22	85	0	59	55	6	13	23	1.62
12500728--12500798	33	2.2	32	80	5	79	63	9	1	25	1.34
12501382--12501429	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
12502320--12502358	15	2.6	15	87	0	51	15	0	33	51	1.44
12507573--12507636	30	2.1	30	91	0	101	42	1	29	26	1.65
12508456--12508520	33	2.0	33	96	0	121	41	21	16	20	1.90
12510801--12510877	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
12510817--12510856	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
12510805--12510871	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
12525987--12526048	31	2.0	31	93	0	106	40	4	14	40	1.67
12526124--12526160	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
12527321--12527362	10	4.2	10	79	11	50	35	0	2	61	1.09
12527321--12527359	20	1.9	21	89	5	62	38	0	2	58	1.12
12527481--12527527	14	3.5	14	80	11	62	55	2	8	34	1.42
12527481--12527527	13	3.5	13	83	13	60	55	2	8	34	1.42
12527837--12528015	73	2.4	73	82	4	209	17	17	19	44	1.87
12527813--12528018	37	5.6	37	65	12	104	17	16	18	46	1.85
12533699--12534032	120	2.8	120	98	0	641	43	0	5	50	1.30
12534245--12534277	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
12536621--12536658	21	1.9	21	89	10	62	13	5	5	76	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12537622--12537665	14	2.8	16	86	10	56	31	0	4	63	1.14
12543107--12543144	14	2.7	14	91	0	58	42	7	13	36	1.73
12543128--12543172	19	2.3	19	92	3	72	26	11	13	48	1.75
12543136--12543173	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
12543249--12543291	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
12543452--12543482	15	2.1	15	100	0	62	61	6	12	19	1.53
12546057--12546106	25	2.0	25	100	0	100	52	4	40	4	1.39
12549204--12549496	106	2.8	105	86	5	407	32	20	17	29	1.95
12551926--12551964	18	2.2	18	85	0	51	66	5	2	25	1.25
12558432--12558483	21	2.5	21	90	6	79	28	30	13	26	1.94
12560632--12560676	17	2.3	21	75	21	53	48	2	0	48	1.13
12565155--12565214	15	4.0	15	77	0	66	45	30	1	23	1.63
12567920--12567995	29	2.6	29	97	0	143	40	28	9	21	1.84
12568000--12568055	18	3.0	18	66	19	51	50	19	7	23	1.72
12568003--12568065	20	3.2	20	68	17	60	52	20	6	20	1.68
12567978--12568068	38	2.4	38	94	0	164	49	20	7	21	1.74
12568732--12568784	22	2.5	20	77	22	54	37	0	0	62	0.96
12568738--12568782	24	1.9	23	82	13	56	40	0	0	60	0.97
12569354--12569399	19	2.5	18	85	3	56	58	6	0	34	1.24
12573249--12573557	155	2.0	156	98	1	595	32	19	15	32	1.94
12578947--12578988	21	2.0	21	90	0	66	33	19	2	45	1.63
12580919--12580967	19	2.5	21	83	9	59	61	4	2	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12580919--12580967	20	2.5	20	83	9	57	61	4	2	32	1.26
12582313--12582342	14	2.1	14	93	0	51	50	10	0	40	1.36
12593048--12593102	22	2.5	22	82	11	69	43	1	0	54	1.10
12593272--12593308	19	1.9	19	94	0	65	40	0	0	59	0.97
12595424--12595528	27	3.8	27	86	10	124	37	3	0	59	1.16
12595424--12595498	27	2.7	27	95	2	132	33	5	0	61	1.19
12595452--12595517	35	1.9	34	81	9	80	36	3	0	60	1.12
12595511--12595613	41	2.5	41	83	12	124	42	1	0	55	1.11
12595457--12595614	9	16.3	9	72	19	72	41	2	0	55	1.13
12600600--12600641	21	2.0	22	90	4	68	40	2	0	57	1.12
12600600--12600664	19	3.3	19	84	4	67	35	1	3	60	1.22
12600600--12600664	9	6.6	10	77	18	57	35	1	3	60	1.22
12600584--12600664	10	8.3	9	72	14	63	33	1	2	62	1.16
12600741--12600790	10	5.1	10	76	13	50	30	4	0	66	1.10
12603468--12603596	45	2.9	45	85	1	188	33	21	22	22	1.97
12605018--12605047	14	2.1	15	93	6	53	76	0	13	10	1.01
12606503--12606655	22	7.0	22	90	0	225	32	14	26	26	1.94
12608405--12608467	6	10.0	6	84	5	54	0	25	0	74	0.82
12613354--12613386	16	2.1	16	100	0	66	21	36	6	36	1.78
12615105--12615207	21	5.0	21	67	17	65	41	0	0	57	1.05
12615119--12615202	14	5.7	14	70	13	53	41	0	0	58	0.98
12615379--12615422	16	2.8	16	89	0	61	22	29	2	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12619989--12620107	45	2.7	45	80	1	150	29	24	15	30	1.96
12619983--12620905	143	6.5	143	91	0	1360	28	22	19	29	1.98
12620181--12620832	44	13.8	44	63	15	151	27	23	21	28	1.99
12621084--12621150	11	6.4	11	72	18	54	61	0	2	35	1.12
12621073--12621163	40	2.3	40	98	0	173	63	0	2	34	1.06
12621341--12621765	143	3.0	143	89	0	654	27	21	20	30	1.98
12622309--12622353	20	2.2	20	88	7	65	0	15	4	80	0.87
12624930--12624969	19	2.1	19	86	9	55	45	12	20	22	1.84
12628572--12628640	34	2.0	34	100	0	138	34	8	26	30	1.86
12630706--12630732	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
12630811--12630854	19	2.2	20	88	4	63	54	2	2	40	1.25
12630797--12630947	48	3.2	46	72	15	139	50	2	0	45	1.20
12630779--12630956	94	1.9	95	88	3	270	47	3	0	47	1.24
12630779--12630913	48	2.9	48	71	16	129	48	4	0	45	1.27
12631244--12631290	11	4.3	11	80	20	62	40	6	0	53	1.27
12631254--12631313	22	2.7	23	89	5	72	38	3	0	58	1.15
12631254--12631306	22	2.5	22	93	3	90	39	3	0	56	1.17
12631588--12631688	45	2.2	45	89	0	148	49	2	5	41	1.42
12631639--12631708	32	2.3	31	83	11	90	52	2	4	40	1.36
12631649--12631723	35	2.2	35	86	6	102	49	2	6	41	1.43
12640197--12640271	25	3.0	25	86	0	105	25	28	17	29	1.97
12643754--12643808	25	2.2	25	77	6	58	49	30	9	10	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12644342--12644409	24	2.8	24	86	2	91	23	22	23	30	1.99
12644342--12644399	25	2.4	25	91	2	91	24	24	22	29	1.99
12651097--12651274	40	4.4	40	80	10	191	23	16	28	31	1.96
12651097--12651277	81	2.2	81	86	4	240	24	16	28	30	1.96
12657335--12657395	25	2.4	25	76	10	63	40	3	0	55	1.16
12681892--12681925	13	2.6	13	90	0	59	14	23	0	61	1.33
12683977--12684030	18	2.9	18	77	5	54	44	11	18	25	1.83
12684395--12684433	20	2.0	20	89	0	60	20	0	2	76	0.90
12687743--12687830	43	2.1	42	84	2	113	30	5	28	35	1.80
12688022--12688205	6	30.7	6	88	2	208	18	7	15	59	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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