Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  35  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11241226--11241307
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42
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20
20
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1.86
11255014--11255185
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177
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20
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18
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81
3.5
81
81
4
337
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17
17
1.85
11279747--11280033
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188
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24
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1.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
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62
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1.01
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62
0
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0
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6
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17
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1
74
1.08
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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0
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10
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0
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0
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0
0
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0
2
41
1.13
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10
5.5
10
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54
0
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0
0
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0
0
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10
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10
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10
81
48
8
11
32
1.68
11454160--11454228
31
2.2
31
94
0
120
47
7
11
33
1.67
11455442--11455489
25
1.9
25
82
0
60
54
8
4
33
1.50
11455808--11455843
4
8.8
4
87
6
54
75
5
0
19
1.00
11456438--11456503
3
22.3
3
77
20
68
63
3
1
31
1.19
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11456437--11456486
18
2.8
18
87
9
75
62
0
2
36
1.07
11458286--11458318
16
2.1
16
88
11
50
54
0
6
39
1.25
11459323--11459373
21
2.5
20
87
6
68
29
0
1
68
1.00
11460939--11460978
21
1.9
21
94
0
71
32
22
15
30
1.94
11460941--11460991
21
2.4
21
86
0
66
37
25
15
21
1.93
11463704--11463736
12
2.8
12
86
4
50
33
0
0
66
0.92
11472390--11472435
23
2.0
23
86
0
65
17
4
28
50
1.65
11473522--11473565
20
2.2
20
84
4
63
38
11
0
50
1.39
11473977--11474016
16
2.5
16
83
0
53
60
0
5
35
1.19
11474009--11474040
6
5.3
6
100
0
64
81
0
0
18
0.70
11474292--11474325
11
3.0
12
87
12
54
35
0
0
64
0.94
11474538--11474594
29
2.0
29
86
6
80
73
14
7
5
1.21
11474560--11474594
18
1.9
18
94
0
61
77
11
5
5
1.12
11480876--11480988
55
2.1
55
89
0
172
19
20
38
21
1.93
11481439--11481536
40
2.5
40
81
3
117
39
18
18
23
1.92
11481610--11481892
41
6.9
41
88
0
361
18
20
33
27
1.96
11482159--11482188
15
2.0
15
93
0
51
20
0
43
36
1.52
11482194--11482234
21
2.0
20
85
4
55
19
0
39
41
1.52
11482269--11482299
15
2.0
16
93
6
55
22
6
38
32
1.80
11482512--11482568
23
2.6
22
86
5
71
22
1
42
33
1.64
11482507--11482548
15
2.8
15
82
13
59
21
0
40
38
1.53
11483347--11483416
16
4.4
16
92
0
95
31
0
34
34
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11483395--11483504
45
2.6
43
77
9
120
34
5
28
31
1.80
11483851--11483892
15
2.9
15
82
10
52
52
0
0
47
1.00
11483772--11483941
37
4.7
35
68
20
100
47
6
2
43
1.41
11483758--11483994
107
2.2
108
83
9
313
48
5
2
43
1.38
11483999--11484166
47
3.7
46
70
15
141
46
4
2
46
1.37
11484061--11484118
28
2.2
26
84
12
73
51
5
0
43
1.24
11484033--11484200
91
1.8
91
92
0
282
46
3
2
47
1.32
11484058--11484201
44
3.2
43
68
16
112
48
3
2
45
1.31
11486726--11486786
27
2.3
27
85
0
77
22
4
31
40
1.75
11491518--11491782
42
6.2
43
87
1
320
23
17
31
27
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210