genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  55  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16796144--16796464	41	7.8	41	82	4	333	17	23	25	33	1.96
16797016--16797053	15	2.5	16	83	12	53	18	0	44	36	1.50
16797390--16797426	15	2.4	16	82	13	51	72	0	0	27	0.84
16801169--16801213	19	2.3	19	85	11	56	44	0	2	53	1.13
16801275--16801344	12	6.1	12	73	21	51	52	12	0	34	1.40
16801275--16801344	21	3.2	21	77	16	70	52	12	0	34	1.40
16801223--16801411	49	3.9	48	78	12	197	50	15	1	33	1.51
16801296--16801362	23	2.9	23	78	8	73	52	10	0	37	1.36
16801277--16801431	32	4.8	32	70	18	115	49	14	0	34	1.49
16801234--16801344	57	1.9	58	83	10	147	51	14	0	33	1.49
16801369--16802223	9	100.1	9	65	24	201	45	19	1	33	1.60
16801224--16801441	96	2.3	97	87	4	309	49	14	0	34	1.50
16801466--16801541	16	4.6	16	79	6	80	50	19	0	30	1.48
16801438--16801548	25	4.4	25	73	8	100	45	21	1	30	1.62
16801590--16801614	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
16801588--16801631	22	2.0	21	91	4	70	47	15	0	36	1.46
16801599--16801641	12	4.0	11	80	14	54	46	11	0	41	1.40
16801627--16801671	23	1.9	24	90	4	74	40	17	0	42	1.50
16801590--16801665	32	2.3	31	82	15	89	43	14	0	42	1.45
16801319--16802208	220	4.1	220	97	1	1590	45	18	1	33	1.58
16801686--16801762	16	4.7	16	76	6	73	49	22	0	28	1.50
16801658--16801768	25	4.4	25	75	8	109	46	22	1	28	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16801810--16801834	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
16801808--16801851	22	2.0	21	91	4	70	47	15	0	36	1.46
16801747--16802111	52	6.7	51	70	22	212	45	18	1	34	1.57
16801819--16801861	12	4.0	11	80	14	54	46	11	0	41	1.40
16801733--16801861	61	2.1	60	80	12	147	46	17	0	34	1.54
16801847--16801891	23	1.9	24	90	4	74	40	17	0	42	1.50
16801810--16801885	32	2.3	31	82	15	89	43	14	0	42	1.45
16801906--16801982	16	4.7	16	79	6	82	48	23	0	28	1.51
16801878--16801988	25	4.4	25	77	8	118	45	23	1	28	1.63
16802030--16802054	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
16801955--16802078	61	2.0	62	81	10	148	47	17	0	33	1.54
16802039--16802081	12	4.0	11	80	14	54	46	11	0	41	1.40
16802067--16802111	23	1.9	24	90	4	74	40	17	0	42	1.50
16802030--16802105	32	2.3	31	82	15	89	43	14	0	42	1.45
16802098--16802210	25	4.5	25	82	0	136	46	21	1	30	1.62
16802098--16802220	50	2.4	50	86	2	165	44	21	2	30	1.65
16807687--16807833	66	2.2	66	85	7	201	40	17	28	13	1.87
16807816--16807874	21	2.8	21	82	5	75	33	15	44	6	1.73
16808217--16808720	43	11.7	43	82	2	404	23	20	26	28	1.99
16808195--16808462	128	2.1	128	84	1	340	25	16	26	31	1.96
16811999--16812061	11	5.5	11	75	17	56	4	19	1	74	1.08
16811999--16812051	18	2.9	18	80	0	70	3	18	0	77	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16816715--16816746	6	5.7	6	92	7	50	0	0	12	87	0.54
16818000--16818107	57	1.9	57	96	0	198	27	16	12	42	1.85
16818446--16818824	189	2.0	189	93	0	650	35	10	21	33	1.87
16819082--16819191	43	2.6	41	75	12	98	22	20	22	34	1.97
16828369--16828469	50	2.0	50	84	3	132	24	22	11	40	1.88
16828419--16828562	69	2.1	69	88	5	211	24	22	14	38	1.92
16830475--16830543	23	3.1	22	84	10	79	59	5	2	31	1.36
16830485--16830520	12	3.1	12	84	8	56	55	5	5	33	1.46
16830577--16830610	6	5.7	6	96	0	59	79	0	0	20	0.73
16830842--16830886	23	2.0	23	81	0	54	62	15	0	22	1.33
16831069--16831135	23	3.0	23	77	18	79	37	16	7	38	1.77
16831070--16831141	19	3.5	20	85	11	83	38	15	8	37	1.77
16833992--16834274	51	5.6	51	94	1	480	28	23	14	33	1.94
16836448--16836481	12	2.8	12	95	0	59	55	2	0	41	1.15
16840276--16840677	203	2.0	202	90	1	635	34	20	13	32	1.91
16846482--16846549	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57
16846765--16846806	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
16846774--16846815	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
16846981--16847041	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
16865722--16865774	12	3.9	13	76	23	56	47	1	13	37	1.54
16865749--16865779	12	2.6	12	89	0	53	48	6	12	32	1.67
16868572--16868601	16	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16870810--16870845	18	2.0	18	94	0	63	69	5	2	22	1.22
16871361--16871425	23	2.7	25	77	15	66	43	1	1	53	1.19
16873796--16873841	22	2.1	21	84	4	56	41	4	4	50	1.42
16881493--16881563	36	2.0	36	91	0	115	26	11	14	47	1.77
16886573--16886643	36	2.0	36	85	0	97	25	11	14	49	1.76
16886584--16886644	17	3.5	17	76	8	59	27	9	13	49	1.73
16887088--16887125	5	7.6	5	93	0	67	78	0	2	18	0.86
16894352--16894499	70	2.1	68	82	4	172	35	15	5	43	1.70
16896447--16896495	20	2.6	19	80	6	55	34	4	16	44	1.66
16898707--16898756	17	2.9	17	87	0	82	44	6	26	24	1.76
16917677--16917818	24	5.8	24	67	21	73	17	23	21	38	1.93
16917724--16917818	49	1.9	50	81	10	115	15	23	22	38	1.92
16919778--16919820	14	3.1	14	80	6	61	37	9	0	53	1.33
16919755--16919957	13	15.5	13	68	8	88	36	15	3	43	1.66
16919765--16919820	27	2.1	26	93	3	94	37	12	0	50	1.41
16919869--16919957	39	2.3	39	82	2	97	39	17	2	40	1.63
16919845--16919965	26	4.6	26	77	2	107	35	18	4	42	1.69
16919924--16919966	13	3.3	13	90	0	68	30	23	6	39	1.81
16922899--16922979	26	3.1	26	78	3	92	34	20	20	23	1.97
16922899--16923005	52	2.1	52	80	3	117	35	21	20	22	1.96
16932185--16932268	20	4.3	20	76	22	90	63	0	35	1	1.03
16932192--16932255	30	2.2	29	88	2	92	68	0	29	1	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16932210--16932265	3	18.7	3	75	14	53	67	0	32	0	0.91
16932185--16932265	15	5.7	15	73	18	57	64	0	34	1	1.02
16932562--16932611	16	3.2	16	70	13	50	66	4	8	22	1.35
16932708--16932758	13	3.8	13	73	16	50	58	13	1	25	1.46
16932593--16933318	148	4.7	157	84	8	890	53	8	9	28	1.62
16935619--16935660	8	5.4	8	85	5	59	50	26	0	23	1.50
16938528--16938614	40	2.1	43	85	10	119	51	12	4	31	1.60
16938556--16938696	76	1.9	76	86	3	203	52	13	4	29	1.59
16938917--16938978	20	3.2	20	72	19	58	3	29	0	67	1.06
16939000--16939036	3	12.3	3	100	0	74	32	32	0	35	1.58
16939141--16939341	6	33.5	6	81	4	217	0	40	0	59	0.98
16939141--16939341	9	22.3	9	85	4	217	0	40	0	59	0.98
16939141--16939341	15	13.4	15	83	4	217	0	40	0	59	0.98
16943415--16943445	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
16943498--16943534	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16944558--16944587	8	3.8	8	100	0	60	40	36	0	23	1.55
16945454--16945502	18	3.1	15	78	18	55	26	4	2	67	1.19
16947041--16947070	4	7.2	4	92	7	51	46	23	0	30	1.52
16947038--16947070	12	2.6	13	90	9	59	45	24	0	30	1.53
16960052--16960099	25	1.9	25	95	0	87	43	25	10	20	1.83
16960060--16960112	25	2.1	25	82	6	63	47	26	7	18	1.75
16974161--16974190	9	3.3	9	90	0	51	10	20	3	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16977655--16977897	43	5.7	43	83	7	291	23	19	27	29	1.98
16977655--16977897	127	1.9	129	82	6	307	23	19	27	29	1.98
16981534--16981637	49	2.2	47	83	13	126	8	52	1	36	1.43
16983536--16983592	30	2.0	30	83	13	75	47	0	5	47	1.24
16983823--16983855	9	3.7	9	91	0	57	42	21	12	24	1.86
16990727--16990767	21	2.0	21	85	0	55	43	31	4	19	1.72
16991471--16991508	18	2.1	18	100	0	76	36	26	5	31	1.79
16991599--16991630	9	3.8	9	84	16	50	71	0	0	28	0.86
16991639--16991685	23	2.0	23	87	0	67	51	0	0	48	1.00
16991670--16991749	9	8.6	9	80	6	88	62	2	0	35	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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