genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  70  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21031089--21031223	58	2.3	57	85	2	180	51	4	0	43	1.21
21034836--21035250	49	8.5	49	82	2	422	24	25	16	33	1.96
21034839--21035247	147	2.8	147	85	0	550	24	25	16	33	1.95
21041849--21042042	96	2.0	96	100	0	388	38	16	12	31	1.87
21042134--21042171	19	2.0	20	94	5	69	26	13	5	55	1.59
21042362--21042436	20	3.7	20	79	10	89	16	18	13	52	1.75
21042362--21042411	21	2.5	20	93	3	82	18	16	14	52	1.76
21043977--21044021	18	2.5	18	82	10	56	28	22	0	48	1.50
21047145--21047177	17	2.0	17	88	5	50	30	6	0	63	1.18
21048858--21049006	29	5.1	30	77	9	105	34	19	5	40	1.74
21048858--21049006	58	2.6	58	81	6	160	34	19	5	40	1.74
21049392--21049463	31	2.4	31	84	9	87	75	0	23	1	0.89
21049389--21049464	25	3.1	24	83	12	84	76	0	22	1	0.86
21049388--21049464	6	12.8	6	71	15	52	75	0	23	1	0.88
21049610--21049650	16	2.5	15	85	14	55	24	48	26	0	1.51
21049610--21049650	17	2.5	16	88	11	57	24	48	26	0	1.51
21049737--21049807	21	3.3	21	80	9	81	77	0	22	0	0.77
21049751--21049808	7	8.0	7	81	12	64	79	0	20	0	0.74
21049750--21049800	25	2.2	23	89	10	77	82	0	17	0	0.67
21049737--21049806	14	5.0	13	71	20	52	77	0	22	0	0.78
21061755--21062639	158	5.6	158	87	6	1195	28	16	18	35	1.93
21061755--21062640	81	11.2	79	84	7	1120	28	16	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21061756--21062640	238	3.7	236	86	5	1180	28	16	18	35	1.93
21062855--21062984	59	2.2	58	88	1	188	33	17	5	43	1.72
21062855--21063017	29	5.5	30	78	5	145	31	19	5	43	1.73
21062855--21063012	59	2.7	59	85	5	169	32	17	5	44	1.70
21063244--21063284	16	2.7	16	85	11	59	75	0	24	0	0.80
21063372--21063437	19	3.7	18	73	18	57	68	0	27	4	1.09
21063580--21063623	17	2.6	17	86	10	56	25	47	27	0	1.52
21063718--21063795	10	8.1	9	72	20	52	79	0	19	1	0.80
21063723--21063796	7	10.0	7	76	15	60	79	0	18	1	0.80
21063722--21063784	12	5.7	12	78	12	64	80	0	17	1	0.78
21063721--21063796	20	3.8	20	78	14	86	78	0	19	1	0.81
21063722--21063787	32	2.1	30	91	5	105	81	0	16	1	0.76
21064700--21064778	20	4.1	20	75	8	65	60	7	11	20	1.54
21064730--21064787	19	3.1	19	82	0	62	60	8	13	17	1.58
21064823--21064896	19	3.7	19	76	15	78	51	9	20	18	1.74
21065041--21065074	16	2.1	16	94	0	59	52	0	20	26	1.46
21064981--21065104	59	2.1	62	82	8	150	58	6	16	18	1.60
21065192--21065275	20	4.1	20	70	17	55	61	3	15	19	1.47
21065187--21065271	42	2.0	42	84	8	111	65	3	15	15	1.40
21070747--21070798	15	3.4	15	84	10	70	55	0	0	44	0.99
21070737--21070790	24	2.3	24	96	3	101	59	0	0	40	0.98
21070745--21070798	7	7.0	8	82	14	69	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21071633--21071760	57	2.2	57	84	4	157	52	4	0	42	1.22
21074513--21074555	12	3.7	12	87	3	61	65	0	6	27	1.18
21074514--21074565	11	4.1	12	79	18	52	69	0	7	23	1.14
21074932--21074976	20	2.3	19	81	7	54	4	13	13	68	1.35
21075082--21075141	18	3.2	19	76	21	63	3	28	1	66	1.17
21075097--21075128	11	2.8	12	86	13	50	0	28	0	71	0.86
21075230--21075279	12	4.2	12	76	16	50	4	18	4	74	1.14
21075589--21075753	29	5.6	29	82	2	177	40	3	22	33	1.72
21075599--21075753	59	2.6	58	80	2	184	40	3	23	32	1.73
21075939--21078211	305	7.5	304	83	8	2540	33	21	17	28	1.95
21075947--21078210	77	29.8	75	82	8	2293	33	21	16	28	1.95
21075947--21078210	152	14.9	148	84	6	2471	33	21	16	28	1.95
21075947--21078205	229	9.9	222	83	7	2405	33	21	16	28	1.95
21079049--21079140	9	10.1	9	85	9	98	1	6	9	82	0.88
21079056--21079100	14	3.3	14	82	14	58	0	8	8	82	0.85
21085644--21085803	17	8.9	18	74	16	145	43	10	13	32	1.78
21085714--21085794	21	4.1	20	76	19	80	41	9	9	38	1.72
21085752--21085811	17	3.3	17	75	11	57	35	10	11	43	1.75
21086068--21086125	28	2.1	29	87	6	84	58	0	3	37	1.15
21086270--21086318	17	3.1	16	83	13	57	0	22	0	77	0.77
21086273--21086336	25	2.6	25	87	7	87	0	20	0	79	0.73
21086595--21086679	36	2.4	36	82	9	102	3	21	0	75	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21087148--21087309	29	5.6	29	81	6	166	39	1	21	37	1.64
21087169--21087316	29	5.0	29	84	5	172	40	1	20	37	1.62
21087149--21087316	59	2.9	57	83	7	203	40	2	21	35	1.66
21087149--21087309	88	1.8	88	85	7	229	39	1	21	36	1.65
21088961--21089006	24	1.9	24	91	8	76	30	0	21	47	1.51
21095564--21095601	17	2.4	17	86	8	53	23	31	23	21	1.98
21101515--21101576	27	2.3	27	88	0	88	20	16	16	46	1.83
21102253--21102348	49	2.0	49	91	4	158	23	22	17	35	1.95
21110264--21110297	17	2.0	17	88	0	50	58	0	11	29	1.33
21110455--21110499	22	2.0	22	91	0	72	51	4	0	44	1.21
21112705--21112732	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21112967--21113014	20	2.4	20	79	6	62	62	8	10	18	1.52
21113635--21113748	39	3.0	37	76	7	113	49	8	21	20	1.76
21113612--21113694	20	4.2	20	77	9	80	49	10	20	19	1.78
21113716--21113764	19	2.5	19	90	3	71	55	6	18	20	1.64
21113714--21113801	20	4.4	20	77	9	81	55	9	15	19	1.66
21113714--21113834	59	2.1	59	81	9	140	53	9	17	19	1.70
21113659--21113987	153	2.1	154	82	5	407	51	8	20	20	1.73
21114656--21114754	34	2.9	33	82	5	108	46	16	9	28	1.77
21119677--21119740	33	1.9	33	84	6	85	32	28	10	28	1.91
21122461--21122513	21	2.6	20	82	8	63	56	5	15	22	1.60
21124478--21124509	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21130787--21130826	4	10.0	4	83	0	53	22	2	5	70	1.19
21150593--21150622	12	2.4	12	94	5	51	80	3	16	0	0.85
21162814--21162878	33	2.0	33	87	6	96	24	12	23	40	1.89
21166160--21166193	17	2.0	17	100	0	68	29	17	11	41	1.85
21173824--21173876	27	1.9	26	85	11	70	30	1	1	66	1.13
21173849--21173903	21	2.6	21	77	8	58	41	3	0	54	1.18
21175396--21175420	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
21176136--21176272	72	1.9	72	89	5	215	35	25	8	30	1.85
21185016--21185182	34	4.8	35	87	3	212	17	14	31	35	1.91
21202866--21202917	24	2.2	24	85	0	68	48	9	5	36	1.60
21207871--21207913	19	2.3	19	83	0	50	60	23	4	11	1.50
21208042--21208123	41	2.0	41	100	0	164	48	14	12	24	1.78
21208850--21208898	26	1.9	25	83	4	62	46	10	8	34	1.67
21209684--21209742	24	2.5	23	83	10	75	32	15	15	37	1.88
21210026--21210060	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
21210562--21210602	19	2.1	20	90	4	66	17	0	26	56	1.41
21211162--21211191	12	2.5	12	94	0	51	20	13	43	23	1.86
21213620--21213678	23	2.8	20	73	14	64	30	22	18	28	1.97
21213635--21213710	23	3.3	22	76	7	71	32	23	19	23	1.97
21215157--21215344	50	3.8	49	77	8	191	30	26	17	25	1.97
21215155--21215338	100	1.8	100	89	3	289	30	26	17	25	1.97
21223056--21223098	22	2.0	22	81	9	52	44	23	11	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21224252--21224293	22	1.9	22	85	0	57	7	7	2	83	0.89
21224657--21224681	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
21230399--21230461	18	3.3	19	77	18	60	69	1	0	28	0.97
21231003--21231044	22	2.0	21	90	9	68	61	2	0	35	1.09
21231050--21231095	20	2.2	21	84	3	67	54	0	0	45	0.99
21232751--21232826	25	3.1	24	79	7	91	32	2	1	63	1.17
21232751--21232817	25	2.8	23	84	6	98	31	0	1	67	1.00
21233063--21233110	23	2.1	23	84	0	60	16	6	12	64	1.46
21233102--21233160	24	2.4	25	82	5	66	28	10	5	55	1.54
21242713--21242790	3	26.0	3	100	0	156	33	0	33	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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