genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  94  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27475617--27475735	7	16.7	7	70	10	71	48	29	0	21	1.56
27476031--27476311	41	6.9	41	88	2	395	30	30	20	18	1.96
27476344--27476478	40	3.4	40	83	6	152	19	19	24	37	1.94
27488023--27488054	16	2.0	16	100	0	64	25	31	12	31	1.92
27493531--27493572	18	2.5	17	92	7	68	42	0	23	33	1.55
27493737--27493788	27	2.0	24	85	10	68	50	0	7	42	1.31
27498933--27498973	21	2.0	21	90	0	64	31	21	7	39	1.81
27499216--27499268	28	1.9	27	84	3	70	22	35	20	20	1.96
27505869--27505984	61	1.9	62	87	1	171	35	19	7	37	1.81
27507063--27507088	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
27509197--27509242	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
27511036--27511110	31	2.4	32	84	6	100	38	13	6	41	1.70
27514103--27514127	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
27514810--27514858	23	2.2	23	85	3	64	59	10	0	30	1.31
27517511--27517540	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
27522669--27522698	15	2.0	15	93	0	51	30	0	10	60	1.30
27522659--27522705	24	2.0	24	86	0	67	25	2	14	57	1.49
27529409--27529458	18	2.8	18	96	3	93	10	40	34	16	1.81
27532497--27532544	14	3.4	14	82	5	69	41	16	8	33	1.78
27537831--27537873	21	2.0	22	90	4	70	44	34	4	16	1.68
27543540--27543618	28	2.8	27	84	7	95	72	8	6	12	1.28
27544461--27544505	17	2.7	17	89	3	65	86	0	8	4	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27544465--27544514	9	5.6	9	80	7	57	82	0	12	6	0.85
27544467--27544520	17	3.2	16	89	5	72	79	0	12	7	0.92
27545991--27546544	44	12.2	44	66	16	213	32	18	21	27	1.96
27546189--27546544	142	2.5	141	91	2	561	33	17	20	27	1.96
27549652--27549714	25	2.5	25	82	5	65	31	17	14	36	1.90
27550042--27550094	18	2.9	18	83	5	63	35	18	3	41	1.69
27554275--27554311	18	2.1	18	90	10	58	24	5	0	70	1.08
27554279--27554319	19	2.2	19	86	8	57	31	2	0	65	1.05
27561561--27561609	25	2.0	25	84	8	64	28	6	4	61	1.38
27569632--27569687	22	2.5	22	76	0	58	39	19	7	33	1.79
27572461--27572513	24	2.2	23	81	15	63	62	1	1	33	1.17
27575011--27575385	44	8.2	44	75	10	234	28	19	16	34	1.94
27575262--27575422	88	1.8	88	82	2	207	29	20	18	32	1.96
27581986--27582052	30	2.2	30	97	0	125	28	17	13	40	1.88
27587169--27587200	9	3.4	9	91	8	55	78	0	3	18	0.89
27587292--27587316	12	2.1	12	100	0	50	60	0	16	24	1.36
27593551--27593591	7	5.9	7	97	0	73	73	12	0	14	1.11
27593977--27594018	16	2.6	16	77	11	50	47	11	14	26	1.78
27594949--27594992	20	2.2	20	84	8	54	63	0	0	36	0.95
27606193--27606223	9	3.4	9	100	0	62	22	12	22	41	1.88
27609446--27609480	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
27613195--27613223	13	2.2	13	100	0	58	27	13	0	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27617082--27617201	40	3.0	40	95	0	213	50	15	18	15	1.78
27619581--27619712	50	2.5	54	73	11	130	26	18	28	25	1.98
27620025--27620099	16	4.8	15	75	18	73	50	1	29	18	1.55
27620033--27620062	14	2.1	14	100	0	60	50	0	30	20	1.49
27620047--27620116	32	2.2	32	97	0	131	51	1	30	17	1.54
27623974--27624127	28	5.7	29	74	18	161	28	5	1	63	1.28
27623965--27624136	54	3.2	54	99	0	335	31	5	1	61	1.28
27624036--27624120	19	4.7	18	66	27	54	28	5	2	63	1.30
27624006--27624144	27	5.2	26	66	23	83	28	6	1	63	1.28
27624247--27624284	13	2.7	14	84	12	51	39	7	0	52	1.31
27625684--27625711	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
27625654--27625795	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
27625774--27625844	23	3.0	23	83	8	81	49	2	1	46	1.25
27626693--27626736	23	1.9	23	86	9	63	43	9	2	45	1.48
27631898--27631945	22	2.2	22	92	3	80	6	8	22	62	1.46
27631909--27631947	11	3.5	11	78	0	51	7	12	20	58	1.58
27640771--27640802	12	2.6	13	90	9	50	46	3	0	50	1.17
27641522--27641563	15	2.9	15	85	3	50	57	2	14	26	1.50
27641538--27641579	15	2.8	15	85	7	50	57	2	9	30	1.44
27646279--27646319	21	2.0	21	85	0	55	41	9	12	36	1.76
27648169--27648234	22	3.0	22	93	0	105	25	25	15	33	1.95
27649410--27649450	15	2.7	15	85	14	57	73	2	7	17	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27653124--27653165	20	2.2	19	86	4	57	73	7	4	14	1.21
27653124--27653177	24	2.2	24	78	12	58	74	7	5	12	1.21
27657828--27657877	24	2.1	24	100	0	100	38	22	20	20	1.94
27663363--27663394	15	2.1	15	94	0	55	15	3	53	28	1.57
27669560--27669647	22	4.0	22	87	0	104	29	14	27	28	1.95
27676731--27676894	29	5.6	29	76	11	156	21	26	14	37	1.91
27676789--27676915	58	2.2	57	90	1	191	22	24	12	40	1.89
27681221--27681264	14	3.1	15	90	6	65	0	29	4	65	1.12
27683422--27683451	13	2.3	13	94	0	51	46	36	0	16	1.47
27692246--27692496	27	9.3	27	80	1	270	19	15	21	43	1.87
27696491--27696538	17	2.8	16	78	12	51	22	0	4	72	1.01
27721693--27721852	32	5.0	32	84	6	148	36	24	20	18	1.94
27721896--27721959	27	2.4	27	85	12	80	31	23	25	20	1.98
27722024--27722092	24	2.9	23	80	6	84	46	24	8	20	1.79
27722142--27722392	27	9.3	27	87	0	324	26	21	18	33	1.96
27722126--27722408	27	10.6	27	84	4	240	26	22	16	34	1.95
27722415--27722500	26	3.3	26	78	15	88	23	18	18	39	1.92
27722385--27722499	53	2.2	53	79	14	123	22	16	20	40	1.91
27728206--27728248	21	2.0	21	82	8	52	20	18	18	41	1.90
27733922--27733998	32	2.4	32	84	0	109	14	10	49	25	1.75
27736562--27736732	32	5.4	32	76	7	152	40	18	18	22	1.91
27736904--27737009	24	4.4	24	86	2	115	48	23	5	22	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27737058--27737337	27	10.3	27	78	5	226	20	17	18	43	1.88
27737142--27737324	81	2.3	80	88	7	264	20	18	16	43	1.88
27739420--27739452	15	2.2	15	94	0	57	36	15	9	39	1.79
27742294--27742325	13	2.5	13	94	0	55	28	28	34	9	1.88
27752030--27752065	17	2.1	17	89	0	54	19	27	33	19	1.96
27754158--27754192	14	2.5	14	90	0	52	40	5	0	54	1.24
27754166--27754193	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
27754642--27754679	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
27760055--27760136	3	28.3	3	76	7	80	30	2	3	63	1.24
27760152--27760246	31	3.4	27	69	17	77	31	9	6	52	1.59
27764783--27764841	6	9.7	6	83	3	64	71	13	3	11	1.27
27766495--27766756	87	3.0	87	89	3	402	28	23	24	22	1.99
27766935--27767060	44	2.8	45	80	7	134	28	19	26	25	1.99
27766936--27767143	44	4.7	42	72	11	116	28	18	25	27	1.98
27769690--27769813	47	2.6	47	79	3	133	28	19	30	21	1.98
27769690--27769865	48	3.7	46	75	4	138	28	19	28	23	1.98
27776726--27776930	48	4.3	48	76	5	191	27	20	29	22	1.98
27804994--27805034	15	2.6	16	84	11	57	36	4	4	53	1.44
27808389--27808419	15	2.1	15	93	0	53	58	6	9	25	1.54
27812069--27812133	27	2.4	26	77	10	67	30	23	24	21	1.99
27812301--27812352	22	2.4	22	80	0	59	44	19	19	17	1.87
27812364--27812577	32	6.7	32	74	6	175	36	23	21	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27812369--27812577	95	2.2	96	80	6	244	36	23	21	18	1.94
27812580--27812633	26	2.1	26	85	0	72	38	24	22	14	1.91
27812754--27812806	24	2.2	23	77	9	61	47	22	7	22	1.76
27812864--27813121	27	9.6	26	80	5	264	25	20	18	35	1.95
27812866--27813338	54	8.5	54	82	5	505	25	19	18	36	1.95
27813122--27813349	27	8.4	27	85	0	276	25	19	18	36	1.95
27813038--27813214	93	1.9	93	87	6	261	25	18	17	37	1.93
27812896--27813479	228	2.6	228	92	0	938	24	19	19	37	1.94
27813122--27813476	54	6.4	54	81	7	343	23	19	20	37	1.94
27813350--27813479	27	4.9	27	83	1	145	20	18	21	39	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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