genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  80  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23929472--23929536	27	2.4	27	78	14	73	24	24	20	30	1.98
23929524--23929577	26	2.1	26	92	0	90	18	20	24	37	1.94
23929580--23929820	32	7.5	32	74	5	121	23	20	19	36	1.95
23931070--23931114	10	4.3	10	81	10	54	31	0	13	55	1.38
23941220--23941291	29	2.4	29	86	2	90	54	15	9	20	1.69
23941995--23942223	124	1.9	123	87	4	327	21	17	30	30	1.97
23941982--23942223	41	5.9	41	87	1	315	21	17	30	30	1.96
23942002--23942262	124	2.1	123	82	4	312	22	19	28	29	1.98
23942620--23942660	14	2.9	15	82	10	59	29	0	31	39	1.57
23942827--23942870	15	3.0	15	80	3	54	13	0	45	40	1.44
23942776--23942919	7	19.9	7	75	14	62	18	1	38	40	1.60
23945307--23945343	6	6.3	6	96	3	67	0	13	0	86	0.57
23948173--23948263	43	2.1	43	87	2	130	34	10	9	45	1.73
23948629--23948934	43	7.2	43	87	1	409	24	18	30	26	1.98
23948664--23948934	128	2.1	129	88	0	409	25	19	29	25	1.98
23956567--23956619	27	2.0	27	84	0	70	33	24	1	39	1.66
23958400--23958445	21	2.2	20	85	11	58	4	13	32	50	1.61
23961434--23961474	17	2.4	17	87	0	55	51	7	2	39	1.43
23961928--23961997	3	24.3	3	75	8	65	64	2	2	30	1.22
23963642--23964017	44	8.7	44	70	11	226	27	21	21	29	1.99
23963609--23964028	217	1.9	218	90	1	673	26	22	21	29	1.99
23964383--23964504	44	2.8	44	85	7	167	27	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23964515--23965077	88	6.4	87	88	3	727	22	24	25	27	2.00
23964581--23964724	44	3.3	44	65	7	121	21	22	29	25	1.99
23964515--23965077	263	2.1	264	89	1	869	22	24	25	27	2.00
23970433--23970489	26	2.2	26	87	3	80	38	5	14	42	1.68
23975127--23975162	17	2.1	17	100	0	72	22	36	16	25	1.94
23975639--23975681	10	4.1	10	81	6	50	72	13	2	11	1.22
23976510--23976543	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
23976616--23976674	25	2.3	27	80	16	72	55	0	0	44	0.99
23976619--23976670	5	10.4	5	80	15	63	57	0	0	42	0.98
23977049--23977203	4	38.2	4	78	15	135	70	0	29	0	0.87
23977050--23977232	48	3.8	46	75	14	131	71	0	28	0	0.87
23977045--23977239	82	2.4	80	87	10	274	70	0	29	0	0.87
23977045--23977240	41	4.8	41	77	16	196	70	0	29	0	0.88
23981729--23981800	27	2.7	27	72	18	69	51	0	5	43	1.25
23999174--23999238	16	4.1	16	91	0	94	33	0	35	30	1.58
23999472--23999506	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23999637--23999852	120	1.8	120	86	8	314	51	4	3	40	1.39
23999858--24000064	91	2.3	91	87	5	285	46	3	3	45	1.37
23999924--24000064	44	3.0	47	66	18	123	45	4	4	46	1.42
23999882--24000024	44	3.2	43	66	18	103	48	2	2	46	1.31
24001469--24001495	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
24005904--24005982	41	1.9	40	87	10	115	45	3	10	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24006818--24006843	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24011013--24011089	36	2.2	35	83	2	91	40	7	9	42	1.65
24015393--24015460	31	2.2	31	89	10	104	27	23	8	39	1.84
24015413--24015470	31	1.9	31	89	3	91	25	24	8	41	1.83
24024419--24024458	21	1.9	21	94	0	71	32	2	0	65	1.06
24027343--24027426	25	3.4	25	75	12	77	19	0	5	75	1.01
24027417--24027475	23	2.6	23	81	5	75	37	1	3	57	1.25
24027903--24027957	16	3.5	15	75	15	58	18	1	3	76	1.02
24027954--24027999	24	1.9	25	91	8	78	52	0	2	45	1.13
24032272--24032303	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24035948--24035972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
24036789--24036908	34	3.5	34	91	0	195	39	13	9	38	1.76
24041209--24041263	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
24048500--24048544	22	2.0	22	82	0	54	53	13	15	17	1.73
24049916--24049997	26	3.1	27	79	10	71	64	2	19	13	1.39
24050360--24050396	20	1.9	19	89	10	58	40	5	0	54	1.24
24059768--24059807	20	2.0	20	85	0	53	47	22	0	30	1.52
24063543--24063630	30	2.8	30	77	13	88	36	4	0	59	1.18
24063581--24063656	38	2.0	38	90	10	120	38	3	0	57	1.17
24064329--24064386	27	2.1	27	100	0	116	39	27	22	10	1.86
24068786--24068813	9	3.1	9	100	0	56	10	35	0	53	1.36
24069282--24069316	17	2.0	18	88	5	54	28	5	2	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24071495--24071544	22	2.4	21	78	18	52	32	6	6	56	1.48
24075250--24075315	33	2.0	33	100	0	132	33	33	12	21	1.90
24083881--24083921	20	2.0	20	95	0	73	39	24	2	34	1.69
24085976--24086174	92	2.2	92	91	0	317	44	23	9	23	1.81
24101299--24101325	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24102709--24102737	12	2.4	12	100	0	58	34	17	10	37	1.84
24109245--24109298	25	2.2	25	93	0	90	48	9	9	33	1.67
24114624--24114708	21	3.9	22	76	10	93	40	14	20	25	1.90
24114624--24114709	45	1.9	45	90	4	138	40	13	19	25	1.89
24114810--24114891	34	2.4	34	85	4	103	45	18	8	28	1.78
24114810--24114904	34	2.8	33	81	12	95	43	16	9	30	1.80
24117377--24117407	13	2.4	13	94	0	53	32	0	12	54	1.38
24117502--24117644	50	2.8	50	87	1	205	25	23	30	20	1.99
24132902--24132962	2	30.5	2	91	6	97	50	3	0	45	1.17
24138789--24138920	50	2.6	51	84	3	169	25	14	25	34	1.94
24138893--24138924	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
24138931--24139016	45	1.9	45	90	0	136	25	17	24	32	1.97
24142682--24142760	29	2.7	29	82	5	79	24	20	20	35	1.96
24145384--24145542	43	3.7	43	81	0	201	32	29	14	23	1.94
24145384--24145552	86	2.0	86	87	0	248	30	30	14	24	1.94
24145926--24146055	66	2.0	65	81	6	154	15	27	15	41	1.87
24151619--24151720	43	2.4	43	98	0	195	34	0	16	48	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24151619--24151718	9	11.6	9	71	12	59	34	1	17	48	1.54
24155831--24156048	71	3.1	72	72	4	217	48	12	5	33	1.63
24157988--24158035	18	2.5	19	80	13	53	37	4	31	27	1.76
24158100--24158236	41	3.4	40	79	3	132	17	22	16	43	1.88
24159638--24159679	21	2.0	21	95	0	75	38	30	0	30	1.58
24164223--24164403	63	2.9	63	77	4	170	34	33	6	25	1.82
24181204--24181238	18	2.0	18	88	5	54	17	11	5	65	1.43
24183226--24183252	14	1.9	14	100	0	54	25	0	14	59	1.36
24191893--24192098	43	4.8	43	80	4	157	29	25	18	26	1.98
24191918--24192111	43	4.5	43	81	4	214	30	27	16	25	1.97
24195087--24195132	14	3.2	14	81	6	56	34	34	2	28	1.70
24195088--24195133	15	3.1	15	84	3	58	36	34	2	26	1.69
24195547--24195653	40	2.7	40	75	1	108	21	19	18	40	1.92
24203675--24203788	9	12.4	9	85	3	156	35	30	9	24	1.88
24204414--24204514	20	5.3	20	64	13	70	45	14	4	34	1.67
24204407--24204540	37	3.6	37	95	1	234	47	14	5	33	1.66
24204434--24204531	17	5.4	17	66	13	61	48	13	4	33	1.61
24208864--24208911	20	2.5	19	77	12	53	47	8	2	41	1.45
24208893--24209181	146	2.0	147	85	5	399	45	8	4	41	1.55
24216188--24216230	22	2.0	22	90	0	68	37	25	16	20	1.93
24216734--24216771	12	3.1	12	79	20	51	44	0	0	55	0.99
24216810--24216857	20	2.5	19	80	6	53	45	6	2	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24220204--24220279	35	2.1	37	83	11	95	59	1	0	39	1.06
24221216--24221327	40	2.8	40	86	0	152	37	16	28	17	1.91
24222488--24222545	21	2.8	21	76	5	55	50	15	3	31	1.61
24224421--24224536	41	2.8	40	81	6	115	18	18	32	31	1.94
24224764--24224812	14	3.5	14	78	8	55	22	0	34	42	1.54
24224834--24224877	14	3.1	14	81	12	54	27	2	25	45	1.65
24224871--24225024	7	21.7	7	72	7	69	23	0	35	40	1.60
24224872--24225024	21	7.2	21	71	9	87	23	0	34	41	1.60
24224871--24225033	64	2.5	64	80	3	177	22	0	34	42	1.59
24224871--24225075	7	28.9	7	68	10	51	22	0	35	40	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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