genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  43  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13567877--13567919	15	2.9	15	76	13	52	27	0	20	51	1.48
13572105--13572161	30	1.9	30	85	3	80	38	8	1	50	1.44
13573277--13573485	109	1.9	109	85	1	285	34	13	16	35	1.87
13585782--13585839	29	2.0	29	100	0	116	3	34	20	41	1.69
13587452--13587489	20	2.0	19	85	10	51	34	5	5	55	1.45
13588739--13588781	20	2.2	19	87	4	59	48	0	2	48	1.14
13592082--13592125	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
13592749--13592785	20	1.9	18	89	10	56	51	2	8	37	1.46
13592947--13592971	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13594928--13595020	29	3.2	29	85	0	114	36	23	16	23	1.94
13594928--13595055	29	4.4	29	83	0	103	39	21	15	23	1.91
13595327--13595383	30	1.9	30	88	0	87	28	29	10	31	1.90
13599320--13599415	48	2.0	48	85	0	129	38	3	18	39	1.67
13599652--13599701	26	1.9	26	91	0	82	36	16	26	22	1.94
13606982--13607010	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
13607985--13608027	16	2.6	17	78	10	54	48	2	0	48	1.14
13613008--13613042	13	2.6	14	81	9	54	48	17	17	17	1.81
13613453--13613522	32	2.2	32	86	0	95	18	40	21	20	1.92
13615833--13615908	37	2.1	37	92	5	127	26	30	2	40	1.69
13620949--13620991	15	3.0	15	83	10	54	51	0	0	48	1.00
13621200--13621234	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13620939--13621474	119	4.5	120	94	1	898	48	5	2	42	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13621320--13621354	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
13620939--13621474	239	2.2	240	92	1	898	48	5	2	42	1.40
13623853--13623928	38	1.9	40	86	7	111	60	10	25	3	1.46
13632391--13633248	88	9.8	89	66	14	307	28	24	17	30	1.97
13632375--13633247	132	6.6	132	94	0	1462	28	23	17	30	1.97
13634145--13634169	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
13635527--13635566	19	2.1	19	90	9	64	65	5	15	15	1.44
13637456--13637495	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75
13637529--13637554	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
13640515--13641566	82	12.8	82	96	0	1894	22	19	25	32	1.97
13641560--13642066	132	3.8	132	94	0	861	30	23	20	26	1.99
13643532--13643639	22	5.2	20	74	12	78	3	9	5	81	0.97
13643570--13643630	11	5.5	11	74	18	63	1	11	8	78	1.02
13643546--13643653	8	13.6	8	73	11	71	2	7	7	82	0.93
13643562--13643652	22	3.9	22	69	16	67	1	8	8	81	0.93
13655553--13655585	17	1.9	17	88	11	50	24	24	9	42	1.83
13657752--13657791	19	2.2	18	86	8	55	65	5	20	10	1.42
13660989--13661055	31	2.2	30	78	5	73	41	13	13	31	1.83
13669521--13669554	7	4.9	7	92	0	59	41	2	0	55	1.15
13670747--13670781	12	2.8	12	95	4	61	51	0	0	48	1.00
13670749--13670786	18	2.1	19	90	5	60	55	0	0	44	0.99
13671601--13671626	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13678720--13678760	3	13.3	3	84	5	55	63	0	4	31	1.15
13679961--13680046	43	2.0	43	93	0	145	53	0	23	23	1.46
13679966--13680031	16	4.4	16	70	24	54	56	0	24	19	1.43
13680563--13680616	23	2.2	25	84	12	69	18	9	22	50	1.75
13685104--13685136	12	2.8	12	86	4	50	33	3	6	57	1.38
13690735--13690828	25	3.8	25	79	6	104	17	31	23	27	1.96
13690760--13690867	25	4.4	24	82	3	135	16	28	25	29	1.97
13690733--13690844	49	2.3	50	93	3	192	17	30	23	28	1.97
13690760--13690915	25	6.4	24	78	5	127	18	28	24	28	1.98
13690733--13690915	49	3.8	49	80	9	162	19	29	23	27	1.98
13693028--13693144	42	2.8	42	85	2	146	42	18	23	14	1.88
13693026--13693102	21	3.7	21	71	0	64	42	19	23	14	1.87
13693050--13693115	21	3.1	21	71	0	60	40	16	28	13	1.87
13693077--13693150	21	3.5	21	67	7	60	45	18	21	13	1.84
13697867--13698191	168	1.9	169	92	1	546	37	21	15	25	1.93
13699488--13699559	35	2.1	35	97	0	135	40	20	2	36	1.67
13706298--13706341	18	2.4	19	81	7	56	72	6	0	20	1.07
13706299--13706338	17	2.4	17	87	8	55	72	7	0	20	1.08
13710819--13710858	20	2.0	20	100	0	80	30	20	10	40	1.85
13711026--13711134	41	2.8	41	75	9	118	39	21	11	27	1.88
13711431--13711524	45	2.1	45	97	0	179	40	20	8	30	1.82
13715180--13715242	29	2.2	29	86	8	85	23	1	3	71	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13715189--13715230	18	2.3	19	87	4	59	21	2	4	71	1.16
13716793--13717046	78	3.3	78	89	1	368	37	4	17	40	1.70
13717402--13717508	35	3.2	35	69	24	111	28	9	17	44	1.80
13717407--13717651	31	7.6	31	68	17	122	26	9	20	43	1.82
13717394--13717702	66	4.7	66	86	2	401	27	8	20	43	1.80
13717405--13717684	130	2.2	130	88	1	409	27	8	20	43	1.81
13717636--13717700	33	2.0	33	90	0	103	27	7	21	43	1.80
13720689--13720759	27	2.6	27	82	4	81	23	22	26	26	2.00
13729052--13729099	24	2.1	22	88	7	69	52	18	4	25	1.63
13730461--13730495	18	1.9	18	88	11	54	57	2	2	37	1.29
13732417--13732521	39	2.8	37	83	12	140	60	0	1	37	1.07
13732455--13732493	11	3.5	11	85	0	51	58	0	2	38	1.12
13732436--13732494	10	6.0	10	74	18	52	55	0	1	42	1.09
13732477--13732537	27	2.3	27	88	5	97	65	0	1	32	1.02
13749827--13749869	11	4.0	10	80	16	50	25	30	0	44	1.55
13751703--13751745	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
13752166--13752286	49	2.5	49	94	0	206	44	2	8	44	1.47
13755385--13755797	125	3.3	125	89	0	648	30	19	17	32	1.95
13755990--13756015	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
13759553--13759581	15	1.9	15	100	0	58	58	0	41	0	0.98
13761521--13761560	19	2.1	19	100	0	80	0	27	10	62	1.27
13762969--13763061	44	2.1	46	91	4	154	29	4	30	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13762969--13763077	39	2.6	42	84	10	125	30	3	30	35	1.75
13763220--13763272	18	3.0	17	91	5	79	56	1	1	39	1.21
13771741--13771775	5	6.8	5	87	6	52	20	2	2	74	1.08
13772827--13772871	22	2.0	22	100	0	90	26	22	8	42	1.83
13774703--13775023	27	12.0	27	80	5	291	38	19	20	21	1.94
13775054--13775126	24	3.1	24	88	5	105	19	8	24	47	1.76
13775198--13775254	27	2.1	27	87	6	80	19	24	22	33	1.97
13775298--13775511	32	6.7	32	79	4	209	21	19	21	37	1.94
13775295--13775517	64	3.5	64	77	8	240	21	20	20	37	1.94
13775295--13775531	95	2.5	94	76	8	246	21	19	20	38	1.94
13775523--13775584	22	2.8	21	75	4	61	17	20	17	43	1.88
13775588--13775639	26	2.0	26	88	0	77	23	21	19	36	1.95
13792308--13792365	25	2.3	25	93	0	98	29	22	20	27	1.99
13792320--13792404	25	3.4	25	80	4	82	34	17	23	24	1.96
13794411--13794862	27	16.4	27	83	5	496	18	16	20	44	1.87
13794580--13794725	32	4.9	32	79	12	109	20	17	16	45	1.86
13797528--13797572	13	3.6	12	90	6	63	2	20	0	77	0.87
13797534--13797572	16	2.4	16	91	8	62	0	20	0	79	0.73
13799133--13799163	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
13801364--13801394	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
13803043--13803076	18	1.9	17	88	5	50	47	2	0	50	1.16
13803114--13803247	58	2.2	60	82	8	150	42	4	5	47	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13805171--13805217	18	2.6	19	83	10	62	44	0	29	25	1.54
13805171--13805219	9	5.4	9	76	9	55	44	0	30	24	1.54
13807130--13807160	16	1.9	16	100	0	62	45	12	22	19	1.84
13812564--13812956	55	7.1	55	73	5	265	28	19	24	27	1.98
13813648--13813678	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
13822059--13822102	18	2.4	19	81	11	56	13	27	2	56	1.49
13824219--13824254	17	2.1	18	94	5	65	33	0	0	66	0.92
13827562--13828000	216	2.0	216	87	1	621	33	19	24	23	1.97
13828579--13828627	23	2.2	23	85	7	66	44	18	2	34	1.61
13828609--13828661	19	3.0	17	76	10	61	33	18	9	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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