genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  88  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25781388--25781558	27	6.4	26	70	4	90	23	19	16	40	1.91
25781544--25781686	27	5.3	26	78	15	114	23	18	17	40	1.91
25781549--25781685	54	2.5	53	87	6	186	21	18	17	41	1.90
25783082--25783155	22	3.3	22	73	5	60	43	18	20	17	1.88
25783147--25783285	32	4.4	32	85	0	181	37	20	20	20	1.95
25783306--25783362	27	2.1	27	84	12	73	31	17	26	24	1.97
25783430--25783503	24	3.1	24	88	0	112	47	24	9	18	1.78
25783442--25783514	24	3.0	24	82	4	76	47	21	8	21	1.76
25783500--25783553	26	2.1	26	82	6	65	37	22	18	22	1.95
25783607--25783786	27	6.7	27	74	6	123	22	20	18	38	1.93
25783640--25783786	54	2.7	54	78	10	140	21	20	18	40	1.92
25783601--25783786	81	2.3	82	81	10	215	23	19	18	38	1.94
25783722--25783916	27	7.2	27	82	1	221	23	20	17	39	1.92
25785352--25785490	32	4.4	32	84	0	154	39	20	19	20	1.93
25785352--25785490	64	2.2	64	82	1	172	39	20	19	20	1.93
25785600--25785630	16	1.9	16	93	0	53	29	12	25	32	1.93
25785646--25785688	11	3.7	11	76	11	50	51	27	6	13	1.67
25785636--25785705	24	2.9	24	91	0	113	47	24	8	20	1.78
25785673--25785720	24	2.0	24	87	0	69	52	18	6	22	1.68
25785735--25786058	81	4.0	81	76	10	220	22	19	19	38	1.94
25785766--25786095	27	12.2	27	73	10	192	22	18	19	39	1.93
25785943--25786095	81	1.9	81	86	5	220	21	18	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25787165--25787236	33	2.2	33	97	0	135	48	16	16	18	1.81
25788049--25788092	22	2.0	22	95	0	79	34	9	25	31	1.87
25818581--25818625	8	5.6	8	97	0	81	33	2	0	64	1.06
25818942--25818984	18	2.4	19	84	11	63	48	4	4	41	1.44
25819075--25819122	16	3.0	16	100	0	96	37	37	6	18	1.76
25823695--25823794	51	2.0	51	84	4	130	27	28	1	44	1.61
25824547--25824579	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
25825145--25825179	18	1.9	18	88	0	52	20	28	8	42	1.81
25825725--25825779	27	2.3	23	78	15	58	41	34	1	21	1.64
25825778--25825854	13	5.6	14	69	25	56	37	37	0	24	1.56
25825788--25825831	20	2.1	21	87	4	63	38	36	0	25	1.56
25825823--25825915	22	4.3	22	93	1	161	43	32	1	23	1.61
25827905--25828463	125	4.5	124	89	1	814	29	21	17	31	1.96
25831043--25831086	23	1.9	23	95	0	79	56	11	0	31	1.35
25832277--25832326	26	1.9	25	84	15	66	34	4	10	52	1.54
25832307--25832579	95	3.0	93	88	5	416	35	7	12	44	1.70
25832410--25832579	86	2.0	87	91	1	279	35	7	12	44	1.71
25832806--25832847	6	7.0	6	91	0	57	52	21	0	26	1.47
25837297--25837362	29	2.2	29	82	12	73	48	7	15	28	1.72
25841837--25841869	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
25842356--25842400	8	5.4	8	82	10	54	40	0	0	60	0.97
25842356--25842400	17	2.6	17	80	10	56	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25851673--25851713	14	2.7	15	85	14	57	31	0	17	51	1.46
25854771--25855071	150	2.0	150	96	0	557	31	7	20	39	1.80
25858854--25858900	21	2.2	22	88	3	69	23	19	36	21	1.95
25867031--25867469	195	2.3	185	83	7	519	31	9	14	45	1.76
25867878--25867962	27	3.2	27	60	9	66	47	8	11	32	1.70
25867877--25867985	53	2.1	53	100	0	218	45	7	12	33	1.70
25868158--25868218	32	1.9	32	90	9	99	49	11	3	36	1.55
25868196--25868292	30	3.2	30	77	9	99	43	10	5	41	1.61
25874724--25874817	27	3.5	27	85	0	116	28	26	13	30	1.94
25878732--25878781	26	1.9	26	91	0	82	28	14	14	44	1.83
25881113--25881170	20	3.0	20	82	2	64	36	0	17	46	1.48
25887944--25887986	16	2.7	16	88	0	59	20	16	32	30	1.95
25888389--25888429	20	2.0	20	85	4	55	29	7	17	46	1.74
25889644--25889681	19	2.0	19	94	0	67	28	26	13	31	1.93
25891870--25891902	16	2.1	16	88	11	50	39	6	15	39	1.72
25894773--25894861	36	2.5	36	79	0	88	21	20	22	35	1.96
25899198--25899388	6	32.0	6	97	0	357	17	0	15	67	1.24
25900021--25900084	29	2.2	29	77	0	74	21	17	32	28	1.96
25905234--25905274	21	2.0	21	95	0	73	24	19	2	53	1.57
25906712--25906752	20	2.0	20	90	0	64	48	4	14	31	1.65
25909803--25910137	163	2.1	162	95	1	598	42	8	20	28	1.80
25911937--25912124	101	1.9	101	86	4	272	35	17	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25913299--25913523	85	2.7	83	77	10	251	23	24	30	21	1.99
25917544--25917808	131	2.0	131	92	1	442	44	11	13	30	1.79
25924131--25924212	14	5.6	14	72	23	53	48	0	1	50	1.08
25925338--25925384	11	4.2	11	91	2	76	17	34	0	48	1.47
25925350--25925396	22	2.1	22	84	7	60	21	34	0	44	1.52
25925364--25925487	51	2.4	51	86	2	169	29	24	0	45	1.59
25927277--25927316	18	2.2	18	90	0	62	22	32	5	40	1.76
25927572--25927620	21	2.3	21	79	6	55	34	36	26	2	1.68
25927741--25927983	25	9.9	25	82	8	286	41	1	15	41	1.56
25927988--25928089	23	4.5	23	83	9	147	46	25	5	22	1.74
25928161--25928208	25	1.9	25	83	8	62	45	8	2	43	1.45
25931241--25931586	123	2.8	124	88	3	520	31	21	15	30	1.95
25932467--25932996	75	7.1	75	82	1	569	37	16	22	23	1.94
25932445--25932999	225	2.5	224	83	2	659	37	16	22	23	1.93
25932960--25933149	61	3.1	61	81	4	197	38	18	18	24	1.93
25958754--25958839	37	2.3	37	82	9	113	38	31	16	13	1.88
25961833--25961879	21	2.3	20	85	3	58	27	6	8	57	1.53
25962298--25962359	30	2.0	31	84	9	83	43	0	0	56	0.99
25962328--25962365	20	1.9	20	94	0	67	39	0	0	60	0.97
25964136--25964172	17	2.2	17	100	0	74	32	5	0	62	1.18
25970838--25970885	25	2.0	24	83	4	60	58	0	4	37	1.18
25972715--25972766	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25975233--25975304	35	2.1	35	94	0	126	59	12	12	15	1.61
25978661--25978807	43	3.5	43	79	8	167	28	23	15	31	1.95
25983581--25983762	50	3.6	50	88	2	249	23	29	21	25	1.99
25993998--25994197	68	3.2	60	76	14	172	50	4	3	42	1.38
25994002--25994121	61	2.0	58	82	7	143	49	5	4	41	1.44
25994159--25994191	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
25994491--25994537	19	2.4	20	85	3	60	19	25	17	38	1.92
25997302--25997458	73	2.2	73	94	0	278	30	23	8	36	1.86
25998759--25998791	15	2.2	15	94	0	57	30	6	0	63	1.18
26004683--26004722	22	1.9	21	85	10	55	45	0	0	55	0.99
26004867--26004899	16	1.9	18	88	11	52	54	6	0	39	1.25
26007072--26007130	29	2.2	29	82	11	72	23	1	1	72	1.02
26007718--26007762	22	2.0	22	83	8	56	51	15	2	31	1.56
26009472--26009562	44	2.0	46	87	4	132	45	7	5	41	1.56
26013953--26014049	3	32.0	3	68	24	53	64	4	1	29	1.18
26013954--26014054	11	9.2	11	71	20	68	66	3	1	27	1.20
26013953--26014049	27	3.4	27	77	12	88	64	4	1	29	1.18
26015028--26015077	22	2.4	21	81	15	59	20	6	4	70	1.25
26020487--26020599	55	2.1	55	98	0	217	33	23	12	30	1.91
26023086--26023130	22	2.0	22	91	0	72	17	24	20	37	1.93
26024429--26024477	20	2.5	19	75	12	55	59	6	6	28	1.46
26026153--26026261	53	2.0	54	89	1	166	53	9	4	33	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26027584--26027648	22	2.9	21	70	22	51	43	12	12	32	1.79
26028194--26028328	63	2.1	63	84	0	171	27	27	20	24	1.99
26031247--26031281	14	2.5	14	86	13	54	37	0	2	60	1.12
26031247--26031280	15	2.3	15	90	5	52	35	0	2	61	1.11
26032451--26032641	98	1.9	98	95	0	346	38	24	9	27	1.87
26033327--26033375	24	2.0	24	88	8	71	57	4	8	30	1.47
26034144--26034237	19	4.8	19	84	5	134	35	14	10	39	1.81
26034121--26034236	40	2.8	40	84	7	137	37	13	9	38	1.78
26038946--26038994	21	2.4	20	82	3	53	30	2	2	65	1.15
26045968--26046551	315	1.9	315	88	1	902	30	17	16	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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