genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  202  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59603110--59603673	88	6.4	88	88	0	833	27	23	25	23	2.00
59603110--59603673	263	2.1	264	89	0	851	27	23	25	23	2.00
59603658--59603786	44	2.9	44	75	11	136	30	15	24	29	1.96
59603091--59603770	351	1.9	349	83	3	857	27	22	24	24	2.00
59603792--59603953	44	3.7	44	80	8	175	29	18	23	28	1.98
59603794--59603919	45	2.8	44	84	5	164	31	18	22	27	1.97
59605433--59605479	19	2.4	21	82	13	64	40	0	0	59	0.97
59605437--59605477	9	4.3	9	87	6	55	39	0	0	60	0.96
59605779--59605816	13	2.8	14	80	19	53	21	7	5	65	1.38
59617272--59617745	237	2.0	237	96	0	876	37	13	19	29	1.89
59618305--59618339	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
59618425--59618452	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
59619139--59619170	16	2.0	16	100	0	64	31	25	12	31	1.92
59620998--59621033	4	9.0	4	100	0	72	25	0	0	75	0.81
59623400--59623454	27	2.0	27	82	0	65	29	3	3	63	1.28
59624594--59624635	17	2.3	18	88	8	59	64	4	4	26	1.33
59631267--59631329	14	4.2	14	75	15	63	60	0	1	38	1.07
59639311--59639353	18	2.5	17	80	3	50	32	0	4	62	1.15
59639597--59639662	23	3.1	21	71	24	59	9	12	10	68	1.40
59640966--59640993	14	2.0	14	100	0	56	57	7	0	35	1.26
59643398--59643516	51	2.3	51	76	0	130	35	16	6	41	1.75
59646146--59646196	21	2.5	21	87	3	68	45	3	1	49	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59646159--59646201	21	2.0	21	100	0	86	37	4	0	58	1.19
59646842--59646882	18	2.3	18	80	16	50	29	2	7	60	1.36
59646980--59647055	32	2.5	30	78	16	75	64	1	0	34	1.02
59650078--59650107	11	2.7	11	89	0	51	20	6	6	66	1.38
59650703--59650767	31	2.1	31	91	0	103	55	12	7	24	1.63
59653081--59653136	15	3.9	14	70	21	53	57	0	1	41	1.09
59653082--59653135	7	7.6	7	80	15	58	57	0	1	40	1.09
59653073--59653134	8	8.6	8	73	22	50	59	0	1	38	1.07
59655216--59655258	8	5.6	8	81	10	54	65	0	2	32	1.06
59656103--59656143	18	2.3	18	80	12	50	24	0	2	73	0.96
59664391--59664461	20	3.5	20	72	14	65	59	0	2	38	1.12
59664392--59664490	38	2.5	40	81	9	116	59	0	3	37	1.13
59664397--59664488	39	2.3	40	82	8	109	61	0	3	34	1.12
59673248--59673289	20	2.2	20	82	4	50	30	2	2	64	1.19
59673892--59673916	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
59675332--59675359	10	2.8	10	100	0	56	28	10	21	39	1.87
59677453--59677480	10	2.8	10	100	0	56	28	10	21	39	1.87
59678583--59678612	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59678700--59678737	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
59678736--59678797	3	20.7	3	100	0	124	67	0	0	32	0.91
59679789--59679823	17	2.1	17	89	10	54	5	5	40	48	1.51
59680208--59680402	95	2.1	95	91	0	309	27	25	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59680302--59680614	132	2.4	132	87	1	475	29	24	17	28	1.97
59680696--59680954	50	5.2	49	69	11	188	23	19	22	34	1.97
59680696--59681013	99	3.2	99	86	4	435	23	20	22	33	1.97
59680722--59680982	50	5.3	49	69	9	190	23	20	22	32	1.98
59681095--59681204	45	2.4	46	72	13	111	22	23	22	30	1.99
59681047--59681807	86	8.7	85	82	7	628	24	23	22	29	1.99
59681140--59681807	86	7.7	86	84	5	788	24	23	22	29	1.99
59681139--59681807	264	2.6	259	83	6	814	24	23	22	29	1.99
59681621--59681758	43	3.2	43	64	11	111	28	24	21	26	1.99
59681052--59681816	350	2.2	350	95	1	1374	24	23	22	29	1.99
59683880--59683918	7	5.7	7	90	6	62	12	0	10	76	1.01
59683887--59683931	14	3.4	14	88	11	60	8	0	13	77	0.98
59687757--59687830	4	18.5	4	100	0	148	50	24	0	25	1.50
59690880--59690906	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
59691106--59691282	53	3.6	53	70	21	175	50	7	3	38	1.47
59691118--59691299	93	2.0	93	92	2	303	49	7	4	38	1.52
59691345--59691377	16	2.1	16	94	0	57	51	3	0	45	1.16
59691350--59691398	22	2.2	21	79	10	53	51	4	2	42	1.32
59691359--59691420	22	2.7	22	87	5	79	48	1	1	48	1.21
59691844--59691898	27	2.0	27	100	0	110	18	25	14	41	1.88
59694696--59694727	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
59701621--59701654	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59715725--59715880	77	2.0	76	96	1	285	44	14	3	37	1.63
59718324--59718385	29	2.1	28	82	5	70	25	14	14	45	1.83
59719937--59720019	29	3.0	26	76	20	71	69	1	7	21	1.19
59722069--59722102	17	2.1	16	88	5	50	17	0	2	79	0.86
59722648--59722687	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
59722691--59722772	35	2.4	33	73	15	78	36	7	3	52	1.47
59722709--59722813	39	2.7	39	79	2	97	37	9	2	50	1.50
59722874--59722944	25	2.9	24	76	17	74	26	7	0	66	1.17
59727339--59727369	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
59727965--59727993	13	2.2	13	100	0	58	37	6	17	37	1.76
59730408--59730437	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
59731910--59731960	22	2.3	23	86	3	68	50	3	1	43	1.31
59731937--59731974	16	2.4	16	90	0	58	47	5	5	42	1.48
59732014--59732178	83	2.0	85	93	3	289	39	5	6	48	1.53
59736093--59736174	31	2.7	30	77	19	89	29	8	9	52	1.64
59736442--59736510	30	2.4	28	80	7	75	47	15	13	23	1.80
59738770--59738825	15	3.9	14	70	21	53	57	0	1	41	1.09
59738771--59738824	7	7.6	7	80	15	58	57	0	1	40	1.09
59738762--59738823	8	8.6	8	73	22	50	59	0	1	38	1.07
59739065--59739104	16	2.5	15	84	11	53	67	0	0	32	0.91
59740919--59740951	7	4.4	8	85	14	52	66	0	0	33	0.92
59741383--59741425	18	2.4	18	80	3	52	32	0	13	53	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59753665--59753716	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59754957--59754995	20	1.9	21	84	5	53	23	5	10	61	1.48
59755202--59755321	51	2.4	51	84	2	161	36	18	4	40	1.70
59757711--59757899	65	3.1	65	60	26	158	23	5	10	59	1.52
59757660--59757898	117	2.1	117	99	0	471	23	5	11	58	1.55
59760628--59760653	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
59760622--59760661	18	2.3	17	82	4	53	32	0	0	67	0.91
59766158--59766211	22	2.4	21	81	9	54	53	3	3	38	1.36
59767037--59767070	16	2.0	18	88	11	54	35	0	2	61	1.11
59770848--59770887	21	1.9	21	85	10	55	25	27	17	30	1.97
59775269--59775298	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
59776382--59776468	45	1.9	45	85	0	120	50	5	8	35	1.56
59776373--59776470	45	2.2	45	81	0	115	52	5	8	34	1.53
59780766--59780811	16	2.9	17	78	15	55	39	2	0	58	1.10
59784575--59784641	22	3.0	22	93	0	107	25	25	14	34	1.94
59799557--59799929	182	2.0	182	98	0	728	34	15	19	31	1.93
59802010--59802051	4	10.5	4	94	0	57	42	23	7	26	1.80
59806304--59806336	4	8.2	4	100	0	66	48	24	0	27	1.51
59808579--59808603	7	3.6	7	100	0	50	72	0	12	16	1.13
59818849--59818950	3	34.0	3	87	3	125	32	3	2	60	1.30
59821426--59821456	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
59822155--59822184	16	1.9	16	93	6	53	16	10	20	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59824524--59824574	16	3.1	17	88	5	70	15	19	0	64	1.29
59828888--59829026	50	2.8	50	82	2	174	27	21	28	23	1.99
59841421--59841479	31	2.0	30	83	6	75	44	13	8	33	1.74
59842914--59842996	30	2.8	29	85	10	96	37	3	9	49	1.53
59842914--59842996	31	2.8	29	83	10	87	37	3	9	49	1.53
59844043--59844085	18	2.4	17	81	11	50	23	9	0	67	1.19
59844416--59844474	24	2.5	25	86	5	70	37	38	1	22	1.64
59844435--59844480	24	2.0	23	86	4	65	41	41	0	17	1.49
59845349--59845391	18	2.7	15	82	13	50	39	2	0	58	1.11
59846324--59846370	21	2.2	21	84	0	58	27	21	29	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210