genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  59  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17897745--17897802	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
17897781--17897872	19	4.8	19	94	0	157	35	18	8	36	1.82
17897758--17897872	38	2.9	38	88	5	158	37	18	7	36	1.80
17898421--17898549	45	2.9	45	83	4	161	24	23	24	27	2.00
17898514--17898905	217	1.8	217	88	0	604	27	22	19	30	1.98
17898565--17898890	44	7.5	44	71	10	186	28	20	19	31	1.97
17899389--17899779	88	4.4	88	89	1	613	20	24	27	27	1.99
17901960--17902020	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
17906274--17906327	19	2.8	19	91	0	90	40	12	9	37	1.76
17906251--17906327	38	1.9	40	84	10	104	41	12	7	37	1.73
17907515--17907555	19	2.2	19	86	8	57	4	12	14	68	1.36
17910097--17910132	13	2.8	13	91	4	56	25	0	0	75	0.81
17912375--17912434	25	2.4	23	74	15	57	33	1	6	58	1.34
17920394--17920434	18	2.3	18	86	0	64	17	36	4	41	1.71
17922678--17922736	27	2.2	28	82	11	70	55	23	1	18	1.51
17923958--17924011	20	2.8	20	81	13	67	25	0	0	74	0.83
17930870--17930912	22	2.0	22	85	0	59	41	9	6	41	1.64
17936205--17936291	37	2.3	38	88	5	124	37	13	26	21	1.91
17939181--17939929	37	20.5	37	78	10	611	37	14	21	26	1.92
17939181--17939929	73	10.2	73	76	12	587	37	14	21	26	1.92
17939316--17939976	35	18.3	37	78	9	518	37	13	21	26	1.91
17940167--17940317	75	2.0	75	84	0	194	40	20	13	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17941268--17941293	10	2.6	10	100	0	52	73	0	0	26	0.84
17943425--17943449	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
17944508--17944567	21	2.7	22	82	12	70	55	0	3	41	1.16
17944501--17944567	23	3.2	19	76	19	62	55	0	2	41	1.15
17944514--17944568	22	2.5	22	82	11	69	54	0	3	41	1.18
17949655--17949695	14	2.6	17	75	25	54	60	0	39	0	0.96
17949655--17949701	14	3.1	15	79	14	53	63	0	36	0	0.94
17949655--17949701	17	2.8	17	75	12	51	63	0	36	0	0.94
17950421--17950494	38	1.9	38	97	0	139	54	4	2	39	1.34
17950607--17950648	16	2.7	15	85	7	57	38	2	2	57	1.25
17952279--17952323	6	7.5	6	92	0	72	35	26	37	0	1.57
17955729--17955804	27	2.8	27	97	0	143	21	38	23	17	1.93
17955852--17955890	21	1.9	21	94	5	71	46	5	0	48	1.24
17957221--17957298	22	3.5	22	75	15	79	65	3	1	29	1.18
17957693--17957760	14	4.9	14	70	20	52	58	7	1	32	1.34
17957689--17957766	18	4.0	18	72	18	66	58	7	1	32	1.34
17961954--17962391	141	3.1	140	89	1	657	31	23	18	26	1.97
17962821--17962863	22	2.0	22	90	0	68	44	9	4	41	1.57
17963057--17963158	51	2.0	51	92	0	168	28	6	7	56	1.53
17963215--17963253	18	2.2	18	86	9	53	56	5	5	33	1.43
17966259--17966302	18	2.6	16	80	13	52	54	2	0	43	1.12
17969063--17969151	23	3.7	23	72	12	72	21	22	21	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17969101--17969151	24	2.1	24	85	3	66	17	23	21	37	1.94
17970464--17970558	43	2.2	43	96	0	181	12	31	35	20	1.90
17971310--17971473	61	2.7	60	80	6	181	39	6	16	37	1.75
17978679--17978716	19	2.0	19	85	10	51	71	0	0	28	0.87
17981575--17981705	40	3.2	40	77	8	131	15	29	17	37	1.91
17981575--17981692	20	5.8	20	77	2	110	15	30	17	36	1.91
17985374--17985409	4	9.0	4	93	0	63	50	22	0	27	1.50
17986391--17986511	51	2.4	51	87	8	174	39	4	6	49	1.48
17987330--17987365	11	3.4	11	84	7	56	25	0	0	75	0.81
17987326--17987370	18	2.4	20	85	10	60	26	0	0	73	0.84
17989233--17989266	17	2.0	17	88	11	52	38	0	2	58	1.13
17993082--17993124	2	21.0	2	90	4	68	51	2	0	46	1.13
18003787--18003849	5	12.6	5	74	12	58	79	3	15	1	0.94
18003791--18003835	16	2.9	16	75	18	51	80	4	15	0	0.87
18003788--18003849	25	2.5	24	80	15	72	79	3	16	1	0.95
18003769--18003820	21	2.5	20	81	9	59	73	7	19	0	1.07
18017627--18017679	16	3.3	16	91	0	88	39	3	33	22	1.72
18017658--18017755	44	2.2	44	87	5	135	35	5	26	32	1.78
18017893--18017938	15	3.1	15	84	9	51	54	2	0	43	1.12
18017913--18017947	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
18017928--18018234	38	7.8	38	65	17	121	48	6	1	42	1.40
18018011--18018062	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18017891--18018287	120	3.3	120	96	1	699	49	5	2	42	1.38
18018183--18018389	102	2.0	102	100	0	414	47	5	3	42	1.45
18018280--18018309	15	1.9	16	93	6	53	43	6	0	50	1.28
18018391--18018558	47	3.7	46	70	18	143	47	4	2	45	1.37
18018450--18018510	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18018350--18018632	91	3.0	93	85	6	333	48	3	3	45	1.35
18018425--18018632	91	2.3	91	93	0	344	46	4	3	46	1.39
18018450--18018592	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
18018475--18018613	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
18021273--18021402	40	3.3	40	75	7	140	26	16	23	33	1.96
18022286--18022331	22	2.1	21	92	4	74	10	21	28	39	1.87
18022380--18022628	43	5.8	43	88	1	356	26	34	18	20	1.96
18022642--18022693	20	2.7	20	77	19	56	44	1	3	50	1.31
18027207--18027269	15	4.3	15	76	8	58	38	33	1	26	1.66
18027210--18027269	22	2.8	21	75	7	66	36	35	1	26	1.67
18027462--18027494	15	2.3	14	94	5	57	36	39	0	24	1.56
18027479--18027559	21	3.8	21	69	16	60	39	37	0	23	1.55
18028404--18028481	41	1.9	41	91	0	129	28	30	20	20	1.98
18030222--18030352	22	6.0	22	89	0	190	32	14	25	27	1.95
18033104--18033162	20	3.1	19	78	7	59	45	0	1	52	1.10
18033594--18033655	20	3.2	20	76	2	72	53	1	0	45	1.10
18033595--18033655	10	6.1	10	72	14	54	52	1	0	45	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18035788--18035833	21	2.2	20	88	7	65	76	4	2	17	1.06
18035796--18035860	20	3.2	20	82	10	69	76	1	3	18	0.99
18035796--18035845	15	3.6	14	71	17	50	80	2	2	16	0.91
18036274--18036336	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
18036712--18036746	16	2.2	16	89	0	52	71	2	2	22	1.13
18038254--18038384	65	2.0	65	100	0	262	43	6	12	38	1.67
18039516--18039608	43	2.2	43	84	0	114	13	24	15	46	1.82
18044271--18044335	29	2.2	29	80	0	67	26	33	27	12	1.92
18053611--18053685	36	2.1	36	100	0	150	24	18	0	57	1.41
18055929--18056681	379	2.0	379	93	0	1272	40	17	13	29	1.87
18059406--18059447	17	2.4	17	88	8	57	14	21	42	21	1.88
18059414--18059448	17	2.0	18	94	5	63	11	22	42	22	1.85
18059406--18059456	19	2.7	19	85	11	70	17	19	41	21	1.91
18061751--18061787	19	1.9	19	94	0	65	48	16	0	35	1.46
18065678--18065737	2	30.0	2	96	0	111	51	0	0	48	1.00
18068638--18068695	20	3.2	20	64	31	56	18	60	3	17	1.50
18070141--18070166	12	2.2	12	100	0	52	30	0	34	34	1.58
18073468--18073608	43	3.3	43	90	0	228	32	23	16	27	1.96
18079298--18079364	30	2.2	30	84	5	82	32	2	1	62	1.19
18079409--18079476	8	8.0	8	73	20	50	33	1	2	61	1.20
18079423--18079497	27	2.8	28	80	13	77	33	1	1	64	1.11
18079448--18079489	9	4.7	9	82	8	50	26	0	0	73	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18079448--18079574	28	4.6	28	71	10	82	33	1	0	64	1.08
18079289--18079487	20	10.8	17	68	16	62	33	2	2	61	1.20
18079513--18079584	9	7.8	9	70	21	51	30	2	1	65	1.15
18079539--18079595	19	2.9	18	82	12	60	24	7	3	64	1.34
18080535--18080564	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
18080954--18080992	21	1.9	20	85	15	53	56	2	5	35	1.35
18081545--18081622	32	2.5	31	78	16	88	47	0	0	52	1.00
18082241--18082280	14	2.9	14	80	0	53	32	17	5	45	1.70
18088390--18088434	17	2.8	16	83	6	54	37	31	6	24	1.81
18088459--18088503	16	2.8	16	89	3	63	44	20	4	31	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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