genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  57  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17300798--17300843	24	1.9	24	95	0	83	63	6	4	26	1.38
17301206--17301232	8	3.4	8	100	0	54	51	0	0	48	1.00
17305811--17305850	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
17307913--17307960	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
17311766--17311824	19	3.2	19	97	2	111	38	3	15	42	1.63
17312289--17312366	39	2.0	39	92	0	129	33	19	17	29	1.95
17319291--17319358	31	2.2	32	89	2	102	26	19	5	48	1.71
17319983--17320011	12	2.5	12	94	5	51	68	0	6	24	1.13
17324551--17324605	21	2.6	21	80	5	58	21	27	36	14	1.93
17328360--17328392	16	2.1	16	94	0	57	36	9	12	42	1.74
17334548--17334634	43	2.0	43	100	0	174	37	6	34	20	1.80
17336529--17336732	43	4.7	43	80	6	216	23	16	27	31	1.96
17339776--17339804	12	2.3	13	94	5	51	13	13	3	68	1.33
17359671--17359696	7	3.7	7	100	0	52	15	0	15	69	1.20
17360516--17360544	12	2.3	13	94	5	51	24	10	34	31	1.89
17366266--17366323	17	3.2	17	77	17	62	51	1	0	46	1.11
17366261--17366323	20	3.2	20	74	17	69	52	1	0	46	1.10
17383924--17383967	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
17384012--17384099	45	2.0	45	88	0	131	35	22	17	25	1.95
17384102--17384297	51	3.9	51	80	3	225	29	29	18	22	1.97
17384109--17384293	101	1.8	101	90	3	300	30	28	18	22	1.97
17388599--17388684	35	2.5	35	82	0	100	25	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17401381--17401420	18	2.2	19	86	4	55	17	15	2	65	1.39
17408673--17408725	27	2.0	27	92	0	88	30	3	28	37	1.75
17413671--17413700	14	2.1	14	100	0	60	0	26	23	50	1.50
17413770--17413824	25	2.3	24	87	12	78	0	23	21	54	1.45
17415729--17415794	18	3.7	18	95	0	114	34	15	12	37	1.84
17416220--17416390	72	2.4	72	86	4	240	26	5	12	55	1.58
17417781--17417820	21	1.9	21	85	10	55	32	10	35	22	1.87
17418495--17418556	13	4.7	13	83	2	61	37	25	8	29	1.85
17422185--17422253	35	2.0	35	94	0	120	14	31	30	23	1.94
17423049--17423073	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17430595--17430635	22	1.9	21	85	14	57	21	0	7	70	1.11
17435869--17436020	72	2.1	72	98	0	295	32	17	13	36	1.89
17436025--17436119	30	3.2	29	79	18	106	27	15	23	33	1.95
17436043--17436119	29	2.6	30	91	2	120	24	16	24	33	1.96
17438233--17438257	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
17442755--17442804	20	2.5	20	83	0	73	18	40	20	22	1.92
17444378--17444418	15	2.6	16	88	7	66	53	4	4	36	1.44
17444631--17444786	57	2.9	54	83	3	197	23	16	13	46	1.82
17447631--17447673	21	2.0	23	81	9	54	34	11	9	44	1.73
17455216--17455477	66	4.0	66	88	0	380	40	20	11	27	1.86
17457280--17457305	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
17459907--17460054	66	2.2	66	91	0	233	19	10	27	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17461902--17462754	431	2.0	432	93	1	1451	31	16	22	29	1.95
17469669--17469716	23	2.1	23	100	0	96	43	8	8	39	1.65
17477281--17477600	107	3.0	106	86	5	444	35	18	16	28	1.93
17480133--17480681	50	11.0	49	71	5	355	24	21	22	31	1.98
17480112--17480700	100	5.9	99	86	2	766	24	21	22	31	1.98
17480705--17481064	132	2.7	131	83	2	479	28	22	17	31	1.96
17481066--17481411	100	3.5	99	87	5	491	25	20	21	32	1.98
17481066--17481411	50	6.9	50	70	4	241	25	20	21	32	1.98
17481646--17482006	132	2.7	131	82	2	454	28	22	16	32	1.96
17482023--17482485	50	9.3	50	69	5	238	25	20	21	32	1.98
17481995--17482485	100	4.9	100	84	4	618	25	20	21	33	1.97
17482885--17483095	44	4.8	44	70	17	123	27	23	17	31	1.97
17482813--17483108	132	2.2	132	94	0	511	28	22	18	30	1.97
17483106--17483680	89	6.5	89	86	1	731	23	23	22	29	1.99
17483106--17483680	267	2.2	267	88	1	830	23	23	22	29	1.99
17484921--17484979	14	3.9	14	79	14	55	0	20	0	79	0.73
17484920--17484974	18	3.1	18	80	15	69	0	20	0	80	0.72
17484920--17484981	22	2.8	21	85	11	79	0	19	0	80	0.71
17484917--17484983	28	2.4	28	85	9	84	0	19	0	80	0.71
17484927--17484980	8	6.9	8	74	18	51	0	20	0	79	0.73
17487044--17487364	108	3.0	107	87	3	464	35	19	16	28	1.93
17487793--17487825	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17487861--17487901	20	2.0	20	86	9	57	63	0	0	36	0.95
17495946--17496035	33	2.7	33	76	8	94	30	14	27	27	1.95
17495810--17496036	101	2.2	101	84	0	310	29	15	26	28	1.96
17499298--17499434	42	3.3	41	80	7	143	37	18	14	29	1.90
17499773--17499835	32	2.0	32	81	6	74	49	6	4	39	1.49
17500887--17500914	13	2.2	13	100	0	56	28	0	32	39	1.57
17514863--17514892	15	2.0	15	93	0	51	0	16	20	63	1.31
17521695--17521734	21	1.9	21	84	0	53	62	5	0	32	1.17
17521710--17521780	30	2.4	31	74	11	76	64	0	1	33	1.02
17523883--17523962	23	3.5	23	76	6	81	40	18	17	23	1.91
17526458--17526755	152	2.0	152	87	1	436	27	12	23	36	1.91
17528680--17528719	15	2.7	14	84	7	53	57	5	0	37	1.21
17528881--17528930	17	3.2	16	78	13	59	48	8	0	44	1.32
17529088--17529132	17	2.7	17	86	3	56	42	26	2	28	1.67
17530294--17530327	17	2.0	17	100	0	68	52	11	11	23	1.70
17537571--17537660	41	2.2	41	87	2	126	47	17	2	32	1.60
17549406--17549468	9	7.4	8	83	16	58	66	1	3	28	1.16
17549408--17549458	26	2.0	26	85	14	70	66	1	3	27	1.20
17549440--17549468	3	10.0	3	92	7	51	68	0	0	31	0.89
17550324--17550422	30	3.3	31	75	11	123	60	0	2	37	1.08
17550395--17550423	11	2.5	12	88	11	51	58	0	6	34	1.25
17551140--17551186	23	2.0	25	83	8	62	10	2	12	74	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17551435--17551935	217	2.3	217	86	2	675	26	22	20	30	1.98
17551599--17551984	44	8.8	44	76	8	270	26	23	19	30	1.98
17551599--17551984	89	4.4	89	76	7	290	26	23	19	30	1.98
17560448--17560607	82	2.0	82	98	0	311	37	25	12	25	1.91
17560613--17560790	91	2.0	91	100	0	356	26	30	12	30	1.93
17564242--17564313	9	8.4	8	80	17	58	66	1	2	29	1.14
17564276--17564313	3	13.0	3	88	5	60	65	0	2	31	1.06
17565352--17565397	24	2.0	23	86	4	65	10	2	13	73	1.17
17577520--17577564	23	2.0	24	83	16	60	53	8	22	15	1.69
17580194--17580236	21	2.1	20	86	4	59	30	16	0	53	1.43
17580598--17580632	18	1.9	18	94	0	61	8	8	0	82	0.83
17587757--17587832	21	3.5	22	83	3	93	2	34	15	47	1.60
17589889--17589927	6	6.2	6	88	11	60	38	0	46	15	1.46
17589888--17590015	13	9.6	13	66	23	70	36	2	48	12	1.54
17589908--17590039	43	3.0	43	91	2	201	34	3	51	10	1.54
17590085--17590158	25	2.7	28	81	16	100	51	0	8	40	1.32
17590285--17590498	28	7.1	28	77	18	184	52	0	9	37	1.35
17590260--17590498	31	7.7	30	83	13	283	51	0	10	38	1.39
17594062--17594112	21	2.4	21	93	0	84	31	37	7	23	1.83
17598185--17598248	10	6.4	10	79	16	71	60	0	3	35	1.12
17598195--17598247	21	2.7	19	85	5	70	60	0	1	37	1.08
17598185--17598248	31	2.1	29	86	11	85	60	0	3	35	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17598196--17598248	19	2.7	19	75	16	54	60	0	1	37	1.08
17599342--17599374	16	2.1	16	94	0	57	9	0	30	60	1.27
17605109--17605184	37	2.1	37	82	9	93	43	1	3	51	1.28
17605743--17605802	29	2.1	29	100	0	120	26	13	23	36	1.92
17607104--17607140	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
17608881--17608924	23	2.0	22	81	4	52	22	15	11	50	1.76
17611626--17611716	13	6.9	13	71	12	60	57	6	5	30	1.47
17613360--17613621	102	2.6	98	86	4	328	28	21	20	29	1.98
17613458--17613804	143	2.4	143	84	0	437	27	22	19	29	1.98
17613216--17613698	245	2.0	245	90	2	765	26	22	20	30	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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