genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  47  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14537859--14537975	27	4.3	27	78	5	119	20	17	18	43	1.88
14539921--14539966	21	2.1	22	92	4	76	17	13	28	41	1.86
14540514--14540579	28	2.4	28	89	2	98	30	25	24	19	1.98
14540515--14540588	28	2.4	31	78	17	91	29	24	25	20	1.99
14540996--14541239	80	3.0	81	78	9	234	17	18	20	44	1.87
14541007--14541316	54	5.6	53	75	9	210	18	18	18	44	1.87
14541006--14541244	27	8.9	27	77	4	205	17	18	19	44	1.87
14541256--14541316	27	2.3	27	91	0	95	18	18	18	45	1.85
14547910--14547952	19	2.1	21	87	8	63	37	9	0	53	1.33
14551700--14551883	79	2.3	79	80	4	210	16	15	25	42	1.87
14551700--14551893	40	4.9	40	82	3	196	15	15	26	42	1.86
14553364--14553464	31	3.2	31	64	13	80	25	7	29	36	1.84
14553346--14553470	63	2.0	63	96	0	232	29	7	28	34	1.84
14563343--14563376	11	3.2	11	95	4	61	41	8	0	50	1.34
14563758--14563797	14	2.7	15	84	3	55	0	10	7	82	0.84
14565842--14565884	21	2.0	23	82	17	56	46	9	9	34	1.68
14567614--14567652	20	1.9	21	89	5	62	71	7	7	12	1.29
14570127--14570330	39	5.2	39	70	10	146	43	15	6	34	1.72
14570077--14570330	79	3.2	79	87	1	339	44	14	5	35	1.68
14570156--14570291	40	3.4	40	74	10	143	44	16	4	34	1.68
14570372--14570417	23	2.0	24	82	4	58	56	0	2	41	1.11
14570411--14570466	26	2.2	26	84	6	71	42	1	7	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14574090--14574138	24	2.0	24	100	0	98	24	14	20	40	1.89
14574404--14574565	51	3.2	51	98	0	306	32	14	22	29	1.94
14579036--14579294	39	6.6	39	70	11	163	43	15	6	34	1.73
14579033--14579294	78	3.3	78	88	1	380	43	16	6	34	1.73
14579878--14579914	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
14581316--14581340	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
14588762--14588936	41	4.3	40	77	8	147	32	26	20	21	1.98
14589122--14589244	65	1.9	64	87	8	180	41	15	8	34	1.78
14596451--14596587	59	2.3	60	89	1	204	38	5	26	29	1.78
14596451--14596587	30	4.6	30	83	3	161	38	5	26	29	1.78
14596585--14596609	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
14596709--14596765	24	2.3	25	83	16	75	45	0	1	52	1.11
14602209--14602252	13	3.5	13	78	12	56	70	0	2	27	0.99
14605879--14605933	3	18.0	3	84	3	74	72	0	0	27	0.85
14606386--14606452	19	3.2	21	77	12	75	37	16	5	40	1.73
14606412--14606462	19	2.7	19	87	0	75	37	15	7	39	1.77
14606966--14607816	44	19.6	44	69	13	342	27	21	20	30	1.98
14607174--14607604	173	2.5	171	85	4	492	27	22	19	30	1.98
14607004--14607477	217	2.2	218	86	1	664	26	23	20	29	1.99
14607272--14607552	84	3.3	84	71	13	266	28	22	19	29	1.98
14607091--14607753	217	3.1	214	80	6	630	27	22	19	30	1.98
14607281--14607643	173	2.1	172	85	4	496	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14607001--14607821	390	2.1	390	91	0	1322	27	22	20	30	1.98
14607408--14607824	217	1.9	218	86	2	597	28	21	19	30	1.98
14608011--14608150	50	2.8	50	90	0	208	24	23	24	27	2.00
14608254--14608351	44	2.2	44	87	3	135	32	23	17	26	1.96
14608386--14608784	44	9.1	44	62	6	146	21	24	27	27	1.99
14608417--14608555	43	3.2	43	66	4	125	17	26	29	26	1.97
14608353--14608929	88	6.6	88	88	1	825	21	23	27	27	1.99
14608367--14608930	263	2.1	263	90	0	860	21	23	26	27	1.99
14611102--14611162	26	2.3	26	83	5	70	57	4	14	22	1.57
14615899--14615994	19	4.7	21	82	10	74	40	16	7	35	1.76
14615899--14615956	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14615935--14616007	19	3.8	19	92	7	130	36	16	10	35	1.84
14616328--14616372	22	2.0	22	87	12	65	40	2	4	53	1.33
14619761--14619815	27	2.0	27	100	0	110	38	21	7	32	1.81
14621766--14621796	12	2.6	12	94	0	53	3	16	3	77	1.03
14625768--14625829	25	2.5	25	79	12	65	24	24	20	30	1.99
14634356--14634388	12	2.8	12	86	4	50	57	0	0	42	0.98
14640215--14640264	26	2.0	25	84	7	66	60	0	12	28	1.32
14647408--14647452	22	1.9	24	86	13	67	31	0	2	66	1.04
14648880--14649061	87	2.0	87	81	8	204	36	17	20	25	1.94
14648904--14649123	87	2.5	88	79	3	212	35	17	20	25	1.95
14655703--14655741	20	2.0	20	85	10	53	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14660830--14660872	22	2.0	21	90	4	68	27	13	0	58	1.37
14661297--14661337	18	2.3	18	87	4	57	12	0	36	51	1.40
14661376--14661458	32	2.6	32	88	7	116	36	10	10	42	1.75
14663730--14663822	47	2.0	47	95	0	168	44	10	6	38	1.65
14666596--14666675	13	6.2	13	69	5	54	22	23	25	28	1.99
14666590--14666639	26	1.9	26	87	0	73	20	26	26	28	1.99
14666596--14666675	39	2.1	39	85	4	108	22	23	25	28	1.99
14671577--14671603	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
14678260--14678400	40	3.6	39	73	9	117	31	25	16	26	1.96
14678293--14678400	37	2.8	40	72	15	107	33	25	15	25	1.95
14679266--14679297	4	7.8	4	93	6	55	0	21	0	78	0.76
14685339--14685464	40	3.2	40	73	7	123	32	23	16	27	1.96
14686360--14686399	13	3.1	13	89	7	55	0	35	0	65	0.93
14686347--14686382	18	2.1	17	94	5	63	0	27	0	72	0.85
14686351--14686395	18	2.5	18	88	0	63	0	31	0	68	0.89
14686441--14686498	22	2.7	21	82	17	66	25	5	1	67	1.21
14686463--14686516	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
14686473--14686530	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
14687033--14687061	12	2.4	12	100	0	58	79	6	0	13	0.93
14687131--14687157	11	2.5	11	100	0	54	77	7	0	14	0.97
14687010--14687302	96	3.0	96	94	2	507	51	2	12	34	1.51
14687562--14687599	14	2.7	15	84	12	53	42	5	15	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14687613--14687699	33	2.7	32	76	13	97	26	8	18	47	1.76
14688988--14689048	32	1.9	32	93	0	104	52	16	3	27	1.59
14688988--14689061	32	2.5	30	82	10	82	52	16	4	27	1.61
14691284--14691319	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
14692665--14692693	14	2.1	14	100	0	58	24	34	0	41	1.55
14693153--14693204	22	2.4	22	93	0	86	44	5	42	7	1.57
14693531--14693562	9	3.4	10	87	12	50	56	0	0	43	0.99
14693509--14693563	19	2.8	20	75	5	60	58	1	0	40	1.09
14694888--14694930	20	2.1	21	86	4	61	65	4	2	27	1.25
14694888--14694944	22	2.8	20	86	5	69	61	3	1	33	1.23
14697351--14697395	24	1.9	23	82	13	56	48	24	6	20	1.73
14698439--14698489	24	2.1	24	92	0	84	25	25	1	47	1.63
14698495--14698655	33	4.8	32	73	8	142	27	25	16	30	1.97
14698483--14698722	101	2.4	101	95	0	426	27	25	16	30	1.96
14698493--14698720	33	6.8	32	70	6	123	28	25	16	29	1.97
14701602--14701639	16	2.2	18	86	9	53	18	13	7	60	1.56
14702541--14702578	13	3.2	12	89	10	53	31	0	2	65	1.06
14702612--14702636	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
14702695--14702735	19	2.2	19	86	8	57	56	0	2	41	1.13
14708470--14708544	31	2.4	30	84	8	89	22	21	14	41	1.89
14709851--14709908	19	3.0	19	82	7	55	39	1	12	46	1.51
14709866--14709908	19	2.3	19	88	4	61	39	0	11	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14710060--14710088	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
14716254--14716362	54	2.0	54	100	0	218	29	15	14	40	1.87
14716854--14716918	32	2.0	32	82	11	80	50	3	12	33	1.55
14718833--14718883	21	2.4	21	93	3	84	35	5	23	35	1.79
14735632--14735662	16	1.9	16	93	0	53	0	32	41	25	1.56
14736507--14736608	51	2.0	50	86	3	143	50	11	6	31	1.65
14738701--14738738	20	1.9	20	88	0	58	52	0	10	36	1.36
14739600--14739697	42	2.3	42	94	0	169	37	10	24	27	1.88
14740532--14740776	95	2.6	95	95	0	438	23	15	20	40	1.91
14740532--14740776	47	5.2	47	94	1	418	23	15	20	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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