genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  24  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8066541--8066599	25	2.3	27	80	16	72	23	22	6	47	1.75
8073478--8073512	16	2.2	16	90	5	54	37	11	8	42	1.72
8075142--8075180	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8075591--8075690	42	2.4	42	83	3	130	20	27	13	40	1.89
8078332--8078360	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8083955--8083989	17	2.1	17	100	0	70	37	17	22	22	1.94
8091740--8091768	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
8111938--8111973	16	2.2	16	90	0	54	38	0	25	36	1.56
8112161--8112237	11	7.1	11	70	12	52	50	2	0	46	1.15
8112189--8112237	21	2.3	22	89	10	75	42	4	0	53	1.20
8112240--8112291	25	2.1	25	85	0	68	38	0	3	57	1.17
8118238--8118662	44	9.6	43	70	9	183	27	22	19	30	1.98
8118238--8118440	89	2.3	87	88	5	307	27	22	19	31	1.97
8118238--8118481	89	2.7	89	85	5	262	27	22	19	30	1.98
8118483--8118645	89	1.8	89	85	0	227	27	23	20	28	1.99
8118343--8118620	133	2.1	133	81	2	335	26	23	19	30	1.98
8118261--8118685	222	1.9	222	92	0	706	27	22	20	29	1.99
8132952--8133025	19	3.8	19	84	10	105	36	10	16	36	1.83
8132953--8133014	21	3.1	21	86	9	94	37	11	14	37	1.82
8132984--8133049	23	3.0	23	82	12	77	34	6	19	39	1.77
8133005--8133061	23	2.6	23	81	8	66	33	3	19	43	1.68
8133590--8133656	31	2.2	31	84	10	84	34	2	5	56	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8133746--8133809	15	4.2	16	72	9	53	29	3	3	64	1.24
8134209--8134250	19	2.2	20	86	4	59	33	7	9	50	1.62
8144540--8144564	6	4.2	6	100	0	50	16	52	0	32	1.44
8148978--8149016	14	2.8	14	80	0	51	35	10	12	41	1.77
8149227--8149389	58	2.8	57	78	10	145	44	1	3	50	1.30
8149260--8149309	20	2.4	21	93	6	84	48	0	2	50	1.12
8149260--8149310	10	4.9	10	80	4	57	47	0	1	50	1.12
8149484--8149574	45	2.0	44	89	6	139	36	26	4	32	1.76
8154938--8154963	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8157087--8157116	15	2.0	15	93	0	51	23	20	13	43	1.86
8161759--8161942	44	4.2	43	66	13	106	32	22	22	22	1.98
8161710--8162075	131	2.8	130	91	0	588	31	22	22	22	1.98
8162164--8162476	44	6.9	44	73	15	217	31	19	20	28	1.97
8162164--8162472	88	3.4	87	73	16	268	31	19	20	28	1.97
8162237--8162558	137	2.3	139	90	3	497	31	19	20	28	1.97
8163679--8163711	15	2.1	16	88	5	50	12	3	0	84	0.72
8167775--8167813	17	2.3	17	86	8	53	61	2	2	33	1.23
8167682--8168493	242	3.4	238	79	10	701	44	7	10	37	1.67
8168054--8168493	243	1.8	243	86	5	638	45	7	9	37	1.65
8178760--8178786	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8179047--8179074	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8186416--8186449	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8189458--8189610	13	11.8	13	68	25	60	26	5	15	52	1.64
8189463--8189576	9	12.3	9	68	23	60	26	5	15	52	1.64
8189453--8189592	51	2.8	50	89	2	201	25	6	16	51	1.68
8189858--8189943	42	2.0	42	100	0	172	39	12	18	29	1.88
8190546--8190583	18	2.1	18	100	0	76	57	5	15	21	1.57
8191013--8191125	56	2.0	56	100	0	226	35	21	15	27	1.94
8196296--8196350	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
8196875--8196926	18	2.8	18	74	5	50	59	1	5	32	1.32
8197076--8197100	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
8205237--8205287	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
8207270--8207295	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
8210250--8210290	7	5.9	7	86	11	57	70	0	17	12	1.16
8210250--8210292	21	2.1	20	91	4	68	67	0	18	13	1.23
8211579--8212361	132	5.9	132	94	0	1341	28	19	24	28	1.98
8212426--8212663	132	1.8	132	85	5	338	29	17	25	27	1.97
8212117--8212716	309	1.9	308	84	4	780	29	17	24	28	1.97
8213986--8214042	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
8216311--8216341	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
8216398--8216440	9	4.8	9	97	0	68	44	16	11	27	1.82
8216476--8216518	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
8216654--8216713	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
8221833--8221873	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8228691--8228731	21	1.9	22	85	5	57	68	7	14	9	1.39
8229146--8229292	43	3.4	43	76	4	136	25	22	17	34	1.95
8230484--8230517	17	1.9	18	88	5	52	55	0	2	41	1.15
8235751--8235865	51	2.3	51	93	0	194	27	30	0	41	1.56
8235866--8235930	30	2.2	28	83	10	76	41	0	0	58	0.98
8237012--8237036	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
8237688--8237722	18	1.9	18	88	0	52	25	34	8	31	1.86
8238392--8238637	29	8.4	29	94	1	404	45	25	0	28	1.59
8238392--8238637	59	4.2	59	93	2	408	45	25	0	28	1.59
8238392--8238637	88	2.8	87	92	3	404	45	25	0	28	1.59
8238394--8238624	117	2.0	118	96	0	428	46	25	0	26	1.58
8238632--8238809	55	3.3	55	95	0	322	36	12	6	44	1.68
8242536--8242589	23	2.4	23	82	17	69	25	31	1	40	1.66
8242534--8242589	11	4.9	12	77	18	66	25	32	1	41	1.66
8242644--8242684	10	4.0	10	84	6	55	31	0	0	68	0.90
8242644--8242681	11	3.5	11	82	7	51	26	0	0	73	0.83
8244954--8245952	68	15.1	66	84	8	820	47	26	0	26	1.56
8244954--8245952	23	45.3	22	76	12	820	47	26	0	26	1.56
8245701--8245772	37	1.9	37	86	5	101	44	27	0	27	1.55
8249108--8249484	125	3.0	125	92	0	612	30	23	16	29	1.96
8257782--8257956	68	2.6	68	85	1	217	34	21	22	21	1.97
8257782--8258000	68	3.2	68	81	5	194	34	20	23	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8258919--8258948	14	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
8259324--8259368	10	4.6	10	86	2	56	64	0	0	35	0.94
8260119--8260210	41	2.2	41	88	0	130	30	25	18	26	1.98
8260148--8260225	41	1.9	41	86	0	111	30	25	17	25	1.97
8260799--8260848	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
8261794--8261818	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
8266932--8266983	25	2.1	25	85	0	68	53	5	9	30	1.57
8267695--8267750	18	2.8	20	78	10	62	42	0	3	53	1.18
8275476--8275506	14	2.1	15	94	5	55	51	0	9	38	1.35
8282832--8282878	10	4.8	10	76	5	51	29	0	2	68	1.02
8282843--8282889	19	2.4	19	89	7	67	36	0	4	59	1.17
8284231--8284277	21	2.3	21	82	14	62	38	17	10	34	1.84
8289418--8289447	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8295193--8295218	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8303444--8303582	68	2.0	68	93	6	235	37	7	17	37	1.78
8306776--8306815	21	1.9	21	85	10	55	25	20	10	45	1.81
8306926--8307084	4	39.8	4	100	0	318	25	0	25	49	1.50
8307501--8307538	14	2.8	14	84	4	51	39	26	7	26	1.83
8315129--8315769	218	3.0	207	87	6	921	37	6	5	51	1.50
8315727--8315776	22	2.3	22	80	13	59	56	0	6	38	1.24
8315727--8315769	19	2.1	22	87	12	65	55	0	2	41	1.12
8322321--8322422	46	2.2	44	77	17	116	56	1	4	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8322329--8322422	48	2.0	48	85	8	129	55	2	5	37	1.35
8334495--8334532	5	7.6	5	100	0	76	21	0	60	18	1.36
8336471--8336506	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
8337843--8337895	27	2.0	27	88	0	79	30	22	15	32	1.94
8343974--8344170	98	2.0	98	93	0	340	26	10	25	37	1.89
8346726--8346781	27	2.1	27	93	0	94	25	7	12	55	1.62
8347081--8347141	29	2.1	29	100	0	122	42	6	6	44	1.56
8348907--8348944	18	2.1	18	90	9	60	26	5	21	47	1.71
8358828--8358870	22	2.0	22	90	0	68	11	20	25	41	1.86
8358964--8359407	43	10.3	42	84	6	523	31	31	18	18	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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