genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  92  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26890567--26890604	20	1.9	20	89	10	60	23	0	2	73	0.95
26890895--26890944	22	2.3	23	86	6	68	44	0	2	54	1.11
26890914--26890960	16	3.0	16	75	3	51	42	0	2	55	1.12
26905496--26905774	41	6.8	41	86	4	350	22	18	29	28	1.98
26906787--26906879	7	13.0	7	76	8	62	18	0	40	40	1.50
26906769--26906878	50	2.2	50	85	3	141	21	0	37	40	1.54
26910334--26910360	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
26911263--26911513	43	5.8	43	83	3	279	28	29	19	22	1.98
26911263--26911513	130	1.9	130	83	4	328	28	29	19	22	1.98
26911263--26911513	87	2.9	86	86	2	297	28	29	19	22	1.98
26914907--26915085	95	1.9	95	80	2	207	31	16	24	27	1.96
26917439--26917533	45	2.1	45	92	0	163	26	18	24	30	1.98
26920503--26920560	25	2.4	23	85	5	71	34	5	10	50	1.59
26920505--26920560	23	2.3	25	84	6	71	35	5	8	50	1.57
26922504--26922650	65	2.3	65	91	2	242	41	28	10	19	1.85
26924871--26924911	4	10.2	4	100	0	82	75	24	0	0	0.80
26926988--26927033	21	2.2	22	84	7	60	39	10	17	32	1.84
26926987--26927035	22	2.2	22	82	7	64	36	10	16	36	1.82
26927552--26927769	43	5.1	43	82	6	221	31	25	18	24	1.97
26929070--26929116	23	2.0	23	100	0	94	44	8	8	38	1.65
26929181--26929220	18	2.2	18	86	0	53	67	7	15	10	1.41
26933221--26933264	21	2.1	21	86	0	61	29	43	0	27	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26933358--26933425	34	2.0	34	82	0	82	35	38	0	26	1.57
26933401--26933545	77	1.9	76	85	4	202	42	28	0	27	1.60
26933476--26933502	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
26934048--26934205	41	3.9	41	94	0	271	29	25	22	23	1.99
26934237--26934372	40	3.4	40	84	7	179	17	21	22	38	1.93
26935669--26935726	27	2.1	27	93	0	98	18	37	5	37	1.74
26937455--26937487	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
26941983--26942025	19	2.3	19	88	8	61	74	2	4	18	1.10
26941972--26941999	11	2.5	11	100	0	56	75	0	7	17	1.03
26941956--26942065	40	2.8	39	80	10	102	68	0	5	25	1.17
26942415--26942469	28	2.0	28	85	7	76	38	1	1	58	1.20
26942868--26942929	31	2.0	30	81	12	72	45	9	0	45	1.36
26965395--26965439	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
26970336--26970377	21	2.0	21	81	9	50	76	2	14	7	1.10
26973094--26973125	14	2.4	14	90	10	50	65	0	6	28	1.16
26974205--26974297	44	2.1	44	93	2	159	62	6	12	18	1.51
26974539--26974599	21	2.9	21	82	0	68	18	3	32	45	1.65
26974552--26974599	7	6.9	7	82	0	51	16	4	33	45	1.67
26974533--26974599	14	4.7	14	83	1	80	19	2	31	46	1.65
26974519--26974607	14	6.4	14	76	7	58	22	2	28	47	1.63
26974614--26974674	14	4.4	14	72	10	54	21	0	45	32	1.52
26974611--26974674	21	3.1	21	79	2	76	21	0	43	34	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26974630--26974682	28	1.9	27	81	11	63	28	0	37	33	1.58
26974780--26974850	16	4.3	16	82	12	74	47	1	0	50	1.09
26974787--26974844	16	3.6	16	93	6	91	50	1	0	48	1.11
26974957--26975066	14	7.7	14	68	11	53	23	0	28	47	1.58
26975063--26975110	21	2.2	22	85	3	62	20	0	33	45	1.52
26977118--26977150	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
26977186--26977234	20	2.5	20	75	0	62	34	10	0	55	1.34
26978061--26978091	16	1.9	16	100	0	62	51	6	3	38	1.44
26982832--26982880	21	2.3	22	82	10	57	38	6	14	40	1.71
26984441--26984492	21	2.5	21	90	6	79	21	36	5	36	1.77
26984452--26984496	21	2.1	21	100	0	90	17	40	4	37	1.70
26984444--26984522	27	3.1	27	77	20	98	20	37	3	37	1.71
26990879--26990977	39	2.5	39	80	3	110	44	23	6	26	1.76
26994131--26994176	22	2.0	23	83	4	58	54	26	0	19	1.44
27004118--27004165	6	7.5	6	77	13	51	27	0	2	70	0.98
27013417--27013479	23	2.8	23	76	13	69	12	6	3	77	1.07
27013429--27013501	21	3.4	20	73	19	58	15	5	1	78	1.00
27013417--27013503	6	15.5	6	71	15	53	14	4	3	77	1.07
27013485--27013557	27	2.7	27	77	18	82	19	4	5	71	1.22
27023143--27023173	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
27023231--27023271	19	2.2	19	86	8	57	56	0	0	43	0.99
27030306--27030354	20	2.5	20	89	0	71	42	2	0	55	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27030359--27030428	28	2.5	29	77	13	67	61	1	5	31	1.28
27035066--27035099	13	2.5	13	85	4	50	17	8	2	70	1.25
27036060--27036124	22	2.8	22	86	6	85	70	9	1	18	1.21
27037687--27037745	30	2.0	30	86	0	82	61	6	5	27	1.43
27037718--27037755	18	2.1	19	90	5	60	68	7	0	23	1.16
27037768--27037797	12	2.5	12	94	0	51	50	0	13	36	1.42
27044894--27044936	21	2.0	21	82	8	52	13	48	0	37	1.43
27046104--27046139	19	1.9	18	88	5	54	41	0	19	38	1.52
27065039--27065123	45	1.9	44	86	9	120	78	10	5	4	1.06
27065046--27065109	17	3.5	19	79	10	62	81	10	4	3	0.96
27065080--27065113	15	2.2	16	94	5	61	82	11	5	0	0.83
27065525--27065997	42	11.3	42	85	0	586	21	16	22	38	1.93
27068253--27068321	32	2.2	31	94	2	120	30	14	7	47	1.71
27074619--27074662	19	2.3	19	96	0	79	47	34	0	18	1.49
27077493--27077537	21	2.1	21	83	0	54	31	24	15	28	1.96
27080603--27080627	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27086107--27086213	53	2.0	53	100	0	214	26	11	19	42	1.84
27097530--27098527	498	2.0	498	99	0	1960	32	14	19	33	1.92
27103381--27103458	38	2.1	38	90	0	120	29	24	6	39	1.80
27103584--27104171	207	2.8	206	80	4	669	28	22	15	33	1.95
27104058--27104442	209	1.8	210	84	1	522	27	21	17	34	1.95
27118473--27118515	16	2.4	17	81	18	52	41	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27125154--27125202	24	2.1	22	82	14	55	26	26	2	44	1.65
27125988--27126038	24	2.1	24	85	0	66	5	37	27	29	1.80
27140811--27140855	23	2.0	23	86	0	63	26	8	13	51	1.70
27140930--27140987	30	2.0	29	90	6	91	10	25	0	63	1.26
27141200--27141251	25	2.0	25	85	3	68	57	3	1	36	1.28
27143268--27143306	15	2.5	15	91	4	60	76	0	12	10	1.01
27144088--27144123	18	2.0	18	94	0	63	44	36	0	19	1.51
27151686--27151788	46	2.3	44	78	6	116	46	10	4	37	1.60
27157332--27157398	29	2.2	31	86	5	93	50	2	16	29	1.60
27157505--27157653	76	1.9	77	89	1	228	41	6	4	48	1.46
27158201--27158252	26	2.0	26	88	7	79	34	5	1	57	1.33
27168285--27168314	14	2.1	14	93	0	51	20	0	3	76	0.92
27177202--27177255	18	3.0	18	86	0	81	35	14	20	29	1.93
27182649--27182876	29	7.9	29	80	8	243	26	15	21	37	1.93
27182645--27182869	58	3.9	58	85	5	271	25	16	20	37	1.93
27182649--27182876	87	2.6	87	84	6	277	26	15	21	37	1.93
27196178--27196379	40	5.1	40	84	10	220	68	0	30	0	0.93
27196177--27196327	10	15.5	10	72	17	72	68	0	31	0	0.95
27196178--27196327	24	5.9	25	71	17	96	68	0	30	0	0.94
27197085--27197139	27	2.0	27	96	0	101	43	14	34	7	1.73
27199126--27199178	12	4.4	12	82	0	70	30	43	24	1	1.65
27199572--27199614	14	3.1	14	96	0	77	37	9	0	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27202768--27202807	21	1.9	21	94	0	71	70	12	0	17	1.18
27202792--27202820	12	2.4	12	100	0	58	68	0	0	31	0.89
27204127--27204166	19	2.0	20	95	4	73	22	5	0	72	1.04
27205809--27205838	15	2.0	15	93	0	51	33	36	13	16	1.88
27219675--27219713	19	2.0	19	90	5	60	35	23	0	41	1.55
27219993--27220055	23	2.6	23	85	7	81	39	7	1	50	1.41
27220057--27220098	9	4.8	9	82	5	50	88	7	2	2	0.69
27220056--27220097	17	2.5	17	88	0	57	85	9	2	2	0.77
27220067--27220096	15	1.9	16	93	6	53	86	6	3	3	0.77
27220306--27220419	36	3.2	35	75	19	110	67	0	30	1	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210