genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  48  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14740862--14740897	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
14740891--14740947	24	2.4	24	85	2	71	29	14	17	38	1.89
14740912--14740965	24	2.3	24	90	3	83	31	11	16	40	1.84
14741165--14741190	12	2.2	12	100	0	52	38	7	15	38	1.76
14744047--14744159	42	2.7	42	77	1	129	40	19	16	23	1.91
14745168--14745218	15	3.5	15	76	15	52	33	7	1	56	1.39
14752816--14752950	4	33.8	4	100	0	270	25	0	24	50	1.50
14756699--14756784	30	2.9	29	87	3	109	30	24	25	19	1.98
14756892--14756994	26	4.0	26	88	0	152	36	24	23	15	1.93
14756905--14757020	52	2.2	52	83	6	137	35	23	23	18	1.96
14757176--14757236	27	2.3	27	82	0	68	21	14	26	37	1.92
14757186--14757488	27	11.3	27	82	2	335	19	20	18	41	1.90
14757188--14757467	54	5.2	54	85	2	377	18	21	17	42	1.90
14757186--14757488	80	3.8	79	85	4	385	19	20	18	41	1.90
14757695--14757730	18	2.0	18	100	0	72	22	44	22	11	1.84
14767913--14768029	43	2.8	41	80	5	126	38	23	15	22	1.92
14769074--14769102	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
14776707--14776802	49	2.0	49	83	4	122	35	18	11	34	1.87
14779805--14779837	13	2.3	15	85	15	52	3	18	0	78	0.87
14787593--14787641	25	2.0	25	88	8	73	40	0	2	57	1.10
14787630--14787678	20	2.5	20	83	6	55	42	2	4	51	1.32
14790489--14790542	25	2.2	25	93	0	90	18	40	25	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14792515--14792620	24	4.4	24	67	17	76	17	26	21	33	1.96
14792531--14792656	48	2.6	50	80	7	125	18	26	20	34	1.95
14792576--14792686	25	4.5	25	78	3	91	22	25	21	30	1.99
14792585--14792686	50	2.1	49	83	5	125	23	25	20	30	1.99
14797129--14797197	22	3.1	22	93	0	111	26	26	17	30	1.97
14802315--14802363	20	2.5	19	81	15	55	42	2	0	55	1.11
14802840--14802895	26	2.1	27	83	3	69	30	0	12	57	1.36
14802796--14802924	60	2.2	60	91	0	213	31	0	13	55	1.44
14802837--14802925	27	3.1	27	65	22	72	29	0	17	52	1.45
14803117--14803396	98	2.8	102	88	8	391	30	0	17	51	1.51
14805185--14805426	50	4.7	50	82	4	245	23	27	21	27	1.99
14810039--14810295	42	6.1	43	78	8	242	36	25	17	20	1.94
14810084--14810297	84	2.5	84	93	0	374	37	25	16	20	1.93
14810300--14810380	26	3.2	25	67	28	62	34	29	13	22	1.92
14810300--14810481	51	3.6	50	82	5	170	31	28	16	24	1.96
14810297--14810481	101	1.8	101	84	3	246	30	27	16	24	1.97
14811594--14811679	41	2.1	41	97	2	165	36	18	13	31	1.90
14815950--14816247	84	3.5	84	91	0	479	37	24	16	20	1.93
14815905--14816245	42	8.1	42	77	9	336	36	25	16	20	1.94
14816254--14816439	51	3.7	49	78	5	192	29	29	17	24	1.97
14816252--14816434	101	1.8	101	86	3	269	28	28	17	24	1.97
14817872--14818092	78	2.9	78	87	2	304	25	8	11	55	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14822325--14822409	27	3.1	27	84	0	107	22	38	22	16	1.92
14825604--14825645	6	7.0	6	86	0	57	11	2	19	66	1.34
14828249--14828694	41	10.8	41	83	4	488	17	19	28	34	1.95
14829749--14829813	14	4.6	14	73	9	51	21	0	44	33	1.53
14829749--14829813	21	3.0	21	71	10	60	21	0	44	33	1.53
14830212--14830260	19	2.5	19	83	3	62	73	4	2	20	1.10
14831085--14831143	24	2.5	24	86	2	84	30	38	0	30	1.57
14831516--14831540	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
14832594--14832735	69	2.1	69	97	0	266	46	4	2	46	1.37
14832891--14832936	8	6.2	8	80	19	64	58	15	0	26	1.37
14832899--14832992	20	4.7	20	83	8	129	53	14	1	30	1.49
14832973--14833020	25	1.9	25	86	0	69	45	18	2	33	1.61
14832975--14833246	41	6.7	41	73	17	176	45	18	1	34	1.59
14832882--14833028	61	2.5	59	81	12	151	51	15	1	31	1.52
14833011--14833212	50	4.1	49	74	19	170	45	18	0	35	1.56
14833036--14833248	57	3.6	57	75	12	191	45	18	1	34	1.59
14833036--14833244	16	13.0	16	70	24	129	45	18	1	33	1.58
14833011--14833244	25	9.6	25	71	18	149	45	18	1	34	1.58
14834814--14834983	66	2.6	65	83	5	200	38	18	28	14	1.90
14834954--14835002	21	2.3	21	89	0	71	34	16	44	4	1.66
14835325--14835534	43	4.9	43	92	0	330	26	18	31	23	1.97
14836103--14836150	19	2.5	19	86	0	69	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14837718--14837806	22	4.3	22	71	15	73	42	1	0	56	1.06
14839402--14839427	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
14844902--14845161	69	3.8	69	73	8	233	28	23	19	28	1.98
14845139--14845184	19	2.4	19	96	0	83	28	30	21	19	1.98
14845210--14845310	37	2.8	37	81	4	125	26	20	19	32	1.97
14845643--14845671	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
14847090--14847323	48	4.8	49	87	1	312	44	14	14	26	1.84
14847105--14847323	97	2.3	96	85	2	305	43	15	14	26	1.85
14847221--14847296	25	3.1	25	73	7	93	42	17	15	25	1.88
14847197--14847323	23	5.3	23	66	7	74	40	17	14	26	1.88
14847873--14847984	42	2.6	43	84	1	136	32	22	16	29	1.95
14850760--14850786	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14851218--14851281	34	1.9	34	87	9	96	26	9	1	62	1.35
14852831--14852857	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
14854970--14854994	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14855372--14855431	3	20.7	3	79	6	70	60	0	3	36	1.14
14861681--14861770	19	4.7	19	94	0	162	38	15	8	36	1.79
14861656--14861770	38	2.9	38	93	5	185	39	15	7	37	1.77
14880663--14880704	18	2.3	18	92	8	68	50	7	33	9	1.62
14887872--14887949	38	2.0	39	87	2	113	15	16	17	50	1.79
14889046--14889091	18	2.6	18	86	3	58	43	0	2	54	1.12
14889022--14889127	55	1.9	54	83	7	133	45	0	4	49	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14889325--14889360	16	2.2	16	90	0	54	27	16	5	50	1.68
14890036--14890080	22	2.0	23	86	4	65	44	6	0	48	1.29
14895768--14895824	22	2.7	21	84	10	64	68	3	3	24	1.21
14895939--14896004	27	2.5	26	87	4	89	60	1	1	36	1.15
14896067--14896128	21	3.4	18	75	16	56	33	4	0	61	1.17
14899232--14899392	83	2.0	81	93	2	277	25	19	24	30	1.98
14899608--14899658	25	2.0	25	88	7	75	41	1	0	56	1.10
14900713--14900768	16	3.5	15	80	9	58	39	28	3	28	1.73
14900793--14900837	16	2.8	16	82	3	63	40	24	4	31	1.75
14906025--14906070	16	2.8	16	83	6	56	23	6	32	36	1.81
14908362--14908395	14	2.2	16	90	10	54	82	2	14	0	0.79
14908362--14908396	15	2.3	15	90	5	52	82	2	14	0	0.77
14911704--14911754	21	2.4	21	90	0	75	31	0	17	50	1.46
14920192--14920230	21	1.9	20	89	5	60	17	7	0	74	1.05
14920204--14920246	20	2.2	20	83	8	52	23	6	0	69	1.12
14923726--14923776	20	2.7	19	79	8	59	23	3	13	58	1.52
14925710--14925757	18	2.6	18	80	3	51	70	0	4	25	1.04
14925736--14925809	17	4.4	16	77	6	67	77	2	14	5	1.07
14926496--14926542	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
14926701--14926839	40	3.5	40	79	10	135	26	20	23	30	1.98
14930054--14930333	44	6.5	43	70	9	151	25	22	22	29	1.99
14930130--14930416	84	3.4	84	69	7	263	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14930302--14930461	44	3.7	44	79	7	159	27	22	22	27	1.99
14929996--14930418	172	2.5	172	90	1	659	25	23	21	29	1.99
14931464--14931492	14	2.1	14	100	0	58	31	34	6	27	1.83
14939348--14939455	44	2.4	45	79	8	123	25	21	23	29	1.99
14939424--14939755	44	7.7	43	71	11	148	26	24	21	28	1.99
14939333--14939712	172	2.2	172	92	0	618	26	24	20	28	1.99
14943585--14943636	25	2.1	25	96	0	95	46	13	11	28	1.78
14948282--14948311	10	3.0	10	90	0	51	86	0	13	0	0.57
14948288--14948317	15	2.1	14	93	6	51	83	0	16	0	0.65
14964414--14964466	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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