genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  77  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23104226--23104277	11	4.7	11	77	13	54	30	1	0	67	1.02
23104293--23104339	25	1.9	24	86	4	67	36	8	6	48	1.59
23104658--23104697	21	1.9	21	89	0	62	7	10	5	77	1.11
23105235--23105274	20	2.0	20	85	0	53	30	10	2	57	1.45
23105291--23105391	9	10.6	9	74	16	51	31	2	2	62	1.25
23105320--23105392	3	24.3	3	88	5	112	31	1	0	67	1.00
23108702--23108760	24	2.4	25	80	8	68	69	3	5	22	1.23
23112591--23112619	5	5.8	5	100	0	58	62	0	37	0	0.96
23116970--23117061	3	29.7	3	75	14	71	27	6	1	65	1.24
23117069--23117102	16	2.2	16	89	5	52	29	0	5	64	1.17
23119757--23119800	20	2.2	20	87	0	61	15	25	34	25	1.95
23133019--23133087	26	2.6	27	83	6	95	27	1	1	69	1.05
23134561--23134619	19	3.0	19	75	5	55	28	1	6	62	1.30
23135454--23135494	18	2.2	18	86	4	55	43	0	0	56	0.99
23138077--23138127	4	12.8	4	95	0	93	50	0	23	25	1.49
23138125--23138172	2	24.0	2	100	0	96	50	0	50	0	1.00
23141221--23141284	21	3.3	21	66	20	66	37	0	18	43	1.51
23141200--23141282	37	2.2	37	95	0	148	39	1	18	40	1.58
23143751--23143798	24	2.0	24	88	8	71	37	12	2	47	1.53
23143765--23143798	12	2.8	13	86	13	54	38	11	0	50	1.39
23145119--23145327	108	1.9	108	99	0	409	40	13	15	31	1.86
23151726--23151761	4	9.0	4	88	11	56	75	0	2	22	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23151828--23151874	14	3.1	15	78	9	51	80	8	2	8	0.97
23151836--23151860	12	2.1	12	100	0	50	84	8	0	8	0.79
23151840--23151874	14	2.5	14	85	0	52	85	2	2	8	0.79
23152074--23152120	20	2.3	20	85	0	67	55	0	8	36	1.31
23151969--23152182	102	2.0	106	88	4	319	52	4	8	34	1.53
23152111--23152154	16	2.6	18	78	10	56	52	4	6	36	1.49
23153746--23153778	15	2.1	16	88	5	50	18	3	3	75	1.06
23153982--23154266	44	6.6	43	73	12	190	27	23	20	28	1.99
23153979--23154270	45	6.7	45	74	14	195	27	23	20	28	1.99
23164398--23164429	4	7.8	4	93	6	55	75	0	3	21	0.95
23164690--23164732	16	2.7	16	77	0	50	48	2	6	41	1.43
23164792--23164842	20	2.6	20	84	9	61	50	3	5	39	1.45
23166131--23166163	15	2.1	16	88	5	50	18	3	3	75	1.06
23169354--23169387	15	2.3	15	89	0	50	55	0	11	32	1.36
23171145--23171184	21	1.9	21	84	0	53	30	27	12	30	1.93
23174952--23175027	39	1.9	39	83	0	98	39	7	17	35	1.78
23187543--23187580	19	1.9	19	94	5	67	28	5	2	63	1.30
23187479--23187585	12	8.8	12	74	13	60	23	3	4	68	1.25
23187493--23187585	25	3.9	24	76	13	77	20	4	5	69	1.25
23199362--23199398	17	2.1	19	85	10	51	32	8	24	35	1.85
23200987--23201114	43	3.0	43	81	4	143	21	19	26	32	1.97
23210232--23210268	18	2.1	18	90	5	58	13	37	29	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23212984--23213098	35	3.2	35	69	9	104	27	25	20	26	1.99
23212987--23213130	74	1.9	74	87	0	207	29	21	20	27	1.98
23215458--23215654	98	2.0	98	95	0	358	37	24	9	27	1.87
23216976--23217088	19	5.8	19	88	4	172	36	15	9	38	1.80
23216953--23217088	40	3.4	38	86	8	173	38	14	8	38	1.78
23216976--23217087	59	1.9	59	92	0	188	36	14	9	39	1.79
23216968--23217088	40	3.2	38	86	10	176	36	14	9	39	1.78
23219128--23219181	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
23224507--23224535	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
23225720--23225757	17	2.4	17	86	8	53	52	0	0	47	1.00
23225843--23225890	26	1.9	26	91	8	82	70	8	0	20	1.12
23226002--23226283	157	1.8	155	90	3	460	27	8	9	54	1.62
23228981--23229014	13	2.5	13	90	4	50	64	2	0	32	1.08
23229022--23229102	42	1.9	43	80	12	96	48	3	1	46	1.27
23234471--23234981	87	5.9	87	95	0	869	23	24	23	28	1.99
23234543--23234679	43	3.2	43	64	20	104	22	23	25	28	1.99
23234471--23235069	174	3.5	173	90	3	904	23	24	22	28	1.99
23234471--23235069	261	2.4	249	90	4	927	23	24	22	28	1.99
23234911--23235052	71	2.0	71	94	0	248	25	26	22	25	2.00
23236279--23236319	14	2.9	14	85	7	57	14	19	0	65	1.26
23236290--23236316	7	3.9	7	100	0	54	14	14	0	70	1.17
23236721--23236814	33	2.9	33	81	10	106	7	10	9	72	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23239632--23240164	265	2.0	265	96	0	976	20	18	39	22	1.93
23244166--23244407	50	4.8	50	88	1	351	21	30	21	26	1.98
23244166--23244408	99	2.4	100	92	1	389	21	30	21	26	1.98
23250320--23250512	50	3.8	50	86	0	242	23	30	20	25	1.99
23255156--23255195	21	1.9	21	84	0	53	22	2	22	52	1.59
23255191--23255247	28	2.0	29	96	3	107	28	0	3	68	1.06
23261974--23262013	19	2.1	19	90	0	62	27	5	17	50	1.67
23265752--23265782	15	2.1	15	93	0	53	32	0	6	61	1.21
23266190--23266223	18	1.9	17	94	5	59	35	0	8	55	1.31
23266190--23266223	17	2.0	16	88	11	50	35	0	8	55	1.31
23266179--23266276	44	2.2	44	79	13	112	39	4	8	47	1.52
23272619--23272743	63	2.0	63	85	0	169	38	15	22	24	1.92
23276785--23276814	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
23287091--23287131	21	2.1	20	86	13	59	21	24	0	53	1.46
23292242--23292387	54	2.7	54	81	0	157	21	27	25	25	2.00
23295375--23295399	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
23305826--23305855	16	1.9	16	93	6	53	13	30	13	43	1.82
23307751--23307826	26	3.0	25	78	3	89	26	17	22	34	1.96
23308329--23308445	55	2.1	55	82	4	137	43	0	3	52	1.24
23308364--23308399	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
23321697--23321742	23	2.0	23	91	0	74	41	19	15	23	1.89
23322142--23322180	3	13.3	3	94	5	71	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23322692--23322753	9	6.9	9	80	10	65	9	12	3	74	1.19
23322696--23322750	18	3.0	18	86	2	74	10	14	3	70	1.28
23322972--23323033	24	2.6	24	97	0	115	35	19	4	40	1.73
23324354--23324412	30	2.0	30	86	0	82	37	8	25	28	1.85
23324853--23324928	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
23325058--23325130	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
23329588--23329633	13	3.5	13	72	21	51	36	2	4	56	1.31
23330880--23331005	61	2.1	60	80	4	137	43	14	4	37	1.66
23338545--23338871	33	9.9	33	69	6	205	26	33	22	17	1.96
23338551--23338870	66	4.8	66	91	2	491	27	33	21	17	1.96
23338877--23339154	33	8.4	33	84	0	151	32	32	15	20	1.93
23338930--23339161	33	7.0	31	84	3	185	32	34	15	18	1.92
23338877--23339168	66	4.4	65	80	2	269	32	33	14	19	1.92
23338877--23339168	99	2.9	97	76	8	266	32	33	14	19	1.92
23339964--23340156	18	11.8	17	65	19	88	32	16	35	16	1.91
23339962--23340190	33	7.0	33	89	4	313	33	15	34	16	1.90
23339953--23340187	129	1.8	129	91	1	391	32	14	36	16	1.90
23339971--23340194	96	2.3	96	88	3	324	32	15	35	16	1.90
23342055--23342083	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
23348491--23348598	46	2.3	46	82	0	126	20	10	26	42	1.84
23348602--23348644	20	2.2	20	86	0	59	41	13	25	18	1.88
23348800--23349099	132	2.3	131	81	2	332	33	17	13	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23348919--23349169	131	1.9	132	83	2	326	33	16	14	35	1.89
23349907--23350021	51	2.3	51	76	0	122	26	28	23	21	1.99
23353474--23353712	50	4.7	50	80	4	230	27	20	28	23	1.99
23354603--23355088	241	2.0	241	95	0	882	36	9	19	34	1.84
23363461--23363520	26	2.4	25	83	10	77	41	10	16	31	1.81
23366285--23366339	16	3.6	16	73	14	62	23	12	21	41	1.88
23366293--23366342	15	3.4	15	77	5	66	24	14	24	38	1.92
23367409--23367541	49	2.7	50	82	2	162	39	19	19	21	1.93
23367835--23367888	26	2.1	26	82	6	65	50	16	3	29	1.63
23370895--23371583	342	2.0	342	93	0	1164	25	14	23	37	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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