genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  99  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28957493--28957586	39	2.4	37	80	18	93	8	11	8	71	1.32
28965797--28965858	28	2.2	28	82	5	81	37	3	9	50	1.52
28972296--28972339	23	1.9	23	86	9	63	43	15	22	18	1.88
28976640--28976694	23	2.3	23	75	9	58	14	7	10	67	1.41
28978910--28978974	3	21.7	3	96	0	121	32	1	0	66	1.01
28990870--28991185	50	6.3	50	71	5	226	34	24	19	21	1.96
28990873--28991148	51	5.5	50	72	5	225	33	24	20	21	1.97
28990870--28991185	101	3.1	101	88	1	449	34	24	19	21	1.96
28991157--28991219	31	2.0	31	100	0	126	46	19	15	19	1.85
28991058--28991317	132	2.0	132	94	0	457	35	24	18	21	1.95
28990957--28991418	233	2.0	233	92	0	762	34	24	19	21	1.97
28991190--28991742	101	5.5	101	91	1	824	31	24	21	22	1.98
28991992--28992085	44	2.1	44	80	3	100	30	19	22	27	1.98
28993483--28993541	3	19.7	3	100	0	118	33	32	0	33	1.58
28994168--28994483	109	2.9	109	90	2	487	31	16	17	34	1.92
28996688--28996751	18	3.6	18	71	0	56	9	3	56	31	1.47
28996689--28996906	60	3.6	60	81	3	163	10	5	58	26	1.51
28996701--28996793	42	2.2	42	82	0	114	9	5	58	26	1.52
28996743--28996866	18	6.6	18	69	12	70	8	6	58	25	1.52
28996743--28996866	36	3.3	36	71	14	106	8	6	58	25	1.52
28996760--28996849	42	2.1	42	89	0	135	8	4	61	25	1.45
28996807--28996973	78	2.2	79	84	11	199	11	5	58	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28996880--28996930	24	2.1	24	85	0	66	9	3	58	27	1.47
28996881--28996920	15	2.7	15	80	0	53	7	5	60	27	1.45
28996897--28996942	24	1.9	24	86	8	67	6	6	58	28	1.48
28997024--28997360	30	11.2	30	65	19	150	13	9	56	20	1.64
28997024--28997443	60	7.0	60	92	0	660	13	10	56	20	1.65
28997224--28997336	36	3.5	35	66	26	95	11	10	57	20	1.63
28997315--28997360	24	1.9	24	86	0	65	8	4	65	21	1.38
28997463--28997611	9	15.2	9	69	13	55	12	5	59	22	1.53
28997538--28997629	18	4.9	18	73	10	78	10	0	58	30	1.32
28997459--28997563	42	2.5	42	90	0	165	12	7	60	20	1.56
28997465--28997617	30	5.1	30	72	9	96	12	5	58	24	1.55
28997520--28997635	48	2.4	48	80	0	115	12	2	56	28	1.48
28997567--28997635	30	2.3	30	87	0	93	13	0	56	30	1.37
28997584--28997635	18	2.9	18	80	5	61	9	0	55	34	1.32
29003909--29004149	50	4.7	50	91	3	347	21	31	20	25	1.98
29015345--29015373	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
29016211--29016272	13	4.8	13	74	7	63	37	27	6	29	1.82
29018695--29018736	21	2.0	21	90	9	68	52	4	4	38	1.44
29019056--29019108	25	2.2	23	84	15	72	3	5	18	71	1.21
29020837--29020971	62	2.2	62	89	0	207	25	28	25	20	1.99
29026115--29026357	50	4.9	50	86	2	299	26	21	30	20	1.98
29032474--29032531	30	1.9	30	89	0	89	36	5	25	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29033284--29033314	16	1.9	16	93	0	53	51	6	22	19	1.69
29033285--29033330	20	2.3	20	84	0	65	56	2	23	17	1.52
29047561--29047603	16	2.7	16	82	7	52	44	2	16	37	1.60
29048331--29048387	18	3.2	18	97	0	105	38	5	8	47	1.57
29052889--29052923	17	2.0	17	88	5	52	51	0	0	48	1.00
29052936--29052968	17	1.9	17	93	0	57	63	3	18	15	1.43
29053615--29053657	16	2.7	16	82	7	52	44	2	16	37	1.60
29056154--29056226	36	2.0	36	97	0	137	34	15	10	39	1.82
29064395--29064430	18	2.0	18	94	0	63	41	27	8	22	1.82
29066060--29066106	21	2.2	22	84	3	60	19	10	19	51	1.75
29069052--29069082	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
29070711--29070788	20	3.9	19	80	11	68	14	33	16	35	1.89
29070731--29070809	40	2.0	40	87	5	115	12	32	16	37	1.86
29070732--29070808	20	3.8	20	81	6	93	12	32	15	38	1.86
29088610--29088658	20	2.5	20	81	15	66	12	24	6	57	1.58
29088865--29089106	50	4.7	50	78	3	198	23	28	21	26	1.99
29089314--29089355	21	2.0	21	100	0	84	42	23	4	28	1.74
29098257--29098296	21	1.9	21	84	0	53	30	2	0	67	1.04
29111261--29111324	23	2.8	23	88	4	85	23	18	23	34	1.96
29111419--29111496	28	2.8	29	84	3	88	24	25	20	29	1.99
29112879--29112929	26	2.0	26	88	0	75	19	25	29	25	1.99
29121746--29121823	38	2.1	38	100	0	156	47	24	10	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29126589--29126629	21	1.9	22	85	5	57	29	24	4	41	1.75
29129424--29129481	29	2.0	29	96	0	107	22	18	24	34	1.96
29132139--29132252	27	4.3	27	76	2	104	20	27	17	35	1.95
29144276--29144366	39	2.3	39	94	0	155	20	5	29	43	1.74
29152443--29152473	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
29155420--29155589	41	4.2	41	74	6	121	21	25	18	34	1.96
29168598--29168624	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
29168935--29168967	17	1.9	17	88	11	50	60	3	3	33	1.27
29169634--29169695	18	3.3	19	78	17	58	27	4	3	64	1.29
29170093--29170176	38	2.2	38	100	0	168	25	14	4	55	1.58
29170940--29170964	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
29172736--29172785	21	2.4	21	86	0	64	24	38	18	20	1.93
29173369--29173422	28	1.9	28	92	7	92	33	25	22	18	1.97
29173538--29173590	26	2.0	26	85	0	70	33	20	26	18	1.96
29173672--29173833	32	5.1	32	77	3	173	35	24	22	17	1.95
29173669--29173833	64	2.6	64	91	0	258	36	24	22	16	1.94
29173902--29173963	25	2.4	25	97	2	115	22	29	17	30	1.97
29173953--29174275	27	12.1	27	83	6	261	24	22	18	34	1.96
29173902--29174182	54	5.3	54	83	4	306	24	23	18	32	1.97
29173917--29174160	81	3.0	80	82	4	296	24	22	20	31	1.98
29173917--29174259	81	4.3	80	80	6	279	24	22	18	34	1.96
29174119--29174271	53	2.9	52	84	7	186	22	22	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29178793--29178863	30	2.3	30	78	2	79	35	19	0	45	1.51
29179157--29179189	16	1.9	18	88	11	52	66	0	0	33	0.92
29179873--29180043	73	2.3	73	81	6	177	40	7	4	47	1.51
29179920--29180055	73	1.9	73	85	3	193	43	6	4	45	1.50
29179920--29180080	73	2.2	73	82	2	171	43	6	4	45	1.48
29181122--29181159	20	1.9	20	89	10	60	28	5	13	52	1.61
29188821--29188855	15	2.3	15	95	0	61	25	20	17	37	1.94
29203840--29203896	21	2.7	21	78	10	55	77	0	17	5	0.95
29219609--29219677	27	2.7	25	81	4	75	24	24	23	27	2.00
29219634--29219703	25	2.8	25	86	0	104	24	21	20	34	1.97
29223624--29223894	41	6.6	41	83	5	325	35	16	27	21	1.94
29223624--29223897	122	2.2	123	86	3	374	34	16	28	20	1.94
29229814--29229875	29	2.2	28	94	2	106	20	29	25	24	1.99
29234256--29234297	18	2.3	18	84	8	50	26	2	7	64	1.32
29246077--29246424	115	3.0	115	92	0	597	26	8	28	36	1.85
29253076--29253132	12	4.4	13	82	12	64	0	33	0	66	0.92
29253067--29253115	19	2.8	18	84	9	57	0	28	0	71	0.86
29253079--29253115	4	10.0	4	88	11	53	0	24	0	75	0.80
29253067--29253126	23	2.7	21	74	7	57	0	33	0	66	0.92
29253857--29253916	9	6.8	9	88	7	70	1	41	0	56	1.09
29253867--29253916	3	16.7	3	87	0	73	2	38	0	60	1.09
29253984--29254030	21	2.1	21	88	7	67	38	17	34	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29257556--29257642	42	1.9	47	77	15	94	35	1	0	63	1.02
29257688--29257741	26	2.1	26	86	3	74	31	0	3	64	1.11
29259909--29259933	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
29260865--29260896	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
29261319--29261622	146	2.1	147	83	6	384	39	4	10	46	1.59
29261577--29261619	19	2.3	19	84	8	52	34	0	16	48	1.46
29261319--29261653	145	2.3	145	79	9	342	41	4	9	44	1.59
29261744--29261775	12	2.7	12	95	0	55	56	0	43	0	0.99
29262553--29262618	27	2.5	26	87	2	69	34	9	13	42	1.76
29262562--29262618	27	2.1	27	93	0	96	36	10	10	42	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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