genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  2  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
541279--541304	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
551815--551848	16	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
556943--556983	21	1.9	21	90	5	64	9	7	2	80	0.99
573847--573932	30	2.8	30	85	8	102	13	43	4	38	1.66
573864--573939	12	6.1	12	76	11	55	13	46	3	36	1.61
573875--573939	6	10.3	6	77	9	67	13	46	3	36	1.60
574509--574537	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
582804--582849	21	2.2	21	100	0	92	50	8	0	41	1.33
582853--582887	18	2.0	18	94	5	63	57	0	2	40	1.14
582849--582928	29	2.8	30	86	7	112	57	0	3	38	1.17
588436--588480	23	2.0	23	86	4	65	73	0	4	22	1.01
588448--588478	15	2.1	15	93	0	53	77	0	3	19	0.90
588527--588572	18	2.5	18	83	13	58	28	4	6	60	1.40
592901--592934	13	2.5	14	85	9	52	44	0	29	26	1.55
594148--594243	48	2.0	48	95	0	174	31	15	9	43	1.78
600922--601270	84	4.2	83	85	6	372	17	30	8	42	1.80
606520--606574	25	2.2	25	83	6	67	27	9	7	56	1.57
606691--606732	20	2.2	18	87	12	57	16	0	7	76	1.00
609506--609580	22	3.4	22	84	0	105	28	14	26	30	1.95
611226--611252	7	3.9	7	100	0	54	40	0	0	59	0.98
632024--632086	33	1.9	32	84	12	83	33	6	3	57	1.40
635956--636028	30	2.4	30	81	2	83	35	10	10	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
637694--637912	120	1.8	122	85	5	309	36	19	13	30	1.90
642404--642585	63	3.0	63	88	4	241	50	21	25	2	1.62
642404--642585	30	6.0	30	88	3	247	50	21	25	2	1.62
642417--642585	93	1.8	93	89	0	266	50	20	26	2	1.62
660266--660392	57	2.2	58	83	4	150	52	12	12	22	1.72
667638--667664	6	4.5	6	100	0	54	14	37	29	18	1.91
695396--695430	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
695422--695691	137	2.0	137	83	4	339	31	16	12	38	1.86
695703--695771	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
704717--705428	182	3.9	181	80	6	789	35	20	11	33	1.88
711289--711353	4	16.5	4	76	20	66	49	26	0	24	1.51
714483--714546	24	2.7	24	92	0	101	40	6	3	50	1.43
728863--728892	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
731902--731930	12	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
732724--732763	20	2.0	20	85	9	55	42	2	7	47	1.45
732712--732791	19	4.2	19	72	12	56	42	1	6	50	1.35
734598--735038	124	3.5	124	81	5	512	31	16	22	29	1.96
735707--736340	22	26.9	21	71	18	282	23	1	32	42	1.61
735801--736104	49	6.1	49	80	11	341	21	0	35	42	1.58
735707--735945	43	5.5	42	78	12	196	24	2	31	41	1.68
735948--736018	14	5.1	14	65	21	51	21	0	32	46	1.51
735778--736205	92	4.4	97	80	11	369	22	1	34	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735941--736273	76	4.4	76	77	12	339	22	0	34	43	1.56
735918--736269	49	6.9	49	83	10	299	22	0	33	43	1.58
736095--736189	27	3.7	28	71	21	91	23	1	34	41	1.62
736044--736269	97	2.3	100	85	6	300	23	0	33	42	1.58
736186--736231	7	6.3	7	83	16	58	26	0	26	47	1.52
736184--736253	29	2.4	29	83	7	88	22	0	32	44	1.53
736216--736340	43	2.9	43	83	5	171	24	0	31	44	1.54
736594--736640	21	2.2	21	85	7	60	6	21	36	36	1.79
736893--736939	18	2.6	18	96	0	85	42	6	31	19	1.76
738028--738107	39	2.1	39	100	0	160	41	8	10	40	1.70
738229--738266	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
739160--739217	30	1.9	30	82	6	73	55	0	1	43	1.10
739210--739239	11	2.6	11	94	5	51	53	0	20	26	1.46
739230--739331	11	9.6	11	72	16	90	46	0	31	21	1.58
739267--739331	33	2.0	33	90	6	105	46	0	33	20	1.51
739283--739340	22	2.6	22	91	2	89	46	0	34	18	1.50
744569--744623	25	2.2	26	87	9	78	56	0	10	32	1.34
745704--745859	77	2.0	77	97	0	294	19	17	25	37	1.94
757186--757213	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
762505--762579	36	2.1	36	94	0	132	28	17	14	40	1.89
764666--764715	22	2.2	22	82	10	57	44	8	0	48	1.32
768574--768607	14	2.4	14	100	0	68	44	14	11	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768918--768964	14	3.4	14	82	8	53	80	2	12	4	0.94
769299--769374	36	2.1	36	95	0	134	27	7	10	53	1.62
782036--782074	2	19.5	2	94	0	69	2	0	48	48	1.15
790419--790443	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
797503--797528	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
798695--798984	142	2.0	142	93	0	499	28	10	18	42	1.83
806177--806249	18	4.1	18	70	18	62	34	1	5	58	1.29
809745--809829	19	4.8	18	69	26	58	35	2	0	62	1.08
809734--809759	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
809757--809797	9	4.7	9	87	6	66	31	0	0	68	0.90
809757--809797	17	2.4	17	91	4	64	31	0	0	68	0.90
809774--809851	31	2.4	32	83	10	106	38	1	0	60	1.05
809717--809832	50	2.4	50	84	9	143	36	2	0	61	1.10
809843--809894	26	2.0	26	81	7	61	42	0	5	51	1.25
811317--811365	25	2.0	25	88	8	73	32	18	20	28	1.96
811439--811563	43	2.9	42	89	4	196	31	16	0	51	1.51
813096--813132	16	2.3	16	90	9	58	40	0	10	48	1.38
841712--841754	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
847955--847998	20	2.3	20	84	7	56	31	0	6	61	1.22
848930--848989	31	1.9	31	86	0	84	20	13	11	55	1.69
849431--849458	14	2.0	14	100	0	56	35	0	28	35	1.58
858588--858626	19	2.1	18	85	4	51	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875596--875666	34	2.1	34	86	5	99	32	9	8	49	1.66
879465--879571	39	2.7	39	95	0	187	42	17	28	11	1.84
879147--879527	132	2.9	130	76	8	367	37	15	28	18	1.92
879603--879824	96	2.3	96	79	4	252	40	15	24	19	1.90
893159--893208	26	1.9	26	88	8	75	32	10	10	48	1.70
894261--894336	31	2.4	30	78	10	80	42	2	10	44	1.52
899976--900006	16	1.9	16	93	0	53	29	0	3	67	1.06
903480--903511	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
911702--911747	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
913492--913527	19	1.9	18	88	5	54	72	5	0	22	1.05
915221--915308	45	2.0	45	93	0	149	21	22	29	26	1.99
929032--929143	51	2.2	51	82	6	129	33	16	8	42	1.77
929963--930014	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
931276--931318	19	2.3	18	84	4	59	60	18	2	18	1.47
934623--934666	14	2.9	16	75	24	51	45	0	4	50	1.22
944576--944605	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
947672--947804	38	3.4	38	73	11	110	24	19	26	30	1.98
951241--951293	24	2.2	24	96	3	99	47	3	15	33	1.63
953245--953274	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
959668--959692	11	2.3	11	100	0	50	12	28	16	44	1.83
963439--963706	51	5.3	51	82	13	347	31	14	24	29	1.94
963584--963615	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963533--963658	57	2.2	58	92	1	218	31	13	26	27	1.94
963439--963703	101	2.6	104	88	9	372	31	14	24	29	1.94
963598--963702	44	2.4	44	90	1	167	29	14	26	29	1.95
964519--964580	32	2.0	31	87	6	90	51	20	1	25	1.57
970561--970609	19	2.5	19	80	3	53	67	8	0	24	1.18
975412--975466	14	3.7	14	72	13	56	49	1	1	47	1.23
975417--975484	31	2.2	31	91	0	109	41	1	1	55	1.18
981744--981837	48	2.0	48	91	0	152	19	36	8	36	1.82
985297--985328	14	2.1	16	88	11	50	53	0	9	37	1.34
985293--985331	15	2.5	17	84	16	57	53	0	7	38	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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