genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  85  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25073669--25073707	19	2.0	20	90	10	62	46	0	5	48	1.24
25073769--25073846	26	2.9	27	80	16	81	39	5	1	53	1.31
25073830--25073887	16	3.8	16	75	11	68	44	0	0	55	0.99
25077111--25077174	23	2.9	22	74	4	65	32	14	12	40	1.83
25077146--25077211	22	3.0	22	77	0	78	27	15	16	40	1.88
25077253--25077296	14	3.2	14	78	15	56	22	31	29	15	1.95
25077239--25077320	28	2.9	28	83	5	94	25	29	23	21	1.99
25082375--25082418	16	2.9	16	80	19	58	72	4	4	18	1.19
25082375--25082417	14	2.9	14	82	10	50	72	4	4	18	1.20
25098693--25098793	39	2.6	39	84	3	123	31	4	20	42	1.74
25102559--25102597	18	2.2	18	100	0	78	41	30	0	28	1.57
25108245--25108545	100	3.0	99	92	2	464	29	10	22	36	1.89
25108251--25108547	98	3.0	97	90	6	463	28	10	23	37	1.89
25112084--25112123	9	4.6	9	85	14	57	90	10	0	0	0.47
25112082--25112123	14	3.2	13	87	9	59	90	9	0	0	0.45
25112082--25112123	17	2.6	16	88	7	66	90	9	0	0	0.45
25113577--25113925	132	2.6	132	94	0	599	29	19	22	28	1.98
25113683--25113862	44	4.1	43	64	19	102	29	17	23	29	1.97
25115130--25115194	3	21.7	3	96	0	121	32	0	0	67	0.91
25115340--25115432	25	3.5	26	75	17	84	32	4	4	59	1.37
25116077--25116411	100	3.4	100	85	6	310	29	11	22	37	1.89
25116134--25116434	100	3.0	99	90	2	428	29	10	22	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25116140--25116436	98	3.0	97	89	6	436	28	10	23	37	1.89
25123634--25124278	131	4.9	132	87	4	858	28	24	19	27	1.99
25124045--25124256	44	4.8	44	68	12	139	30	22	18	27	1.98
25123958--25124272	44	7.2	44	65	15	134	31	22	20	26	1.98
25126093--25126143	22	2.3	22	83	9	68	0	15	1	82	0.76
25130433--25130463	15	2.0	16	93	6	55	54	6	0	38	1.26
25130575--25130634	12	5.1	12	78	9	70	65	1	1	31	1.13
25130575--25130631	24	2.4	24	88	5	80	64	1	1	31	1.13
25133138--25133229	25	3.5	26	67	8	69	58	5	1	34	1.28
25133533--25133583	16	3.2	16	88	0	75	29	29	3	37	1.75
25134708--25134757	17	2.9	17	87	0	82	44	4	26	26	1.72
25138292--25138341	17	2.9	17	87	0	82	42	8	26	24	1.82
25146039--25146072	5	6.8	5	96	0	59	14	2	61	20	1.46
25153361--25153594	40	5.8	40	80	6	224	21	18	27	32	1.97
25153405--25153594	81	2.4	80	84	6	249	22	21	25	31	1.98
25153894--25153970	28	2.6	30	71	18	74	23	2	25	48	1.64
25154011--25154050	20	2.0	21	85	5	55	17	0	32	50	1.47
25154609--25154658	21	2.4	21	86	6	75	20	0	46	34	1.51
25154609--25154658	7	7.1	7	80	8	57	20	0	46	34	1.51
25155416--25155461	23	2.0	23	87	8	67	52	8	15	23	1.70
25157612--25157636	11	2.3	11	100	0	50	24	52	0	24	1.48
25158433--25158460	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25159408--25159560	22	7.0	22	90	0	225	26	26	14	32	1.94
25164394--25164440	15	3.3	15	82	11	55	44	0	2	53	1.12
25164458--25164641	59	3.1	59	67	22	175	41	1	7	48	1.41
25164509--25164560	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
25164391--25164676	120	2.4	120	100	0	572	41	1	5	50	1.35
25164457--25164644	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
25164638--25164679	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
25164629--25164670	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
25164893--25164946	16	3.4	16	92	0	90	27	35	1	35	1.68
25165442--25165509	25	2.7	25	100	0	136	20	13	11	54	1.70
25166341--25166433	42	2.2	43	90	1	143	24	12	31	31	1.93
25166438--25166477	20	2.0	20	95	4	73	50	0	2	47	1.14
25177737--25177793	28	2.0	29	89	3	89	36	1	15	45	1.57
25179216--25179247	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
25182239--25182270	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
25182497--25182572	38	2.0	38	82	10	93	65	1	7	25	1.27
25183717--25184062	35	9.6	35	72	12	229	41	10	12	35	1.78
25183717--25183811	37	2.5	39	85	10	128	43	10	8	37	1.70
25183773--25183969	18	11.2	17	70	14	105	43	11	12	32	1.78
25183717--25183970	72	3.5	72	77	7	207	42	10	11	34	1.76
25183717--25184021	17	17.2	18	70	14	172	42	11	12	34	1.78
25183983--25184054	21	3.6	20	71	14	60	40	9	15	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25184332--25184369	16	2.4	16	86	8	51	63	0	2	34	1.09
25184366--25184428	14	4.6	14	69	20	53	69	6	0	23	1.11
25184525--25184575	20	2.7	19	82	14	61	1	15	0	82	0.76
25184781--25184833	21	2.4	22	87	12	74	7	18	49	24	1.74
25184857--25184900	6	7.3	6	100	0	88	0	15	0	84	0.63
25184869--25184958	34	2.6	33	75	6	90	1	22	1	75	0.93
25185727--25185766	5	8.2	5	88	5	64	77	0	2	20	0.88
25185730--25185766	19	1.9	19	94	0	65	78	0	2	18	0.87
25185940--25186515	78	7.5	78	85	9	794	34	22	16	26	1.95
25185940--25186513	154	3.8	151	89	5	885	34	22	16	26	1.95
25185900--25186513	228	2.7	219	84	9	813	35	22	17	25	1.95
25187573--25187616	8	5.9	7	80	15	52	0	0	13	86	0.57
25187574--25187618	6	7.8	6	83	11	51	0	0	13	86	0.57
25187571--25187616	16	2.9	16	81	15	60	0	0	13	86	0.56
25187574--25187618	23	1.9	24	95	4	83	0	0	13	86	0.57
25187571--25187607	16	2.2	17	95	4	67	0	0	10	89	0.49
25188780--25189024	122	2.0	122	100	0	490	21	25	15	37	1.93
25191682--25191718	4	9.2	4	87	0	56	51	2	21	24	1.61
25193443--25193820	17	21.4	17	64	17	56	42	11	11	34	1.77
25193442--25193768	17	18.3	18	66	15	101	42	11	11	35	1.76
25193468--25193505	19	2.0	19	94	0	67	57	13	5	23	1.56
25193472--25193616	18	7.9	18	69	11	71	48	10	7	33	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25193484--25193654	37	4.7	36	76	13	163	46	10	9	33	1.71
25193511--25193703	72	2.6	71	80	8	185	43	10	10	36	1.73
25193645--25193802	34	4.6	34	70	10	115	39	12	13	34	1.82
25193798--25193853	21	2.7	21	81	10	69	37	8	14	39	1.77
25194337--25194382	11	3.8	12	78	21	60	0	17	0	82	0.67
25194319--25194380	14	4.4	14	80	15	74	0	16	0	83	0.64
25194330--25194380	24	2.2	23	89	6	77	0	15	0	84	0.63
25194321--25194380	24	2.5	23	82	12	68	0	15	0	85	0.61
25194346--25194382	19	1.9	19	88	0	56	0	16	0	83	0.64
25194589--25194641	21	2.4	23	93	6	92	11	16	50	20	1.76
25194842--25194880	16	2.5	16	87	4	53	0	15	10	74	1.07
25195520--25195559	5	8.2	5	88	5	64	77	0	2	20	0.88
25195523--25195559	19	1.9	19	94	0	65	78	0	2	18	0.87
25195670--25195777	49	2.2	48	81	4	119	31	16	29	22	1.96
25195715--25195936	96	2.3	96	85	0	318	31	18	30	20	1.96
25195645--25195933	48	6.0	48	70	3	177	30	19	29	20	1.97
25197685--25197819	40	3.4	40	73	10	107	36	22	23	17	1.95
25197858--25198177	41	7.8	41	83	3	315	16	24	25	33	1.96
25197858--25198178	123	2.6	122	81	7	355	17	24	24	33	1.96
25199140--25199165	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25201472--25201546	37	2.0	37	100	0	150	26	8	21	44	1.80
25203049--25203084	16	2.2	16	95	0	63	44	25	2	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25203100--25203486	31	12.6	30	74	17	266	45	11	2	41	1.52
25203100--25203486	34	12.5	33	70	20	252	45	11	2	41	1.52
25203113--25203275	90	1.8	87	92	3	272	46	11	1	40	1.51
25203200--25203300	22	4.8	22	69	20	72	47	11	1	38	1.52
25203321--25203359	16	2.3	17	91	8	62	43	23	0	33	1.54
25203225--25203359	9	15.6	9	73	21	76	46	14	2	37	1.56
25203473--25203520	18	2.9	16	76	11	60	45	22	2	29	1.64
25203558--25203591	16	2.1	16	94	0	59	52	17	0	29	1.45
25209091--25209261	66	2.6	65	85	4	218	40	19	28	12	1.87
25209232--25209344	21	5.4	21	88	0	127	35	17	42	4	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210