genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  65  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19554119--19554349	9	26.4	9	70	14	153	30	1	20	46	1.61
19554103--19554207	25	4.2	25	77	13	117	32	2	19	45	1.65
19554118--19554300	34	5.6	33	68	17	114	30	1	21	46	1.61
19554182--19554308	62	2.0	63	82	7	152	29	0	22	48	1.56
19554241--19554442	25	7.7	25	68	17	65	31	1	18	48	1.60
19554244--19554297	16	3.2	16	80	10	54	24	0	24	51	1.48
19554195--19554337	44	3.2	44	78	8	114	29	1	21	47	1.59
19554323--19554414	39	2.4	39	85	5	116	33	2	15	48	1.57
19555005--19555063	13	4.5	13	85	8	75	47	1	10	40	1.47
19555005--19555074	26	2.8	27	79	12	78	47	1	10	41	1.46
19555519--19555550	15	2.1	15	94	0	55	50	9	12	28	1.71
19556986--19557072	44	2.0	44	81	0	102	39	20	14	25	1.91
19557797--19557849	21	2.5	21	81	0	61	49	43	0	7	1.31
19557816--19557849	7	4.9	7	96	0	59	44	52	0	2	1.16
19558934--19559488	114	4.9	112	74	10	357	25	24	18	31	1.98
19559056--19559468	229	1.8	228	80	6	505	26	24	17	31	1.97
19562747--19562807	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
19562783--19562822	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
19562832--19563011	68	2.9	61	89	8	265	40	5	9	45	1.58
19562895--19562922	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
19562811--19562981	68	2.5	68	97	1	319	39	4	8	47	1.54
19563078--19563121	24	1.9	24	90	9	74	61	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19571274--19571299	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19572633--19572696	33	1.9	33	84	6	85	39	1	3	56	1.25
19572701--19572760	27	2.3	25	80	13	59	46	1	3	48	1.28
19572797--19572837	22	1.9	21	90	5	64	36	0	0	63	0.95
19583212--19583246	17	2.1	17	94	0	61	31	2	11	54	1.51
19593334--19593363	15	1.9	16	93	6	53	20	13	0	66	1.24
19593377--19593404	14	2.0	14	100	0	56	21	7	7	64	1.43
19596713--19596768	25	2.2	25	93	0	94	35	21	17	25	1.95
19596878--19596934	28	2.0	28	86	6	80	26	29	24	19	1.98
19596925--19596954	15	2.0	15	93	0	51	40	30	20	10	1.85
19598908--19598982	19	3.8	19	89	6	123	36	10	17	36	1.84
19600698--19600764	17	4.0	17	74	3	64	25	20	26	26	1.99
19600705--19600793	33	2.7	32	86	6	115	22	19	28	30	1.98
19604195--19604339	37	3.9	37	75	3	146	49	11	19	20	1.77
19604203--19604311	39	2.8	39	77	2	96	50	11	18	19	1.77
19604593--19604706	59	1.9	59	85	3	158	45	6	4	43	1.48
19609449--19609483	9	3.8	9	88	7	52	0	22	0	77	0.78
19609576--19609649	27	2.7	27	72	0	67	24	29	22	22	1.99
19610188--19610235	18	2.7	18	78	18	55	33	0	2	64	1.05
19610660--19610699	11	3.6	11	79	0	53	20	10	7	62	1.50
19611768--19611798	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
19612366--19612448	17	4.8	17	72	20	64	37	3	3	55	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19612786--19612837	5	10.2	5	82	12	61	23	25	15	36	1.93
19619995--19620025	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
19629529--19629713	46	4.0	46	92	0	289	35	10	25	28	1.89
19638099--19638141	19	2.3	19	95	0	77	53	18	4	23	1.63
19638651--19638705	24	2.2	24	93	3	92	36	3	38	21	1.71
19643674--19643769	20	4.8	20	74	7	61	13	30	17	38	1.88
19652719--19652753	15	2.3	15	95	0	61	51	0	8	40	1.33
19660038--19660062	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
19661294--19661352	29	2.1	28	90	3	91	62	0	0	37	0.95
19661307--19661332	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
19661316--19661354	17	2.3	17	86	0	51	66	0	0	33	0.92
19662149--19662950	109	7.4	107	88	5	1066	34	20	14	29	1.93
19663535--19663649	54	2.1	54	95	0	203	25	16	27	30	1.97
19664516--19664555	19	2.1	19	85	0	53	10	42	0	47	1.37
19670279--19670310	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
19670426--19670478	22	2.4	22	76	20	56	20	3	5	69	1.25
19671626--19671671	9	5.1	9	94	0	83	45	13	10	30	1.77
19675898--19675964	32	2.1	31	83	8	82	38	7	0	53	1.29
19679791--19679816	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19682546--19682641	26	3.7	26	90	0	156	16	23	25	34	1.95
19682540--19682645	52	2.1	51	94	1	185	20	22	22	33	1.97
19683692--19683762	35	2.0	35	91	0	115	21	22	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19690046--19690109	21	3.0	21	100	0	128	39	18	4	37	1.72
19704476--19704888	27	15.3	27	82	5	442	42	17	19	20	1.90
19705083--19705157	26	2.9	26	85	0	96	20	22	20	37	1.94
19705282--19705360	30	2.8	28	84	7	104	24	27	22	25	2.00
19712257--19712626	27	13.7	27	82	5	351	42	19	18	19	1.90
19712257--19712642	54	7.2	54	80	4	397	42	18	19	19	1.90
19712257--19712611	81	4.4	81	82	3	405	42	19	19	18	1.89
19712834--19712906	26	2.8	26	82	0	83	21	21	17	38	1.93
19713025--19713108	30	2.9	30	85	3	100	23	22	22	30	1.99
19722532--19722556	11	2.3	11	100	0	50	52	12	16	20	1.75
19727422--19727446	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
19745677--19745734	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
19747783--19747829	22	2.2	20	82	10	58	44	0	0	55	0.99
19748282--19748333	26	2.0	26	85	3	70	63	3	1	30	1.23
19751792--19751817	12	2.2	12	100	0	52	7	7	7	76	1.15
19759375--19759594	46	4.8	46	86	2	280	32	22	17	27	1.96
19770203--19770237	18	1.9	18	94	0	61	25	0	0	74	0.82
19770445--19770516	26	2.8	26	77	8	74	37	0	5	56	1.22
19770578--19770625	19	2.5	19	79	3	51	43	6	2	47	1.40
19774015--19774142	50	2.6	49	83	6	150	25	17	25	32	1.97
19774764--19774889	66	1.9	66	98	0	243	26	36	18	18	1.94
19775011--19775158	57	2.5	60	85	9	205	21	27	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19779707--19779731	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
19787156--19787207	3	16.7	3	80	7	59	30	5	1	61	1.30
19787143--19787191	19	2.5	19	90	3	71	26	8	4	61	1.42
19789354--19789473	58	2.1	58	83	7	149	29	8	14	48	1.72
19789433--19789509	34	2.3	34	83	0	100	28	7	15	48	1.73
19789579--19789618	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
19791237--19791261	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
19803792--19803841	26	1.9	26	84	8	66	56	14	8	22	1.64
19810117--19810156	21	1.9	21	100	0	80	37	0	12	50	1.41
19810386--19810427	6	6.8	6	83	5	57	19	0	2	78	0.86
19810387--19810427	19	2.2	19	90	0	64	17	0	2	80	0.82
19836230--19836293	25	2.6	26	83	11	73	37	1	4	56	1.30
19836230--19836273	13	3.8	12	82	11	56	38	0	2	59	1.10
19838667--19838717	26	2.0	26	88	0	75	27	11	17	43	1.84
19846508--19846564	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
19850388--19850459	29	2.4	31	75	13	78	48	0	1	50	1.09
19855821--19855877	15	3.7	15	75	9	60	12	3	10	73	1.21
19855818--19855879	32	1.9	32	100	0	124	11	3	9	75	1.14
19855827--19855878	16	3.2	16	73	10	61	11	3	9	75	1.18
19855818--19855888	32	2.4	29	84	13	76	12	2	8	76	1.12
19859965--19860176	94	2.3	94	87	1	291	30	21	22	26	1.99
19860113--19860470	143	2.5	143	87	2	506	29	20	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19860754--19860796	20	2.2	20	88	8	63	62	20	2	13	1.42
19860943--19860976	16	2.1	17	88	5	52	61	8	17	11	1.54
19863220--19863259	21	1.9	21	94	0	71	30	17	27	25	1.97
19866774--19866799	13	2.0	13	100	0	52	7	0	7	84	0.77
19867518--19867593	27	2.7	28	80	15	77	34	7	2	55	1.43
19867882--19867957	29	2.6	28	85	6	98	32	6	1	59	1.32
19867910--19867973	29	2.2	29	86	5	85	34	1	1	62	1.14
19867910--19867974	28	2.3	29	77	15	73	35	1	1	61	1.15
19871784--19871815	15	2.0	17	88	11	50	43	12	6	37	1.68
19872213--19872265	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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