genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  73  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21869992--21870029	14	2.7	14	88	8	51	23	0	42	34	1.55
21870142--21870183	7	6.0	7	85	0	57	16	0	50	33	1.46
21870142--21870183	21	2.0	21	90	0	66	16	0	50	33	1.46
21870273--21870327	27	2.0	29	82	13	71	50	0	5	43	1.25
21872802--21872830	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
21873938--21874159	43	5.2	43	90	2	331	19	18	33	28	1.96
21889675--21889845	41	4.2	41	82	2	193	23	28	14	32	1.94
21890532--21890633	43	2.4	43	94	0	177	17	25	31	25	1.97
21893169--21893239	22	3.2	22	73	13	65	43	23	19	12	1.86
21897009--21897426	211	2.0	211	95	0	755	22	21	15	41	1.90
21913354--21913388	15	2.4	15	85	4	54	57	0	5	37	1.23
21919958--21920289	27	12.5	27	82	7	335	21	17	19	42	1.90
21919958--21920289	79	4.2	78	81	5	337	21	17	19	42	1.90
21920786--21920832	24	2.0	23	84	12	60	31	36	0	31	1.58
21928672--21928701	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
21928969--21928996	13	2.2	13	100	0	56	14	39	25	21	1.91
21941246--21941278	17	2.0	17	88	5	50	45	36	6	12	1.66
21947553--21947586	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
21960107--21960133	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
21961804--21961852	18	2.7	19	81	9	57	71	4	6	18	1.23
21962354--21962394	14	2.8	14	88	7	55	65	2	0	31	1.05
21962354--21962493	12	11.0	13	66	20	57	63	6	1	28	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21962436--21962491	3	18.7	3	78	7	51	64	7	0	28	1.20
21962427--21962482	27	2.1	27	82	0	67	67	7	0	25	1.15
21969427--21969459	16	2.1	16	94	0	57	21	15	18	45	1.85
21971916--21971941	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
21987703--21987746	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
21987791--21987884	45	2.1	45	89	0	143	32	22	18	26	1.97
21989911--21989936	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
21996110--21996213	31	3.4	31	72	10	79	40	4	3	50	1.42
22004156--22004191	17	2.1	17	100	0	72	25	0	5	69	1.10
22006518--22006575	30	2.0	30	83	10	75	41	12	17	29	1.85
22006809--22006993	101	1.8	102	91	3	311	22	18	28	30	1.98
22006806--22007000	51	3.9	49	81	4	221	22	18	28	29	1.98
22006915--22006995	26	3.2	26	65	28	73	22	14	29	33	1.94
22007019--22007068	26	1.9	26	95	0	91	16	22	32	30	1.95
22007047--22007171	33	3.5	33	74	23	117	20	18	28	32	1.96
22014419--22014479	31	2.0	31	96	0	113	31	21	13	34	1.91
22019864--22019932	33	2.0	35	91	5	115	65	7	0	27	1.19
22027116--22027168	16	3.2	17	81	10	65	33	1	1	62	1.17
22030189--22030219	13	2.5	13	94	5	55	38	19	16	25	1.92
22034213--22034392	51	3.6	49	81	5	191	23	18	26	30	1.98
22034401--22034485	46	1.9	43	83	7	107	23	17	27	31	1.97
22034623--22034654	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22036991--22037063	33	2.2	32	87	4	101	31	2	2	63	1.23
22037003--22037066	15	4.1	15	77	16	67	29	1	3	65	1.17
22037705--22037749	12	3.8	12	87	0	54	42	0	28	28	1.56
22037706--22037745	18	2.2	18	86	8	55	40	0	30	30	1.57
22045499--22045555	4	14.2	4	96	0	105	49	0	24	26	1.51
22045553--22045594	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
22045553--22045642	21	3.9	23	79	16	55	63	4	2	30	1.26
22051051--22051144	48	2.0	48	97	0	179	22	23	13	40	1.90
22051198--22051262	27	2.5	26	80	9	78	30	7	16	44	1.76
22052769--22052993	27	8.3	27	87	2	308	34	18	23	24	1.96
22053013--22053123	24	4.6	24	82	2	107	28	8	18	45	1.77
22053295--22053466	32	5.4	32	81	0	166	22	19	18	39	1.92
22057475--22057577	39	2.7	39	81	1	118	32	5	19	42	1.75
22060282--22060390	57	1.9	58	88	1	166	37	5	24	32	1.79
22060283--22060403	57	2.1	58	85	1	163	41	4	23	30	1.75
22061639--22061686	17	2.8	17	90	0	78	27	27	2	43	1.66
22066229--22066261	17	1.9	17	100	0	66	24	27	6	42	1.78
22075143--22075180	19	2.1	19	90	5	60	44	18	2	34	1.64
22085170--22085198	12	2.5	12	94	5	51	41	0	17	41	1.49
22087351--22087556	72	2.7	80	80	14	268	35	11	19	32	1.88
22087392--22087530	36	3.9	36	94	0	235	37	10	19	33	1.85
22105059--22105083	11	2.3	11	100	0	50	20	8	16	56	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22107498--22107555	30	1.9	31	96	3	109	56	5	6	31	1.47
22126295--22126532	44	5.2	44	75	15	230	31	18	22	26	1.97
22126341--22126522	98	1.9	97	81	6	224	32	19	20	27	1.97
22126455--22126610	44	3.6	42	77	9	129	30	19	20	29	1.97
22126297--22126583	142	2.0	142	98	0	556	33	18	21	26	1.96
22140967--22140998	17	1.9	16	93	6	55	9	12	3	75	1.16
22142868--22142893	6	4.3	6	100	0	52	34	30	19	15	1.93
22152302--22152348	15	3.2	15	87	3	60	34	2	12	51	1.52
22153561--22153593	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
22158762--22158809	13	3.7	13	83	8	62	18	47	14	18	1.82
22160650--22160721	33	2.2	33	97	0	135	41	13	16	27	1.87
22165061--22165480	226	1.9	226	96	0	786	32	12	20	34	1.89
22166045--22166078	17	2.0	17	88	0	50	20	11	35	32	1.89
22170601--22170646	11	4.2	11	86	8	58	23	26	0	50	1.50
22175322--22175857	124	4.3	124	95	1	921	28	20	18	32	1.96
22175322--22175857	249	2.2	249	94	0	939	28	20	18	32	1.96
22176749--22176798	16	3.2	15	75	8	55	6	10	0	84	0.79
22187484--22187581	29	3.2	29	83	8	124	27	18	25	28	1.98
22187485--22187580	33	3.0	32	80	11	126	27	18	25	29	1.98
22187485--22187604	62	1.9	62	84	0	159	30	20	24	25	1.99
22187569--22187696	29	4.4	29	75	0	112	31	23	21	23	1.99
22187664--22187740	34	2.2	35	83	2	93	28	25	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22206882--22206906	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
22206875--22206906	14	2.3	15	84	15	50	28	0	15	56	1.40
22208061--22208118	26	2.2	25	82	8	71	43	3	8	44	1.51
22208122--22208604	29	17.4	29	88	6	675	44	24	0	31	1.56
22208531--22208596	23	3.0	20	93	2	60	46	19	0	33	1.50
22210837--22210864	7	4.0	7	100	0	56	42	14	28	14	1.84
22215270--22215304	18	1.9	18	88	0	52	48	2	8	40	1.49
22216899--22216943	6	7.3	6	85	5	63	17	17	0	64	1.29
22218486--22218619	39	3.5	37	74	12	101	27	27	20	23	1.99
22219656--22219711	26	2.1	26	83	9	69	0	30	3	66	1.09
22227490--22227527	20	1.9	20	94	0	67	68	0	0	31	0.90
22227488--22227554	29	2.4	27	82	7	80	65	1	1	31	1.10
22227488--22227555	9	7.3	9	73	6	55	66	1	1	30	1.10
22230647--22230701	21	2.6	21	88	2	74	38	10	14	36	1.81
22235079--22235117	20	1.9	20	89	5	60	64	7	0	28	1.21
22238318--22239066	249	3.0	249	100	0	1498	37	17	19	26	1.93
22240623--22240686	19	3.3	20	75	16	64	21	1	4	71	1.12
22240788--22240832	17	2.5	18	85	7	56	31	0	2	66	1.04
22240752--22240846	9	10.6	9	71	12	70	35	2	1	61	1.15
22240868--22240954	35	2.7	31	77	20	106	58	10	1	29	1.39
22241552--22241580	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
22242808--22242867	3	19.7	3	74	16	52	61	3	3	31	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22244548--22244581	6	5.7	6	100	0	68	32	0	0	67	0.91
22244590--22244638	24	2.0	24	100	0	98	46	20	8	24	1.77
22247669--22249389	217	7.9	217	83	3	1855	30	12	19	37	1.89
22247669--22249393	653	2.6	653	84	1	2217	30	12	19	37	1.89
22247669--22249387	870	2.0	871	85	1	2329	30	12	19	37	1.89
22262376--22262402	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
22266302--22266329	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22267284--22267322	20	1.9	21	89	5	62	69	0	2	28	1.02
22271320--22271442	3	41.0	3	95	0	219	65	0	34	0	0.93
22273132--22273175	18	2.4	18	84	0	52	68	2	9	20	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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