genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  97  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28295311--28295397	43	2.0	43	95	0	156	35	25	11	27	1.90
28296998--28297031	15	2.3	15	94	0	59	64	17	0	17	1.29
28297324--28297365	14	3.0	14	86	6	59	61	2	0	35	1.09
28299180--28299507	44	7.6	45	72	15	156	28	21	20	28	1.98
28299305--28299463	84	1.9	85	84	8	218	28	22	21	27	1.99
28299176--28299507	128	2.6	129	82	7	334	28	22	20	28	1.99
28299312--28299509	44	4.6	42	77	9	188	29	20	20	29	1.98
28299531--28300052	260	2.0	260	90	0	830	26	25	20	27	1.99
28301499--28301557	6	9.3	6	87	9	66	0	22	0	77	0.76
28301497--28301548	17	3.2	17	77	17	58	0	23	0	76	0.78
28301497--28301555	24	2.5	24	86	5	75	0	23	0	76	0.79
28301504--28301559	24	2.3	24	87	6	78	0	23	0	76	0.78
28307873--28307906	15	2.3	15	94	0	59	64	17	0	17	1.29
28308037--28308091	22	2.5	21	82	11	58	78	3	5	12	1.06
28308052--28308082	15	2.1	15	93	0	53	80	3	3	12	0.95
28311796--28311859	21	3.0	22	75	13	78	21	23	18	35	1.95
28320391--28320592	53	3.8	53	94	0	341	31	9	16	42	1.81
28330424--28330465	21	2.0	21	95	0	75	30	9	11	47	1.72
28331081--28331183	41	2.5	41	85	0	125	27	20	26	26	1.99
28334103--28334160	28	2.1	28	93	0	98	44	20	18	15	1.86
28336102--28336213	23	5.1	23	76	14	121	33	22	21	22	1.97
28352653--28352898	124	2.0	125	91	2	406	34	11	13	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28353485--28353531	7	6.6	7	92	2	76	27	55	0	17	1.42
28353644--28353712	7	9.9	7	82	4	59	31	52	0	15	1.44
28354201--28354259	29	2.0	29	96	0	109	59	1	3	35	1.24
28359366--28359809	51	8.7	51	77	5	436	30	14	25	29	1.95
28359365--28359815	102	4.4	102	90	1	649	30	14	25	29	1.95
28360714--28360761	5	9.6	5	81	0	60	41	0	33	25	1.55
28360714--28360761	15	3.2	15	87	0	69	41	0	33	25	1.55
28362772--28363018	27	9.1	27	87	1	316	17	19	20	43	1.88
28364758--28364782	12	2.1	12	100	0	50	8	24	36	32	1.84
28364790--28364899	40	2.8	39	77	4	130	41	18	19	20	1.90
28364962--28365086	41	3.0	41	92	1	205	20	21	30	27	1.98
28366035--28366079	14	3.1	15	81	9	58	20	0	46	33	1.51
28367140--28367179	17	2.4	17	95	0	71	47	15	22	15	1.82
28370042--28370668	23	27.4	23	73	9	388	30	6	22	39	1.80
28370042--28370666	114	5.5	113	74	11	404	30	6	23	39	1.80
28370043--28370387	137	2.5	137	94	0	602	30	7	23	38	1.82
28370043--28370668	160	3.9	160	89	2	834	30	6	22	39	1.80
28370043--28370543	137	3.7	137	85	4	579	30	7	22	39	1.81
28371296--28371545	43	5.8	43	92	1	405	19	20	33	27	1.96
28371290--28371545	128	2.0	128	92	2	424	19	19	32	27	1.96
28382628--28382654	10	2.7	10	100	0	54	18	18	11	51	1.74
28383571--28383673	41	2.5	41	96	0	188	33	26	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28398439--28398504	33	2.0	33	96	0	123	27	16	27	28	1.97
28399787--28399835	24	2.0	24	84	0	62	36	4	14	44	1.64
28402653--28402691	19	2.0	19	85	5	51	48	12	17	20	1.80
28407392--28407515	43	2.9	43	81	11	146	22	20	26	29	1.99
28413800--28413873	32	2.3	32	86	4	96	27	25	14	32	1.95
28420843--28420886	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
28429953--28430048	30	3.2	30	85	2	131	13	27	39	19	1.89
28434339--28434385	22	2.0	23	92	8	78	31	12	4	51	1.59
28444736--28444790	26	2.1	26	89	0	83	29	27	16	27	1.97
28460994--28461027	16	2.2	15	89	5	50	44	0	8	47	1.34
28466896--28466980	40	2.1	40	82	4	100	29	18	35	16	1.93
28466931--28466993	20	3.2	20	81	4	65	28	20	26	23	1.99
28466972--28467060	40	2.2	40	87	0	133	34	20	28	16	1.94
28469450--28469519	34	2.1	34	100	0	140	34	10	25	30	1.89
28473686--28474360	371	1.8	369	86	3	973	36	12	16	34	1.86
28475677--28475726	7	6.9	7	84	6	55	4	14	6	76	1.13
28475677--28475726	15	3.4	14	78	8	55	4	14	6	76	1.13
28476951--28477097	73	2.0	73	93	0	249	31	12	22	34	1.91
28479059--28479153	25	3.8	25	84	2	102	37	20	13	28	1.90
28479109--28479166	25	2.3	25	87	0	80	32	25	18	22	1.97
28480330--28480356	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
28482138--28482206	23	3.2	23	61	23	58	33	13	21	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28482139--28482222	42	2.0	42	100	0	168	30	11	23	33	1.91
28482249--28482310	25	2.5	25	85	15	76	37	16	17	29	1.92
28482263--28482326	25	2.6	24	76	14	67	31	17	20	31	1.95
28503449--28503478	15	1.9	16	93	6	53	66	6	3	23	1.30
28510866--28511026	87	1.9	87	92	2	270	40	15	13	30	1.86
28511662--28511692	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
28514547--28514604	21	2.8	21	83	0	71	43	29	13	13	1.83
28523112--28523377	141	1.9	141	79	4	304	39	19	12	28	1.88
28534860--28534893	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
28535533--28535693	87	1.9	87	88	2	243	30	13	15	40	1.86
28537314--28537474	87	1.9	87	91	0	268	41	15	11	31	1.83
28543544--28543596	19	2.7	20	74	14	56	39	0	5	54	1.24
28545334--28545362	10	2.9	10	100	0	58	41	17	20	20	1.90
28548999--28549138	72	1.9	72	91	0	226	32	10	15	40	1.82
28572063--28572129	20	3.3	20	64	12	55	32	13	34	19	1.91
28572010--28572219	41	5.1	41	81	1	197	32	13	29	24	1.93
28572002--28572207	82	2.5	82	83	0	250	32	13	29	24	1.93
28572747--28572779	14	2.4	14	94	0	57	69	9	9	12	1.36
28579305--28579464	41	3.9	41	80	3	187	33	11	29	25	1.92
28579319--28579388	21	3.4	21	69	11	63	28	10	32	28	1.89
28580553--28581202	332	2.0	332	84	2	849	28	15	15	40	1.88
28583465--28583503	5	7.6	5	82	5	51	38	0	17	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28583943--28584036	26	3.7	25	76	8	91	18	26	21	34	1.96
28583950--28584066	26	4.7	26	73	11	84	21	25	19	33	1.97
28583943--28584039	52	1.9	51	87	8	144	19	25	20	34	1.96
28588292--28588323	12	2.7	12	90	0	55	28	18	37	15	1.92
28590716--28590854	72	1.9	72	94	2	244	32	12	15	39	1.85
28593654--28593687	17	2.0	17	88	0	50	55	17	8	17	1.66
28604436--28604582	49	3.0	49	85	2	195	32	27	13	25	1.94
28605242--28605281	21	1.9	21	89	0	62	25	42	12	20	1.86
28607004--28607035	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
28607253--28607453	51	4.0	51	81	8	248	29	28	17	23	1.97
28607253--28607445	102	1.9	102	88	3	282	30	27	18	23	1.98
28610869--28611094	51	4.5	50	77	8	208	28	14	26	30	1.95
28622346--28622378	16	2.1	16	100	0	66	24	24	0	51	1.48
28623377--28623416	18	2.2	19	90	4	64	55	0	0	45	0.99
28636531--28636573	18	2.3	18	92	4	68	55	0	0	44	0.99
28646544--28646595	22	2.4	22	90	0	77	23	28	15	32	1.95
28646556--28646598	22	2.0	22	100	0	86	23	25	13	37	1.92
28656368--28656408	18	2.3	18	100	0	82	58	9	9	21	1.59
28656358--28656473	31	3.8	31	78	7	139	54	11	5	29	1.57
28663221--28663253	17	2.0	17	88	5	50	18	24	12	45	1.83
28664057--28664111	28	2.0	28	92	0	92	27	23	25	23	2.00
28664216--28664299	26	3.2	26	76	6	98	44	22	15	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28664478--28664752	27	10.2	27	78	7	265	17	18	19	44	1.87
28667280--28667334	28	2.0	28	88	0	83	25	23	25	25	2.00
28667646--28668003	27	13.3	27	81	4	301	17	16	20	45	1.86
28669862--28669896	17	2.0	17	88	5	52	74	2	0	22	0.95
28675191--28675320	54	2.4	54	83	5	156	22	19	17	40	1.91
28675177--28675329	27	5.7	27	73	9	132	22	18	17	41	1.91
28678356--28678510	71	2.2	71	97	1	292	37	6	34	21	1.79
28683379--28683436	29	2.0	29	100	0	116	27	17	17	37	1.92
28689665--28689697	14	2.3	15	89	5	50	18	0	0	81	0.68
28689717--28689744	14	2.0	14	100	0	56	14	0	0	85	0.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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