Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  128  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39058129--39058191
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27
2.5
27
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2
89
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3
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2.9
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1.09
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0
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20
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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28
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1.97
39140898--39141208
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28
28
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86
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28
28
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1.97
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34
34
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1.58
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52
2
0
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1.13
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15
2.9
15
82
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52
0
0
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14
100
0
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0
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1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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Entropy
(0-2)
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31
1
14
52
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39159024--39159081
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2.3
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5
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11
0
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9
51
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0
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1.57
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37
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37
91
3
149
32
4
13
50
1.61
39189561--39189640
9
8.9
9
83
0
106
32
8
22
36
1.85
39190005--39190038
15
2.3
15
94
0
59
14
0
2
82
0.79
39190050--39190103
25
2.2
25
80
12
67
0
22
16
61
1.35
39190058--39190102
23
2.0
21
87
12
63
0
20
13
66
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39199705--39199799
44
2.2
44
84
1
129
35
22
10
31
1.88
39202524--39202577
19
2.9
18
81
8
63
57
1
1
38
1.20
39203358--39203414
30
1.9
30
85
7
80
66
3
3
26
1.24
39203441--39203507
29
2.3
30
84
7
93
53
1
7
37
1.38
39203734--39203776
19
2.2
20
87
4
61
32
0
6
60
1.23
39203744--39203786
19
2.3
19
84
4
52
39
0
2
58
1.11
39203750--39203816
27
2.5
27
90
4
100
41
0
1
56
1.08
39203775--39203815
20
2.0
20
86
9
57
39
0
0
60
0.96
39203769--39203823
27
2.0
27
86
6
76
41
1
0
56
1.10
39203824--39203984
88
1.8
88
82
2
207
39
8
16
35
1.80
39206042--39206075
16
2.1
16
100
0
68
47
0
11
41
1.40
39212378--39212415
18
2.1
18
85
9
51
5
42
26
26
1.76
39212652--39212679
14
2.0
14
100
0
56
50
21
7
21
1.72
39214117--39214183
26
2.6
26
90
4
100
26
23
25
23
2.00
39219345--39219393
24
2.0
24
92
0
80
22
30
20
26
1.98
39232284--39232321
18
2.1
18
85
9
51
44
0
15
39
1.47
39238119--39238284
67
2.5
67
86
0
233
23
17
18
40
1.90
39239066--39239167
50
2.0
50
100
0
204
47
7
11
33
1.69
39241698--39241735
19
2.0
20
84
5
51
44
0
0
55
0.99
39241714--39241808
18
5.0
19
73
20
74
36
2
1
60
1.16
39241722--39241803
28
2.9
27
70
24
71
34
2
1
62
1.16
39241705--39241789
9
9.0
9
73
14
64
34
1
1
63
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
39242015--39242076
19
3.3
19
78
10
65
33
0
3
62
1.11
39244818--39244945
41
3.2
39
77
6
132
26
10
5
57
1.53
39244818--39244928
39
2.8
40
81
2
125
26
10
6
56
1.57
39245731--39245755
12
2.1
12
100
0
50
16
8
8
68
1.38
39245755--39245804
25
2.0
24
81
11
57
24
16
6
54
1.64
39245977--39246022
15
3.1
15
76
14
51
65
6
4
23
1.35
39246924--39246999
29
2.7
28
88
6
118
42
9
1
47
1.44
39248211--39248244
2
17.0
2
100
0
68
50
0
0
50
1.00
39250893--39250926
15
2.3
15
89
0
50
47
5
17
29
1.71
39251039--39251089
27
2.0
27
84
7
70
33
1
1
62
1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210