genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  63  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18965670--18965822	76	2.0	76	100	0	306	48	7	7	35	1.61
18967805--18967930	66	1.9	66	85	9	177	17	26	15	41	1.88
18968922--18968999	26	3.3	26	62	23	71	51	10	6	32	1.61
18982558--18982590	11	3.0	11	90	0	57	18	0	24	57	1.40
18986863--18986905	9	4.5	10	82	8	54	65	0	9	25	1.22
18986863--18986905	19	2.3	18	88	11	68	65	0	9	25	1.22
18989829--18989862	17	1.9	18	88	5	52	41	0	5	52	1.25
18992935--18993146	64	3.3	64	68	13	182	35	14	16	32	1.90
18992823--18993237	131	3.2	131	87	1	566	36	14	16	32	1.89
18996448--18996511	24	2.7	24	82	4	76	50	15	12	21	1.77
19000423--19000642	112	2.0	109	84	5	244	35	16	14	33	1.89
19003414--19003464	24	2.1	24	88	0	75	54	1	5	37	1.36
19003632--19003710	31	2.8	28	79	12	81	56	3	3	35	1.35
19003502--19003844	161	2.1	162	87	4	501	53	4	5	36	1.42
19003718--19004002	96	3.0	93	65	27	204	53	3	5	37	1.41
19003830--19003870	19	2.2	19	86	0	55	53	2	2	41	1.27
19003656--19004041	189	2.1	190	91	3	631	54	3	4	37	1.40
19006898--19007176	90	3.1	89	75	7	267	50	13	7	28	1.69
19017095--19017152	30	1.9	30	92	0	98	58	13	3	24	1.51
19017190--19017220	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
19018389--19018460	22	3.3	22	94	0	117	25	27	16	30	1.97
19018615--19018665	19	2.7	19	82	8	59	49	3	7	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19018876--19018925	26	2.0	25	84	11	66	54	0	2	44	1.11
19023554--19023614	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91
19025728--19025768	13	3.1	13	80	19	57	39	0	2	58	1.11
19027732--19027786	18	2.9	18	82	15	67	25	5	0	69	1.10
19027769--19027811	22	1.9	22	85	4	59	44	6	0	48	1.29
19036618--19036673	27	2.1	27	100	0	112	10	33	17	37	1.85
19042983--19043242	90	3.0	87	76	12	239	38	15	8	37	1.78
19043344--19043389	16	2.9	16	80	0	56	73	0	2	23	0.94
19043358--19043457	19	5.4	18	78	11	78	64	4	5	27	1.32
19043353--19043448	10	10.3	9	72	15	63	63	3	4	29	1.28
19043958--19044125	90	1.8	89	83	10	221	28	6	22	42	1.78
19045677--19045869	43	4.5	43	78	10	191	22	16	25	35	1.95
19045677--19045915	85	2.8	85	89	0	336	23	17	24	34	1.96
19045667--19045908	42	5.8	41	79	7	243	23	16	24	35	1.95
19046879--19046940	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
19046940--19046979	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
19048347--19048402	24	2.4	23	82	11	78	62	0	0	37	0.95
19048990--19049091	33	3.1	33	77	8	116	43	0	15	41	1.47
19048991--19049091	34	3.0	34	77	12	111	43	0	15	40	1.47
19049169--19049439	125	2.2	124	86	7	361	36	16	18	28	1.92
19056319--19056408	3	30.0	3	95	0	162	66	0	33	0	0.92
19062454--19062492	21	1.9	20	84	5	51	15	15	5	64	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19069789--19070016	48	4.7	48	90	1	332	47	11	8	32	1.70
19074126--19074153	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
19074669--19074705	9	4.1	9	100	0	74	32	10	10	45	1.74
19076581--19076614	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
19079998--19080037	19	2.1	20	86	9	57	42	10	0	47	1.37
19082829--19082858	14	2.1	14	93	0	51	50	10	6	33	1.62
19087463--19087502	3	13.3	3	89	0	62	72	0	0	27	0.85
19091822--19091847	11	2.4	11	100	0	52	42	0	7	50	1.31
19093667--19093692	12	2.2	12	100	0	52	0	7	15	76	0.99
19096620--19096771	44	3.5	44	92	0	259	50	11	1	36	1.51
19096697--19096766	22	3.2	22	64	22	56	50	12	0	37	1.41
19096804--19097143	49	7.0	49	90	5	487	62	0	12	23	1.35
19096804--19097143	97	3.5	97	89	6	499	62	0	12	23	1.35
19097134--19097200	5	12.6	5	85	6	80	58	0	20	20	1.40
19097135--19097200	32	2.1	32	88	5	98	57	0	21	21	1.41
19096831--19097203	97	3.8	98	83	10	358	62	0	13	23	1.33
19098526--19098575	18	2.8	18	82	14	59	14	6	6	74	1.21
19098532--19098575	17	2.5	18	79	17	56	13	4	6	75	1.17
19098601--19098631	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
19098805--19098887	3	28.0	3	89	7	116	30	2	0	67	1.03
19099884--19100168	5	53.2	5	70	20	100	56	1	15	26	1.46
19099849--19099969	56	2.2	56	82	5	138	55	0	15	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19099884--19099977	28	3.4	28	88	5	154	52	0	18	29	1.46
19100026--19100074	18	2.7	18	87	9	64	69	4	12	14	1.33
19100103--19100168	22	3.1	21	87	8	89	59	0	19	21	1.38
19107566--19107599	15	2.2	16	89	5	52	20	2	2	73	1.09
19109790--19109840	21	2.4	21	100	0	102	17	0	49	33	1.47
19110152--19110647	251	2.0	251	85	2	665	29	15	20	34	1.94
19111667--19111713	22	2.1	22	96	0	85	38	4	12	44	1.62
19112801--19112841	19	2.2	19	95	0	73	48	9	0	41	1.36
19112877--19112910	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
19112907--19112957	25	2.0	25	96	0	93	45	15	1	37	1.58
19113026--19113069	19	2.3	19	96	0	79	47	11	0	40	1.39
19113105--19113138	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
19113135--19113185	25	2.0	25	96	0	93	45	15	1	37	1.58
19112801--19113309	228	2.2	228	97	0	964	44	12	1	41	1.53
19113254--19113297	19	2.3	19	92	0	70	47	11	2	38	1.52
19113293--19113863	9	62.2	9	74	13	427	44	17	1	36	1.58
19112801--19113435	228	2.8	228	88	4	721	45	13	1	39	1.53
19119853--19119980	42	3.0	43	84	6	163	27	23	20	28	1.99
19121404--19121440	17	2.2	17	95	0	65	29	21	5	43	1.75
19122661--19122704	17	2.6	18	89	10	74	45	15	0	38	1.47
19122661--19122709	17	2.7	19	79	20	61	44	14	0	40	1.45
19125614--19125651	19	2.0	20	89	5	60	34	5	7	52	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19127619--19127671	27	2.0	27	81	7	63	22	5	24	47	1.73
19128144--19128824	44	14.6	44	68	19	305	27	20	19	33	1.97
19128127--19128839	142	5.0	142	95	0	1291	26	20	19	33	1.97
19128369--19128795	98	4.5	97	67	20	272	26	21	19	32	1.97
19128746--19128841	44	2.2	44	88	0	138	25	22	20	31	1.98
19141334--19141371	20	1.9	19	89	5	58	52	7	5	34	1.53
19147364--19148025	236	2.8	231	79	7	695	32	21	14	31	1.94
19149524--19149567	22	2.0	22	82	8	54	54	2	2	40	1.25
19150006--19150345	145	2.3	147	82	5	402	38	8	8	44	1.66
19150385--19150448	25	2.6	24	82	4	83	28	3	12	56	1.51
19155313--19155379	25	2.7	25	95	0	116	25	25	25	23	2.00
19169794--19169821	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19173243--19173330	2	44.0	2	100	0	176	0	50	0	50	1.00
19180499--19180550	14	3.8	14	87	5	79	30	3	0	65	1.10
19180494--19180549	27	2.0	29	93	6	98	32	1	0	66	1.03
19180495--19180559	27	2.3	28	86	5	87	30	4	0	64	1.14
19181857--19181891	18	1.9	18	94	0	61	65	0	2	31	1.07
19181853--19181913	19	3.3	19	84	11	81	60	0	3	36	1.13
19182697--19182728	12	2.8	12	90	9	50	87	0	6	6	0.67
19182696--19182737	17	2.5	17	84	0	57	83	0	11	4	0.79
19196470--19196512	12	3.6	12	80	0	50	23	37	25	13	1.92
19206330--19206377	22	2.3	22	85	7	64	62	6	4	27	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19207597--19207669	36	2.0	36	100	0	146	43	8	8	39	1.64
19218835--19218859	13	1.9	13	100	0	50	24	12	40	24	1.88
19218872--19219281	44	9.0	44	74	8	266	30	19	21	28	1.97
19218852--19219239	44	8.4	48	72	14	280	31	19	21	27	1.97
19218973--19219264	93	3.2	91	84	7	335	27	19	22	30	1.98
19218872--19219278	137	3.0	135	78	9	394	29	19	21	28	1.98
19229193--19229304	37	2.9	38	78	4	118	31	16	16	36	1.90
19229292--19229401	39	2.8	39	87	5	177	26	17	24	31	1.97
19233289--19233321	16	1.9	18	88	11	52	54	9	0	36	1.32
19237030--19237082	23	2.3	23	83	0	61	47	5	0	47	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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