genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   

This is table  20  of  210  ( 25152 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6815882--6815928	17	2.7	17	87	9	60	23	0	8	68	1.17
6815953--6816005	18	2.9	17	77	5	52	33	3	1	60	1.26
6816862--6817352	247	2.0	247	90	0	777	31	17	19	31	1.95
6826028--6826059	7	4.6	7	96	0	55	59	0	21	18	1.38
6828046--6828251	63	3.1	63	65	17	148	33	21	10	33	1.88
6827866--6828362	134	3.7	134	82	1	557	30	20	13	35	1.91
6829259--6829558	134	2.2	134	80	5	331	31	20	11	37	1.87
6830574--6830626	18	2.9	18	83	10	65	33	0	1	64	1.05
6834738--6834771	16	2.1	16	88	0	50	38	2	0	58	1.13
6836179--6836238	25	2.3	26	81	16	72	40	25	11	23	1.88
6839420--6839453	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
6839576--6839810	21	11.2	21	71	5	161	44	16	21	17	1.86
6839623--6839808	84	2.2	84	89	1	275	45	16	20	17	1.85
6839581--6839819	42	5.7	42	79	3	232	46	16	20	16	1.85
6843123--6843150	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
6843499--6843541	21	2.0	21	82	13	52	46	2	0	51	1.13
6857000--6857051	14	3.3	16	69	15	54	26	5	13	53	1.62
6856987--6857051	31	2.1	31	97	0	121	23	6	12	58	1.56
6858937--6859004	28	2.4	29	87	2	93	16	5	4	73	1.19
6862320--6862396	3	26.7	3	82	12	99	63	1	1	33	1.11
6864142--6864796	44	14.9	44	71	11	330	26	23	20	29	1.99
6864141--6864577	90	4.9	87	73	8	328	26	23	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6864039--6864443	218	1.8	218	84	4	546	28	21	19	29	1.98
6864329--6864625	134	2.2	134	92	1	488	27	23	20	28	1.99
6864329--6864801	134	3.6	130	80	9	381	27	23	20	28	1.99
6865880--6865939	7	9.0	7	82	10	81	15	18	0	66	1.25
6865880--6865939	13	4.5	14	85	6	81	15	18	0	66	1.25
6865889--6865939	20	2.5	20	100	0	102	13	17	0	68	1.21
6866870--6866986	6	18.8	6	83	5	65	12	7	8	70	1.32
6866889--6866980	25	3.6	26	76	11	75	10	7	8	72	1.27
6871258--6871301	10	4.6	10	81	18	58	59	0	0	40	0.98
6871258--6871298	16	2.5	17	84	11	59	56	0	0	43	0.99
6871263--6871299	15	2.4	16	91	8	60	56	0	0	43	0.99
6871425--6871460	16	2.2	16	95	0	63	50	5	2	41	1.40
6871616--6871688	3	23.7	3	83	5	92	61	1	4	32	1.23
6874746--6874782	18	2.1	18	94	0	65	45	40	8	5	1.56
6875791--6875954	42	3.9	41	82	8	156	29	27	16	26	1.97
6875791--6875950	84	1.9	84	82	10	202	29	27	16	26	1.97
6882166--6882672	46	11.6	45	87	9	689	29	21	15	34	1.94
6882210--6882672	126	3.6	128	90	5	711	29	20	15	34	1.94
6882395--6882636	80	3.0	80	83	15	304	28	20	16	35	1.94
6882444--6882636	36	4.9	37	78	19	194	27	19	16	35	1.94
6882522--6882672	82	1.8	82	95	0	275	28	19	14	37	1.91
6886165--6886348	91	2.0	91	96	0	341	39	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6886732--6887507	96	8.4	85	73	15	296	32	16	20	30	1.95
6886732--6887646	44	19.6	49	73	13	477	32	17	20	29	1.95
6886973--6887411	96	4.7	96	81	5	445	33	16	20	29	1.95
6886825--6887645	141	5.8	140	75	12	521	32	16	20	29	1.95
6889270--6889338	3	23.0	3	85	5	95	30	1	1	66	1.09
6893015--6893042	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
6893043--6893082	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
6893198--6893243	18	2.6	16	81	18	56	45	0	8	45	1.34
6901157--6901262	49	2.2	49	84	6	135	28	12	22	36	1.90
6905789--6905893	2	53.5	2	88	11	164	50	0	1	47	1.12
6905934--6906010	10	7.5	10	74	17	61	62	0	1	36	1.04
6905934--6905979	12	4.0	12	83	11	60	63	0	0	36	0.95
6906027--6906061	16	2.2	16	89	0	52	62	0	8	28	1.24
6906275--6906323	4	12.2	4	82	0	53	69	8	0	22	1.14
6911181--6911217	19	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
6911181--6911246	18	3.6	19	78	13	68	43	0	0	56	0.99
6911127--6911244	20	5.7	20	72	17	80	40	2	0	55	1.19
6917703--6917793	23	4.1	23	72	11	100	45	6	27	20	1.76
6917723--6917806	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
6922196--6922286	23	4.1	23	70	11	91	46	6	26	20	1.75
6922216--6922299	42	2.0	42	95	0	150	44	9	23	22	1.82
6934121--6934153	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6934119--6934153	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
6934259--6934301	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
6934586--6934616	16	1.9	16	93	0	53	22	35	0	41	1.54
6939212--6939274	21	3.0	21	100	0	126	28	14	19	38	1.90
6940487--6940966	160	3.0	160	98	0	915	45	7	25	21	1.78
6941891--6941949	29	2.0	29	93	0	100	28	10	25	35	1.89
6948944--6948984	18	2.3	18	91	0	64	48	2	4	43	1.37
6953326--6953447	23	5.3	23	80	0	154	19	21	26	32	1.97
6953328--6953447	46	2.6	46	90	0	186	19	21	26	32	1.97
6960761--6960851	23	4.0	23	94	0	146	25	21	24	28	1.99
6965689--6965733	21	2.3	19	84	7	54	44	20	24	11	1.83
6965775--6966014	101	2.4	101	92	0	390	27	25	16	30	1.96
6965865--6966000	33	4.1	33	69	7	94	29	27	15	27	1.96
6967937--6967994	11	5.1	11	75	8	53	65	5	0	29	1.14
6969346--6969489	44	3.3	44	95	0	252	38	6	11	43	1.65
6969421--6969488	21	3.1	21	66	22	59	41	5	5	47	1.52
6975451--6975621	88	1.9	88	82	5	202	38	19	8	33	1.82
6975839--6976022	20	9.3	20	70	18	93	63	1	5	29	1.24
6975811--6975908	40	2.4	41	79	5	110	64	0	3	32	1.09
6975881--6975918	11	3.5	11	85	7	60	68	0	5	26	1.11
6975839--6976022	41	4.7	40	71	11	121	63	1	5	29	1.24
6975988--6976024	19	1.9	19	100	0	74	59	2	5	32	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6975784--6975915	10	13.6	9	70	16	59	66	0	3	28	1.14
6976201--6976265	9	7.5	8	79	14	51	29	0	1	69	0.98
6976208--6976267	9	6.6	9	81	5	59	30	0	1	68	0.99
6976200--6976301	38	2.7	37	81	11	102	32	0	1	65	1.04
6976249--6976321	31	2.4	33	77	15	84	38	0	1	60	1.06
6978156--6978182	13	2.1	13	100	0	54	25	29	0	44	1.54
6978408--6978498	23	4.1	23	78	7	98	36	21	20	20	1.95
6978822--6978871	25	2.0	25	84	11	66	34	22	0	44	1.53
6979782--6979828	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
6981889--6981933	22	2.0	22	100	0	90	13	17	13	55	1.69
6997489--6997673	61	3.1	61	67	18	163	43	2	5	48	1.41
6997424--6997706	117	2.4	120	88	4	441	43	1	4	49	1.34
6997658--6997727	26	2.6	27	73	13	65	47	0	2	50	1.16
6997919--6997956	16	2.4	16	90	0	58	28	34	2	34	1.71
6998098--6998212	46	2.6	42	75	15	106	53	2	0	43	1.14
6998113--6998236	57	2.2	56	82	7	142	51	4	0	43	1.26
7000037--7001169	565	2.0	565	98	0	2194	37	18	11	33	1.86
7001659--7001716	19	3.1	19	100	0	116	32	20	15	31	1.94
7009434--7009502	6	11.5	6	95	4	106	0	15	0	84	0.63
7010472--7010532	18	3.5	17	81	16	72	78	1	8	11	1.02
7010475--7010525	25	2.1	24	85	10	68	80	1	5	11	0.97
7013027--7013089	24	2.6	24	73	9	65	31	22	26	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7013043--7013121	27	3.0	27	78	8	67	32	20	29	17	1.95
7013241--7013301	24	2.5	24	83	0	68	27	21	31	19	1.97
7021288--7021356	31	2.2	31	89	0	102	43	15	5	34	1.71
7024739--7024765	11	2.5	11	100	0	54	37	7	14	40	1.74
7027011--7027055	18	2.5	18	92	0	72	13	51	4	31	1.61
7027909--7027958	3	16.7	3	100	0	100	68	32	0	0	0.90
7028198--7028291	27	3.5	26	80	12	100	17	31	25	25	1.97
7028214--7028298	27	3.1	27	87	0	125	14	34	25	25	1.94
7033628--7033681	27	2.0	27	100	0	108	51	3	11	33	1.55
7037859--7037926	24	2.7	27	77	13	81	54	2	0	42	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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