genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  165  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54649739--54649772	18	2.0	16	88	11	50	76	5	5	11	1.14
54651895--54651968	21	3.6	21	67	22	50	70	2	20	6	1.23
54653137--54653176	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
54654843--54654885	12	3.7	12	79	14	54	76	4	6	11	1.13
54654834--54654885	23	2.3	23	90	6	79	78	3	5	11	1.05
54660107--54660146	19	2.1	19	85	0	53	27	32	15	25	1.95
54660689--54660748	31	1.9	32	83	10	79	28	28	13	30	1.94
54666332--54666722	26	15.0	26	98	0	755	31	7	26	34	1.84
54668303--54668406	27	3.9	26	84	5	127	19	23	21	36	1.95
54668779--54669446	333	2.0	333	99	0	1309	32	11	19	36	1.88
54674834--54675216	64	6.0	64	92	0	577	31	16	12	39	1.86
54675414--54675736	177	1.8	177	81	5	402	29	18	23	28	1.98
54675707--54675802	45	2.1	45	88	0	138	30	13	28	28	1.94
54690021--54690266	49	4.9	50	83	2	325	25	18	27	28	1.98
54690126--54690209	28	3.2	27	65	25	72	23	15	29	30	1.95
54692651--54692776	40	3.2	40	91	2	200	26	27	21	23	1.99
54704230--54704274	3	15.7	3	88	9	67	62	0	37	0	0.96
54704230--54704274	14	3.1	14	93	3	72	62	0	37	0	0.96
54704230--54704275	11	4.1	11	94	2	74	60	0	39	0	0.97
54704283--54704330	23	2.0	25	84	8	64	75	0	25	0	0.81
54704765--54704824	31	1.9	31	93	0	102	30	1	11	56	1.45
54705168--54705204	20	1.9	20	88	5	58	54	8	0	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54714631--54714775	42	3.5	42	81	1	166	29	24	16	29	1.96
54735728--54735773	20	2.3	20	100	0	92	26	21	15	36	1.93
54737962--54738161	41	4.9	41	79	1	177	37	21	16	26	1.93
54737993--54738101	42	2.6	41	86	4	139	42	20	13	23	1.88
54737993--54738151	81	1.9	81	82	5	194	36	20	15	27	1.93
54738490--54738537	14	3.4	14	80	13	53	43	29	0	27	1.55
54738490--54738584	29	3.3	28	75	11	77	46	31	0	22	1.52
54738729--54738808	38	2.2	35	86	8	108	23	3	26	46	1.69
54739877--54740040	82	2.0	82	84	4	215	34	17	21	26	1.95
54739877--54740040	42	4.0	40	78	6	159	34	17	21	26	1.95
54739878--54740044	41	4.1	41	81	3	183	33	16	21	28	1.95
54740938--54741112	85	2.0	87	86	2	246	40	21	5	33	1.77
54743171--54743204	16	2.1	16	88	0	50	35	0	8	55	1.31
54743437--54743558	22	5.7	22	69	9	108	45	4	11	38	1.62
54743412--54743545	43	3.1	43	78	11	175	44	8	8	38	1.67
54743342--54743936	246	2.4	246	99	0	1181	37	11	11	38	1.78
54743683--54743804	22	5.7	22	69	9	108	45	4	11	38	1.62
54743658--54743791	43	3.1	43	78	11	175	44	8	8	38	1.67
54744011--54744306	9	33.6	9	73	11	141	46	16	1	35	1.54
54744021--54744196	17	10.6	17	70	16	93	49	14	1	34	1.54
54744007--54744209	43	4.6	44	76	9	189	48	15	1	33	1.54
54744207--54744292	43	2.0	41	93	4	145	44	16	0	39	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54743998--54744306	124	2.4	129	85	6	391	46	16	0	35	1.53
54749982--54750075	47	2.0	47	97	0	179	18	6	26	48	1.71
54757097--54757258	42	3.9	41	72	4	119	25	26	18	29	1.98
54757095--54757248	84	1.8	84	87	2	229	25	26	18	29	1.98
54757433--54757547	58	2.0	57	98	0	212	29	24	14	30	1.95
54759451--54759532	29	2.9	27	74	13	74	65	0	15	18	1.27
54761572--54762117	271	2.0	271	95	0	975	30	6	23	40	1.78
54766694--54766819	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
54774628--54774697	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
54774628--54774725	28	3.5	28	88	2	126	30	28	14	26	1.95
54776727--54776838	56	2.0	56	100	0	224	41	26	12	19	1.87
54784513--54784550	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
54784780--54784950	93	1.8	93	91	0	279	29	28	20	22	1.98
54784775--54784947	46	3.7	46	79	10	199	30	27	20	22	1.98
54785370--54785429	30	2.0	30	83	0	75	31	26	5	36	1.78
54793049--54793130	38	2.2	38	95	2	148	20	14	15	48	1.80
54795248--54795339	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
54795484--54795761	26	10.8	26	91	0	382	25	22	24	27	2.00
54796566--54796653	27	3.3	27	85	3	106	19	25	19	36	1.95
54796683--54797018	27	12.4	27	75	3	190	30	9	20	39	1.85
54796796--54797040	54	4.6	54	78	5	219	28	8	22	40	1.84
54796793--54797000	81	2.6	81	90	0	310	27	8	22	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54796796--54797134	27	12.6	27	78	6	179	30	8	21	38	1.84
54796796--54797135	54	6.3	53	75	6	211	30	8	21	39	1.84
54805320--54805462	27	5.3	27	87	0	169	40	23	7	28	1.82
54805320--54805463	54	2.7	54	90	0	207	40	23	7	28	1.82
54805445--54805517	27	2.7	27	70	4	67	36	24	8	30	1.85
54805509--54805616	54	2.0	54	90	3	173	37	19	19	24	1.94
54805508--54805615	27	4.0	27	82	0	126	36	19	20	24	1.95
54806348--54806452	27	3.9	27	81	12	117	21	22	20	34	1.97
54806340--54806452	54	2.1	53	82	6	131	22	22	20	35	1.96
54806573--54806793	6	35.8	6	67	15	112	21	20	13	45	1.84
54806576--54806714	25	5.6	25	77	6	122	22	20	12	44	1.85
54806573--54806793	74	3.1	74	83	7	292	21	20	13	45	1.84
54806573--54806793	68	3.2	68	86	3	271	21	20	13	45	1.84
54806743--54806831	37	2.4	37	80	0	106	19	21	12	47	1.82
54808723--54808865	27	5.3	27	84	1	153	38	24	9	27	1.87
54808723--54808866	54	2.7	53	86	2	180	38	25	9	27	1.87
54808740--54808884	27	5.4	27	80	4	78	40	24	8	26	1.85
54808740--54808884	54	2.7	54	81	6	168	40	24	8	26	1.85
54808911--54809045	27	5.0	27	88	1	182	34	19	21	24	1.96
54809025--54809086	26	2.3	27	75	10	65	20	19	22	37	1.95
54809573--54809621	22	2.2	22	85	7	64	22	28	22	26	1.99
54809779--54809887	27	4.1	27	76	5	96	22	21	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54810005--54810228	6	36.3	6	69	18	122	19	18	13	48	1.81
54810008--54810202	25	7.8	25	74	10	120	19	18	14	47	1.83
54810033--54810111	37	2.1	37	85	0	104	21	18	15	44	1.87
54810005--54810207	62	3.3	62	92	0	343	19	18	13	47	1.82
54810041--54810176	37	4.0	37	69	24	118	19	19	14	47	1.83
54813843--54814014	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
54821865--54822049	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
54821832--54822049	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
54829050--54829191	43	3.3	42	70	13	119	38	25	14	22	1.92
54829071--54829183	44	2.7	41	77	9	118	35	25	16	22	1.95
54832798--54832872	39	1.9	39	94	0	132	29	32	9	29	1.88
54834848--54835006	46	3.4	46	81	5	176	28	18	30	22	1.98
54836974--54837071	29	3.4	29	90	1	144	26	15	31	26	1.96
54838488--54838613	46	2.6	49	85	5	159	28	20	29	21	1.98
54841539--54841601	29	2.1	30	88	2	92	23	36	19	20	1.95
54842850--54842937	43	2.0	43	97	0	167	25	14	13	46	1.81
54846611--54846927	163	1.9	163	87	1	465	32	17	21	28	1.96
54850866--54851058	105	1.8	105	81	4	237	30	16	25	27	1.96
54858550--54858667	23	5.0	23	77	13	107	22	23	18	34	1.96
54858578--54858667	47	1.9	46	86	6	128	23	22	18	35	1.96
54862344--54862384	10	4.2	10	84	6	57	75	0	0	24	0.80
54862344--54862384	19	2.2	19	100	0	82	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54862396--54862433	18	2.1	18	90	0	58	31	10	10	47	1.72
54862442--54862472	6	5.3	6	92	7	55	35	32	16	16	1.91
54863326--54863428	53	1.9	53	90	0	161	33	31	7	28	1.85
54873250--54873293	23	1.9	23	86	9	63	45	0	0	54	0.99
54873250--54873299	23	2.2	23	82	10	59	48	0	2	50	1.12
54873388--54873428	5	8.6	5	81	10	50	4	14	0	80	0.87
54874815--54874885	27	2.6	27	78	8	72	25	22	12	39	1.89
54874849--54874960	27	4.1	27	80	0	107	24	25	13	36	1.92
54875943--54875993	6	8.3	6	77	12	50	47	15	17	19	1.83
54875914--54876016	31	3.3	31	87	4	127	51	11	16	20	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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