genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  69  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21918739--21919094	98	3.8	97	78	5	270	30	20	25	24	1.99
21920474--21920646	46	3.7	46	77	11	183	21	20	27	30	1.98
21920471--21920641	93	1.8	93	92	2	290	21	20	28	29	1.98
21928147--21928245	26	3.7	27	84	9	132	39	16	23	21	1.92
21928331--21928415	27	3.1	27	79	0	98	35	14	27	23	1.93
21930502--21930578	40	1.9	40	100	0	154	23	0	28	48	1.51
21930983--21931138	43	3.6	43	77	10	167	23	19	27	30	1.98
21938439--21938616	27	6.6	27	84	3	214	26	14	28	30	1.95
21938440--21938595	82	1.9	81	88	3	233	26	14	28	30	1.95
21938439--21938616	82	2.2	81	84	3	232	26	14	28	30	1.95
21946409--21946588	27	6.6	27	81	7	175	26	14	28	30	1.95
21946410--21946566	82	1.9	81	88	3	235	26	14	28	30	1.95
21946409--21946563	55	2.9	54	82	5	179	26	14	28	30	1.95
21946544--21946599	29	1.9	29	81	0	67	28	14	26	30	1.95
21950220--21950322	40	2.6	40	90	0	161	28	27	20	24	1.99
21950465--21950604	40	3.5	40	99	0	271	24	30	22	23	1.99
21950220--21950753	286	1.9	286	96	0	996	32	26	13	27	1.94
21956260--21956432	42	3.9	47	87	7	197	28	15	27	28	1.96
21962201--21962323	46	2.7	46	85	2	158	21	26	20	31	1.98
21962661--21962717	30	1.9	30	88	0	87	33	28	7	31	1.84
21964974--21965055	34	2.4	34	93	2	139	50	17	10	21	1.77
21964997--21965052	17	3.3	17	68	26	55	57	14	10	17	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21967673--21967739	33	2.0	33	100	0	134	43	14	14	26	1.85
21967813--21967928	42	2.8	42	84	1	135	39	24	16	19	1.91
21978162--21978219	30	2.0	29	93	3	98	32	24	17	25	1.96
21984769--21985215	224	2.0	224	99	0	876	44	16	12	26	1.82
21985603--21985713	42	2.7	43	87	6	167	38	24	17	19	1.92
21996843--21996872	15	1.9	16	93	6	53	76	3	13	6	1.11
22002414--22002443	9	3.3	9	90	0	51	80	6	0	13	0.91
22004198--22004228	11	2.8	11	100	0	62	80	9	0	9	0.90
22004849--22004893	23	2.0	23	87	12	67	33	4	0	62	1.15
22013286--22013405	61	2.0	61	81	6	145	24	14	25	36	1.93
22014708--22014749	16	2.8	16	86	13	54	52	2	0	45	1.13
22015588--22015752	59	2.8	59	74	10	149	20	22	30	26	1.98
22015607--22015753	59	2.5	59	77	5	154	20	19	32	27	1.97
22021514--22021776	136	1.9	136	93	0	454	36	25	11	25	1.90
22023380--22023458	25	3.0	24	81	13	86	22	2	2	72	1.09
22025113--22025139	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
22033106--22033135	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
22036048--22036400	46	7.5	47	71	11	174	23	29	20	26	1.99
22036230--22036403	46	3.8	45	78	8	181	21	31	20	27	1.98
22036191--22036400	94	2.3	94	84	5	266	22	30	20	27	1.98
22044320--22044400	31	2.6	31	96	0	153	23	27	18	30	1.98
22044605--22044688	25	3.4	25	90	4	127	28	19	22	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22044734--22044778	9	4.5	11	73	21	53	35	20	8	35	1.84
22044739--22044786	9	5.1	9	82	9	60	35	18	10	35	1.85
22044734--22044780	20	2.3	20	92	0	76	34	19	10	36	1.86
22052406--22052491	31	2.8	31	91	1	138	25	24	17	32	1.97
22052696--22052754	25	2.4	24	86	8	75	27	23	20	28	1.99
22052800--22052846	20	2.3	20	96	0	85	31	19	12	36	1.89
22052800--22052846	9	4.6	11	75	20	57	31	19	12	36	1.89
22054651--22054749	39	2.5	40	82	8	114	34	19	32	14	1.91
22054733--22054858	40	3.2	40	82	4	155	35	19	29	15	1.92
22054790--22054859	20	3.5	20	78	0	86	35	21	30	12	1.91
22056914--22057108	35	5.6	35	83	1	230	37	27	14	20	1.91
22056914--22057109	70	2.8	70	87	1	277	37	27	14	19	1.91
22057008--22057348	171	2.0	170	92	2	567	40	21	15	21	1.91
22057179--22057279	35	2.9	34	87	11	150	41	28	13	15	1.86
22071122--22071176	22	2.6	21	82	2	65	18	34	30	16	1.93
22074274--22074314	22	1.9	22	90	5	66	14	43	21	19	1.87
22076151--22076209	28	2.1	28	96	0	109	23	16	5	54	1.62
22077407--22077506	26	3.7	26	79	12	105	44	25	12	19	1.84
22077438--22077512	26	2.9	26	88	7	116	44	24	13	18	1.85
22081626--22081671	22	2.1	22	88	4	67	41	0	10	47	1.38
22090570--22090624	28	1.9	29	88	3	85	18	45	20	16	1.86
22091667--22091799	46	2.9	46	76	10	130	24	30	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22095408--22095469	26	2.3	27	86	5	81	29	14	12	43	1.83
22098912--22098992	42	1.9	42	97	0	153	34	6	16	43	1.72
22101057--22101203	40	3.6	39	83	5	177	32	27	17	22	1.96
22103032--22103226	38	5.0	38	84	3	212	30	26	21	21	1.98
22107365--22107440	29	2.7	28	74	8	73	27	28	19	23	1.98
22107365--22107487	57	2.2	56	84	9	155	30	28	17	23	1.97
22107619--22107969	43	8.2	43	88	2	517	31	32	23	12	1.92
22109552--22109616	28	2.3	28	91	0	103	30	9	27	32	1.88
22109915--22110057	72	2.0	72	87	2	207	26	26	16	30	1.97
22110755--22110787	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
22117274--22117335	27	2.2	29	85	5	83	30	25	25	17	1.97
22117445--22117505	28	2.2	28	87	0	86	32	9	24	32	1.88
22120026--22120191	38	4.3	38	82	3	163	35	25	18	20	1.95
22120017--22120191	76	2.3	78	81	4	194	36	26	17	19	1.94
22141465--22141516	19	2.7	18	79	8	50	34	3	7	53	1.48
22147111--22147171	30	2.0	30	96	0	113	37	16	21	24	1.93
22157719--22157797	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
22157920--22158283	47	7.5	47	76	7	350	27	30	12	29	1.93
22157927--22158283	98	3.6	98	93	0	552	27	30	12	29	1.93
22159593--22159658	32	2.1	32	100	0	132	56	12	0	31	1.36
22162978--22163027	25	2.0	25	84	7	66	64	10	0	26	1.25
22170538--22170577	21	1.9	21	100	0	80	37	10	20	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22171388--22171426	12	3.5	12	86	13	57	61	7	5	25	1.44
22173515--22173545	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
22173512--22173551	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
22173784--22173928	53	2.7	55	86	4	206	22	24	18	33	1.97
22176576--22176649	38	1.9	38	94	0	130	59	9	13	17	1.60
22189247--22189534	47	6.1	47	89	0	432	32	11	29	27	1.91
22189274--22189349	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
22189246--22189534	141	2.0	141	94	0	506	32	11	29	27	1.91
22189269--22189576	94	3.2	93	86	4	377	33	11	28	26	1.91
22189739--22189920	37	4.9	37	94	0	301	23	19	33	23	1.97
22191516--22191618	40	2.6	40	89	6	156	27	29	21	22	1.99
22191593--22191803	117	1.8	117	100	0	422	32	24	13	29	1.94
22198568--22198630	28	2.2	28	97	2	117	39	28	3	28	1.72
22198951--22198995	20	2.2	20	88	7	65	33	2	4	60	1.29
22198959--22199006	20	2.4	19	80	13	51	43	0	4	52	1.20
22199818--22199867	19	2.6	20	81	15	61	32	0	0	68	0.90
22199832--22199880	24	2.1	25	85	11	68	30	2	0	67	1.02
22201017--22201057	11	3.5	11	81	18	55	68	0	0	31	0.90
22203366--22203434	34	2.0	34	100	0	138	27	11	37	23	1.89
22203789--22203829	20	2.2	19	83	12	50	58	21	17	2	1.50
22205110--22205180	29	2.5	29	86	2	99	59	7	5	28	1.47
22206570--22207441	177	4.9	176	88	3	1191	29	21	19	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22228416--22228486	29	2.5	29	83	2	90	59	8	4	28	1.46
22230405--22230466	23	2.7	24	85	5	74	35	1	4	58	1.29
22230403--22230744	26	13.5	26	69	12	126	32	6	3	57	1.41
22232091--22232134	17	2.4	18	88	11	72	50	0	4	45	1.22
22232774--22232843	29	2.3	29	80	4	77	27	10	12	50	1.72
22234920--22234997	37	2.1	37	85	0	102	34	14	6	44	1.70
22235952--22236061	33	3.3	33	75	7	87	28	21	14	35	1.93
22238299--22238367	27	2.6	27	88	6	104	42	15	0	42	1.47
22241424--22241591	77	2.2	79	94	4	285	39	7	5	47	1.55
22241724--22241769	21	2.2	21	88	7	67	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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