genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  88  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29050748--29050917	67	2.6	64	74	8	164	30	17	28	24	1.97
29054713--29054810	45	2.2	45	92	0	160	26	24	20	28	1.99
29054354--29054768	131	3.2	131	89	0	623	26	24	22	26	2.00
29054580--29054900	176	1.8	176	88	0	498	27	23	21	28	1.99
29054756--29055072	131	2.4	131	83	0	436	27	23	20	28	1.99
29054580--29054942	176	2.1	176	86	2	496	26	23	21	28	1.99
29054449--29055381	307	3.0	307	91	0	1463	27	23	20	28	1.99
29054887--29055250	176	2.1	175	85	0	485	27	24	20	27	1.99
29055020--29055109	45	2.0	45	93	0	153	24	25	20	30	1.99
29055037--29055131	45	2.1	45	82	0	109	28	25	13	32	1.94
29055238--29055642	86	4.7	86	68	10	223	26	21	21	29	1.99
29055063--29055614	131	4.2	131	87	0	784	27	22	21	29	1.99
29055182--29055642	44	10.5	44	67	9	192	26	22	21	29	1.99
29058509--29058685	45	4.0	45	84	6	211	24	22	29	24	1.99
29065201--29065247	25	1.9	25	86	4	69	55	6	17	21	1.64
29065481--29065568	26	3.4	26	84	4	106	60	5	2	31	1.33
29065580--29065628	25	2.0	25	83	0	62	63	6	2	28	1.30
29065763--29065854	27	3.6	27	71	15	77	58	2	7	31	1.38
29074554--29074773	45	5.0	45	91	2	322	27	27	21	24	1.99
29075287--29075612	47	6.9	47	90	3	498	47	14	10	28	1.76
29075287--29075612	141	2.3	140	94	2	562	47	14	10	28	1.76
29079808--29079926	46	2.6	46	81	9	147	23	27	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29082697--29082833	46	3.0	46	87	0	193	26	32	8	33	1.85
29082807--29083095	47	6.1	47	89	3	398	26	29	11	32	1.91
29084738--29084921	79	2.3	82	81	11	215	25	27	21	25	2.00
29084738--29084921	40	4.6	41	82	12	190	25	27	21	25	2.00
29089927--29090257	40	8.3	40	91	0	511	27	28	19	24	1.99
29090802--29090828	14	1.9	14	100	0	54	11	0	0	88	0.50
29091764--29091900	46	3.0	45	86	4	184	26	31	8	33	1.87
29091874--29092209	47	7.1	47	90	3	467	27	29	10	32	1.90
29103785--29103827	19	2.4	18	80	7	52	48	6	4	39	1.51
29107337--29107392	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
29107355--29107392	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
29114411--29114466	11	5.6	10	75	12	53	37	10	17	33	1.85
29114429--29114466	20	1.9	20	94	0	67	39	10	18	31	1.85
29115552--29115702	43	3.5	43	79	10	175	26	19	23	30	1.98
29120889--29120947	10	5.9	10	87	0	82	22	11	1	64	1.35
29120890--29120947	30	1.9	30	89	6	91	22	12	1	63	1.37
29123040--29123147	39	2.8	38	84	5	144	25	21	26	26	1.99
29123686--29124241	278	2.0	279	97	0	1042	26	12	19	40	1.88
29127085--29127216	68	1.9	68	83	3	167	32	19	22	25	1.97
29130483--29130538	10	5.7	10	81	10	53	26	3	0	69	1.04
29130497--29130528	5	6.4	5	92	0	55	34	0	0	65	0.93
29130497--29130538	15	2.8	15	85	0	57	30	2	0	66	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29135294--29135614	40	8.1	40	86	1	421	25	22	27	25	2.00
29138081--29138211	66	2.0	65	95	1	235	32	11	22	33	1.90
29138529--29138985	47	9.6	47	91	2	635	32	8	29	29	1.86
29138529--29138985	49	9.6	49	92	2	686	32	8	29	29	1.86
29138529--29138985	145	3.2	145	91	1	715	32	8	29	29	1.86
29142701--29142725	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
29146086--29146146	22	2.8	22	82	0	68	42	22	18	16	1.89
29147887--29147937	25	2.1	24	82	10	59	31	37	5	25	1.80
29153367--29153481	29	4.0	28	80	8	124	29	27	13	28	1.95
29153358--29153468	58	1.9	58	88	1	170	28	28	14	27	1.95
29153691--29153740	16	3.2	15	80	2	55	12	20	22	46	1.83
29155412--29156362	40	23.8	40	98	0	1814	25	29	20	24	1.99
29163755--29163869	29	4.0	29	82	6	128	26	28	16	27	1.97
29163746--29163856	58	1.9	58	85	1	152	26	29	17	27	1.97
29164080--29164139	24	2.5	24	86	5	77	11	23	16	48	1.79
29164094--29164124	16	1.9	16	100	0	62	9	25	19	45	1.81
29170694--29170791	27	3.6	27	79	2	99	40	23	7	28	1.81
29170688--29170846	27	5.9	27	71	10	83	37	23	6	32	1.81
29170837--29171430	27	22.0	27	85	0	765	36	18	20	24	1.95
29171965--29172024	19	3.2	19	81	13	88	16	20	16	46	1.84
29171937--29172030	31	3.0	30	69	17	84	20	20	14	44	1.86
29171937--29172016	6	13.0	6	75	15	74	18	18	15	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29171937--29172004	25	2.7	25	88	0	100	19	19	14	47	1.83
29171965--29172041	37	2.1	37	82	0	91	19	22	15	42	1.88
29172055--29172120	12	5.4	12	73	10	62	18	13	12	56	1.68
29171937--29172102	62	2.7	62	82	0	206	20	18	13	47	1.82
29178988--29179203	40	5.4	40	91	2	296	24	22	27	25	2.00
29181867--29181981	29	4.0	29	82	6	128	26	13	30	28	1.94
29181880--29181990	57	1.9	58	85	1	152	26	14	31	27	1.95
29183433--29183481	25	2.0	25	91	0	80	32	20	24	22	1.98
29203367--29203694	48	6.9	47	77	3	296	27	18	27	26	1.98
29203407--29203694	95	3.0	96	90	1	434	26	19	28	26	1.99
29206509--29206673	43	3.9	42	75	6	134	32	26	18	23	1.97
29214577--29215000	48	8.8	48	77	3	404	26	18	27	27	1.98
29214575--29215000	96	4.4	96	90	0	645	26	18	27	27	1.98
29217289--29217466	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
29217315--29217465	82	1.9	81	88	4	232	29	27	15	27	1.96
29224441--29224518	25	3.2	24	70	7	68	37	21	23	17	1.94
29236764--29236826	31	2.1	31	84	3	83	26	23	11	38	1.89
29237034--29237208	24	7.4	24	90	3	257	28	21	21	29	1.99
29237041--29237209	47	3.6	47	87	3	259	28	20	21	29	1.98
29237041--29237207	23	7.1	23	91	2	244	28	20	22	28	1.98
29237258--29237324	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
29237258--29237313	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29245845--29245947	48	2.1	48	96	0	188	32	26	5	35	1.80
29249601--29250111	40	12.8	40	89	0	763	24	28	22	23	1.99
29251562--29251894	47	7.1	47	96	0	594	28	30	9	31	1.88
29253474--29253537	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
29253769--29254577	47	17.2	47	98	0	1566	25	19	25	29	1.98
29254627--29254693	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
29254627--29254682	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
29257535--29257579	22	2.0	22	100	0	90	31	4	17	46	1.68
29257971--29258331	49	7.6	48	69	12	192	27	29	18	24	1.98
29257971--29258286	93	3.4	93	82	4	350	27	29	18	24	1.98
29258023--29258331	93	3.3	93	81	6	257	27	29	18	24	1.98
29265208--29265237	15	2.0	15	100	0	60	20	13	46	20	1.83
29268619--29268827	42	4.8	44	73	10	144	31	25	16	26	1.96
29273332--29273377	22	2.1	22	100	0	92	15	26	8	50	1.73
29276899--29276928	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
29278818--29278953	42	3.2	43	66	12	118	27	18	28	25	1.98
29287263--29287307	23	2.0	23	95	0	81	40	0	17	42	1.50
29287654--29287692	17	2.3	17	100	0	78	23	20	12	43	1.86
29288389--29288445	28	2.0	28	100	0	114	35	15	21	28	1.94
29288426--29288650	46	4.8	45	80	10	197	28	17	30	23	1.97
29288429--29288697	46	5.7	49	76	14	190	27	18	28	24	1.98
29291651--29291855	42	4.7	42	78	9	187	31	24	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29291651--29291865	90	2.5	85	79	6	234	32	25	14	28	1.95
29295549--29295574	11	2.4	11	100	0	52	46	19	0	34	1.50
29295713--29295843	48	2.7	47	85	9	167	32	9	4	52	1.55
29297430--29297472	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
29298828--29298915	46	2.0	42	91	8	140	42	13	13	30	1.83
29301032--29301344	173	1.8	174	89	1	495	27	20	17	34	1.95
29301206--29301657	126	3.6	126	84	3	590	26	20	18	34	1.96
29302335--29302401	23	2.8	23	95	4	116	58	26	0	14	1.37
29306654--29306691	15	2.4	16	87	12	53	34	2	5	57	1.35
29308281--29308348	33	2.1	33	97	0	127	57	26	1	14	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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