genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18147138--18147166	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18150321--18150388	34	2.0	34	97	0	127	48	17	11	22	1.79
18150902--18151015	57	2.0	56	98	1	219	35	12	39	12	1.80
18157560--18157666	42	2.5	42	84	3	153	23	36	26	14	1.92
18159670--18159739	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
18159670--18159764	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
18161712--18162050	46	7.2	48	76	9	238	24	27	19	28	1.99
18162038--18162065	11	2.5	11	100	0	56	25	35	17	21	1.95
18169865--18169899	12	2.9	12	86	0	52	20	40	31	8	1.82
18176291--18176466	46	3.8	46	79	10	205	21	21	28	28	1.98
18176288--18176459	93	1.8	93	93	0	299	21	22	29	27	1.99
18179038--18179087	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
18185783--18185858	24	3.1	25	76	10	86	32	22	21	23	1.98
18190802--18190926	63	2.0	63	84	3	164	26	8	32	32	1.85
18192737--18192816	7	11.4	7	84	0	79	50	2	18	28	1.60
18194008--18194076	34	2.0	34	97	0	129	46	8	15	28	1.76
18195707--18195742	16	2.2	16	90	9	56	66	0	0	33	0.92
18195831--18195867	13	2.7	14	87	8	58	24	0	8	67	1.17
18201843--18202389	205	2.7	205	90	0	826	29	21	18	31	1.97
18209646--18209679	17	2.1	16	94	5	59	41	5	11	41	1.66
18215361--18215390	14	2.1	14	93	0	51	46	10	6	36	1.64
18218696--18218750	14	4.2	13	77	11	51	50	1	3	43	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18221756--18221862	46	2.3	46	88	0	160	44	2	9	42	1.51
18221946--18222076	64	2.0	64	89	2	201	35	7	3	53	1.45
18223726--18223920	61	3.0	68	73	15	203	41	4	6	48	1.48
18225204--18225253	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
18227872--18227896	12	2.1	12	100	0	50	28	24	24	24	2.00
18228070--18228135	9	7.3	9	87	0	96	46	21	7	24	1.76
18230442--18230639	40	5.2	39	78	14	218	23	20	26	29	1.99
18230543--18230602	30	2.0	30	96	0	111	21	16	25	36	1.94
18230503--18230639	70	2.0	69	94	1	238	21	19	26	32	1.97
18233424--18233575	41	3.7	40	74	16	141	21	22	28	27	1.99
18234129--18234331	101	2.0	101	97	0	379	24	18	18	38	1.92
18241944--18242095	41	3.7	40	76	16	150	19	22	30	27	1.98
18248556--18248729	48	3.6	48	87	1	233	24	20	29	25	1.99
18248556--18248729	97	1.8	95	87	5	260	24	20	29	25	1.99
18248602--18248765	48	3.4	47	85	4	134	26	19	28	26	1.99
18253854--18253888	8	4.4	8	88	0	52	51	20	22	5	1.68
18254100--18254160	29	2.1	29	91	8	99	31	13	26	29	1.93
18254112--18254246	29	4.7	29	80	5	125	27	14	31	26	1.95
18255434--18255521	30	2.9	29	91	3	131	11	27	38	22	1.88
18256731--18257057	106	3.1	105	90	3	532	55	14	0	30	1.40
18257116--18257234	60	2.0	60	94	0	211	52	12	2	32	1.53
18257401--18257447	3	15.3	3	86	4	58	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18257406--18257473	27	2.5	27	81	9	77	1	30	0	67	0.99
18257597--18257650	27	2.0	27	88	0	81	18	38	27	14	1.90
18257716--18257769	25	2.4	22	80	17	65	51	0	1	46	1.11
18257716--18257778	23	2.6	25	80	11	71	55	0	1	42	1.09
18258210--18258260	26	2.0	26	92	3	86	41	3	17	37	1.68
18258512--18258572	11	5.8	10	74	16	52	63	1	6	27	1.28
18258512--18258600	21	4.3	21	76	11	76	62	1	5	30	1.25
18258509--18258599	20	4.6	20	74	12	62	62	1	5	30	1.25
18260163--18260226	31	2.3	26	72	23	65	62	3	0	34	1.11
18260730--18260754	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
18260858--18261018	76	2.1	78	96	2	299	50	5	6	37	1.51
18264056--18264204	42	3.5	42	78	3	174	29	16	25	28	1.97
18274942--18275161	42	5.2	42	82	6	291	27	14	27	30	1.95
18274941--18275159	85	2.6	85	99	0	429	27	14	27	30	1.95
18275295--18275324	16	1.9	15	93	6	51	26	13	23	36	1.92
18281944--18282066	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
18293503--18293535	12	2.8	12	90	9	50	39	0	3	57	1.14
18293498--18293535	14	2.7	14	87	0	58	39	0	5	55	1.23
18298011--18298039	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
18298555--18298585	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
18299128--18299304	45	4.0	45	79	7	204	22	17	27	32	1.96
18299499--18299538	20	2.0	21	85	5	55	50	0	15	35	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18301401--18301443	19	2.4	17	82	17	52	25	23	0	51	1.49
18310892--18310941	26	1.9	26	87	0	73	40	2	2	56	1.22
18311208--18311238	15	2.1	15	93	0	53	29	6	6	58	1.48
18330005--18330043	19	2.1	19	90	0	60	38	10	23	28	1.87
18330067--18330143	21	3.5	20	68	16	55	20	14	25	38	1.91
18330072--18330162	45	2.0	45	91	4	148	24	14	23	38	1.91
18337841--18337873	10	3.4	10	83	8	50	36	3	27	33	1.72
18337911--18337996	45	1.9	45	90	0	136	24	12	23	39	1.89
18338151--18338219	27	2.6	27	83	0	84	39	20	14	26	1.91
18342879--18342912	17	1.9	17	88	5	50	11	29	44	14	1.81
18353455--18353742	41	7.0	41	83	0	315	20	29	15	35	1.93
18353456--18353742	123	2.3	124	86	2	391	20	29	15	34	1.93
18357855--18357914	13	4.5	14	75	21	58	18	6	13	61	1.53
18357855--18357895	13	2.9	15	89	10	61	17	7	14	60	1.55
18365683--18365723	13	2.9	15	82	10	52	17	4	14	63	1.47
18367760--18367813	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
18367777--18367852	26	2.8	27	82	4	82	27	11	22	38	1.89
18369299--18369406	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
18373009--18373183	46	3.8	46	77	15	189	29	29	20	21	1.98
18373017--18373188	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
18378518--18378578	27	2.3	27	85	2	79	50	1	11	36	1.48
18379013--18379079	27	2.4	28	80	7	75	59	8	2	28	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18380463--18380568	44	2.4	44	80	3	115	27	16	17	37	1.92
18380773--18380977	55	3.8	55	89	3	308	37	16	13	32	1.88
18380935--18381596	86	7.8	85	73	16	409	37	18	16	27	1.92
18381177--18381571	79	4.9	79	80	11	462	35	20	16	27	1.94
18380974--18381326	178	2.0	181	86	8	497	38	19	16	25	1.92
18381177--18381596	165	2.6	161	82	10	484	37	19	15	27	1.92
18386878--18386956	37	2.1	37	88	0	113	26	30	18	24	1.98
18387075--18388145	47	22.8	47	98	0	2027	29	28	8	33	1.86
18396453--18396596	59	2.4	60	79	10	152	27	24	19	28	1.98
18396589--18396633	20	2.3	19	85	11	56	24	28	20	26	1.99
18396601--18396644	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
18398439--18398543	52	2.0	52	90	0	165	32	20	17	30	1.95
18407296--18407343	15	3.1	15	77	19	53	33	20	0	45	1.52
18407647--18407716	25	2.8	25	82	2	88	32	20	28	18	1.96
18407783--18407852	26	2.8	25	82	8	79	41	24	21	12	1.88
18411991--18412144	47	3.3	47	88	0	245	27	30	7	33	1.85
18412145--18412768	312	2.0	312	100	0	1248	34	16	12	35	1.87
18421815--18422015	40	5.0	40	90	4	282	26	28	21	22	1.99
18425884--18425994	46	2.4	46	85	7	136	28	17	28	25	1.97
18451396--18451502	29	3.7	29	81	6	128	27	14	32	26	1.94
18466244--18466316	35	2.1	36	94	2	130	15	27	23	34	1.94
18473700--18473728	15	1.9	15	100	0	58	34	0	17	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18474707--18474946	120	2.0	120	100	0	480	44	1	6	47	1.39
18475088--18475178	45	2.0	45	85	2	121	36	28	7	27	1.84
18475159--18475227	16	4.2	16	90	3	111	34	37	2	24	1.71
18475159--18475227	33	2.1	32	91	2	111	34	37	2	24	1.71
18476764--18476824	28	2.1	29	90	3	97	26	32	13	27	1.93
18477059--18477101	16	2.7	16	92	0	68	11	23	16	48	1.78
18481049--18481182	28	4.7	28	76	7	135	23	29	14	31	1.95
18481049--18481194	29	5.1	29	77	3	145	25	28	13	32	1.94
18481273--18481309	19	1.9	19	88	0	56	16	32	18	32	1.93
18485450--18485618	91	1.9	91	93	0	293	37	14	13	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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