genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  8  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453474--2453511	20	1.9	20	88	0	58	31	18	21	28	1.97
2453506--2453642	60	2.3	59	83	8	161	28	21	24	25	1.99
2455826--2455894	19	3.6	19	78	18	88	8	27	24	39	1.85
2455832--2455925	39	2.4	39	94	0	161	11	26	24	37	1.90
2457026--2457094	19	3.6	19	78	18	88	8	27	24	39	1.85
2457032--2457125	39	2.4	39	94	0	161	11	26	24	37	1.90
2465742--2465907	50	3.3	50	84	4	219	31	12	17	39	1.86
2466031--2466082	26	2.0	26	100	0	104	23	15	15	46	1.83
2466476--2466518	21	2.0	21	95	0	77	23	6	16	53	1.67
2470563--2470593	16	1.9	16	93	0	53	45	19	0	35	1.51
2475177--2475219	18	2.4	18	96	0	77	46	2	0	51	1.13
2475182--2475225	18	2.6	16	83	13	61	47	0	0	52	1.00
2493172--2493204	14	2.4	14	90	5	50	57	3	0	39	1.14
2494250--2494294	7	6.4	7	85	14	58	82	0	2	15	0.77
2494250--2494294	12	3.2	14	81	18	58	82	0	2	15	0.77
2494250--2494294	21	2.2	20	88	11	65	82	0	2	15	0.77
2494828--2494870	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
2494851--2494883	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
2495074--2495108	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
2495032--2495104	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
2495135--2495394	71	3.7	71	100	0	520	37	21	5	35	1.78
2502609--2502634	10	2.6	10	100	0	52	7	0	0	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518668--2518713	18	2.6	18	89	0	65	23	8	4	63	1.42
2520310--2520386	38	2.0	38	89	0	118	18	14	22	45	1.85
2532085--2532429	172	2.0	172	96	0	636	36	8	18	36	1.82
2534489--2534546	30	1.9	30	85	0	80	22	20	32	24	1.98
2538943--2539052	42	2.6	43	78	4	116	25	19	23	31	1.98
2538903--2539060	43	3.7	42	72	12	126	24	18	24	32	1.97
2540783--2540820	19	2.0	19	94	0	67	31	23	21	23	1.98
2542080--2542235	42	3.7	42	86	3	188	32	16	23	27	1.96
2548937--2549172	49	4.7	50	84	2	296	27	17	25	30	1.97
2556358--2556468	47	2.4	47	83	6	145	25	17	23	34	1.96
2557823--2557986	3	54.7	3	72	13	106	25	3	6	64	1.33
2559541--2559572	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
2561082--2561121	21	1.9	21	89	0	62	47	5	12	35	1.63
2562398--2562431	17	1.9	18	88	5	52	17	0	32	50	1.47
2570298--2570324	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2578629--2578698	31	2.3	31	76	0	77	42	11	11	34	1.77
2580649--2580715	19	3.6	19	71	18	52	61	0	26	11	1.31
2580734--2580923	82	2.3	82	80	5	195	55	3	17	23	1.56
2580888--2580988	47	2.1	47	82	7	116	63	1	18	15	1.40
2580930--2580958	14	2.0	15	93	6	51	68	0	17	13	1.20
2592283--2592325	22	2.0	22	86	9	61	60	4	6	27	1.43
2593978--2594018	21	1.9	22	85	5	57	41	2	7	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597042--2597211	62	2.7	62	93	0	286	49	7	2	41	1.43
2597206--2597242	17	2.2	17	85	4	58	51	0	0	48	1.00
2608464--2608508	23	1.9	24	86	4	65	55	0	0	44	0.99
2612020--2612097	15	5.2	15	83	6	88	56	14	16	12	1.68
2612009--2612097	30	3.0	30	82	8	110	57	14	16	11	1.65
2620525--2620632	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
2627625--2627676	26	2.0	26	96	0	95	36	25	7	30	1.84
2634254--2634298	21	2.1	21	87	0	63	40	22	22	15	1.91
2642075--2642194	44	2.7	44	92	0	195	25	23	25	25	2.00
2642022--2642464	44	9.9	43	67	12	144	27	20	23	27	1.99
2642143--2642509	135	2.7	135	83	0	439	29	20	23	26	1.99
2659297--2659330	17	1.9	18	94	5	61	70	8	2	17	1.25
2659459--2659489	7	4.4	7	91	0	53	61	0	3	35	1.12
2659458--2659505	21	2.3	21	79	17	55	62	2	2	33	1.18
2661997--2662084	29	3.1	28	73	15	74	30	9	3	56	1.47
2662284--2662385	24	4.4	23	72	16	86	30	2	3	62	1.28
2668163--2668196	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
2668146--2668205	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
2679077--2679105	15	1.9	15	100	0	58	27	6	10	55	1.59
2680127--2680179	16	3.2	16	74	10	54	16	20	1	60	1.45
2703642--2703666	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2705871--2705900	10	2.9	10	95	5	51	50	3	20	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2708617--2708654	20	1.9	20	84	10	51	60	2	5	31	1.33
2711412--2711452	22	1.9	21	85	5	55	70	9	2	17	1.25
2711800--2711848	24	2.0	24	84	7	64	51	2	6	40	1.38
2712435--2712472	20	1.9	20	88	0	58	39	0	0	60	0.97
2719897--2719924	12	2.3	12	100	0	56	0	7	0	92	0.37
2724362--2724421	31	1.9	31	86	0	84	41	6	13	38	1.70
2729319--2729346	14	2.0	14	100	0	56	35	0	0	64	0.94
2730031--2730064	6	5.3	6	89	10	50	14	0	2	82	0.79
2730929--2730983	27	2.1	26	82	3	65	34	3	1	60	1.25
2734138--2734179	22	1.9	22	90	0	66	40	0	11	47	1.40
2739661--2739703	15	2.8	15	80	13	52	48	0	0	51	1.00
2742006--2742127	60	2.0	60	95	0	217	32	19	13	33	1.91
2743315--2743367	25	2.2	25	83	10	65	69	9	0	20	1.15
2744181--2744215	16	2.1	18	89	10	56	2	25	5	65	1.28
2748101--2748363	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
2750837--2750883	20	2.4	19	86	6	67	53	8	17	21	1.70
2750850--2750892	20	2.1	20	91	4	68	46	11	25	16	1.80
2751093--2751150	23	2.5	23	81	10	64	70	10	10	8	1.34
2751093--2751150	24	2.5	24	85	2	73	70	10	10	8	1.34
2751126--2751210	20	4.2	20	70	8	66	57	12	14	15	1.65
2751620--2751654	18	1.9	18	88	11	54	71	11	11	5	1.30
2751620--2751655	19	1.9	18	88	5	54	72	11	11	5	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753842--2753899	23	2.5	23	73	15	57	31	5	0	63	1.16
2753840--2753899	22	2.6	23	78	5	68	31	5	0	63	1.16
2754020--2754071	27	2.0	27	85	11	72	69	13	0	17	1.19
2758985--2759110	40	3.2	40	93	2	200	25	21	26	26	1.99
2772390--2772694	46	6.6	46	92	0	477	42	13	23	20	1.87
2772390--2772694	138	2.2	138	94	1	531	42	13	23	20	1.87
2774789--2774851	31	2.0	32	84	9	85	46	0	4	49	1.23
2775646--2775762	47	2.5	46	87	2	153	17	21	20	41	1.91
2775897--2775962	18	3.6	18	79	2	69	37	7	12	42	1.71
2780917--2780941	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
2780972--2781088	47	2.5	46	90	2	171	16	20	22	41	1.90
2781222--2781307	18	4.7	18	82	1	100	36	9	13	40	1.77
2781219--2781307	36	2.4	37	83	1	117	35	10	14	39	1.80
2786033--2786090	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2786302--2786333	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2786428--2786612	50	3.7	50	99	0	361	26	23	32	16	1.96
2789442--2790207	45	16.7	44	70	12	409	26	22	19	30	1.98
2789653--2789934	96	2.9	96	89	1	431	26	21	19	31	1.98
2789770--2790080	140	2.2	141	90	1	482	26	22	20	30	1.98
2789770--2790117	140	2.5	140	86	2	430	26	23	20	29	1.99
2790528--2790562	18	1.9	17	88	11	52	31	2	14	51	1.57
2790884--2790951	16	4.2	16	96	0	127	26	0	36	36	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791168--2791209	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
2791177--2791218	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
2791308--2791355	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
2791287--2791338	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
2791264--2791347	43	1.9	43	83	7	107	54	2	1	41	1.21
2793651--2793684	12	2.7	13	95	4	61	61	8	29	0	1.26
2793729--2793765	19	1.9	19	94	0	65	45	10	43	0	1.39
2797529--2797572	23	2.0	21	86	8	61	27	2	4	65	1.23
2798346--2798411	3	21.7	3	87	9	98	66	1	1	30	1.10
2803627--2803653	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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