genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   

This is table  68  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21578801--21579106	45	7.0	45	80	7	260	30	26	17	25	1.98
21579709--21579767	24	2.4	25	72	5	59	54	18	5	22	1.63
21582281--21582405	51	2.4	50	80	7	128	28	28	14	28	1.95
21585783--21585866	43	2.0	43	82	0	105	26	30	19	23	1.98
21595886--21595976	45	2.0	45	85	4	121	37	23	12	27	1.90
21600470--21600726	47	5.5	47	88	3	374	28	30	7	33	1.85
21600470--21600726	141	1.8	139	92	1	433	28	30	7	33	1.85
21604247--21604352	48	2.2	48	91	0	167	33	4	27	33	1.78
21605619--21605721	37	2.8	37	90	0	161	25	30	19	25	1.98
21605862--21606151	48	6.0	48	95	0	517	31	27	6	34	1.82
21628621--21628796	46	3.8	46	76	12	198	20	20	29	29	1.98
21628618--21628789	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	28	1.98
21630184--21630260	31	2.5	31	93	0	127	15	31	35	18	1.92
21634418--21634602	79	2.3	82	84	7	229	24	27	22	24	2.00
21634399--21634605	40	5.2	40	82	8	235	24	27	22	26	2.00
21641056--21641240	79	2.3	82	84	7	229	24	27	22	24	2.00
21641037--21641243	40	5.2	40	82	8	235	24	27	22	26	2.00
21642797--21642920	39	3.2	39	87	0	176	15	23	21	39	1.91
21642854--21642918	21	3.2	21	70	12	73	12	24	21	41	1.87
21642821--21642936	39	3.0	38	85	2	142	16	22	21	39	1.92
21646041--21647386	47	28.6	47	96	0	2341	33	8	29	28	1.87
21653833--21653927	43	2.2	43	94	1	165	23	25	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21657542--21657842	39	7.7	40	87	5	237	28	28	22	20	1.99
21657923--21658004	28	2.9	28	81	0	92	30	24	10	34	1.90
21668756--21668830	20	3.8	20	87	6	102	33	18	10	37	1.86
21668858--21668905	25	1.9	25	82	0	60	31	14	20	33	1.93
21676307--21676416	26	4.4	25	86	4	134	28	21	19	30	1.97
21676466--21676540	20	3.8	20	84	6	93	32	20	9	38	1.84
21676568--21676615	25	2.0	24	83	4	60	29	18	20	31	1.97
21677729--21677772	22	2.0	22	86	8	63	61	20	15	2	1.45
21682981--21683119	37	3.8	37	97	0	242	25	30	18	24	1.98
21683288--21683366	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
21683238--21683724	45	10.6	45	93	3	776	28	32	8	30	1.87
21683238--21683724	139	3.5	137	93	3	816	28	32	8	30	1.87
21684120--21684210	46	2.0	46	95	0	164	19	24	9	46	1.80
21697001--21697038	20	1.9	20	94	0	67	31	28	18	21	1.97
21700312--21700426	27	4.3	26	89	10	162	20	25	20	33	1.97
21708185--21708288	27	3.8	28	84	2	115	23	22	18	36	1.95
21717991--21718038	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
21718058--21718124	20	3.4	19	87	4	80	35	11	20	31	1.89
21718174--21718271	52	1.9	51	93	2	169	26	20	23	29	1.99
21718174--21718271	26	3.8	26	90	1	153	26	20	23	29	1.99
21720322--21720406	44	1.9	44	90	0	134	20	20	29	30	1.97
21724574--21724740	46	3.6	46	76	7	169	29	16	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21724611--21724882	47	5.8	47	70	13	143	29	17	28	25	1.98
21726032--21726070	21	1.9	21	94	5	71	10	38	30	20	1.86
21730012--21730042	15	2.1	15	100	0	62	35	19	25	19	1.95
21732434--21732600	51	3.3	51	80	6	144	29	26	17	25	1.98
21732463--21732648	50	3.6	51	79	5	171	32	25	16	24	1.96
21732514--21732646	52	2.6	50	83	2	158	33	27	15	24	1.94
21734121--21734383	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
21734160--21734418	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
21742110--21742333	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
21742071--21742333	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
21742071--21742333	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
21746038--21746092	15	3.7	14	83	7	56	56	18	10	14	1.67
21762093--21762490	43	9.5	42	73	11	289	29	23	19	27	1.98
21762085--21762490	85	4.8	85	87	3	529	29	23	19	27	1.99
21762141--21762493	169	2.1	166	89	2	537	29	22	20	26	1.99
21770852--21771047	50	3.9	49	81	3	221	29	26	18	26	1.98
21770853--21771040	99	1.9	99	85	2	259	29	26	18	26	1.98
21770853--21771048	101	2.0	99	84	2	257	29	26	18	26	1.98
21773669--21773705	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
21776233--21776383	51	3.0	50	82	1	187	30	26	19	23	1.98
21776244--21776379	49	2.7	51	82	2	177	30	26	19	23	1.98
21778978--21779070	39	2.4	39	80	5	100	26	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21779045--21779170	39	3.2	39	90	0	189	28	29	19	22	1.98
21782606--21782960	47	7.4	47	93	1	539	32	8	30	29	1.87
21782608--21782960	49	7.4	49	93	1	551	32	8	30	29	1.87
21785488--21786469	40	24.5	40	97	0	1777	23	24	29	23	1.99
21792605--21792682	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
21792635--21793136	174	2.9	174	99	0	986	30	13	24	31	1.94
21799587--21799736	75	2.0	75	96	0	273	35	12	22	30	1.91
21801184--21801366	63	2.8	63	76	12	183	30	15	30	23	1.96
21803400--21803847	85	5.3	85	89	0	653	28	23	20	27	1.99
21807010--21807034	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
21820685--21820855	85	2.0	85	85	2	227	36	20	17	25	1.94
21824901--21824930	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
21825197--21825226	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
21827009--21827105	27	3.6	27	88	2	140	29	28	14	26	1.95
21831387--21831446	26	2.3	26	100	0	120	38	15	18	28	1.91
21834247--21834283	3	12.3	3	91	0	56	59	2	2	35	1.26
21834878--21835092	102	2.1	103	90	1	335	20	26	21	31	1.98
21838056--21838417	46	7.8	46	73	18	295	22	19	28	29	1.98
21838102--21838363	47	5.6	47	77	15	301	23	18	29	29	1.98
21838053--21838410	93	3.8	93	97	0	662	23	19	28	28	1.98
21844521--21844617	48	2.0	48	97	0	185	28	14	25	30	1.95
21845861--21846222	46	7.8	46	76	15	352	22	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21845907--21846168	47	5.6	47	77	15	301	23	18	29	29	1.98
21845858--21846215	93	3.8	93	98	0	671	22	19	29	28	1.98
21849806--21849911	37	2.9	37	94	0	176	26	31	17	24	1.97
21850064--21850210	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
21850169--21850360	47	4.1	47	90	1	280	26	28	11	33	1.92
21850260--21850335	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
21858649--21858713	32	2.0	32	85	5	87	40	12	3	44	1.57
21858664--21858722	32	1.9	31	82	6	75	40	13	0	45	1.43
21859617--21859655	13	3.1	12	82	10	51	58	0	5	35	1.20
21860151--21860216	33	2.0	33	93	0	114	30	9	9	51	1.64
21862311--21862338	5	5.6	5	100	0	56	60	0	39	0	0.97
21866307--21866495	45	4.2	45	84	5	233	26	28	21	23	1.99
21866294--21866512	90	2.5	88	80	9	239	26	28	20	24	1.99
21870332--21870502	93	1.8	93	91	2	281	21	21	29	28	1.98
21870336--21870507	46	3.7	45	76	14	172	21	21	28	28	1.99
21880263--21880441	51	3.5	51	84	6	222	30	14	27	27	1.95
21880263--21880439	52	3.5	52	83	7	188	30	14	27	27	1.95
21883876--21883974	50	2.0	50	84	6	128	31	25	18	25	1.97
21885503--21885605	44	2.4	43	83	4	118	33	11	21	33	1.89
21891496--21891535	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
21895548--21896615	47	22.6	47	96	0	1839	35	8	26	29	1.86
21895637--21895719	27	3.3	27	63	16	77	37	4	25	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21897616--21897830	46	4.6	46	78	4	207	22	26	19	31	1.98
21897616--21897786	94	1.8	94	89	0	270	23	26	18	31	1.97
21897616--21897830	94	2.3	94	84	3	263	22	26	19	31	1.98
21898846--21898903	25	2.3	25	93	0	98	17	18	8	55	1.67
21905937--21906009	37	2.0	37	94	0	128	30	15	21	32	1.94
21907763--21907975	46	4.6	46	79	11	213	29	18	27	24	1.98
21907998--21908166	49	3.5	49	76	4	155	28	19	26	25	1.99
21916155--21916313	27	5.9	27	80	14	168	34	21	23	20	1.96
21916155--21916313	54	3.0	53	87	5	223	34	21	23	20	1.96
21918742--21919096	49	7.5	46	74	13	235	30	20	25	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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