genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26054971--26055014	23	1.9	23	86	9	63	43	18	6	31	1.76
26058262--26058530	40	6.8	40	89	0	378	23	20	28	27	1.99
26058262--26058530	120	2.2	120	91	0	423	23	20	28	27	1.99
26061053--26061083	9	3.6	9	91	8	55	9	32	0	58	1.31
26071860--26072411	49	11.6	49	91	6	868	29	28	8	33	1.86
26071987--26072411	184	2.3	179	91	5	573	29	28	8	33	1.87
26071955--26072411	233	2.0	232	96	1	799	30	27	7	34	1.85
26075015--26075043	14	2.1	14	100	0	58	13	0	27	58	1.36
26078800--26078841	21	2.0	21	95	0	75	16	11	14	57	1.66
26082508--26082549	14	3.1	14	93	3	68	38	7	11	42	1.69
26086594--26086746	42	3.7	40	75	6	135	28	14	25	31	1.95
26094578--26094707	46	2.9	43	83	12	154	26	29	16	27	1.97
26096781--26096818	19	2.0	19	85	10	51	18	26	31	23	1.97
26106924--26107022	48	2.1	48	88	0	144	32	16	19	32	1.94
26109795--26109870	38	2.0	38	86	0	107	25	17	28	28	1.97
26113815--26114161	48	7.1	48	89	3	507	36	6	25	31	1.81
26113822--26114158	50	6.9	50	89	4	508	36	6	25	31	1.82
26113815--26114158	98	3.5	98	90	3	532	36	6	25	31	1.81
26114311--26114416	37	2.9	37	94	0	176	23	16	32	27	1.96
26118072--26118128	30	1.9	30	96	0	105	26	36	28	8	1.86
26126312--26126375	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
26126692--26126869	27	6.6	27	81	5	164	39	21	10	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26126692--26126869	54	3.3	53	80	3	187	39	21	10	28	1.86
26126712--26126843	53	2.5	54	85	3	169	40	21	8	30	1.82
26126822--26126908	27	3.2	27	91	0	129	37	17	16	28	1.91
26130188--26130266	24	3.3	25	75	10	76	16	36	6	40	1.74
26141964--26142141	40	4.5	40	88	4	238	24	28	23	24	2.00
26144278--26144370	40	2.4	38	74	3	96	17	12	33	36	1.88
26151462--26151498	17	2.2	18	90	9	60	29	10	13	45	1.77
26158407--26158458	26	2.0	26	100	0	104	42	15	15	26	1.87
26161517--26161631	6	19.7	6	73	8	94	19	2	16	61	1.45
26161541--26161582	16	2.6	16	88	0	57	19	2	21	57	1.52
26161900--26162035	62	2.2	61	89	1	209	23	8	20	47	1.78
26162140--26162189	15	3.3	15	85	0	64	18	8	32	42	1.79
26163903--26164064	68	2.4	66	88	2	234	27	8	17	47	1.75
26164111--26164937	2	413.5	2	100	0	1654	0	0	50	49	1.00
26165591--26165640	21	2.4	21	80	6	57	36	32	14	18	1.90
26166399--26166475	36	2.1	36	90	0	118	48	20	10	20	1.79
26166847--26166905	3	19.7	3	100	0	118	32	33	0	33	1.58
26166904--26167714	3	270.3	3	100	0	1622	0	33	0	66	0.92
26175012--26175089	31	2.6	30	78	9	79	35	8	14	41	1.77
26178676--26178979	133	2.3	133	84	1	385	28	21	19	30	1.98
26178861--26179348	90	5.4	90	99	0	949	26	22	23	27	1.99
26195310--26195334	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26197433--26197491	27	2.2	27	100	0	118	49	15	11	23	1.77
26197353--26197594	135	1.8	133	98	1	466	38	11	15	33	1.85
26197913--26197968	27	2.0	28	89	3	87	46	12	5	35	1.65
26198339--26198398	30	2.0	30	93	0	102	25	1	15	58	1.46
26199971--26200004	13	2.6	13	100	0	68	35	0	38	26	1.57
26204173--26204235	22	2.9	22	78	4	74	61	4	14	19	1.49
26207594--26207636	19	2.3	19	88	4	61	48	18	2	30	1.60
26209637--26209732	50	1.9	50	95	0	174	35	15	21	27	1.94
26209743--26210545	31	25.9	31	98	0	1572	29	19	25	25	1.99
26210500--26210591	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
26210547--26210614	31	2.2	31	83	0	82	26	19	26	27	1.99
26217100--26217273	50	3.5	50	87	0	258	36	16	21	25	1.94
26217252--26217400	31	4.8	31	92	0	235	27	18	27	26	1.98
26217420--26217541	47	2.6	47	82	1	147	30	15	24	29	1.96
26225705--26225803	36	2.8	36	72	3	103	29	21	18	31	1.97
26228612--26228638	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
26229360--26229482	61	2.0	61	100	0	246	52	4	8	34	1.53
26231050--26231082	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
26233406--26233443	14	2.7	14	87	0	58	23	21	50	5	1.69
26234658--26234689	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
26234933--26234958	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
26236863--26236932	5	13.6	5	80	10	79	58	1	0	40	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26236869--26236924	16	3.6	16	81	13	73	60	1	0	37	1.07
26239573--26239603	16	1.9	16	93	0	53	45	16	25	12	1.83
26239814--26239898	29	3.0	29	82	1	109	27	12	31	28	1.93
26245826--26245904	21	3.7	21	76	17	81	59	0	2	37	1.11
26245821--26245903	5	16.4	5	75	15	73	57	0	2	39	1.12
26249759--26249792	13	2.8	12	91	8	59	41	14	8	35	1.77
26256089--26256198	26	4.2	26	96	0	175	34	5	24	35	1.79
26264199--26264293	25	3.8	25	73	15	72	28	22	20	29	1.98
26268958--26269043	10	8.6	10	71	20	56	41	0	2	55	1.12
26273406--26273468	13	4.8	13	77	14	67	34	4	22	38	1.75
26276415--26276928	95	5.4	94	80	5	525	36	14	18	30	1.90
26276334--26276915	190	3.1	189	82	4	661	37	13	18	29	1.90
26276416--26276928	285	1.8	285	81	4	640	37	13	18	30	1.90
26289409--26289471	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
26289438--26289467	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
26299172--26299224	26	2.1	26	82	6	65	50	9	1	37	1.46
26309363--26309391	6	4.8	6	100	0	58	31	0	51	17	1.45
26310439--26310513	39	1.9	39	81	7	91	38	17	14	29	1.89
26315894--26315928	14	2.5	14	90	0	52	40	2	22	34	1.69
26321605--26321660	20	2.8	19	75	17	51	39	3	3	53	1.36
26328116--26328259	39	3.6	39	78	13	143	25	22	27	25	2.00
26332319--26332406	44	2.0	44	97	0	167	38	19	6	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26337290--26337393	49	2.1	49	98	0	199	41	0	1	56	1.10
26344146--26344233	44	2.0	44	84	8	117	35	14	18	31	1.91
26344216--26344623	94	4.3	93	75	7	313	35	18	18	27	1.94
26344194--26344621	188	2.3	188	81	4	479	35	17	18	27	1.94
26344275--26344688	94	4.4	93	79	3	418	36	18	18	26	1.94
26345964--26345994	15	2.1	15	93	0	53	19	12	0	67	1.22
26345966--26346004	15	2.6	15	87	0	51	17	12	0	69	1.19
26346575--26346620	19	2.6	17	82	6	56	23	10	4	60	1.47
26351773--26351836	32	2.0	32	87	0	92	20	26	17	35	1.94
26352640--26352861	112	2.0	110	90	3	347	28	28	17	26	1.97
26354491--26354558	29	2.3	29	85	5	93	27	29	14	27	1.95
26354665--26354732	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
26354834--26354912	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
26354380--26354881	174	2.9	174	97	0	932	31	24	14	29	1.95
26358516--26358748	40	5.8	40	88	5	317	24	22	29	23	1.99
26358516--26358748	82	2.9	81	88	2	326	24	22	29	23	1.99
26358516--26358748	122	1.9	122	89	1	360	24	22	29	23	1.99
26360624--26360718	40	2.4	40	82	3	113	38	35	12	12	1.81
26362559--26362618	30	2.0	30	90	0	93	26	3	11	58	1.49
26364927--26364983	30	1.9	30	85	7	80	19	36	24	19	1.94
26366624--26366697	35	2.1	35	95	5	132	28	17	8	45	1.77
26383532--26383567	12	3.0	12	91	0	54	25	22	5	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26391836--26393205	75	18.5	73	87	4	1607	31	16	20	30	1.95
26391832--26393245	150	9.6	145	93	2	1808	31	16	20	31	1.95
26404863--26404896	13	2.6	13	85	0	50	64	5	0	29	1.17
26405261--26405309	20	2.5	20	80	12	64	38	10	10	40	1.73
26407497--26407571	37	2.0	37	94	0	132	48	0	25	26	1.52
26408002--26408055	16	3.4	16	89	0	81	37	0	25	37	1.57
26408209--26408260	26	2.0	25	88	3	77	44	0	3	51	1.19
26408370--26408412	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
26428920--26428950	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26428917--26428956	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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