genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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This is table  62  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19465257--19465298	20	2.0	22	90	9	70	30	7	14	47	1.71
19465973--19466034	31	2.0	31	100	0	124	29	9	22	38	1.86
19470675--19470988	157	2.0	157	100	0	628	43	17	14	24	1.86
19473587--19473622	18	2.0	18	94	0	63	36	11	13	38	1.81
19479106--19479181	40	1.9	40	91	0	125	26	22	27	23	1.99
19486962--19487079	29	4.1	29	88	4	134	29	29	13	27	1.94
19486963--19487070	58	1.9	56	90	3	171	28	30	14	25	1.95
19491429--19491484	29	1.9	29	85	0	76	33	35	8	21	1.85
19493095--19493135	17	2.3	18	91	4	66	24	12	4	58	1.53
19495578--19495604	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
19499150--19499219	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
19499150--19499247	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
19499698--19499727	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
19501393--19501509	56	2.1	56	100	0	234	48	10	14	26	1.75
19517454--19517498	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
19517866--19517906	18	2.2	19	91	4	66	4	31	2	60	1.30
19518976--19519051	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
19518968--19519397	47	9.1	47	96	2	749	29	29	8	32	1.87
19519305--19519378	22	3.3	22	65	10	60	29	31	9	29	1.89
19523154--19523211	25	2.4	25	85	8	75	34	6	1	56	1.36
19526474--19526514	18	2.2	19	91	4	66	4	31	0	63	1.15
19532102--19532358	55	4.8	53	76	10	217	36	17	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19532109--19532309	108	1.8	110	81	4	255	34	17	25	21	1.96
19532538--19532568	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
19539730--19539809	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
19544096--19544175	26	3.0	26	80	3	88	30	5	7	57	1.48
19546530--19546588	30	2.0	30	86	0	82	37	6	27	28	1.82
19546926--19547180	55	4.8	53	80	10	258	36	18	24	21	1.95
19546933--19547133	108	1.8	110	91	4	336	34	17	25	22	1.96
19552875--19552904	3	9.7	3	92	7	51	66	0	3	30	1.07
19553028--19553065	13	2.9	14	84	11	53	42	2	0	55	1.14
19555343--19555460	50	2.3	52	89	2	177	33	16	12	37	1.86
19567277--19567461	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
19567277--19567459	79	2.3	81	82	7	214	25	27	21	25	1.99
19589347--19589521	46	3.8	46	96	0	314	29	29	21	20	1.98
19607235--19607264	16	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
19608074--19608130	23	2.6	21	72	10	51	66	1	19	12	1.32
19608163--19608221	16	3.6	16	88	9	75	67	1	22	8	1.26
19610169--19610287	50	2.3	52	86	2	170	31	15	14	37	1.88
19611646--19611707	27	2.3	27	91	0	97	33	17	14	33	1.90
19617345--19617385	13	3.2	13	83	10	57	31	0	0	68	0.90
19624987--19625030	21	2.1	21	91	8	72	40	13	13	31	1.84
19629866--19629900	16	2.1	17	89	5	54	2	14	0	82	0.77
19632361--19632385	13	1.9	13	100	0	50	8	32	0	60	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19636555--19636676	43	2.9	41	81	7	145	29	24	13	31	1.94
19638771--19638810	21	1.9	21	84	0	53	47	0	17	35	1.48
19646663--19646700	20	1.9	20	88	0	58	31	2	18	47	1.62
19654168--19654218	25	2.0	25	100	0	102	19	27	15	37	1.92
19659233--19659454	46	4.8	46	82	9	290	22	20	27	29	1.98
19662595--19662666	25	2.9	24	85	4	81	26	20	22	30	1.98
19662622--19662691	25	2.8	25	91	0	104	27	21	25	25	1.99
19662897--19663141	27	9.1	27	87	0	337	24	20	19	35	1.96
19663129--19663279	27	5.7	26	80	7	153	29	8	19	41	1.81
19663141--19663279	54	2.6	54	86	3	174	31	8	17	41	1.80
19663129--19663279	81	1.9	79	86	5	214	29	8	19	41	1.81
19663281--19663425	27	5.4	27	90	0	218	42	7	21	28	1.80
19663272--19663425	81	1.9	81	91	0	254	40	7	21	30	1.80
19663287--19663455	81	2.1	81	85	2	223	39	7	23	29	1.83
19665866--19665935	25	2.8	25	93	0	113	25	24	24	25	2.00
19666142--19666471	27	12.3	27	82	9	250	27	16	17	37	1.92
19666142--19666357	27	8.1	27	86	4	276	25	20	17	36	1.94
19666141--19666354	106	2.0	108	88	3	317	25	20	17	36	1.94
19666342--19666523	54	3.4	53	80	3	188	31	8	19	40	1.82
19666345--19666537	27	7.2	27	81	5	153	31	8	20	39	1.82
19666345--19666537	81	2.4	81	80	4	212	31	8	20	39	1.82
19666516--19666669	27	5.7	27	87	0	191	39	9	22	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19666515--19666669	54	2.9	54	86	0	211	40	9	21	29	1.84
19668580--19668613	14	2.3	15	90	5	52	70	0	2	26	1.01
19671701--19671737	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
19671788--19671822	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
19674248--19674305	30	1.9	30	92	0	98	32	13	25	27	1.94
19674648--19675004	47	7.6	45	71	14	233	28	19	28	23	1.98
19674645--19675005	94	3.9	95	81	9	404	28	19	28	23	1.98
19674645--19675007	141	2.6	140	77	11	377	28	19	28	23	1.98
19679029--19679071	15	2.9	15	86	10	61	53	0	6	39	1.28
19679030--19679076	14	3.2	14	85	8	58	57	0	4	38	1.18
19684268--19684311	22	2.0	22	100	0	88	9	40	9	40	1.68
19684913--19684941	13	2.1	14	93	6	51	13	0	6	79	0.93
19691336--19691379	12	3.4	12	82	17	61	20	29	13	36	1.91
19691327--19691379	27	2.0	27	100	0	106	22	28	15	33	1.94
19691327--19691373	15	3.3	15	82	17	73	23	29	14	31	1.95
19703950--19704174	79	2.8	80	81	10	262	26	21	26	25	2.00
19703950--19704174	40	5.7	40	84	7	248	26	21	26	25	2.00
19703950--19704180	119	1.9	120	80	11	269	27	21	26	24	1.99
19704003--19704207	79	2.6	79	79	10	181	28	20	26	24	1.99
19710095--19710259	43	3.8	43	87	4	226	24	20	29	25	1.99
19710823--19710855	16	1.9	18	88	11	52	18	12	18	51	1.76
19712410--19712480	24	3.0	24	91	0	106	38	15	5	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19712628--19712691	30	2.1	31	88	5	94	40	20	21	17	1.91
19714172--19714221	25	2.0	25	100	0	100	64	4	8	24	1.38
19717079--19717119	8	5.4	8	80	11	50	12	2	7	78	1.06
19717079--19717123	22	2.0	22	95	0	81	11	4	6	77	1.09
19719898--19720207	123	2.5	125	86	3	428	38	20	15	26	1.92
19724015--19724082	30	2.3	30	82	5	75	27	20	4	47	1.69
19725504--19725721	44	4.9	45	73	10	162	27	24	19	28	1.99
19725411--19725624	46	4.7	45	72	11	168	26	22	20	30	1.98
19725411--19725713	134	2.3	135	88	1	448	25	23	20	29	1.99
19725467--19725752	135	2.1	135	84	4	375	28	24	19	26	1.99
19731792--19731846	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
19740577--19740900	123	2.6	124	86	5	420	35	19	17	28	1.94
19742762--19742906	75	1.9	76	94	2	256	26	9	16	46	1.78
19744322--19744366	18	2.5	19	79	13	51	33	4	0	62	1.15
19744641--19744776	10	13.9	9	69	17	67	34	3	2	59	1.27
19744699--19744776	19	4.2	18	70	15	61	34	2	2	60	1.24
19744702--19744776	27	2.6	29	83	8	100	33	2	2	61	1.24
19744753--19744851	27	3.4	28	71	14	74	36	5	3	55	1.37
19746950--19747425	234	2.0	234	97	0	889	35	11	15	37	1.84
19747646--19747688	16	2.6	16	92	3	68	48	2	0	48	1.14
19747698--19747737	14	2.9	14	85	11	55	60	0	0	40	0.97
19747698--19747737	13	3.0	13	88	3	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19750970--19751016	16	2.9	16	75	12	51	21	2	6	70	1.20
19751242--19751293	20	2.6	21	79	14	65	25	0	9	65	1.23
19759893--19759990	49	2.0	49	95	0	178	50	9	17	23	1.75
19761116--19761468	47	7.4	47	95	1	589	32	7	29	29	1.86
19765382--19765420	19	2.0	20	90	5	62	25	0	28	46	1.53
19767421--19767652	128	1.8	127	84	2	322	34	16	17	31	1.92
19770518--19770834	133	2.4	133	86	2	433	28	26	17	28	1.97
19770319--19770688	177	2.1	177	81	5	433	25	28	17	28	1.97
19770782--19770878	44	2.2	45	80	10	110	30	26	16	25	1.97
19770349--19771011	310	2.1	309	84	4	861	26	27	17	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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