genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9132--9162	15	2.1	15	100	0	62	19	19	22	38	1.93
15942--16026	7	13.3	6	80	13	82	0	22	0	77	0.77
15948--16030	17	5.0	16	78	12	69	0	22	0	77	0.78
15987--16029	3	13.7	3	85	9	59	0	30	0	69	0.88
16371--16472	30	3.4	30	83	2	125	44	4	22	28	1.73
19021--19237	54	4.0	55	85	8	304	36	17	16	29	1.92
19021--19230	106	2.0	104	89	3	323	36	17	16	29	1.92
19217--19252	15	2.5	15	90	4	56	61	2	16	19	1.47
19315--19347	13	2.4	14	85	5	50	69	6	9	15	1.34
19308--19355	14	3.5	14	80	5	53	62	6	10	20	1.49
19338--19585	85	2.8	87	81	10	299	36	18	18	26	1.94
19498--19531	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
19338--19592	91	2.9	88	82	9	306	37	18	18	26	1.93
19551--19756	54	3.5	54	68	20	162	37	20	13	27	1.91
19548--19850	123	2.5	123	93	0	518	38	21	12	27	1.90
19727--19922	72	2.8	70	80	8	207	37	20	12	29	1.90
19673--20292	195	3.2	194	95	0	1125	35	20	13	30	1.91
20185--20363	71	2.5	71	99	0	349	29	17	13	38	1.89
31467--31499	15	2.3	15	89	5	50	72	9	0	18	1.10
32230--32279	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
32234--32276	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
32524--32643	30	4.1	29	78	9	111	44	3	20	31	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38851--39103	73	3.5	72	89	3	391	30	18	18	32	1.95
39038--39283	88	2.8	89	82	7	277	34	19	17	28	1.95
39505--39860	72	4.8	72	84	7	421	35	19	15	30	1.92
39505--39842	74	4.5	73	86	5	428	33	20	15	31	1.94
39505--39860	146	2.4	148	83	6	454	35	19	15	30	1.92
39780--40097	122	2.7	117	89	5	505	38	21	14	26	1.91
40017--40229	72	3.0	72	89	0	320	34	19	15	29	1.93
47998--48092	30	3.2	30	95	0	172	23	4	48	24	1.68
48288--48388	50	2.0	50	100	0	202	47	7	15	28	1.74
51447--51480	17	2.0	17	100	0	68	5	0	41	52	1.25
52794--52832	19	2.0	20	85	14	55	25	25	12	35	1.92
58023--58178	51	3.1	51	100	0	312	18	25	9	46	1.79
64246--64305	30	2.0	30	100	0	120	23	20	16	40	1.91
70334--70433	30	3.3	30	67	23	75	50	2	2	46	1.24
75965--76012	25	1.9	25	86	0	69	79	6	4	10	1.05
75964--76018	25	2.2	25	80	0	65	78	5	7	9	1.10
82261--82453	3	63.3	3	74	8	86	26	4	7	61	1.42
85236--85616	186	2.0	187	86	2	532	32	10	14	42	1.79
88635--88693	19	3.1	19	85	0	73	37	30	6	25	1.82
90071--90123	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
94014--94063	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
111496--111758	130	2.0	132	93	2	449	27	15	19	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111497--111830	130	2.6	130	86	4	435	28	16	19	35	1.93
113911--114057	75	1.9	75	91	1	240	33	8	12	45	1.73
116362--116397	19	1.9	18	88	5	54	36	8	8	47	1.64
119217--119344	69	1.9	67	85	3	175	32	13	10	42	1.79
122436--122488	28	1.9	26	82	17	63	39	3	3	52	1.37
123454--123514	27	2.2	27	88	2	86	55	1	1	40	1.19
124841--124902	3	21.3	3	82	12	76	32	1	1	64	1.13
125010--125034	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
126089--126178	45	2.0	44	89	6	137	18	22	25	32	1.97
127428--127552	62	2.0	62	90	0	196	38	24	8	28	1.85
134145--134459	44	7.1	45	79	4	327	27	17	26	28	1.97
134145--134459	132	2.4	132	94	0	549	27	17	26	28	1.97
135784--135841	3	20.3	3	81	13	61	31	1	1	65	1.13
135949--135973	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
151517--151799	151	1.9	151	98	0	548	42	11	6	39	1.67
151923--151952	11	2.7	11	94	0	51	0	50	0	50	1.00
152090--152123	11	3.1	11	95	0	59	0	50	0	50	1.00
152604--152649	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
152874--152910	19	1.9	19	88	0	56	37	5	5	51	1.48
152881--152917	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
154474--154536	32	2.0	32	90	0	99	49	7	1	41	1.42
157508--157884	78	4.9	77	76	6	257	28	17	22	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157544--157739	75	2.6	77	80	4	218	28	18	25	28	1.98
159298--159330	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
159851--159892	22	1.9	22	85	0	57	61	21	7	9	1.50
166639--166676	16	2.3	18	86	13	55	63	0	18	18	1.32
167464--167838	55	6.7	55	83	3	417	50	16	7	25	1.70
167464--167838	171	2.2	167	84	2	466	50	16	7	25	1.70
168033--168071	20	2.0	20	94	0	69	46	2	10	41	1.51
168764--168788	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
168778--168843	29	2.3	29	78	5	80	48	0	1	50	1.10
170377--170440	13	4.9	13	78	0	65	35	21	6	35	1.79
172853--172882	12	2.5	12	100	0	60	30	36	6	26	1.82
174824--174850	13	2.1	13	100	0	54	51	7	18	22	1.70
180515--180561	19	2.3	21	78	10	53	27	0	4	68	1.08
194470--204706	186	55.0	186	100	0	20474	28	23	17	31	1.97
204210--204479	142	1.9	141	83	6	348	28	22	17	30	1.97
204396--204665	142	1.9	141	83	6	348	28	22	17	30	1.97
194485--204706	44	220.0	44	72	17	6610	28	23	17	31	1.97
204829--204913	44	1.9	44	90	0	134	27	25	18	28	1.98
227348--227385	20	2.0	20	89	5	60	55	0	0	44	0.99
227623--227656	6	5.7	6	100	0	68	14	0	0	85	0.60
235053--235483	215	2.0	215	91	1	704	31	22	22	23	1.99
236079--236787	238	3.0	238	97	0	1328	35	17	16	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
237189--237216	12	2.3	12	100	0	56	67	7	0	25	1.15
238512--238555	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
238579--238615	16	2.3	17	81	13	51	59	2	0	37	1.12
238648--238705	15	3.6	15	72	17	53	50	1	3	44	1.29
240884--240909	6	4.3	6	100	0	52	15	15	34	34	1.89
241156--241181	6	4.3	6	100	0	52	15	15	34	34	1.89
240731--241273	272	2.0	272	99	0	1068	20	17	23	37	1.93
246138--246322	92	2.0	92	98	0	361	28	22	12	36	1.90
247824--247863	21	1.9	21	84	0	53	62	2	7	27	1.35
253678--253719	21	2.0	21	86	9	59	26	28	19	26	1.98
254711--254765	21	2.6	21	80	11	60	38	1	1	58	1.20
259606--260417	210	3.9	209	89	2	1164	34	17	17	30	1.93
263567--263604	6	6.3	6	84	9	51	2	18	0	78	0.86
267609--267675	16	4.2	16	84	0	89	28	23	5	41	1.78
270910--270939	14	2.1	15	93	6	53	36	20	10	33	1.86
270857--271438	210	2.8	209	85	3	767	34	17	18	30	1.93
277203--277236	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
277899--277932	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
278268--278321	15	3.3	15	78	16	63	57	0	1	40	1.09
278282--278324	22	2.0	22	86	9	61	62	0	2	34	1.08
280206--280316	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
281079--281113	4	8.8	4	93	0	61	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283574--283626	24	2.2	24	80	12	65	16	9	1	71	1.21
283644--283825	57	3.3	54	78	15	153	30	3	2	63	1.22
283667--283820	58	2.7	58	85	6	197	31	3	1	63	1.20
283950--284005	20	2.8	19	73	21	53	42	0	1	55	1.10
283939--283993	21	2.5	22	82	8	67	40	0	1	58	1.09
283939--284004	21	3.1	21	79	14	64	40	0	1	57	1.08
284323--284357	18	2.0	18	88	5	54	65	0	11	22	1.24
284331--284381	24	2.1	25	82	10	61	76	0	13	9	1.02
285477--285888	144	2.9	144	83	2	513	30	20	22	27	1.98
286281--287483	210	5.7	207	82	5	1276	33	18	17	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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