genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7865142--7865271	26	5.1	26	83	1	167	29	21	20	28	1.98
7865882--7865916	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
7868939--7869004	33	2.0	33	91	2	107	33	21	1	43	1.62
7870917--7871013	4	24.2	4	95	0	68	0	14	49	36	1.44
7883197--7883256	17	3.5	17	75	4	50	40	31	11	16	1.85
7884155--7884310	75	2.1	75	97	0	294	42	19	16	21	1.89
7884517--7884600	42	2.0	43	95	2	152	42	13	22	21	1.87
7887782--7887889	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7888229--7888286	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
7888651--7888745	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
7888759--7888790	8	4.0	8	100	0	64	62	0	0	37	0.95
7890740--7890767	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
7891195--7891219	12	2.1	12	100	0	50	40	12	0	48	1.40
7892449--7892496	5	9.8	5	86	13	73	60	0	0	39	0.97
7892449--7892505	24	2.4	23	77	8	62	61	1	0	36	1.07
7896362--7896411	25	2.1	24	85	7	66	44	6	14	36	1.69
7903328--7903413	45	1.9	44	86	6	120	30	24	6	38	1.82
7903599--7903642	23	2.0	23	95	4	81	43	2	13	40	1.57
7906465--7906572	42	2.6	42	90	0	171	36	14	14	34	1.88
7920908--7921051	44	3.4	41	79	7	128	31	22	18	27	1.97
7923216--7923255	9	4.4	9	83	0	53	32	2	0	65	1.06
7924098--7924146	21	2.4	21	86	10	66	42	0	6	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7936433--7936487	28	2.0	28	92	0	92	67	5	14	12	1.40
7945176--7945212	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
7955247--7955273	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
7957294--7957521	46	5.0	46	90	1	314	39	14	24	21	1.90
7971048--7971131	26	3.2	26	94	0	150	35	25	5	33	1.80
7972400--7972467	27	2.5	27	92	0	109	17	25	32	25	1.97
7972400--7972483	27	3.1	27	87	0	87	19	25	33	22	1.97
7978767--7978810	22	1.9	22	82	17	54	56	4	4	34	1.40
7979086--7979118	3	10.7	3	93	6	57	66	0	3	30	1.06
7979197--7979260	23	2.9	22	76	17	60	57	3	7	31	1.43
7979899--7979923	13	1.9	13	100	0	50	84	8	0	8	0.79
7980822--7981057	54	4.3	54	91	3	391	37	19	13	29	1.90
7980822--7981057	111	2.2	108	93	2	400	37	19	13	29	1.90
7981213--7981351	74	1.9	74	92	3	235	30	21	16	30	1.95
7981360--7981394	14	2.5	14	90	0	52	60	5	11	22	1.52
7981351--7981623	87	3.1	87	94	1	447	34	20	14	30	1.92
7981622--7982212	89	6.9	88	77	11	528	36	20	15	28	1.93
7981711--7981866	75	2.1	75	91	0	249	33	17	16	32	1.92
7981789--7982212	87	4.8	88	89	3	588	36	21	15	27	1.93
7981149--7982142	499	2.0	498	88	5	1477	35	20	14	29	1.92
7981374--7982212	412	2.0	415	89	5	1287	35	20	15	28	1.93
7982043--7982069	14	1.9	14	100	0	54	59	7	11	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982125--7982156	15	2.2	14	94	5	55	65	6	12	15	1.44
7981785--7982212	176	2.4	174	86	4	592	36	21	15	27	1.93
7993543--7993573	4	7.8	4	100	0	62	51	0	22	25	1.48
7997432--7997475	22	1.9	22	82	17	54	56	4	4	34	1.40
7997662--7997702	19	2.1	20	90	4	66	48	9	2	39	1.49
7997748--7997814	23	2.8	23	75	6	71	53	7	4	34	1.49
7998465--7998528	23	2.9	22	76	17	60	57	3	7	31	1.43
8000789--8000838	20	2.6	19	78	6	64	50	12	8	30	1.68
8000836--8000925	33	2.7	33	78	0	81	28	14	41	15	1.87
8002285--8002360	39	1.9	39	91	0	125	26	28	22	22	1.99
8003796--8003839	22	1.9	24	86	9	65	18	0	15	65	1.27
8003879--8003975	29	3.1	34	60	32	81	30	12	13	43	1.81
8003929--8004023	25	3.5	25	66	25	66	31	8	13	46	1.73
8003880--8004020	58	2.4	58	100	0	282	32	9	13	43	1.77
8016996--8017218	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
8017150--8017227	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
8021205--8021255	24	2.1	24	96	0	93	13	19	27	39	1.90
8026239--8026338	50	2.0	50	96	0	182	20	10	14	56	1.66
8029683--8029781	33	3.0	33	89	0	153	31	39	10	19	1.85
8034204--8034280	39	2.0	39	84	0	100	25	11	7	54	1.63
8034138--8034342	108	1.9	109	84	3	279	23	10	15	50	1.74
8034381--8034706	69	4.6	69	73	11	293	23	10	14	52	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034236--8034704	213	2.2	211	87	3	670	24	10	14	50	1.74
8038102--8038131	3	9.7	3	92	7	51	3	30	0	66	1.07
8039858--8040416	279	2.0	279	100	0	1118	38	8	10	43	1.69
8045152--8045213	28	2.3	27	76	15	65	30	0	6	62	1.20
8047434--8047500	8	8.5	8	76	12	50	65	1	4	28	1.21
8047621--8047654	13	2.6	13	100	0	68	58	8	0	32	1.29
8047661--8047704	4	11.0	4	85	0	61	70	0	4	25	1.06
8051971--8052152	96	1.9	96	91	2	303	38	16	34	10	1.83
8063381--8063446	29	2.4	27	80	7	69	48	7	0	43	1.31
8063577--8063619	15	2.6	17	82	14	54	37	2	0	60	1.10
8064716--8064780	31	2.1	31	88	0	94	30	21	9	38	1.85
8065135--8065178	20	2.2	20	88	8	63	25	0	2	72	0.96
8065156--8065212	9	6.6	8	78	11	51	31	1	0	66	1.02
8067463--8067493	14	2.2	14	100	0	62	35	29	6	29	1.82
8069773--8070055	41	6.9	41	87	1	374	29	21	19	29	1.98
8070334--8070527	7	26.6	7	70	10	75	24	1	28	45	1.62
8070470--8070525	22	2.6	21	81	13	69	25	1	28	44	1.64
8070506--8070589	43	1.9	44	85	7	118	25	1	35	38	1.64
8070389--8070568	14	12.5	14	70	10	51	23	2	30	43	1.66
8070508--8070604	44	2.2	43	82	8	108	25	2	36	36	1.68
8071967--8071995	14	2.1	14	100	0	58	48	13	0	37	1.43
8076300--8076366	31	2.2	31	83	0	80	17	5	19	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8076442--8076581	43	3.3	43	84	2	192	27	30	19	22	1.98
8076442--8076599	86	1.8	86	87	2	237	25	28	21	24	1.99
8103374--8103433	29	2.1	29	83	0	75	61	3	5	30	1.33
8103435--8103461	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8105796--8105851	29	1.9	29	100	0	112	58	1	17	21	1.47
8109047--8109141	42	2.2	43	85	5	122	31	27	14	26	1.95
8109024--8109183	43	3.8	41	80	6	142	34	26	13	25	1.93
8111458--8111501	24	1.9	24	86	9	65	45	18	4	31	1.69
8114043--8114823	390	2.0	390	97	0	1472	29	25	17	27	1.97
8117445--8117490	23	2.0	23	95	0	83	26	10	21	41	1.86
8121275--8121383	51	2.1	53	84	5	141	34	12	16	35	1.87
8129484--8130670	308	3.9	308	98	0	2302	37	6	19	35	1.79
8130721--8130756	18	1.9	18	88	5	54	38	0	25	36	1.56
8149709--8149738	7	4.3	7	100	0	60	43	0	0	56	0.99
8149706--8149781	36	2.0	39	85	7	104	47	1	2	48	1.24
8149829--8149860	9	3.7	9	91	8	57	81	0	18	0	0.70
8153943--8154317	188	2.0	191	89	1	585	39	17	10	32	1.84
8154546--8154580	17	2.1	17	94	0	61	62	5	0	31	1.18
8154709--8154777	13	4.9	15	74	15	51	62	4	1	31	1.24
8157430--8157463	6	5.7	6	92	0	59	0	0	14	85	0.60
8164251--8164283	17	1.9	17	100	0	66	42	15	6	36	1.71
8165128--8165157	15	2.0	15	93	0	51	43	0	3	53	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166525--8166571	15	2.9	16	84	9	51	61	0	2	36	1.08
8166528--8166571	17	2.6	18	82	17	58	61	0	2	36	1.09
8169477--8169523	21	2.2	22	88	11	71	42	0	4	53	1.20
8169553--8169722	37	4.4	37	72	17	155	39	1	2	56	1.22
8169608--8169642	14	2.5	14	100	0	70	42	0	0	57	0.99
8169608--8169654	14	3.4	14	91	2	60	42	0	0	57	0.98
8169503--8169755	120	2.1	120	98	0	490	39	0	3	56	1.21
8169622--8169749	37	3.6	36	70	21	110	39	0	3	56	1.21
8169728--8169755	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
8169806--8169849	9	4.8	9	81	15	54	22	6	0	70	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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