genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  28  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8169806--8169849	18	2.4	17	85	14	61	22	6	0	70	1.11
8169990--8170037	18	2.7	18	76	0	51	22	4	2	70	1.15
8169936--8170037	38	2.8	36	75	17	95	20	5	1	71	1.17
8170467--8170550	41	2.0	41	100	0	168	36	7	4	51	1.51
8171304--8171357	6	8.7	6	77	6	54	33	0	0	66	0.92
8171304--8171357	13	4.3	13	76	6	58	33	0	0	66	0.92
8171306--8171346	21	2.0	20	90	4	64	34	0	0	65	0.93
8171462--8171521	21	2.7	22	82	12	70	61	0	3	35	1.12
8171514--8171559	21	2.2	21	88	7	67	52	4	0	43	1.21
8171572--8171632	17	3.7	15	75	16	50	78	3	6	11	1.05
8171572--8171683	16	7.0	16	67	14	54	75	2	7	15	1.14
8172479--8172532	6	8.7	6	77	6	54	33	0	0	66	0.92
8172479--8172532	13	4.3	13	76	6	58	33	0	0	66	0.92
8172481--8172521	21	2.0	20	90	4	64	34	0	0	65	0.93
8172637--8172696	21	2.7	22	82	12	70	61	0	3	35	1.12
8172689--8172734	21	2.2	21	88	7	67	52	4	0	43	1.21
8172747--8172807	17	3.7	15	75	16	50	78	3	6	11	1.05
8172747--8172858	16	7.0	16	67	14	54	75	2	7	15	1.14
8175875--8175913	19	2.0	20	90	5	62	51	0	0	48	1.00
8178178--8178228	14	3.5	15	77	20	54	62	0	5	31	1.19
8184223--8184302	39	2.1	39	97	0	151	40	13	5	41	1.67
8197522--8197562	21	2.0	21	85	9	57	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8197556--8197590	9	3.8	9	96	3	61	42	0	0	57	0.99
8200001--8200565	127	4.5	125	84	4	634	37	19	15	26	1.92
8199995--8200565	257	2.2	249	82	4	671	38	19	15	26	1.92
8202019--8202048	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
8205464--8205531	22	3.0	22	81	10	84	41	19	23	16	1.90
8205899--8205992	7	13.3	7	75	18	52	48	1	1	48	1.15
8205899--8205992	12	7.1	14	71	20	53	48	1	1	48	1.15
8221241--8221298	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
8222482--8222515	17	2.1	16	94	5	59	0	35	0	64	0.94
8222493--8222526	13	2.5	13	90	4	50	0	38	2	58	1.13
8222576--8222631	5	10.6	5	81	11	67	57	3	0	39	1.16
8222575--8222628	12	4.3	12	80	17	65	55	3	0	40	1.17
8222724--8222776	21	2.5	22	78	9	65	58	3	0	37	1.16
8222939--8222985	19	2.3	22	79	17	57	36	12	6	44	1.68
8226094--8226245	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
8226094--8226270	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
8229308--8229395	39	2.5	33	83	12	97	51	1	1	46	1.15
8230086--8230168	41	2.0	41	97	0	157	34	3	21	39	1.71
8236141--8236187	19	2.4	20	79	10	53	29	6	21	42	1.77
8244652--8244693	12	3.2	13	78	18	50	45	2	0	52	1.13
8246057--8246095	21	1.9	21	89	5	62	69	2	0	28	1.02
8254501--8254538	20	1.9	20	84	10	51	50	0	13	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8254989--8255113	35	3.5	36	78	5	130	35	11	22	31	1.89
8256049--8256094	24	1.9	24	90	0	74	32	41	6	19	1.77
8257190--8257347	35	4.5	35	80	4	140	31	22	13	33	1.92
8260812--8260865	27	2.0	27	86	10	76	50	0	0	50	1.00
8261956--8261992	19	1.9	19	100	0	74	27	10	24	37	1.88
8282397--8282434	17	2.2	18	90	4	60	55	2	0	42	1.14
8282534--8282576	11	3.7	11	82	11	50	48	2	2	46	1.27
8285305--8285337	8	3.7	9	92	8	50	72	6	0	21	1.05
8289609--8289639	16	1.9	16	93	0	53	35	19	12	32	1.90
8293630--8293674	20	2.4	18	82	10	56	26	4	4	64	1.32
8299784--8299833	20	2.5	20	86	0	73	80	6	8	6	1.04
8300130--8300195	26	2.5	26	82	2	78	42	6	9	42	1.61
8304891--8305024	72	1.9	72	93	0	232	34	19	24	21	1.96
8306895--8308097	146	8.2	147	81	8	1347	29	8	6	56	1.53
8307303--8307341	16	2.4	16	100	0	78	23	5	0	71	1.05
8307334--8307366	13	2.5	13	95	0	57	15	0	3	81	0.80
8306895--8308097	295	4.1	297	87	4	1555	29	8	6	56	1.53
8308668--8308726	3	20.0	3	76	10	59	0	32	0	67	0.91
8308654--8308726	14	5.4	14	75	6	62	0	36	0	63	0.95
8308895--8308939	19	2.4	19	88	3	65	6	6	4	82	0.95
8338053--8338079	8	3.4	8	100	0	54	25	22	0	51	1.48
8338493--8338517	10	2.5	10	100	0	50	20	8	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8341774--8341817	17	2.9	15	78	15	54	56	0	0	43	0.99
8341774--8341814	16	2.6	16	85	11	57	58	0	0	41	0.98
8341950--8341989	21	1.9	21	85	10	55	40	7	2	50	1.44
8342806--8342874	34	2.0	34	91	0	111	23	5	13	57	1.57
8343404--8343437	14	2.2	16	90	10	54	23	8	8	58	1.56
8344956--8345044	29	3.0	29	70	16	74	32	10	16	40	1.82
8346479--8346514	17	2.1	17	100	0	72	27	11	13	47	1.77
8347879--8347916	20	1.9	20	100	0	76	31	10	15	42	1.81
8347899--8347966	29	2.3	29	97	0	127	25	11	14	48	1.78
8359213--8359253	17	2.2	18	87	12	57	29	0	0	70	0.87
8373922--8373995	22	3.4	22	64	7	60	58	8	8	25	1.55
8381656--8381689	17	2.0	17	88	0	50	26	0	8	64	1.22
8382068--8382106	20	2.0	20	84	0	51	53	2	0	43	1.14
8388187--8388211	11	2.3	11	100	0	50	24	0	40	36	1.55
8392090--8392114	8	3.1	8	100	0	50	12	12	0	76	1.04
8393072--8393105	18	1.9	18	88	5	52	41	8	0	50	1.34
8399696--8399752	19	2.9	19	74	7	51	50	1	0	47	1.11
8399702--8399760	19	3.0	20	76	9	59	52	0	0	47	1.00
8403046--8403087	19	2.2	20	82	4	50	40	2	2	54	1.26
8404888--8404936	25	1.9	26	84	12	66	51	4	8	36	1.51
8406994--8407033	21	1.9	21	94	0	71	50	22	0	27	1.50
8407151--8407251	33	3.0	32	80	15	107	21	6	32	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8423325--8423395	34	2.1	35	84	7	92	42	8	7	42	1.62
8423468--8423518	13	4.1	13	82	5	61	66	0	0	33	0.92
8425327--8425355	15	2.0	15	93	6	51	41	13	0	44	1.44
8430902--8430939	18	2.1	19	90	5	60	39	5	5	50	1.48
8436504--8436561	23	2.5	23	85	0	80	12	3	37	46	1.58
8436666--8436706	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
8439206--8439252	25	1.9	24	86	4	67	63	10	0	25	1.26
8441955--8442178	51	4.1	57	79	14	274	33	12	22	31	1.91
8442012--8442178	51	3.3	51	93	0	289	34	11	22	32	1.89
8441960--8442181	102	2.1	103	91	5	356	33	12	22	31	1.91
8445946--8445991	20	2.2	21	84	3	58	8	19	4	67	1.35
8445947--8445983	13	2.8	14	84	8	51	8	21	2	67	1.29
8450036--8450480	221	2.0	222	95	0	811	36	14	17	31	1.91
8450988--8451098	25	4.4	25	74	12	84	58	5	9	27	1.50
8450988--8451144	75	2.1	75	80	9	169	58	5	8	27	1.50
8451108--8451169	28	2.2	28	82	5	72	59	3	11	25	1.46
8452153--8452192	5	8.0	5	83	10	55	80	2	15	2	0.93
8452861--8452927	30	2.2	31	86	7	93	52	4	4	38	1.42
8454930--8454974	23	2.0	23	86	8	65	4	4	20	71	1.21
8465740--8465881	69	2.1	68	98	1	275	29	7	18	45	1.76
8474132--8474182	15	3.5	15	70	5	50	31	0	7	60	1.25
8475788--8475886	49	2.0	49	96	0	180	14	14	43	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8483216--8483240	11	2.3	11	100	0	50	56	0	8	36	1.29
8483993--8484031	18	2.1	18	85	9	51	38	0	5	56	1.22
8490249--8490289	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8492195--8492228	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8494937--8494980	17	2.5	17	81	3	52	72	2	6	18	1.17
8499365--8499405	2	20.5	2	84	0	55	0	41	2	56	1.13
8499365--8499405	12	3.2	12	87	12	64	0	41	2	56	1.13
8511142--8511331	95	2.0	95	100	0	380	50	8	13	27	1.70
8513846--8513889	18	2.4	18	84	0	61	31	13	15	38	1.87
8514015--8514135	53	2.3	53	88	2	181	42	23	16	17	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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