genome.fa.s23.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55438857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  167  ( 19959 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8514174--8514198	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
8514785--8514829	19	2.4	18	86	13	65	0	33	0	66	0.92
8521963--8522015	19	2.6	21	82	14	58	56	0	0	43	0.99
8524447--8524533	29	2.9	30	93	1	140	29	47	3	19	1.66
8524445--8524579	30	4.6	29	82	3	146	27	45	4	22	1.71
8525078--8525125	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
8525078--8525129	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
8530033--8530255	84	2.7	83	78	6	229	50	6	13	29	1.68
8532755--8532789	6	5.8	6	100	0	70	17	0	51	31	1.45
8534315--8534346	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
8537621--8537684	12	5.3	12	74	18	62	43	0	4	51	1.22
8537647--8537699	18	3.1	18	78	18	67	41	0	3	54	1.18
8537621--8537699	37	2.3	37	85	14	107	43	0	5	51	1.23
8541961--8542007	17	2.8	17	80	6	51	27	0	12	59	1.34
8542606--8542648	11	4.0	11	78	6	52	20	44	4	30	1.72
8543181--8543237	18	3.2	18	87	0	87	26	22	17	33	1.96
8547284--8547314	11	2.8	11	95	0	53	19	48	3	29	1.64
8550440--8550494	22	2.5	22	84	3	65	69	7	20	3	1.28
8551741--8551802	21	2.8	23	78	7	83	14	19	24	41	1.88
8557587--8557625	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
8557676--8557772	25	4.0	24	90	5	142	30	21	21	25	1.98
8557675--8557772	49	2.0	49	90	7	155	30	22	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8558776--8559139	182	2.0	182	97	0	683	35	21	14	28	1.92
8559310--8559353	22	2.0	22	100	0	88	13	36	22	27	1.92
8564918--8565179	131	2.0	131	97	0	497	43	5	20	30	1.74
8566577--8566626	13	3.9	13	80	12	50	76	2	8	14	1.10
8566667--8566702	4	9.0	4	100	0	72	75	0	25	0	0.81
8574490--8574534	6	7.7	6	85	5	65	80	2	2	15	0.92
8576057--8576087	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
8576705--8576761	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
8577133--8577219	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
8580830--8580879	21	2.4	21	100	0	100	20	22	28	30	1.98
8581465--8581525	3	20.7	3	86	9	90	32	3	0	63	1.10
8582691--8582787	40	2.5	38	81	8	117	17	24	27	29	1.97
8583120--8583152	13	2.5	13	95	5	57	33	0	18	48	1.48
8583683--8583740	20	2.9	20	86	0	89	18	34	32	13	1.91
8585944--8585987	22	2.0	22	82	13	54	25	11	4	59	1.51
8586424--8586549	31	4.2	31	73	16	120	46	11	15	26	1.79
8586459--8586540	27	2.9	27	71	14	67	47	10	15	25	1.78
8612186--8612227	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
8612177--8612218	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
8612355--8612459	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
8612353--8612462	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
8612441--8612478	16	2.4	16	95	0	67	28	31	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613246--8613295	21	2.4	21	77	12	57	68	10	0	22	1.19
8614584--8614643	17	3.3	18	84	9	61	70	1	3	25	1.12
8614595--8614643	17	2.8	17	90	3	71	71	0	4	24	1.03
8623247--8623344	23	4.3	23	90	2	162	31	26	21	20	1.98
8623254--8623342	45	2.0	45	95	0	160	31	26	22	19	1.97
8628704--8628761	29	2.0	30	86	3	82	36	12	6	44	1.68
8636855--8636883	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
8640284--8640349	26	2.5	27	76	18	75	51	1	0	46	1.10
8640637--8640671	13	2.7	13	95	0	61	22	8	25	42	1.82
8642676--8642846	72	2.4	71	84	4	236	54	13	7	25	1.64
8643271--8643318	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
8649538--8649619	42	2.0	41	82	2	101	43	0	9	46	1.36
8649935--8649981	20	2.3	21	82	10	62	36	4	0	59	1.17
8649950--8649996	17	2.6	18	80	10	51	46	0	0	53	1.00
8655003--8655072	34	2.1	34	100	0	140	27	14	20	38	1.91
8662044--8662088	22	2.0	22	87	8	65	35	2	2	60	1.22
8664894--8664936	19	2.3	18	84	11	52	25	2	2	69	1.12
8664944--8664996	14	3.7	15	69	25	51	54	5	0	39	1.24
8665560--8665594	11	3.2	11	100	0	70	54	0	0	45	0.99
8675117--8675190	24	3.0	25	78	9	62	68	2	4	24	1.19
8675457--8675497	21	2.0	21	90	0	64	36	2	9	51	1.48
8680551--8680586	6	6.0	6	93	0	63	69	13	16	0	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8685224--8685287	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
8685265--8685289	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8688009--8688060	25	2.1	25	100	0	104	44	5	23	26	1.76
8688956--8689021	32	2.1	32	100	0	132	37	6	15	40	1.72
8693438--8693517	27	3.0	27	76	10	83	30	18	15	36	1.92
8703029--8703109	41	2.0	42	82	7	103	20	29	24	24	1.99
8703911--8703936	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
8707335--8707443	54	2.1	52	92	3	182	31	3	2	62	1.27
8711290--8711714	213	2.0	213	99	0	841	32	9	18	39	1.84
8711663--8712007	172	2.0	172	100	0	690	26	13	24	36	1.92
8727379--8727423	21	2.1	21	83	4	54	31	8	13	46	1.74
8727960--8728019	29	2.0	30	90	9	97	26	5	11	56	1.55
8734001--8734077	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
8737236--8737312	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
8737615--8737661	15	3.1	15	87	0	67	17	68	6	8	1.37
8737612--8737675	21	3.0	21	83	0	83	15	68	6	9	1.36
8737615--8737667	15	3.5	15	86	0	61	15	67	7	9	1.39
8737705--8737744	15	2.6	16	84	11	57	20	5	47	27	1.70
8738459--8738496	20	1.9	20	94	0	67	18	0	5	76	0.97
8739351--8739427	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
8739730--8739776	15	3.1	15	87	0	67	17	68	6	8	1.37
8739727--8739785	21	2.8	21	86	0	82	16	67	6	8	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8739730--8739782	15	3.5	15	86	0	61	15	67	7	9	1.39
8739814--8739853	15	2.6	16	84	11	57	20	5	47	27	1.70
8753218--8753296	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
8755508--8755540	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
8758388--8758418	8	3.9	8	100	0	62	38	0	9	51	1.35
8768663--8768777	60	1.9	61	92	1	196	42	12	19	26	1.86
8774903--8774986	41	2.0	41	97	0	159	21	36	23	17	1.94
8779430--8779475	20	2.3	20	78	10	51	19	4	8	67	1.35
8781593--8781703	47	2.4	46	85	8	154	25	15	23	36	1.94
8792615--8792764	37	3.6	37	73	23	147	42	10	4	42	1.60
8792590--8792822	89	2.6	89	100	0	466	41	10	4	43	1.59
8798568--8798607	17	2.3	17	86	4	53	65	7	2	25	1.32
8802275--8802313	17	2.4	16	84	16	53	41	2	7	48	1.45
8804192--8804226	6	5.8	6	96	0	61	54	14	17	14	1.72
8807930--8808114	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
8807931--8808114	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
8807983--8808147	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
8808853--8808922	34	2.0	35	97	2	133	20	24	28	27	1.99
8811787--8811860	37	2.0	37	94	2	132	52	13	17	16	1.74
8811913--8811949	14	2.6	15	79	12	51	18	0	24	56	1.41
8815471--8815530	30	2.0	30	96	0	111	38	23	13	25	1.91
8823845--8823923	34	2.3	34	88	0	131	27	21	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823845--8823923	17	4.6	17	85	0	113	27	21	20	30	1.98
8824738--8824779	22	1.9	22	85	9	59	21	11	23	42	1.86
8825075--8825143	27	2.4	29	80	4	79	24	15	31	27	1.96
8825704--8825812	54	2.0	54	96	0	200	33	29	12	23	1.92
8828966--8828996	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
8834013--8834091	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
8834212--8834338	47	2.7	47	82	2	148	27	32	9	30	1.88
8847222--8847363	39	3.6	39	81	3	144	25	28	21	23	1.99
8851509--8851673	46	3.5	46	81	8	167	28	18	29	24	1.98
8854230--8854268	19	2.0	21	90	10	64	10	38	28	23	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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